src/jalview/ext/ensembl/EnsemblInfo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  27 import jalview.util.JSONUtils;
  28
  29 import java.io.BufferedReader;
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.net.MalformedURLException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.util.HashMap;
  34 import java.util.Iterator;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Map;
  37 import java.util.Set;
  38
  39 import org.json.simple.parser.ParseException;
  40
  41 public class EnsemblInfo extends EnsemblRestClient
  42 {
  43
  44   /*
  45    * cached results of REST /info/divisions service, currently
  46    * <pre>
  47    * {
  48    *  { "ENSEMBLFUNGI", "http://rest.ensemblgenomes.org"},
  49    *    "ENSEMBLBACTERIA", "http://rest.ensemblgenomes.org"},
  50    *    "ENSEMBLPROTISTS", "http://rest.ensemblgenomes.org"},
  51    *    "ENSEMBLMETAZOA", "http://rest.ensemblgenomes.org"},
  52    *    "ENSEMBLPLANTS",  "http://rest.ensemblgenomes.org"},
  53    *    "ENSEMBL", "http://rest.ensembl.org" }
  54    *  }
  55    * </pre>
  56    * The values for EnsemblGenomes are retrieved by a REST call, that for
  57    * Ensembl is added programmatically for convenience of lookup
  58    */
  59   private static Map<String, String> divisions;
  60
  61   @Override
  62   public String getDbName()
  63   {
  64     return "ENSEMBL";
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  69   {
  70     return null;
  71   }
  72
  73   @Override
  74   protected URL getUrl(List<String> ids) throws MalformedURLException
  75   {
  76     return null;
  77   }
  78
  79   @Override
  80   protected boolean useGetRequest()
  81   {
  82     return true;
  83   }
  84
  85   /**
  86    * Answers the domain (http://rest.ensembl.org or
  87    * http://rest.ensemblgenomes.org) for the given division, or null if not
  88    * recognised by Ensembl.
  89    *
  90    * @param division
  91    * @return
  92    */
  93   public String getDomain(String division)
  94   {
  95     if (divisions == null)
  96     {
  97       fetchDivisions();
  98     }
  99     return divisions.get(division.toUpperCase(Locale.ROOT));
 100   }
 101
 102   /**
 103    * On first request only, populate the lookup map by fetching the list of
 104    * divisions known to EnsemblGenomes.
 105    */
 106   void fetchDivisions()
 107   {
 108     divisions = new HashMap<>();
 109
 110     /*
 111      * for convenience, pre-fill ensembl.org as the domain for "ENSEMBL"
 112      */
 113     divisions.put(DBRefSource.ENSEMBL.toUpperCase(Locale.ROOT), ensemblDomain);
 114     try
 115     {
 116       @SuppressWarnings("unchecked")
 117           Iterator<Object> rvals = (Iterator<Object>) getJSON(getDivisionsUrl(ensemblGenomesDomain), null, -1, MODE_ITERATOR, null);
 118       if (rvals == null)
 119           return;
 120       while (rvals.hasNext())
 121       {
 122         String division = rvals.next().toString();
 123         divisions.put(division.toUpperCase(Locale.ROOT), ensemblGenomesDomain);
 124       }
 125     } catch (IOException | ParseException | NumberFormatException e)
 126     {
 127       // ignore
 128     }
 129   }
 130
 131   /**
 132    * Constructs the URL for the EnsemblGenomes /info/divisions REST service
 133    * @param domain TODO
 134    *
 135    * @return
 136    * @throws MalformedURLException
 137    */
 138   URL getDivisionsUrl(String domain) throws MalformedURLException
 139   {
 140     return new URL(domain
 141             + "/info/divisions?content-type=application/json");
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Returns the set of 'divisions' recognised by Ensembl or EnsemblGenomes
 146    *
 147    * @return
 148    */
 149   public Set<String> getDivisions() {
 150     if (divisions == null)
 151     {
 152       fetchDivisions();
 153     }
 154
 155     return divisions.keySet();
 156   }
 157 }