src/jalview/ext/forester/io/PhyloXMLParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.TreeParserI;
   8 import jalview.io.AlignmentFileReaderI;
   9 import jalview.io.DataSourceType;
  10
  11 import java.io.IOException;
  12
  13 public class PhyloXMLParser implements TreeParserI, AlignmentFileReaderI
  14 {
  15
  16   @Override
  17   public SequenceI[] getSeqsAsArray()
  18   {
  19     // TODO Auto-generated method stub
  20     return null;
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public void addAnnotations(AlignmentI al)
  25   {
  26     // TODO Auto-generated method stub
  27
  28   }
  29
  30   @Override
  31   public void addGroups(AlignmentI al)
  32   {
  33     // TODO Auto-generated method stub
  34
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray)
  39   {
  40     // TODO Auto-generated method stub
  41
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public boolean hasWarningMessage()
  46   {
  47     // TODO Auto-generated method stub
  48     return false;
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public String getWarningMessage()
  53   {
  54     // TODO Auto-generated method stub
  55     return null;
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public String getInFile()
  60   {
  61     // TODO Auto-generated method stub
  62     return null;
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public DataSourceType getDataSourceType()
  67   {
  68     // TODO Auto-generated method stub
  69     return null;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme()
  74   {
  75     // TODO Auto-generated method stub
  76     return null;
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public TreeI[] parse() throws IOException
  81   {
  82     // TODO Auto-generated method stub
  83     return null;
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public void setSource(Object source) throws IOException
  88   {
  89     // TODO Auto-generated method stub
  90
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public String getName()
  95   {
  96     // TODO Auto-generated method stub
  97     return null;
  98   }
  99
 100 }