src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
   5 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
   6
   7 import java.util.List;
   8
   9 import com.stevesoft.pat.Regex;
  10
  11 public class EnsemblCdna extends EnsemblSeqProxy
  12 {
  13   /*
  14    * fetch exon features on genomic sequence (to identify the cdnaregions)
  15    * and cds and variation features (to retain)
  16    */
  17   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  18       EnsemblFeatureType.exon, EnsemblFeatureType.cds,
  19       EnsemblFeatureType.variation };
  20
  21   public EnsemblCdna()
  22   {
  23     super();
  24   }
  25
  26   @Override
  27   public String getDbName()
  28   {
  29     return "ENSEMBL (CDNA)";
  30   }
  31
  32   @Override
  33   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  34   {
  35     return EnsemblSeqType.CDNA;
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public Regex getAccessionValidator()
  40   {
  41     return new Regex("((ENST|ENSG|CCDS)[0-9.]{3,})");
  42   }
  43
  44   @Override
  45   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  46   {
  47     return FEATURES_TO_FETCH;
  48   }
  49
  50   /**
  51    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type in the
  52    * Sequence Ontology).
  53    */
  54   @Override
  55   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  56   {
  57     if (isTranscript(sf.getType()))
  58     {
  59       return false;
  60     }
  61     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  62   }
  63
  64   /**
  65    * Answers true if the sequence feature type is 'exon' (or a subtype of exon
  66    * in the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript
  67    * we are retrieving
  68    */
  69   @Override
  70   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  71   {
  72     if (SequenceOntologyFactory.getInstance().isA(sf.getType(),
  73             SequenceOntologyI.EXON))
  74     {
  75       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
  76       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  77       {
  78         return true;
  79       }
  80     }
  81     return false;
  82   }
  83
  84   @Override
  85   protected List<String> getCrossReferenceDatabases()
  86   {
  87     return super.getCrossReferenceDatabases();
  88     // 30/01/16 also found Vega_transcript, OTTT, ENS_LRG_transcript, UCSC,
  89     // HGNC_trans_name, RefSeq_mRNA, RefSeq_mRNA_predicted
  90   }
  91
  92 }