src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;
  25 import jalview.api.SequenceRenderer;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  32 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  33 import jalview.structure.AtomSpec;
  34 import jalview.structure.StructureMappingcommandSet;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Container;
  40 import java.awt.event.ComponentEvent;
  41 import java.awt.event.ComponentListener;
  42 import java.io.File;
  43 import java.net.URL;
  44 import java.security.AccessControlException;
  45 import java.util.Hashtable;
  46 import java.util.List;
  47 import java.util.Map;
  48 import java.util.Vector;
  49
  50 import javajs.awt.Dimension;
  51
  52 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  53 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  54 import org.jmol.api.JmolSelectionListener;
  55 import org.jmol.api.JmolStatusListener;
  56 import org.jmol.api.JmolViewer;
  57 import org.jmol.c.CBK;
  58 import org.jmol.script.T;
  59 import org.jmol.viewer.JC;
  60 import org.jmol.viewer.Viewer;
  61
  62 public abstract class JalviewJmolBinding extends AAStructureBindingModel
  63         implements JmolStatusListener, JmolSelectionListener,
  64         ComponentListener
  65 {
  66   boolean allChainsSelected = false;
  67
  68   /*
  69    * when true, try to search the associated datamodel for sequences that are
  70    * associated with any unknown structures in the Jmol view.
  71    */
  72   private boolean associateNewStructs = false;
  73
  74   Vector<String> atomsPicked = new Vector<String>();
  75
  76   public Vector<String> chainNames;
  77
  78   Hashtable<String, String> chainFile;
  79
  80   public String fileLoadingError;
  81
  82   /*
  83    * the default or current model displayed if the model cannot be identified
  84    * from the selection message
  85    */
  86   int frameNo = 0;
  87
  88   // protected JmolGenericPopup jmolpopup; // not used - remove?
  89
  90   String lastCommand;
  91
  92   String lastMessage;
  93
  94   boolean loadedInline;
  95
  96   /**
  97    * current set of model filenames loaded in the Jmol instance
  98    */
  99   String[] modelFileNames = null;
 100
 101   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 102
 103   public Viewer viewer;
 104
 105   public JalviewJmolBinding(StructureSelectionManager ssm,
 106           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains,
 107           String protocol)
 108   {
 109     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
 110     /*
 111      * viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter(),
 112      * "jalviewJmol", ap.av.applet .getDocumentBase(),
 113      * ap.av.applet.getCodeBase(), "", this);
 114      *
 115      * jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, true, "Jmol", true);
 116      */
 117   }
 118
 119   public JalviewJmolBinding(StructureSelectionManager ssm,
 120           SequenceI[][] seqs, Viewer theViewer)
 121   {
 122     super(ssm, seqs);
 123
 124     viewer = theViewer;
 125     viewer.setJmolStatusListener(this);
 126     viewer.addSelectionListener(this);
 127   }
 128
 129   /**
 130    * construct a title string for the viewer window based on the data jalview
 131    * knows about
 132    *
 133    * @return
 134    */
 135   public String getViewerTitle()
 136   {
 137     return getViewerTitle("Jmol", true);
 138   }
 139
 140   /**
 141    * prepare the view for a given set of models/chains. chainList contains
 142    * strings of the form 'pdbfilename:Chaincode'
 143    *
 144    * @param chainList
 145    *          list of chains to make visible
 146    */
 147   public void centerViewer(Vector<String> chainList)
 148   {
 149     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 150     int mlength, p;
 151     for (String lbl : chainList)
 152     {
 153       mlength = 0;
 154       do
 155       {
 156         p = mlength;
 157         mlength = lbl.indexOf(":", p);
 158       } while (p < mlength && mlength < (lbl.length() - 2));
 159       // TODO: lookup each pdb id and recover proper model number for it.
 160       cmd.append(":" + lbl.substring(mlength + 1) + " /"
 161               + (1 + getModelNum(chainFile.get(lbl))) + " or ");
 162     }
 163     if (cmd.length() > 0)
 164     {
 165       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 166     }
 167     evalStateCommand("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center " + cmd);
 168   }
 169
 170   public void closeViewer()
 171   {
 172     viewer.acm.setModeMouse(JC.MOUSE_NONE);
 173     // remove listeners for all structures in viewer
 174     getSsm().removeStructureViewerListener(this, this.getPdbFile());
 175     // and shut down jmol
 176     viewer.evalStringQuiet("zap");
 177     viewer.setJmolStatusListener(null);
 178     lastCommand = null;
 179     viewer = null;
 180     releaseUIResources();
 181   }
 182
 183   public void colourByChain()
 184   {
 185     colourBySequence = false;
 186     // TODO: colour by chain should colour each chain distinctly across all
 187     // visible models
 188     // TODO: http://issues.jalview.org/browse/JAL-628
 189     evalStateCommand("select *;color chain");
 190   }
 191
 192   public void colourByCharge()
 193   {
 194     colourBySequence = false;
 195     evalStateCommand("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 196             + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 197   }
 198
 199   /**
 200    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 201    * according to their corresponding positions.
