src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ext.jmol;
  19
  20 import java.io.File;
  21 import java.net.URL;
  22 import java.util.*;
  23 import java.applet.Applet;
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import javax.swing.JPanel;
  28
  29 import jalview.api.FeatureRenderer;
  30 import jalview.api.SequenceRenderer;
  31 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  32 import jalview.datamodel.*;
  33 import jalview.structure.*;
  34 import jalview.io.*;
  35
  36 import org.jmol.api.*;
  37 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  38
  39 import org.jmol.popup.*;
  40 import org.jmol.viewer.JmolConstants;
  41 import org.jmol.viewer.Viewer;
  42
  43 import jalview.schemes.*;
  44
  45 public abstract class JalviewJmolBinding implements StructureListener,
  46         JmolStatusListener, SequenceStructureBinding, JmolSelectionListener, ComponentListener
  47
  48 {
  49   /**
  50    * set if Jmol state is being restored from some source - instructs binding
  51    * not to apply default display style when structure set is updated for first
  52    * time.
  53    */
  54   private boolean loadingFromArchive = false;
  55
  56   /**
  57    * state flag used to check if the Jmol viewer's paint method can be called
  58    */
  59   private boolean finishedInit = false;
  60
  61   public boolean isFinishedInit()
  62   {
  63     return finishedInit;
  64   }
  65
  66   public void setFinishedInit(boolean finishedInit)
  67   {
  68     this.finishedInit = finishedInit;
  69   }
  70
  71   boolean allChainsSelected = false;
  72
  73   /**
  74    * when true, try to search the associated datamodel for sequences that are
  75    * associated with any unknown structures in the Jmol view.
  76    */
  77   private boolean associateNewStructs = false;
  78
  79   Vector atomsPicked = new Vector();
  80
  81   public Vector chainNames;
  82   Hashtable chainFile;
  83
  84   /**
  85    * array of target chains for seuqences - tied to pdbentry and sequence[]
  86    */
  87   protected String[][] chains;
  88
  89   boolean colourBySequence = true;
  90
  91   StringBuffer eval = new StringBuffer();
  92
  93   public String fileLoadingError;
  94
  95   /**
  96    * the default or current model displayed if the model cannot be identified
  97    * from the selection message
  98    */
  99   int frameNo = 0;
 100
 101   protected JmolPopup jmolpopup;
 102
 103   String lastCommand;
 104
 105   String lastMessage;
 106
 107   boolean loadedInline;
 108
 109   /**
 110    * current set of model filenames loaded in the Jmol instance
 111    */
 112   String[] modelFileNames = null;
 113
 114   public PDBEntry[] pdbentry;
 115
 116   /**
 117    * datasource protocol for access to PDBEntry
 118    */
 119   String protocol = null;
 120
 121   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 122
 123   /**
 124    * sequences mapped to each pdbentry
 125    */
 126   public SequenceI[][] sequence;
 127
 128   StructureSelectionManager ssm;
 129
 130   public JmolViewer viewer;
 131
 132   public JalviewJmolBinding(PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 133           String[][] chains, String protocol)
 134   {
 135     this.sequence = sequenceIs;
 136     this.chains = chains;
 137     this.pdbentry = pdbentry;
 138     this.protocol = protocol;
 139     if (chains == null)
 140     {
 141       this.chains = new String[pdbentry.length][];
 142     }
 143     /*
 144      * viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter(),
 145      * "jalviewJmol", ap.av.applet .getDocumentBase(),
 146      * ap.av.applet.getCodeBase(), "", this);
 147      *
 148      * jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, true, "Jmol", true);
 149      */
 150   }
 151
 152   public JalviewJmolBinding(JmolViewer viewer2)
 153   {
 154     viewer = viewer2;
 155     viewer.setJmolStatusListener(this);
 156     viewer.addSelectionListener(this);
 157   }
 158
 159   /**
 160    * construct a title string for the viewer window based on the data jalview
 161    * knows about
 162    *
 163    * @return
 164    */
 165   public String getViewerTitle()
 166   {
 167     if (sequence == null || pdbentry == null || sequence.length < 1
 168             || pdbentry.length < 1 || sequence[0].length < 1)
 169     {
 170       return ("Jalview Jmol Window");
 171     }
 172     // TODO: give a more informative title when multiple structures are
 173     // displayed.
