src/jalview/ext/archaeopteryx/Tree.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeNodeI;
   5
   6 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   7
   8 public class Tree implements ExternalTreeI
   9 {
  10   private final Phylogeny tree;
  11
  12   public Tree(Phylogeny aptxTree)
  13   {
  14     tree = aptxTree;
  15   }
  16
  17   @Override
  18   public Phylogeny getOriginalTree()
  19   {
  20     return tree;
  21
  22   }
  23
  24   @Override
  25   public ExternalTreeNodeI getRoot()
  26   {
  27     ExternalTreeNodeI root = new TreeNode(tree.getRoot());
  28     return root;
  29   }
  30
  31   @Override
  32   public void setTreeName(String name)
  33   {
  34     tree.setName(name);
  35
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public ExternalTreeNodeI getNodeWithName(String name)
  40   {
  41     return new TreeNode(tree.getNode(name));
  42
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public String[] getAllLeafNames()
  47   {
  48     return tree.getAllExternalNodeNames();
  49   }
  50 }