 202    */
 203   public void superposeStructures(AlignmentI alignment)
 204   {
 205     superposeStructures(alignment, -1, null);
 206   }
 207
 208   /**
 209    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 210    * according to their corresponding positions. ded)
 211    *
 212    * @param refStructure
 213    *          - select which pdb file to use as reference (default is -1 - the
 214    *          first structure in the alignment)
 215    */
 216   public void superposeStructures(AlignmentI alignment, int refStructure)
 217   {
 218     superposeStructures(alignment, refStructure, null);
 219   }
 220
 221   /**
 222    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 223    * according to their corresponding positions. ded)
 224    *
 225    * @param refStructure
 226    *          - select which pdb file to use as reference (default is -1 - the
 227    *          first structure in the alignment)
 228    * @param hiddenCols
 229    *          TODO
 230    */
 231   public void superposeStructures(AlignmentI alignment, int refStructure,
 232           ColumnSelection hiddenCols)
 233   {
 234     superposeStructures(new AlignmentI[] { alignment },
 235             new int[] { refStructure },
 236             new ColumnSelection[] { hiddenCols });
 237   }
 238
 239   /**
 240    * Construct and send a command to align structures against a reference
 241    * structure, based on one or more sequence alignments
 242    *
 243    * @param _alignment
 244    *          an array of alignments to process
 245    * @param _refStructure
 246    *          an array of corresponding reference structures (index into pdb
 247    *          file array); if a negative value is passed, the first PDB file
 248    *          mapped to an alignment sequence is used as the reference for
 249    *          superposition
 250    * @param _hiddenCols
 251    *          an array of corresponding hidden columns for each alignment
 252    */
 253   public void superposeStructures(AlignmentI[] _alignment,
 254           int[] _refStructure, ColumnSelection[] _hiddenCols)
 255   {
 256     while (viewer.isScriptExecuting())
 257     {
 258       try
 259       {
 260         Thread.sleep(10);
 261       } catch (InterruptedException i)
 262       {
 263       }
 264       ;
 265     }
 266     String[] files = getPdbFile();
 267     if (!waitForFileLoad(files))
 268     {
 269       return;
 270     }
 271
 272     StringBuilder selectioncom = new StringBuilder(256);
 273     // In principle - nSeconds specifies the speed of animation for each
 274     // superposition - but is seems to behave weirdly, so we don't specify it.
 275     String nSeconds = " ";
 276     if (files.length > 10)
 277     {
 278       nSeconds = " 0.005 ";
 279     }
 280     else
 281     {
 282       nSeconds = " " + (2.0 / files.length) + " ";
 283       // if (nSeconds).substring(0,5)+" ";
 284     }
 285     // see JAL-1345 - should really automatically turn off the animation for
 286     // large numbers of structures, but Jmol doesn't seem to allow that.
 287     // nSeconds = " ";
 288     // union of all aligned positions are collected together.
 289     for (int a = 0; a < _alignment.length; a++)
 290     {
 291       int refStructure = _refStructure[a];
 292       AlignmentI alignment = _alignment[a];
 293       ColumnSelection hiddenCols = _hiddenCols[a];
 294       if (a > 0
 295               && selectioncom.length() > 0
 296               && !selectioncom.substring(selectioncom.length() - 1).equals(
 297                       "|"))
 298       {
 299         selectioncom.append("|");
 300       }
 301       // process this alignment
 302       if (refStructure >= files.length)
 303       {
 304         System.err.println("Invalid reference structure value "
 305                 + refStructure);
 306         refStructure = -1;
 307       }
 308
 309       /*
 310        * 'matched' array will hold 'true' for visible alignment columns where
 311        * all sequences have a residue with a mapping to the PDB structure
 312        */
 313       boolean matched[] = new boolean[alignment.getWidth()];
 314       for (int m = 0; m < matched.length; m++)
 315       {
 316         matched[m] = (hiddenCols != null) ? hiddenCols.isVisible(m) : true;
 317       }
 318
 319       SuperposeData[] structures = new SuperposeData[files.length];
 320       for (int f = 0; f < files.length; f++)
 321       {
 322         structures[f] = new SuperposeData(alignment.getWidth());
 323       }
 324
 325       /*
 326        * Calculate the superposable alignment columns ('matched'), and the
 327        * corresponding structure residue positions (structures.pdbResNo)
 328        */
 329       int candidateRefStructure = findSuperposableResidues(alignment,
 330               matched, structures);
 331       if (refStructure < 0)
 332       {
 333         /*
 334          * If no reference structure was specified, pick the first one that has
 335          * a mapping in the alignment
 336          */
 337         refStructure = candidateRefStructure;
 338       }
 339
 340       String[] selcom = new String[files.length];
 341       int nmatched = 0;
 342       for (boolean b : matched)
 343       {
 344         if (b)
 345         {
 346           nmatched++;
 347         }
 348       }
 349       if (nmatched < 4)
 350       {
 351         // TODO: bail out here because superposition illdefined?