 174     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0][0].getName() + ":"
 175             + pdbentry[0].getId());
 176
 177     if (pdbentry[0].getProperty() != null)
 178     {
 179       if (pdbentry[0].getProperty().get("method") != null)
 180       {
 181         title.append(" Method: ");
 182         title.append(pdbentry[0].getProperty().get("method"));
 183       }
 184       if (pdbentry[0].getProperty().get("chains") != null)
 185       {
 186         title.append(" Chain:");
 187         title.append(pdbentry[0].getProperty().get("chains"));
 188       }
 189     }
 190     return title.toString();
 191   }
 192
 193   /**
 194    * prepare the view for a given set of models/chains. chainList contains
 195    * strings of the form 'pdbfilename:Chaincode'
 196    *
 197    * @param chainList
 198    *          list of chains to make visible
 199    */
 200   public void centerViewer(Vector chainList)
 201   {
 202     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 203     String lbl;
 204     int mlength, p;
 205     for (int i = 0, iSize = chainList.size(); i < iSize; i++)
 206     {
 207       mlength = 0;
 208       lbl = (String) chainList.elementAt(i);
 209       do
 210       {
 211         p = mlength;
 212         mlength = lbl.indexOf(":", p);
 213       } while (p < mlength && mlength < (lbl.length() - 2));
 214       // TODO: lookup each pdb id and recover proper model number for it.
 215       cmd.append(":" +  lbl.substring(mlength + 1) + " /"
 216               + (1+getModelNum((String)chainFile.get(lbl))) + " or ");
 217     }
 218     if (cmd.length() > 0)
 219       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 220     evalStateCommand("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center " + cmd);
 221   }
 222
 223   public void closeViewer()
 224   {
 225     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 226     // remove listeners for all structures in viewer
 227     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 228             .removeStructureViewerListener(this, this.getPdbFile());
 229     // and shut down jmol
 230     viewer.evalStringQuiet("zap");
 231     viewer.setJmolStatusListener(null);
 232     lastCommand = null;
 233     viewer = null;
 234   }
 235
 236   public void colourByChain()
 237   {
 238     colourBySequence = false;
 239     // TODO: colour by chain should colour each chain distinctly across all
 240     // visible models
 241     // TODO: http://issues.jalview.org/browse/JAL-628
 242     evalStateCommand("select *;color chain");
 243   }
 244
 245   public void colourByCharge()
 246   {
 247     colourBySequence = false;
 248     evalStateCommand("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 249             + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 250   }
 251
 252   /**
 253    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 254    * according to their corresponding positions.
