src/jalview/ext/archaeopteryx/Tree.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.TreeFrameI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeNodeI;
   6
   7 import java.util.Iterator;
   8
   9 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  10 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  11 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  12 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  13
  14 public class Tree implements TreeI
  15 {
  16   private final Phylogeny tree;
  17
  18   // alternative to static maps in TreeNode
  19   // private Map<PhylogenyNode, TreeNodeI> originalNodes = new HashMap<>(500);
  20   // private Map<TreeNodeI, PhylogenyNode> wrappedNodes = new HashMap<>(500);
  21
  22   public Tree()
  23   {
  24     tree = new Phylogeny();
  25   }
  26   public Tree(Phylogeny aptxTree)
  27   {
  28     tree = aptxTree;
  29     wrapAllTreeNodes();
  30
  31   }
  32
  33   private void wrapAllTreeNodes()
  34   {
  35     for (Iterator<PhylogenyNode> iterator = tree
  36             .iteratorPostorder(); iterator.hasNext();)
  37     {
  38       PhylogenyNode foresterNode = iterator.next();
  39       TreeNodeI treeNode = TreeNode
  40               .getUniqueWrapper(foresterNode);
  41
  42     }
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public TreeNodeI getRoot()
  47   {
  48     TreeNodeI root = TreeNode.getUniqueWrapper(tree.getRoot());
  49     return root;
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public void setTreeName(String name)
  54   {
  55     tree.setName(name);
  56
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public TreeNodeI getNodeWithName(String name)
  61   {
  62     return TreeNode.getUniqueWrapper(tree.getNode(name));
  63
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public String[] getAllLeafNames()
  68   {
  69     return tree.getAllExternalNodeNames();
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public void setRerootable(boolean b)
  74   {
  75     tree.setRerootable(b);
  76
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public void setRooted(boolean b)
  81   {
  82     tree.setRooted(b);
  83
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public boolean isEmpty()
  88   {
  89     return tree.isEmpty();
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public String getTreeName()
  94   {
  95     return tree.getName();
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public void setRoot(TreeNodeI rootNode)
 100   {
 101     PhylogenyNode treeRoot = TreeNode.unwrapNode(rootNode);
 102     tree.setRoot(treeRoot);
 103     wrapAllTreeNodes();
 104
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public double getHeight(boolean adjustForCollapsedSubtrees)
 109   {
 110     return tree.calculateHeight(adjustForCollapsedSubtrees);
 111   }
 112
 113   @Override
 114   public Iterator<TreeNodeI> iterateInPreOrder()
 115   {
 116     Iterator<TreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 117             tree.iteratorPreorder());
 118     return iter;
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public Iterator<TreeNodeI> iterateInLevelOrder()
 123   {
 124     Iterator<TreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 125             tree.iteratorLevelOrder());
 126     return iter;
 127   }
 128
 129   @Override
 130   public Iterator<TreeNodeI> iterateInPostOrder()
 131   {
 132     Iterator<TreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 133             tree.iteratorPostorder());
 134     return iter;
 135   }
 136
 137   @Override
 138   public TreeNodeI getFurthestNode()
 139   {
 140     PhylogenyNode furthestNode = PhylogenyMethods
 141             .calculateNodeWithMaxDistanceToRoot(tree);
 142     return TreeNode.getUniqueWrapper(furthestNode);
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public TreeFrameI createTreeViewerFromTree(String instanceTitle)
 147   {
 148     return new AptxFrame(Archaeopteryx.createApplication(tree,
 149             AptxInit.APTX_CONFIG,
 150             instanceTitle));
 151   }
 152
 153
 154 }