 352       }
 353
 354       /*
 355        * generate select statements to select regions to superimpose structures
 356        */
 357       {
 358         for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 359         {
 360           String chainCd = ":" + structures[pdbfnum].chain;
 361           int lpos = -1;
 362           boolean run = false;
 363           StringBuilder molsel = new StringBuilder();
 364           molsel.append("{");
 365           for (int r = 0; r < matched.length; r++)
 366           {
 367             if (matched[r])
 368             {
 369               int pdbResNo = structures[pdbfnum].pdbResNo[r];
 370               if (lpos != pdbResNo - 1)
 371               {
 372                 // discontinuity
 373                 if (lpos != -1)
 374                 {
 375                   molsel.append(lpos);
 376                   molsel.append(chainCd);
 377                   molsel.append("|");
 378                 }
 379                 run = false;
 380               }
 381               else
 382               {
 383                 // continuous run - and lpos >-1
 384                 if (!run)
 385                 {
 386                   // at the beginning, so add dash
 387                   molsel.append(lpos);
 388                   molsel.append("-");
 389                 }
 390                 run = true;
 391               }
 392               lpos = pdbResNo;
 393             }
 394           }
 395           /*
 396            * add final selection phrase
 397            */
 398           if (lpos != -1)
 399           {
 400             molsel.append(lpos);
 401             molsel.append(chainCd);
 402             molsel.append("}");
 403           }
 404           if (molsel.length() > 1)
 405           {
 406             selcom[pdbfnum] = molsel.toString();
 407             selectioncom.append("((");
 408             selectioncom.append(selcom[pdbfnum].substring(1,
 409                     selcom[pdbfnum].length() - 1));
 410             selectioncom.append(" )& ");
 411             selectioncom.append(pdbfnum + 1);
 412             selectioncom.append(".1)");
 413             if (pdbfnum < files.length - 1)
 414             {
 415               selectioncom.append("|");
 416             }
 417           }
 418           else
 419           {
 420             selcom[pdbfnum] = null;
 421           }
 422         }
 423       }
 424       StringBuilder command = new StringBuilder(256);
 425       for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 426       {
 427         if (pdbfnum == refStructure || selcom[pdbfnum] == null
 428                 || selcom[refStructure] == null)
 429         {
 430           continue;
 431         }
 432         command.append("echo ");
 433         command.append("\"Superposing (");
 434         command.append(structures[pdbfnum].pdbId);
 435         command.append(") against reference (");
 436         command.append(structures[refStructure].pdbId);
 437         command.append(")\";\ncompare " + nSeconds);
 438         command.append("{");
 439         command.append(Integer.toString(1 + pdbfnum));
 440         command.append(".1} {");
 441         command.append(Integer.toString(1 + refStructure));
 442         // conformation=1 excludes alternate locations for CA (JAL-1757)
 443         command.append(".1} SUBSET {(*.CA | *.P) and conformation=1} ATOMS ");
 444
 445         // for (int s = 0; s < 2; s++)
 446         // {
 447         // command.append(selcom[(s == 0 ? pdbfnum : refStructure)]);
 448         // }
 449         command.append(selcom[pdbfnum]);
 450         command.append(selcom[refStructure]);
 451         command.append(" ROTATE TRANSLATE;\n");
 452       }
 453       if (selectioncom.length() > 0)
 454       {
 455         System.out.println("Select regions:\n" + selectioncom.toString());
 456         evalStateCommand("select *; cartoons off; backbone; select ("
 457                 + selectioncom.toString() + "); cartoons; ");
 458         // selcom.append("; ribbons; ");
 459         String cmdString = command.toString();
 460         System.out.println("Superimpose command(s):\n" + cmdString);
 461
 462         evalStateCommand(cmdString);
 463       }
 464     }
 465     if (selectioncom.length() > 0)
 466     {// finally, mark all regions that were superposed.
 467       if (selectioncom.substring(selectioncom.length() - 1).equals("|"))
 468       {
 469         selectioncom.setLength(selectioncom.length() - 1);
 470       }
 471       System.out.println("Select regions:\n" + selectioncom.toString());
 472       evalStateCommand("select *; cartoons off; backbone; select ("
 473               + selectioncom.toString() + "); cartoons; ");
 474       // evalStateCommand("select *; backbone; select "+selcom.toString()+"; cartoons; center "+selcom.toString());
 475     }
 476   }
 477
 478   public void evalStateCommand(String command)
 479   {
 480     jmolHistory(false);
 481     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command))
 482     {
 483       viewer.evalStringQuiet(command + "\n");
 484     }
 485     jmolHistory(true);
 486     lastCommand = command;
 487   }
 488
 489   /**
 490    * colour any structures associated with sequences in the given alignment
 491    * using the getFeatureRenderer() and getSequenceRenderer() renderers but only
 492    * if colourBySequence is enabled.