 255    */
 256   public void superposeStructures(AlignmentI alignment)
 257   {
 258     superposeStructures(alignment, -1, null);
 259   }
 260
 261   /**
 262    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 263    * according to their corresponding positions. ded)
 264    *
 265    * @param refStructure
 266    *          - select which pdb file to use as reference (default is -1 - the
 267    *          first structure in the alignment)
 268    */
 269   public void superposeStructures(AlignmentI alignment, int refStructure)
 270   {
 271     superposeStructures(alignment, refStructure, null);
 272   }
 273
 274   /**
 275    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 276    * according to their corresponding positions. ded)
 277    *
 278    * @param refStructure
 279    *          - select which pdb file to use as reference (default is -1 - the
 280    *          first structure in the alignment)
 281    * @param hiddenCols
 282    *          TODO
 283    */
 284   public void superposeStructures(AlignmentI alignment, int refStructure,
 285           ColumnSelection hiddenCols)
 286   {
 287     String[] files = getPdbFile();
 288     if (refStructure >= files.length)
 289     {
 290       System.err.println("Invalid reference structure value "
 291               + refStructure);
 292       refStructure = -1;
 293     }
 294     if (refStructure < -1)
 295     {
 296       refStructure = -1;
 297     }
 298     StringBuffer command = new StringBuffer(), selectioncom = new StringBuffer();
 299
 300     boolean matched[] = new boolean[alignment.getWidth()];
 301     for (int m = 0; m < matched.length; m++)
 302     {
 303
 304       matched[m] = (hiddenCols != null) ? hiddenCols.isVisible(m) : true;
 305     }
 306
 307     int commonrpositions[][] = new int[files.length][alignment.getWidth()];
 308     String isel[] = new String[files.length];
 309     // reference structure - all others are superposed in it
 310     String[] targetC = new String[files.length];
 311     for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 312     {
 313       StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(files[pdbfnum]);
 314
 315       if (mapping == null || mapping.length < 1)
 316         continue;
 317
 318       int lastPos = -1;
 319       for (int s = 0; s < sequence[pdbfnum].length; s++)
 320       {
 321         for (int sp, m = 0; m < mapping.length; m++)
 322         {
 323           if (mapping[m].getSequence() == sequence[pdbfnum][s]
 324                   && (sp = alignment.findIndex(sequence[pdbfnum][s])) > -1)
 325           {
 326             if (refStructure == -1)
 327             {
 328               refStructure = pdbfnum;
 329             }
 330             SequenceI asp = alignment.getSequenceAt(sp);
 331             for (int r = 0; r < matched.length; r++)
 332             {
 333               if (!matched[r])
 334               {
 335                 continue;
 336               }
 337               matched[r] = false; // assume this is not a good site
 338               if (r >= asp.getLength())
 339               {
 340                 continue;
 341               }
 342
 343               if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 344               {
 345                 // no mapping to gaps in sequence
 346                 continue;
 347               }
 348               int t = asp.findPosition(r); // sequence position
 349               int apos = mapping[m].getAtomNum(t);
 350               int pos = mapping[m].getPDBResNum(t);
 351
 352               if (pos < 1 || pos == lastPos)
 353               {
 354                 // can't align unmapped sequence
 355                 continue;
 356               }
 357               matched[r] = true; // this is a good ite
 358               lastPos = pos;
 359               // just record this residue position
 360               commonrpositions[pdbfnum][r] = pos;
 361             }
 362             // create model selection suffix
 363             isel[pdbfnum] = "/" + (pdbfnum + 1) + ".1";
 364             if (mapping[m].getChain() == null
 365                     || mapping[m].getChain().trim().length() == 0)
 366             {
 367               targetC[pdbfnum] = "";
 368             }
 369             else
 370             {
 371               targetC[pdbfnum] = ":" + mapping[m].getChain();
 372             }
 373             // move on to next pdb file
 374             s = sequence[pdbfnum].length;
 375             break;
 376           }
 377         }
 378       }
 379     }
 380     String[] selcom = new String[files.length];
 381     int nmatched = 0;
 382     // generate select statements to select regions to superimpose structures
 383     {
 384       for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 385       {
 386         String chainCd = targetC[pdbfnum];
 387         int lpos = -1;
 388         boolean run = false;
 389         StringBuffer molsel = new StringBuffer();
 390         molsel.append("{");
 391         for (int r = 0; r < matched.length; r++)
 392         {
 393           if (matched[r])
 394           {
 395             if (pdbfnum == 0)
 396             {
 397               nmatched++;
 398             }
 399             if (lpos != commonrpositions[pdbfnum][r] - 1)
 400             {
 401               // discontinuity
 402               if (lpos != -1)
 403               {
 404                 molsel.append(lpos);
 405                 molsel.append(chainCd);
 406                 // molsel.append("} {");
 407                 molsel.append("|");
 408               }
 409             }
 410             else
 411             {
 412               // continuous run - and lpos >-1
 413               if (!run)
 414               {
 415                 // at the beginning, so add dash
 416                 molsel.append(lpos);
 417                 molsel.append("-");
 418               }
 419               run = true;
 420             }
 421             lpos = commonrpositions[pdbfnum][r];
 422             // molsel.append(lpos);
 423           }
 424         }
 425         // add final selection phrase
 426         if (lpos != -1)
 427         {
 428           molsel.append(lpos);
 429           molsel.append(chainCd);
 430           molsel.append("}");
 431         }
 432         selcom[pdbfnum] = molsel.toString();
 433         selectioncom.append("((");
 434         selectioncom.append(selcom[pdbfnum].substring(1,
 435                 selcom[pdbfnum].length() - 1));
 436         selectioncom.append(" )& ");
 437         selectioncom.append(pdbfnum + 1);
 438         selectioncom.append(".1)");
 439         if (pdbfnum < files.length - 1)
 440         {
 441           selectioncom.append("|");
 442         }
 443       }
 444     }
 445     // TODO: consider bailing if nmatched less than 4 because superposition not
 446     // well defined.
