src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGenomes.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24
  25 /**
  26  * A class to behave much like EnsemblGene but referencing the ensemblgenomes
  27  * domain and data
  28  *
  29  * @author gmcarstairs
  30  *
  31  */
  32 public class EnsemblGenomes extends EnsemblGene
  33 {
  34   /**
  35    * Constructor sets domain to rest.ensemblgenomes.org instead of the 'usual'
  36    * rest.ensembl.org
  37    */
  38   public EnsemblGenomes()
  39   {
  40     super();
  41     setDomain(Cache.getDefault(ENSEMBL_GENOMES_DOMAIN,
  42             DEFAULT_ENSEMBL_GENOMES_DOMAIN));
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public String getDbName()
  47   {
  48     return "EnsemblGenomes";
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public String getTestQuery()
  53   {
  54     /*
  55      * Salmonella gene, Uniprot Q8Z9G6, EMBLCDS CAD01290
  56      */
  57     return "CAD01290";
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public String getDbSource()
  62   {
  63     return "EnsemblGenomes";
  64   }
  65
  66 }