src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxTreeBuilder.java

   1 // package jalview.ext.archaeopteryx;
   2 //
   3 // import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 // import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 // import jalview.ext.forester.ForesterMatrix;
   6 // import jalview.ext.treeviewer.TreeBuilderI;
   7 // import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   8 // import jalview.ext.treeviewer.TreeNodeI;
   9 // import jalview.util.MappingUtils;
  10 // import jalview.util.MessageManager;
  11 //
  12 // import java.util.HashMap;
  13 // import java.util.Map;
  14 //
  15 // import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
  16 // import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  17 // import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  18 //
  19 /// **
  20 // * Class for converting trees made in Jalview (through TreeBuilder) to trees
  21 // * compatible with Forester (Phylogeny objects).
  22 // *
  23 // * Note that this currently demands a 1:1 relationship between tree nodes and
  24 // * the sequences used for generating them.
  25 // *
  26 // * @author kjvanderheide
  27 // *
  28 // */
  29 // public class AptxTreeBuilder
  30 // implements TreeBuilderI
  31 // {
  32 // protected final SequenceI[] sequences;
  33 //
  34 // protected final DistanceMatrix distances;
  35 //
  36 // protected final TreeBuilder jalviewTree;
  37 //
  38 // public String treeTitle;
  39 //
  40 // private final TreeI aptxTree;
  41 //
  42 // private TreeNodeI rootNode;
  43 //
  44 // private final Map<SequenceI, TreeNodeI> alignmentWithNodes;
  45 //
  46 // private final Map<TreeNodeI, SequenceI> nodesWithAlignment;
  47 //
  48 // public AptxTreeBuilder(final TreeBuilder calculatedTree)
  49 // {
  50 // jalviewTree = calculatedTree;
  51 // sequences = jalviewTree.getSequences();
  52 // distances = ForesterMatrix.convertJalviewToForester(
  53 // jalviewTree.getDistances(), sequences);
  54 //
  55 // aptxTree = new Tree(new Phylogeny());
  56 // rootNode = TreeNode.getUniqueWrapper(new PhylogenyNode());
  57 //
  58 // int amountOfSequences = distances.getSize();
  59 // alignmentWithNodes = new HashMap<>(amountOfSequences);
  60 // nodesWithAlignment = new HashMap<>(amountOfSequences);
  61 //
  62 //
  63 // }
  64 //
  65 // @Override
  66 // public TreeI buildTree(final TreeNodeI treeRoot)
  67 // {
  68 //
  69 // if (treeRoot != null)
  70 // {
  71 // rootNode = treeRoot;
  72 // }
  73 //
  74 // buildTree();
  75 //
  76 // return aptxTree;
  77 //
  78 // }
  79 //
  80 //
  81 // @Override
  82 // public TreeI buildTree()
  83 // {
  84 //
  85 // for (SequenceI sequence : sequences)
  86 // {
  87 //
  88 // TreeNodeI sequenceNode = TreeNode
  89 // .getUniqueWrapper(
  90 // new PhylogenyNode(sequence.getName()));
  91 //
  92 // sequenceNode.setSequence(sequence);
  93 //
  94 // MappingUtils.putWithDuplicationCheck(nodesWithAlignment,
  95 // sequenceNode, sequence);
  96 // MappingUtils.putWithDuplicationCheck(alignmentWithNodes,
  97 // sequence, sequenceNode);
  98 // rootNode.addAsChild(sequenceNode);
  99 // }
 100 //
 101 //
 102 // aptxTree.setRoot(rootNode);
 103 //
 104 // treeTitle = generateTreeName();
 105 // aptxTree.setTreeName(treeTitle);
 106 //
 107 // return aptxTree;
 108 //
 109 // }
 110 //
 111 // @Override
 112 // public Map<SequenceI, TreeNodeI> getAlignmentBoundNodes()
 113 // {
 114 // return alignmentWithNodes;
 115 // }
 116 //
 117 // @Override
 118 // public Map<TreeNodeI, SequenceI> getNodesBoundAlignment()
 119 // {
 120 // return nodesWithAlignment;
 121 // }
 122 //
 123 //
 124 // /**
 125 // * Formats a localised title for the tree panel, like
 126 // * <p>
 127 // * Neighbour Joining Using BLOSUM62
 128 // * <p>
 129 // * For a tree loaded from file, just uses the file name
 130 // *
 131 // * @return
 132 // */
 133 // @Override
 134 // public String generateTreeName() // Move this and add selection region to the
 135 // // title when applicable
 136 // {
 137 // if (treeTitle != null) // will currently never happen, loaded tree file will
 138 // // take a different path
 139 // {
 140 // return treeTitle;
 141 // }
 142 // else
 143 // {
 144 // /*
 145 // * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
 146 // */
 147 // String treecalcnm = MessageManager
 148 // .getString("label.tree_calc_" + jalviewTree.getClass()
 149 // .getSimpleName().substring(0, 2).toLowerCase());
 150 // /*
 151 // * short score model name (long description can be too long)
 152 // */
 153 // String smn = jalviewTree.getScoreModel().getName();
 154 //
 155 // /*
 156 // * put them together as <method> Using <model>
 157 // */
 158 // final String ttl = MessageManager
 159 // .formatMessage("label.treecalc_title", treecalcnm, smn);
 160 // return ttl;
 161 // }
 162 // }
 163 //
 164 //
 165 //
 166 //
 167 // }