 447     // TODO: refactor superposable position search (above) from jmol selection
 448     // construction (below)
 449     for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 450     {
 451       if (pdbfnum == refStructure)
 452       {
 453         continue;
 454       }
 455       command.append("compare ");
 456       command.append("{");
 457       command.append(1 + pdbfnum);
 458       command.append(".1} {");
 459       command.append(1 + refStructure);
 460       command.append(".1} SUBSET {*.CA | *.P} ATOMS ");
 461
 462       // form the matched pair strings
 463       String sep = "";
 464       for (int s = 0; s < 2; s++)
 465       {
 466         command.append(selcom[(s == 0 ? pdbfnum : refStructure)]);
 467       }
 468       command.append(" ROTATE TRANSLATE;\n");
 469     }
 470     System.out.println("Select regions:\n" + selectioncom.toString());
 471     evalStateCommand("select *; cartoons off; backbone; select ("
 472             + selectioncom.toString() + "); cartoons; ");
 473     // selcom.append("; ribbons; ");
 474     System.out.println("Superimpose command(s):\n" + command.toString());
 475
 476     evalStateCommand(command.toString());
 477
 478     // evalStateCommand("select *; backbone; select "+selcom.toString()+"; cartoons; center "+selcom.toString());
 479   }
 480
 481   public void evalStateCommand(String command)
 482   {
 483     jmolHistory(false);
 484     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command))
 485     {
 486       viewer.evalStringQuiet(command + "\n");
 487     }
 488     jmolHistory(true);
 489     lastCommand = command;
 490   }
 491
 492   /**
 493    * colour any structures associated with sequences in the given alignment
 494    * using the getFeatureRenderer() and getSequenceRenderer() renderers but only
 495    * if colourBySequence is enabled.
 496    */
 497   public void colourBySequence(boolean showFeatures, AlignmentI alignment)
 498   {
 499     if (!colourBySequence)
 500       return;
 501     if (ssm == null)
 502     {
 503       return;
 504     }
 505     String[] files = getPdbFile();
 506     SequenceRenderer sr = getSequenceRenderer();
 507
 508     FeatureRenderer fr = null;
 509     if (showFeatures)
 510     {
 511       fr = getFeatureRenderer();
 512     }
 513
 514     StringBuffer command = new StringBuffer();
 515
 516     for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 517     {
 518       StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(files[pdbfnum]);
 519
 520       if (mapping == null || mapping.length < 1)
 521         continue;
 522
 523       int lastPos = -1;
 524       for (int s = 0; s < sequence[pdbfnum].length; s++)
 525       {
 526         for (int sp, m = 0; m < mapping.length; m++)
 527         {
 528           if (mapping[m].getSequence() == sequence[pdbfnum][s]
 529                   && (sp = alignment.findIndex(sequence[pdbfnum][s])) > -1)
 530           {
 531             SequenceI asp = alignment.getSequenceAt(sp);
 532             for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 533             {
 534               // no mapping to gaps in sequence
 535               if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 536               {
 537                 continue;
 538               }
 539               int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 540
 541               if (pos < 1 || pos == lastPos)
 542                 continue;
 543
 544               lastPos = pos;
 545
 546               Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[pdbfnum][s], r);
 547
 548               if (showFeatures && fr!=null)
 549                 col = fr.findFeatureColour(col, sequence[pdbfnum][s], r);
 550               String newSelcom = (mapping[m].getChain() != " " ? ":"
 551                       + mapping[m].getChain() : "")
 552                       + "/"
 553                       + (pdbfnum + 1)
 554                       + ".1"
 555                       + ";color["