 493    */
 494   public void colourBySequence(AlignmentViewPanel alignmentv)
 495   {
 496     boolean showFeatures = alignmentv.getAlignViewport()
 497             .isShowSequenceFeatures();
 498     if (!colourBySequence || !isLoadingFinished())
 499     {
 500       return;
 501     }
 502     if (getSsm() == null)
 503     {
 504       return;
 505     }
 506     String[] files = getPdbFile();
 507
 508     SequenceRenderer sr = getSequenceRenderer(alignmentv);
 509
 510     FeatureRenderer fr = null;
 511     if (showFeatures)
 512     {
 513       fr = getFeatureRenderer(alignmentv);
 514     }
 515     AlignmentI alignment = alignmentv.getAlignment();
 516
 517     for (jalview.structure.StructureMappingcommandSet cpdbbyseq : getColourBySequenceCommands(
 518             files, sr, fr, alignment))
 519     {
 520       for (String cbyseq : cpdbbyseq.commands)
 521       {
 522         executeWhenReady(cbyseq);
 523       }
 524     }
 525   }
 526
 527   /**
 528    * @param files
 529    * @param sr
 530    * @param fr
 531    * @param alignment
 532    * @return
 533    */
 534   protected StructureMappingcommandSet[] getColourBySequenceCommands(
 535           String[] files, SequenceRenderer sr, FeatureRenderer fr,
 536           AlignmentI alignment)
 537   {
 538     return JmolCommands.getColourBySequenceCommand(getSsm(), files,
 539             getSequence(), sr, fr, alignment);
 540   }
 541
 542   /**
 543    * @param command
 544    */
 545   protected void executeWhenReady(String command)
 546   {
 547     evalStateCommand(command);
 548   }
 549
 550   public void createImage(String file, String type, int quality)
 551   {
 552     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 553   }
 554
 555   public String createImage(String fileName, String type,
 556           Object textOrBytes, int quality)
 557   {
 558     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 559     return null;
 560   }
 561
 562   public String eval(String strEval)
 563   {
 564     // System.out.println(strEval);
 565     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 566     return null;
 567   }
 568
 569   // End StructureListener
 570   // //////////////////////////
 571
 572   public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
 573   {
 574     return null;
 575   }
 576
 577   public float[][][] functionXYZ(String functionName, int nx, int ny, int nz)
 578   {
 579     // TODO Auto-generated method stub
 580     return null;
 581   }
 582
 583   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 584           String pdbfile)
 585   {
 586     if (getModelNum(pdbfile) < 0)
 587     {
 588       return null;
 589     }
 590     // TODO: verify atomIndex is selecting correct model.
 591     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex)); Jmol 12.2.4
 592     int colour = viewer.ms.at[atomIndex].atomPropertyInt(T.color);
 593     return new Color(colour);
 594   }
 595
 596   /**
 597    * returns the current featureRenderer that should be used to colour the
 598    * structures
 599    *
 600    * @param alignment
 601    *
 602    * @return
 603    */
 604   public abstract FeatureRenderer getFeatureRenderer(
 605           AlignmentViewPanel alignment);
 606
 607   /**
 608    * instruct the Jalview binding to update the pdbentries vector if necessary
 609    * prior to matching the jmol view's contents to the list of structure files
 610    * Jalview knows about.
 611    */
 612   public abstract void refreshPdbEntries();
 613
 614   private int getModelNum(String modelFileName)
 615   {
 616     String[] mfn = getPdbFile();
 617     if (mfn == null)
 618     {
 619       return -1;
 620     }
 621     for (int i = 0; i < mfn.length; i++)
 622     {
 623       if (mfn[i].equalsIgnoreCase(modelFileName))
 624       {
 625         return i;
 626       }
 627     }
 628     return -1;
 629   }
 630
 631   /**
 632    * map between index of model filename returned from getPdbFile and the first
 633    * index of models from this file in the viewer. Note - this is not trimmed -
 634    * use getPdbFile to get number of unique models.
 635    */
 636   private int _modelFileNameMap[];
 637
 638   // ////////////////////////////////
 639   // /StructureListener
 640   @Override
 641   public synchronized String[] getPdbFile()
 642   {
 643     if (viewer == null)
 644     {
 645       return new String[0];
 646     }
 647     if (modelFileNames == null)
 648     {
 649       String mset[] = new String[viewer.ms.mc];
 650       _modelFileNameMap = new int[mset.length];
 651       String m = viewer.ms.getModelFileName(0);
 652       if (m != null)
 653       {
 654         mset[0] = m;
 655         try
 656         {
 657           mset[0] = new File(m).getAbsolutePath();
 658         } catch (AccessControlException x)
 659         {
 660           // usually not allowed to do this in applet
 661           System.err
 662                   .println("jmolBinding: Using local file string from Jmol: "
 663                           + m);
 664         }
 665         if (mset[0].indexOf("/file:") != -1)
 666         {
 667           // applet path with docroot - discard as format won't match pdbfile
 668           mset[0] = m;
 669         }
 670         _modelFileNameMap[0] = 0; // filename index for first model is always 0.
 671       }
 672       int j = 1;
 673       for (int i = 1; i < mset.length; i++)
 674       {
 675         m = viewer.ms.getModelFileName(i);
 676         mset[j] = m;
 677         if (m != null)
 678         {
 679           try
 680           {
 681             mset[j] = new File(m).getAbsolutePath();
 682           } catch (AccessControlException x)
 683           {
 684             // usually not allowed to do this in applet, so keep raw handle
 685             // System.err.println("jmolBinding: Using local file string from Jmol: "+m);
 686           }
 687         }
 688         _modelFileNameMap[j] = i; // record the model index for the filename
 689         // skip any additional models in the same file (NMR structures)
 690         if ((mset[j] == null ? mset[j] != mset[j - 1]
 691                 : (mset[j - 1] == null || !mset[j].equals(mset[j - 1]))))
 692         {
 693           j++;
 694         }
 695       }
 696       modelFileNames = new String[j];
 697       System.arraycopy(mset, 0, modelFileNames, 0, j);
 698     }
 699     return modelFileNames;
 700   }
 701
 702   /**
 703    * map from string to applet
 704    */
 705   @Override
 706   public Map<String, Object> getRegistryInfo()
 707   {
 708     // TODO Auto-generated method stub
 709     return null;
 710   }
 711
 712   /**
 713    * returns the current sequenceRenderer that should be used to colour the
 714    * structures
 715    *
 716    * @param alignment
 717    *
 718    * @return
 719    */
 720   public abstract SequenceRenderer getSequenceRenderer(
 721           AlignmentViewPanel alignment);
 722
 723   // ///////////////////////////////
 724   // JmolStatusListener
 725
 726   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 727   {
 728     // jmolpopup.show(x, y);
 729     // jmolpopup.jpiShow(x, y);
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Highlight zero, one or more atoms on the structure
 734    */
 735   @Override
 736   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 737   {
 738     if (atoms != null)
 739     {
 740       for (AtomSpec atom : atoms)
 741       {
 742         highlightAtom(atom.getAtomIndex(), atom.getPdbResNum(),
 743                 atom.getChain(), atom.getPdbFile());
 744       }
 745     }
 746   }
 747
 748   // jmol/ssm only
 749   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 750           String pdbfile)
 751   {
 752     if (modelFileNames == null)
 753     {
 754       return;
 755     }
 756
 757     // look up file model number for this pdbfile
 758     int mdlNum = 0;
 759     // may need to adjust for URLencoding here - we don't worry about that yet.
