src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxNodeAssociation.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ext.forester.ForesterDataConversions;
   6
   7 import java.util.HashMap;
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  12 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  13
  14 public class AptxNodeAssociation
  15         implements ExternalLoadedTreeAssociationI
  16 {
  17   SequenceI[] alignSequences;
  18
  19   Phylogeny tree;
  20
  21   Map<SequenceI, PhylogenyNode> alignmentWithNodes;
  22
  23   Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesWithAlignment;
  24
  25   public AptxNodeAssociation(SequenceI[] alignmentSequences,
  26           Phylogeny aptxTree)
  27   {
  28     alignSequences = alignmentSequences;
  29     tree = aptxTree;
  30     alignmentWithNodes = new HashMap<>(alignSequences.length);
  31     nodesWithAlignment = new HashMap<>(alignSequences.length);
  32
  33   }
  34
  35
  36
  37   /**
  38    * Tries to match sequences from Jalview with tree nodes in Archaeopteryx and
  39    * fills in the tree node with sequence data if a match is found.
  40    *
  41    * Partially refactored from the old Jalview TreeModel
  42    * associateLeavesToSequences method.
  43    *
  44    * @param seqs
  45    * @param aptxTree
  46    */
  47   @Override
  48   public void associateLeavesToSequences()
  49
  50   {
  51     SequenceIdMatcher algnIds = new SequenceIdMatcher(alignSequences);
  52
  53     List<PhylogenyNode> leaves = tree.getExternalNodes();
  54     SequenceI nodeSequence;
  55     String nodeSequenceName;
  56
  57     for (PhylogenyNode treeNode : leaves)
  58     {
  59       nodeSequenceName = treeNode.getName();
  60
  61       nodeSequence = algnIds.findIdMatch(nodeSequenceName);
  62       if (nodeSequence != null)
  63       {
  64         org.forester.phylogeny.data.Sequence foresterNodeSeq = ForesterDataConversions
  65                 .createForesterSequence(nodeSequence, true);
  66         treeNode.getNodeData().setSequence(foresterNodeSeq);
  67
  68         ExternalTreeBuilderI.putWithDuplicationCheck(alignmentWithNodes,
  69                 nodeSequence, treeNode);
  70         ExternalTreeBuilderI.putWithDuplicationCheck(nodesWithAlignment,
  71                 treeNode, nodeSequence);
  72
  73
  74       }
  75
  76     }
  77
  78   }
  79
  80   public Map<SequenceI, PhylogenyNode> getAlignmentWithNodes()
  81   {
  82     return alignmentWithNodes;
  83   }
  84
  85   public Map<PhylogenyNode, SequenceI> getNodesWithAlignment()
  86   {
  87     return nodesWithAlignment;
  88   }
  89
  90   // {
  91   // SequenceIdMatcher algnIds = new SequenceIdMatcher(seqs);
  92   //
  93   // List<PhylogenyNode> leaves = aptxTree.getExternalNodes();
  94   //
  95   // int namesleft = seqs.length;
  96   // SequenceI nodeSequence;
  97   // String nodeSequenceName;
  98   // List<SequenceI> one2many = new ArrayList<>();
  99   // int countOne2Many = 0;
 100   //
 101   // for (PhylogenyNode treeNode : leaves)
 102   // {
 103   // nodeSequenceName = treeNode.getName();
 104   // nodeSequence = null;
 105   //
 106   // if (namesleft > -1)
 107   // {
 108   // nodeSequence = algnIds.findIdMatch(nodeSequenceName);
 109   // }
 110   //
 111   // if (nodeSequence != null)
 112   // {
 113   // org.forester.phylogeny.data.Sequence foresterNodeSeq =
 114   // ForesterDataConversions.createForesterSequence(nodeSequence, true);
 115   //
 116   // treeNode.getNodeData().setSequence(foresterNodeSeq);
 117   // if (one2many.contains(nodeSequence))
 118   // {
 119   // countOne2Many++;
 120   // if (jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled())
 121   // {
 122   // jalview.bin.Cache.log.debug("One 2 many relationship for"
 123   // +nodeSequence.getName());
 124   // }
 125   // }
 126   // else
 127   // {
 128   // one2many.add(nodeSequence);
 129   // namesleft--;
 130   // }
 131   // }
 132   // else
 133   // {
 134   // treeNode.setCollapse(true); // collapse nodes that couldn't be connected
 135   // // to a sequence
 136   //
 137   //
 138   // // treeNode.setElement( new Sequence(nodeSequenceName,
 139   // "THISISAPLACEHOLDER"));
 140   // // treeNode.setPlaceholder(true);
 141   // }
 142   // }
 143   // if (jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled() && countOne2Many > 0)
 144   // {
 145   // jalview.bin.Cache.log.debug("There were " + countOne2Many
 146   // + "alignment sequence ids (out of" + one2many.size()
 147   // + " unique ids) linked to two or more leaves.");
 148   // }
 149   // one2many.clear();
 150   //
 151   // }
 152
 153 }
 154
 155
 156
 157
 158
 159