 556                       + col.getRed()
 557                       + ","
 558                       + col.getGreen()
 559                       + ","
 560                       + col.getBlue() + "]";
 561               if (command.toString().endsWith(newSelcom))
 562               {
 563                 command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 564                 continue;
 565               }
 566               // TODO: deal with case when buffer is too large for Jmol to parse
 567               // - execute command and flush
 568
 569               command.append(";select " + pos);
 570               command.append(newSelcom);
 571             }
 572             break;
 573           }
 574         }
 575       }
 576     }
 577     evalStateCommand(command.toString());
 578   }
 579
 580   public boolean isColourBySequence()
 581   {
 582     return colourBySequence;
 583   }
 584
 585   public void setColourBySequence(boolean colourBySequence)
 586   {
 587     this.colourBySequence = colourBySequence;
 588   }
 589
 590   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 591   {
 592
 593     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0,
 594             command.lastIndexOf("select") + 7));
 595
 596     command = command.substring(sb.length());
 597
 598     String start;
 599
 600     if (command.indexOf("-") > -1)
 601     {
 602       start = command.substring(0, command.indexOf("-"));
 603     }
 604     else
 605     {
 606       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 607     }
 608
 609     sb.append(start + "-" + pos + command.substring(command.indexOf(":")));
 610
 611     return sb;
 612   }
 613
 614   public void createImage(String file, String type, int quality)
 615   {
 616     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 617   }
 618
 619   public String createImage(String fileName, String type,
 620           Object textOrBytes, int quality)
 621   {
 622     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 623     return null;
 624   }
 625
 626   public String eval(String strEval)
 627   {
 628     // System.out.println(strEval);
 629     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 630     return null;
 631   }
 632
 633   // End StructureListener
 634   // //////////////////////////
 635
 636   public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
 637   {
 638     return null;
 639   }
 640
 641   public float[][][] functionXYZ(String functionName, int nx, int ny, int nz)
 642   {
 643     // TODO Auto-generated method stub
 644     return null;
 645   }
 646
 647   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 648           String pdbfile)
 649   {
 650     if (getModelNum(pdbfile) < 0)
 651       return null;
 652     // TODO: verify atomIndex is selecting correct model.
 653     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 654   }
 655
 656   /**
 657    * returns the current featureRenderer that should be used to colour the
 658    * structures
 659    *
 660    * @return
 661    */
 662   public abstract FeatureRenderer getFeatureRenderer();
 663
 664   /**
 665    * instruct the Jalview binding to update the pdbentries vector if necessary
 666    * prior to matching the jmol view's contents to the list of structure files
 667    * Jalview knows about.
 668    */
 669   public abstract void refreshPdbEntries();
 670
 671   private int getModelNum(String modelFileName)
 672   {
 673     String[] mfn = getPdbFile();
 674     if (mfn == null)
 675     {
 676       return -1;
 677     }
 678     for (int i = 0; i < mfn.length; i++)
 679     {
 680       if (mfn[i].equalsIgnoreCase(modelFileName))
 681         return i;
 682     }
 683     return -1;
 684   }
 685
 686   /**
 687    * map between index of model filename returned from getPdbFile and the first
 688    * index of models from this file in the viewer. Note - this is not trimmed -
 689    * use getPdbFile to get number of unique models.