 760     while (mdlNum < modelFileNames.length
 761             && !pdbfile.equals(modelFileNames[mdlNum]))
 762     {
 763       mdlNum++;
 764     }
 765     if (mdlNum == modelFileNames.length)
 766     {
 767       return;
 768     }
 769
 770     jmolHistory(false);
 771     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 772     // return;
 773     if (resetLastRes.length() > 0)
 774     {
 775       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 776     }
 777
 778     StringBuilder cmd = new StringBuilder(64);
 779     cmd.append("select " + pdbResNum); // +modelNum
 780
 781     resetLastRes.setLength(0);
 782     resetLastRes.append("select " + pdbResNum); // +modelNum
 783
 784     cmd.append(":");
 785     resetLastRes.append(":");
 786     if (!chain.equals(" "))
 787     {
 788       cmd.append(chain);
 789       resetLastRes.append(chain);
 790     }
 791     {
 792       cmd.append(" /" + (mdlNum + 1));
 793       resetLastRes.append("/" + (mdlNum + 1));
 794     }
 795     cmd.append(";wireframe 100;" + cmd.toString() + " and not hetero;");
 796
 797     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 798             + " and not hetero; spacefill 0;");
 799
 800     cmd.append("spacefill 200;select none");
 801
 802     viewer.evalStringQuiet(cmd.toString());
 803     jmolHistory(true);
 804
 805   }
 806
 807   boolean debug = true;
 808
 809   private void jmolHistory(boolean enable)
 810   {
 811     viewer.evalStringQuiet("History " + ((debug || enable) ? "on" : "off"));
 812   }
 813
 814   public void loadInline(String string)
 815   {
 816     loadedInline = true;
 817     // TODO: re JAL-623
 818     // viewer.loadInline(strModel, isAppend);
 819     // could do this:
 820     // construct fake fullPathName and fileName so we can identify the file
 821     // later.
 822     // Then, construct pass a reader for the string to Jmol.
 823     // ((org.jmol.Viewer.Viewer) viewer).loadModelFromFile(fullPathName,
 824     // fileName, null, reader, false, null, null, 0);
 825     viewer.openStringInline(string);
 826   }
 827
 828   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 829   {
 830     int pdbResNum;
 831     int alocsep = strInfo.indexOf("^");
 832     int mdlSep = strInfo.indexOf("/");
 833     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":"), chainSeparator1 = -1;
 834
 835     if (chainSeparator == -1)
 836     {
 837       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 838       if (mdlSep > -1 && mdlSep < chainSeparator)
 839       {
 840         chainSeparator1 = chainSeparator;
 841         chainSeparator = mdlSep;
 842       }
 843     }
 844     // handle insertion codes
 845     if (alocsep != -1)
 846     {
 847       pdbResNum = Integer.parseInt(strInfo.substring(
 848               strInfo.indexOf("]") + 1, alocsep));
 849
 850     }
 851     else
 852     {
 853       pdbResNum = Integer.parseInt(strInfo.substring(
 854               strInfo.indexOf("]") + 1, chainSeparator));
 855     }
 856     String chainId;
 857
 858     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 859     {
 860       chainId = strInfo.substring(strInfo.indexOf(":") + 1,
 861               strInfo.indexOf("."));
 862     }
 863     else
 864     {
 865       chainId = " ";
 866     }
 867
 868     String pdbfilename = modelFileNames[frameNo]; // default is first or current
 869     // model
 870     if (mdlSep > -1)
 871     {
 872       if (chainSeparator1 == -1)
 873       {
 874         chainSeparator1 = strInfo.indexOf(".", mdlSep);
 875       }
 876       String mdlId = (chainSeparator1 > -1) ? strInfo.substring(mdlSep + 1,
 877               chainSeparator1) : strInfo.substring(mdlSep + 1);
 878       try
 879       {
 880         // recover PDB filename for the model hovered over.
