src/jalview/ext/ensembl/EnsemblSequenceFetcher.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.DBRefSource;
   4 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
   5
   6 import com.stevesoft.pat.Regex;
   7
   8 /**
   9  * A base class for Ensembl sequence fetchers
  10  *
  11  * @author gmcarstairs
  12  *
  13  */
  14 public abstract class EnsemblSequenceFetcher extends DbSourceProxyImpl
  15 {
  16   /*
  17    * possible values for the 'feature' parameter of the REST overlap endpoint
  18    * @see
  19    */
  20   protected enum EnsemblFeatureType
  21   {
  22     gene, transcript, cds, exon, repeat, simple, misc, variation,
  23     somatic_variation, structural_variation, somatic_structural_variation,
  24     constrained, regulatory
  25   }
  26
  27   @Override
  28   public String getDbSource()
  29   {
  30     // NB ensure Uniprot xrefs are canonicalised from "Ensembl" to "ENSEMBL"
  31     return DBRefSource.ENSEMBL; // "ENSEMBL"
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public String getDbVersion()
  36   {
  37     return "0";
  38   }
  39
  40   @Override
  41   public String getAccessionSeparator()
  42   {
  43     return " ";
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public Regex getAccessionValidator()
  48   {
  49     return new Regex("((ENSP|ENST|ENSG|CCDS)[0-9.]{3,})");
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public boolean isValidReference(String accession)
  54   {
  55     return getAccessionValidator().search(accession);
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public int getTier()
  60   {
  61     return 0;
  62   }
  63
  64   /**
  65    * Default test query is a transcript
  66    */
  67   @Override
  68   public String getTestQuery()
  69   {
  70     // has CDS on reverse strand:
  71     return "ENST00000288602";
  72     // ENST00000461457 // forward strand
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public boolean isDnaCoding()
  77   {
  78     return true;
  79   }
  80 }