src/jalview/ext/forester/io/PhyloXmlFile.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeParserI;
   6 import jalview.io.AlignFile;
   7 import jalview.io.FileParse;
   8
   9 import java.io.File;
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.util.List;
  12
  13 public class PhyloXmlFile extends AlignFile
  14 {
  15
  16   public PhyloXmlFile(FileParse source) throws IOException
  17   {
  18     super(source);
  19   }
  20
  21   @Override
  22   public String print(SequenceI[] seqs, boolean jvsuffix)
  23   {
  24     // TODO Auto-generated method stub
  25     return null;
  26   }
  27
  28   @Override
  29   public void parse() throws IOException
  30   {
  31     TreeParserI parser = ForesterParser
  32             .createPhyloXmlParser(new File(getDataName()));
  33     TreeI[] trees = parser.parse();
  34     List<SequenceI> treeSeqs = trees[0].getNodeSequences();
  35     for (SequenceI seq : treeSeqs)
  36       {
  37         seqs.add(seq);
  38       }
  39
  40   }
  41
  42 }