 881         int _mp = _modelFileNameMap.length - 1, mnumber = new Integer(mdlId)
 882                 .intValue() - 1;
 883         while (mnumber < _modelFileNameMap[_mp])
 884         {
 885           _mp--;
 886         }
 887         pdbfilename = modelFileNames[_mp];
 888         if (pdbfilename == null)
 889         {
 890           pdbfilename = new File(viewer.ms.getModelFileName(mnumber))
 891                   .getAbsolutePath();
 892         }
 893
 894       } catch (Exception e)
 895       {
 896       }
 897       ;
 898     }
 899     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 900     {
 901       getSsm().mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbfilename);
 902     }
 903
 904     lastMessage = strInfo;
 905   }
 906
 907   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo, String data)
 908   {
 909     if (data != null)
 910     {
 911       System.err.println("Ignoring additional hover info: " + data
 912               + " (other info: '" + strInfo + "' pos " + atomIndex + ")");
 913     }
 914     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 915   }
 916
 917   /*
 918    * { if (history != null && strStatus != null &&
 919    * !strStatus.equals("Script completed")) { history.append("\n" + strStatus);
 920    * } }
 921    */
 922
 923   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo, String strData)
 924   {
 925     /**
 926      * this implements the toggle label behaviour copied from the original
 927      * structure viewer, MCView
 928      */
 929     if (strData != null)
 930     {
 931       System.err.println("Ignoring additional pick data string " + strData);
 932     }
 933     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 934     int p = 0;
 935     if (chainSeparator == -1)
 936     {
 937       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 938     }
 939
 940     String picked = strInfo.substring(strInfo.indexOf("]") + 1,
 941             chainSeparator);
 942     String mdlString = "";
 943     if ((p = strInfo.indexOf(":")) > -1)
 944     {
 945       picked += strInfo.substring(p, strInfo.indexOf("."));
 946     }
 947
 948     if ((p = strInfo.indexOf("/")) > -1)
 949     {
 950       mdlString += strInfo.substring(p, strInfo.indexOf(" #"));
 951     }
 952     picked = "((" + picked + ".CA" + mdlString + ")|(" + picked + ".P"
 953             + mdlString + "))";
 954     jmolHistory(false);
 955
 956     if (!atomsPicked.contains(picked))
 957     {
 958       viewer.evalStringQuiet("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 959       atomsPicked.addElement(picked);
 960     }
 961     else
 962     {
 963       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 964       atomsPicked.removeElement(picked);
 965     }
 966     jmolHistory(true);
 967     // TODO: in application this happens
 968     //
 969     // if (scriptWindow != null)
 970     // {
 971     // scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 972     // scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 973     // }
 974
 975   }
 976
 977   @Override
 978   public void notifyCallback(CBK type, Object[] data)
 979   {
 980     try
 981     {
 982       switch (type)
 983       {
 984       case LOADSTRUCT:
 985         notifyFileLoaded((String) data[1], (String) data[2],
 986                 (String) data[3], (String) data[4],
 987                 ((Integer) data[5]).intValue());
 988
 989         break;
 990       case PICK:
 991         notifyAtomPicked(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1],
 992                 (String) data[0]);
 993         // also highlight in alignment
 994       case HOVER:
 995         notifyAtomHovered(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1],
 996                 (String) data[0]);
 997         break;
 998       case SCRIPT:
 999         notifyScriptTermination((String) data[2],
1000                 ((Integer) data[3]).intValue());
1001         break;
1002       case ECHO:
1003         sendConsoleEcho((String) data[1]);
1004         break;
1005       case MESSAGE:
1006         sendConsoleMessage((data == null) ? ((String) null)
1007                 : (String) data[1]);
1008         break;
1009       case ERROR:
1010         // System.err.println("Ignoring error callback.");
1011         break;
1012       case SYNC:
1013       case RESIZE:
1014         refreshGUI();
1015         break;
1016       case MEASURE:
1017
1018       case CLICK:
1019       default:
1020         System.err.println("Unhandled callback " + type + " "
1021                 + data[1].toString());
1022         break;
1023       }
1024     } catch (Exception e)
1025     {
1026       System.err.println("Squashed Jmol callback handler error:");
1027       e.printStackTrace();
1028     }
1029   }
1030
1031   @Override
1032   public boolean notifyEnabled(CBK callbackPick)
1033   {
1034     switch (callbackPick)
1035     {
1036     case ECHO:
1037     case LOADSTRUCT:
1038     case MEASURE:
1039     case MESSAGE:
1040     case PICK:
1041     case SCRIPT:
1042     case HOVER:
1043     case ERROR:
1044       return true;
1045     default:
1046       return false;
1047     }
1048   }
1049
1050   // incremented every time a load notification is successfully handled -
1051   // lightweight mechanism for other threads to detect when they can start
1052   // referrring to new structures.
1053   private long loadNotifiesHandled = 0;
1054
1055   public long getLoadNotifiesHandled()
1056   {
1057     return loadNotifiesHandled;
1058   }
1059
1060   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName2,
1061           String modelName, String errorMsg, int modelParts)
1062   {
1063     if (errorMsg != null)
1064     {
1065       fileLoadingError = errorMsg;
1066       refreshGUI();
1067       return;
1068     }
1069     // TODO: deal sensibly with models loaded inLine:
1070     // modelName will be null, as will fullPathName.
1071
1072     // the rest of this routine ignores the arguments, and simply interrogates
1073     // the Jmol view to find out what structures it contains, and adds them to
1074     // the structure selection manager.
