src/jalview/ext/forester/io/ForesterReader.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.io.AlignmentFileReaderI;
   7 import jalview.io.DataSourceType;
   8 import jalview.io.FileParse;
   9
  10 public class ForesterReader implements AlignmentFileReaderI
  11 {
  12
  13   public ForesterReader(FileParse source)
  14   {
  15     // if (source.getDataSourceType() == DataSourceType.URL)
  16     // {
  17     // ParserUtils.createParserDependingOnUrlContents(url,
  18     // AptxInit.APTX_CONFIG.isValidatePhyloXmlAgainstSchema());
  19     //
  20     // }
  21     // else
  22     // {
  23     // ParserUtils.createParserDependingOnFileType(file,
  24     // AptxInit.APTX_CONFIG.isValidatePhyloXmlAgainstSchema());
  25     // }
  26   }
  27
  28   @Override
  29   public SequenceI[] getSeqsAsArray()
  30   {
  31     // TODO Auto-generated method stub
  32     return null;
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public void addAnnotations(AlignmentI al)
  37   {
  38     // TODO Auto-generated method stub
  39
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public void addGroups(AlignmentI al)
  44   {
  45     // TODO Auto-generated method stub
  46
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray)
  51   {
  52     // TODO Auto-generated method stub
  53
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public boolean hasWarningMessage()
  58   {
  59     // TODO Auto-generated method stub
  60     return false;
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public String getWarningMessage()
  65   {
  66     // TODO Auto-generated method stub
  67     return null;
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public String getInFile()
  72   {
  73     // TODO Auto-generated method stub
  74     return null;
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public DataSourceType getDataSourceType()
  79   {
  80     // TODO Auto-generated method stub
  81     return null;
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme()
  86   {
  87     // TODO Auto-generated method stub
  88     return null;
  89   }
  90
  91 }