src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
   5 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
   6
   7 import java.util.List;
   8
   9 import com.stevesoft.pat.Regex;
  10
  11 public class EnsemblCdna extends EnsemblSeqProxy
  12 {
  13   // TODO modify to accept other species e.g. ENSMUSPnnn
  14   private static final Regex ACCESSION_REGEX = new Regex("((ENST|ENSG|CCDS)[0-9.]{3,})");
  15
  16   /*
  17    * fetch exon features on genomic sequence (to identify the cdna regions)
  18    * and cds and variation features (to retain)
  19    */
  20   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  21       EnsemblFeatureType.exon, EnsemblFeatureType.cds,
  22       EnsemblFeatureType.variation };
  23
  24   public EnsemblCdna()
  25   {
  26     super();
  27   }
  28
  29   @Override
  30   public String getDbName()
  31   {
  32     return "ENSEMBL (CDNA)";
  33   }
  34
  35   @Override
  36   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  37   {
  38     return EnsemblSeqType.CDNA;
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public Regex getAccessionValidator()
  43   {
  44     return ACCESSION_REGEX;
  45   }
  46
  47   @Override
  48   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  49   {
  50     return FEATURES_TO_FETCH;
  51   }
  52
  53   /**
  54    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type in the
  55    * Sequence Ontology).
  56    */
  57   @Override
  58   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  59   {
  60     if (isTranscript(sf.getType()))
  61     {
  62       return false;
  63     }
  64     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  65   }
  66
  67   /**
  68    * Answers true if the sequence feature type is 'exon' (or a subtype of exon
  69    * in the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript
  70    * we are retrieving
  71    */
  72   @Override
  73   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  74   {
  75     if (SequenceOntologyFactory.getInstance().isA(sf.getType(),
  76             SequenceOntologyI.EXON))
  77     {
  78       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
  79       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  80       {
  81         return true;
  82       }
  83     }
  84     return false;
  85   }
  86
  87   @Override
  88   protected List<String> getCrossReferenceDatabases()
  89   {
  90     return super.getCrossReferenceDatabases();
  91     // 30/01/16 also found Vega_transcript, OTTT, ENS_LRG_transcript, UCSC,
  92     // HGNC_trans_name, RefSeq_mRNA, RefSeq_mRNA_predicted
  93   }
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  95 }