src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGenomes.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 /**
  24  * A class to behave much like EnsemblGene but referencing the ensemblgenomes
  25  * domain and data
  26  *
  27  * @author gmcarstairs
  28  *
  29  */
  30 public class EnsemblGenomes extends EnsemblGene
  31 {
  32   /**
  33    * Constructor sets domain to rest.ensemblgenomes.org instead of the 'usual'
  34    * rest.ensembl.org
  35    */
  36   public EnsemblGenomes()
  37   {
  38     super(ENSEMBL_GENOMES_REST);
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public String getDbName()
  43   {
  44     return "EnsemblGenomes";
  45   }
  46
  47   @Override
  48   public String getTestQuery()
  49   {
  50     /*
  51      * Salmonella gene, Uniprot Q8Z9G6, EMBLCDS CAD01290
  52      */
  53     return "CAD01290";
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public String getDbSource()
  58   {
  59     return "EnsemblGenomes";
  60   }
  61
  62 }