1075     fileLoadingError = null;
1076     String[] oldmodels = modelFileNames;
1077     modelFileNames = null;
1078     chainNames = new Vector<String>();
1079     chainFile = new Hashtable<String, String>();
1080     boolean notifyLoaded = false;
1081     String[] modelfilenames = getPdbFile();
1082     // first check if we've lost any structures
1083     if (oldmodels != null && oldmodels.length > 0)
1084     {
1085       int oldm = 0;
1086       for (int i = 0; i < oldmodels.length; i++)
1087       {
1088         for (int n = 0; n < modelfilenames.length; n++)
1089         {
1090           if (modelfilenames[n] == oldmodels[i])
1091           {
1092             oldmodels[i] = null;
1093             break;
1094           }
1095         }
1096         if (oldmodels[i] != null)
1097         {
1098           oldm++;
1099         }
1100       }
1101       if (oldm > 0)
1102       {
1103         String[] oldmfn = new String[oldm];
1104         oldm = 0;
1105         for (int i = 0; i < oldmodels.length; i++)
1106         {
1107           if (oldmodels[i] != null)
1108           {
1109             oldmfn[oldm++] = oldmodels[i];
1110           }
1111         }
1112         // deregister the Jmol instance for these structures - we'll add
1113         // ourselves again at the end for the current structure set.
1114         getSsm().removeStructureViewerListener(this, oldmfn);
1115       }
1116     }
1117     refreshPdbEntries();
1118     for (int modelnum = 0; modelnum < modelfilenames.length; modelnum++)
1119     {
1120       String fileName = modelfilenames[modelnum];
1121       boolean foundEntry = false;
1122       MCview.PDBfile pdb = null;
1123       String pdbfile = null;
1124       // model was probably loaded inline - so check the pdb file hashcode
1125       if (loadedInline)
1126       {
1127         // calculate essential attributes for the pdb data imported inline.
1128         // prolly need to resolve modelnumber properly - for now just use our
1129         // 'best guess'
1130         pdbfile = viewer.getData("" + (1 + _modelFileNameMap[modelnum])
1131                 + ".0", "PDB");
1132       }
1133       // search pdbentries and sequences to find correct pdbentry for this
1134       // model
1135       for (int pe = 0; pe < getPdbCount(); pe++)
1136       {
1137         boolean matches = false;
1138         if (fileName == null)
1139         {
1140           if (false)
1141           // see JAL-623 - need method of matching pasted data up
1142           {
1143             pdb = getSsm().setMapping(getSequence()[pe], getChains()[pe],
1144                     pdbfile, AppletFormatAdapter.PASTE);
1145             getPdbEntry(modelnum).setFile("INLINE" + pdb.id);
1146             matches = true;
1147             foundEntry = true;
1148           }
1149         }
1150         else
1151         {
1152           File fl = new File(getPdbEntry(pe).getFile());
1153           matches = fl.equals(new File(fileName));
1154           if (matches)
1155           {
1156             foundEntry = true;
1157             // TODO: Jmol can in principle retrieve from CLASSLOADER but
1158             // this
1159             // needs
1160             // to be tested. See mantis bug
1161             // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36605
1162             String protocol = AppletFormatAdapter.URL;
1163             try
1164             {
1165               if (fl.exists())
1166               {
1167                 protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
1168               }
1169             } catch (Exception e)
1170             {
1171             } catch (Error e)
1172             {
1173             }
1174             // Explicitly map to the filename used by Jmol ;
1175             pdb = getSsm().setMapping(getSequence()[pe], getChains()[pe],
1176                     fileName, protocol);
1177             // pdbentry[pe].getFile(), protocol);
1178
1179           }
1180         }
1181         if (matches)
1182         {
1183           // add an entry for every chain in the model
1184           for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
1185           {
1186             String chid = new String(pdb.id + ":"
1187                     + pdb.chains.elementAt(i).id);
1188             chainFile.put(chid, fileName);
1189             chainNames.addElement(chid);
1190           }
1191           notifyLoaded = true;
1192         }
1193       }
1194
1195       if (!foundEntry && associateNewStructs)
1196       {
1197         // this is a foreign pdb file that jalview doesn't know about - add
1198         // it to the dataset and try to find a home - either on a matching
1199         // sequence or as a new sequence.
1200         String pdbcontent = viewer.getData("/" + (modelnum + 1) + ".1",
1201                 "PDB");
1202         // parse pdb file into a chain, etc.
1203         // locate best match for pdb in associated views and add mapping to
1204         // ssm
1205         // if properly registered then
1206         notifyLoaded = true;
1207
1208       }
1209     }
1210     // FILE LOADED OK
1211     // so finally, update the jmol bits and pieces
1212     // if (jmolpopup != null)
1213     // {
1214     // // potential for deadlock here:
1215     // // jmolpopup.updateComputedMenus();
1216     // }
1217     if (!isLoadingFromArchive())
1218     {
1219       viewer.evalStringQuiet("model *; select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
1220     }
1221     // register ourselves as a listener and notify the gui that it needs to
1222     // update itself.
