src/jalview/ext/archaeopteryx/TreeParser.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeParserI;
   5
   6 import java.io.IOException;
   7
   8 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
   9 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  10
  11 public class TreeParser implements ExternalTreeParserI
  12 {
  13   private final PhylogenyParser parser;
  14
  15   public TreeParser(PhylogenyParser foresterParser)
  16   {
  17     parser = foresterParser;
  18   }
  19
  20   @Override
  21   public ExternalTreeI[] parse() throws IOException
  22   {
  23     Phylogeny[] foresterTrees = parser.parse();
  24     ExternalTreeI[] jalviewTrees = new ExternalTreeI[foresterTrees.length];
  25
  26     for (int i = 0; i < foresterTrees.length; i++)
  27     {
  28       jalviewTrees[i] = new Tree(foresterTrees[i]);
  29     }
  30     return jalviewTrees;
  31
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public void setSource(Object source) throws IOException
  36   {
  37     parser.setSource(source);
  38
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public String getName()
  43   {
  44     return parser.getName();
  45   }
  46
  47 }