src/jalview/ext/forester/io/ForesterParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.ext.archaeopteryx.Tree;
   7 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   8 import jalview.ext.treeviewer.TreeParserI;
   9 import jalview.io.AlignFile;
  10 import jalview.io.DataSourceType;
  11 import jalview.io.FileParse;
  12
  13 import java.io.IOException;
  14
  15 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  16 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  17 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  18 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  19
  20 public class ForesterParser extends AlignFile
  21         implements TreeParserI
  22 {
  23   private final PhylogenyParser parser;
  24
  25   private TreeI[] parsedTrees;
  26
  27   protected ForesterParser(PhylogenyParser foresterParser, FileParse source)
  28   {
  29     parser = foresterParser;
  30   }
  31
  32   public static ForesterParser createNexusParser(FileParse source)
  33   {
  34     return new ForesterParser(new NexusPhylogeniesParser(), source);
  35   }
  36
  37   public static ForesterParser createPhyloXmlParser(FileParse source)
  38   {
  39     // support non-xsd validating?
  40     return new ForesterParser(
  41             PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating(), source);
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public void parse() throws IOException
  46   {
  47     Phylogeny[] foresterTrees = parser.parse();
  48     parsedTrees = new TreeI[foresterTrees.length];
  49
  50     for (int i = 0; i < foresterTrees.length; i++)
  51     {
  52       parsedTrees[i] = new Tree(foresterTrees[i]);
  53     }
  54
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public void setSource(Object source) throws IOException
  59   {
  60     parser.setSource(source);
  61
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public String getName()
  66   {
  67     return parser.getName();
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public SequenceI[] getSeqsAsArray()
  72   {
  73     // TODO Auto-generated method stub
  74     return null;
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public void addAnnotations(AlignmentI al)
  79   {
  80     // TODO Auto-generated method stub
  81
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public void addGroups(AlignmentI al)
  86   {
  87     // TODO Auto-generated method stub
  88
  89   }
  90
  91   @Override
  92   public void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray)
  93   {
  94     // TODO Auto-generated method stub
  95
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public boolean hasWarningMessage()
 100   {
 101     // TODO Auto-generated method stub
 102     return false;
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public String getWarningMessage()
 107   {
 108     // TODO Auto-generated method stub
 109     return null;
 110   }
 111
 112   @Override
 113   public String getInFile()
 114   {
 115     // TODO Auto-generated method stub
 116     return null;
 117   }
 118
 119   @Override
 120   public DataSourceType getDataSourceType()
 121   {
 122     // TODO Auto-generated method stub
 123     return null;
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme()
 128   {
 129     // TODO Auto-generated method stub
 130     return null;
 131   }
 132
 133
 134
 135   @Override
 136   public String print(SequenceI[] seqs, boolean jvsuffix)
 137   {
 138     // TODO Auto-generated method stub
 139     return null;
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public TreeI[] getParsedTrees()
 144   {
 145     return parsedTrees;
 146   }
 147 }