1223     getSsm().addStructureViewerListener(this);
1224     if (notifyLoaded)
1225     {
1226       FeatureRenderer fr = getFeatureRenderer(null);
1227       if (fr != null)
1228       {
1229         fr.featuresAdded();
1230       }
1231       refreshGUI();
1232       loadNotifiesHandled++;
1233     }
1234     setLoadingFromArchive(false);
1235   }
1236
1237   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
1238   {
1239     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure, null);
1240   }
1241
1242   public abstract void notifyScriptTermination(String strStatus,
1243           int msWalltime);
1244
1245   /**
1246    * display a message echoed from the jmol viewer
1247    *
1248    * @param strEcho
1249    */
1250   public abstract void sendConsoleEcho(String strEcho); /*
1251                                                          * { showConsole(true);
1252                                                          *
1253                                                          * history.append("\n" +
1254                                                          * strEcho); }
1255                                                          */
1256
1257   // /End JmolStatusListener
1258   // /////////////////////////////
1259
1260   /**
1261    * @param strStatus
1262    *          status message - usually the response received after a script
1263    *          executed
1264    */
1265   public abstract void sendConsoleMessage(String strStatus);
1266
1267   public void setCallbackFunction(String callbackType,
1268           String callbackFunction)
1269   {
1270     System.err.println("Ignoring set-callback request to associate "
1271             + callbackType + " with function " + callbackFunction);
1272
1273   }
1274
1275   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
1276   {
1277     colourBySequence = false;
1278
1279     if (cs == null)
1280     {
1281       return;
1282     }
1283
1284     jmolHistory(false);
1285     StringBuilder command = new StringBuilder(128);
1286     command.append("select *;color white;");
1287     List<String> residueSet = ResidueProperties.getResidues(isNucleotide(),
1288             false);
1289     for (String res : residueSet)
1290     {
1291       Color col = cs.findColour(res.charAt(0));
1292       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
1293               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
1294     }
1295
1296     evalStateCommand(command.toString());
1297     jmolHistory(true);
1298   }
1299
1300   public void showHelp()
1301   {
1302     showUrl("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/", "jmolHelp");
1303   }
1304
1305   /**
1306    * open the URL somehow
1307    *
1308    * @param target
1309    */
1310   public abstract void showUrl(String url, String target);
1311
1312   /**
1313    * called when the binding thinks the UI needs to be refreshed after a Jmol
1314    * state change. this could be because structures were loaded, or because an
1315    * error has occured.
1316    */
1317   public abstract void refreshGUI();
1318
1319   /**
1320    * called to show or hide the associated console window container.
1321    *
1322    * @param show
1323    */
1324   public abstract void showConsole(boolean show);
1325
1326   /**
1327    * @param renderPanel
1328    * @param jmolfileio
1329    *          - when true will initialise jmol's file IO system (should be false
1330    *          in applet context)
1331    * @param htmlName
1332    * @param documentBase
1333    * @param codeBase
1334    * @param commandOptions
1335    */
1336   public void allocateViewer(Container renderPanel, boolean jmolfileio,
1337           String htmlName, URL documentBase, URL codeBase,
1338           String commandOptions)
1339   {
1340     allocateViewer(renderPanel, jmolfileio, htmlName, documentBase,
1341             codeBase, commandOptions, null, null);
1342   }
1343
1344   /**
1345    *
1346    * @param renderPanel
1347    * @param jmolfileio
1348    *          - when true will initialise jmol's file IO system (should be false
1349    *          in applet context)
1350    * @param htmlName
1351    * @param documentBase
1352    * @param codeBase
1353    * @param commandOptions
1354    * @param consolePanel
1355    *          - panel to contain Jmol console
1356    * @param buttonsToShow
1357    *          - buttons to show on the console, in ordr
1358    */
1359   public void allocateViewer(Container renderPanel, boolean jmolfileio,
1360           String htmlName, URL documentBase, URL codeBase,
1361           String commandOptions, final Container consolePanel,
1362           String buttonsToShow)
1363   {
1364     if (commandOptions == null)
1365     {
1366       commandOptions = "";
1367     }
1368     viewer = (Viewer) JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
1369             (jmolfileio ? new SmarterJmolAdapter() : null), htmlName
1370                     + ((Object) this).toString(), documentBase, codeBase,
1371             commandOptions, this);
1372
1373     viewer.setJmolStatusListener(this); // extends JmolCallbackListener
1374
1375     console = createJmolConsole(consolePanel, buttonsToShow);
1376     if (consolePanel != null)
1377     {
1378       consolePanel.addComponentListener(this);
1379
1380     }
1381
1382   }
1383
1384   protected abstract JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
1385           Container consolePanel, String buttonsToShow);
1386
1387   protected org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface console = null;
1388
1389   public void setBackgroundColour(java.awt.Color col)
1390   {
1391     jmolHistory(false);
1392     viewer.evalStringQuiet("background [" + col.getRed() + ","
1393             + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
1394     jmolHistory(true);
1395   }
1396
1397   @Override
1398   public Dimension resizeInnerPanel(String data)
1399   {
1400     // Jalview doesn't honour resize panel requests
1401     return null;
1402   }
1403
1404   /**
1405    *
1406    */
1407   protected void closeConsole()
1408   {
1409     if (console != null)
1410     {
1411       try
1412       {
1413         console.setVisible(false);
1414       } catch (Error e)
1415       {
1416       } catch (Exception x)
1417       {
1418       }
1419       ;
1420       console = null;
1421     }
1422   }
1423
1424   /**
1425    * ComponentListener method
1426    */
1427   @Override
1428   public void componentMoved(ComponentEvent e)
1429   {
1430   }
1431
1432   /**
1433    * ComponentListener method
1434    */
1435   @Override
1436   public void componentResized(ComponentEvent e)
1437   {
1438   }
1439
1440   /**
1441    * ComponentListener method
1442    */
1443   @Override
1444   public void componentShown(ComponentEvent e)
1445   {
1446     showConsole(true);
1447   }
1448
1449   /**
1450    * ComponentListener method
1451    */
1452   @Override
1453   public void componentHidden(ComponentEvent e)
1454   {
1455     showConsole(false);
1456   }
1457 }