 690    */
 691   private int _modelFileNameMap[];
 692
 693   // ////////////////////////////////
 694   // /StructureListener
 695   public synchronized String[] getPdbFile()
 696   {
 697     if (viewer == null)
 698     {
 699       return new String[0];
 700     }
 701     if (modelFileNames == null)
 702     {
 703
 704       String mset[] = new String[viewer.getModelCount()];
 705       _modelFileNameMap = new int[mset.length];
 706       int j = 1;
 707       mset[0] = viewer.getModelFileName(0);
 708       for (int i = 1; i < mset.length; i++)
 709       {
 710         mset[j] = viewer.getModelFileName(i);
 711         _modelFileNameMap[j] = i; // record the model index for the filename
 712         // skip any additional models in the same file (NMR structures)
 713         if ((mset[j] == null ? mset[j] != mset[j - 1]
 714                 : (mset[j - 1] == null || !mset[j].equals(mset[j - 1]))))
 715         {
 716           j++;
 717         }
 718       }
 719       modelFileNames = new String[j];
 720       System.arraycopy(mset, 0, modelFileNames, 0, j);
 721     }
 722     return modelFileNames;
 723   }
 724
 725   /**
 726    * map from string to applet
 727    */
 728   public Map getRegistryInfo()
 729   {
 730     // TODO Auto-generated method stub
 731     return null;
 732   }
 733
 734   /**
 735    * returns the current sequenceRenderer that should be used to colour the
 736    * structures
 737    *
 738    * @return
 739    */
 740   public abstract SequenceRenderer getSequenceRenderer();
 741
 742   // ///////////////////////////////
 743   // JmolStatusListener
 744
 745   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 746   {
 747     jmolpopup.show(x, y);
 748   }
 749
 750   // jmol/ssm only
 751   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 752           String pdbfile)
 753   {
 754     if (modelFileNames == null)
 755     {
 756       return;
 757     }
 758
 759     // look up file model number for this pdbfile
 760     int mdlNum = 0;
 761     String fn;
 762     // may need to adjust for URLencoding here - we don't worry about that yet.
 763     while (mdlNum < modelFileNames.length
 764             && !pdbfile.equals(modelFileNames[mdlNum]))
 765     {
 766       // System.out.println("nomatch:"+pdbfile+"\nmodelfn:"+fn);
 767       mdlNum++;
 768     }
 769     if (mdlNum == modelFileNames.length)
 770     {
 771       return;
 772     }
 773
 774     jmolHistory(false);
 775     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 776     // return;
 777     if (resetLastRes.length() > 0)
 778     {
 779       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 780     }
 781
 782     eval.setLength(0);
 783     eval.append("select " + pdbResNum); // +modelNum
 784
 785     resetLastRes.setLength(0);
 786     resetLastRes.append("select " + pdbResNum); // +modelNum
 787
 788     eval.append(":");
 789     resetLastRes.append(":");
 790     if (!chain.equals(" "))
 791     {
 792       eval.append(chain);
 793       resetLastRes.append(chain);
 794     }
 795     {
 796       eval.append(" /" + (mdlNum + 1));
 797       resetLastRes.append("/" + (mdlNum + 1));
 798     }
 799     eval.append(";wireframe 100;" + eval.toString() + " and not hetero;");
 800
 801     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 802             + " and not hetero; spacefill 0;");
 803
 804     eval.append("spacefill 200;select none");
 805
 806     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 807     jmolHistory(true);
 808
 809   }
 810
 811   boolean debug = true;
 812
 813   private void jmolHistory(boolean enable)
 814   {
 815     viewer.evalStringQuiet("History " + ((debug || enable) ? "on" : "off"));
 816   }
 817
 818   public void loadInline(String string)
 819   {
 820     loadedInline = true;
 821     // TODO: re JAL-623
 822     // viewer.loadInline(strModel, isAppend);
 823     // could do this:
 824     // construct fake fullPathName and fileName so we can identify the file
 825     // later.
 826     // Then, construct pass a reader for the string to Jmol.
 827     // ((org.jmol.Viewer.Viewer) viewer).loadModelFromFile(fullPathName,
 828     // fileName, null, reader, false, null, null, 0);
 829     viewer.openStringInline(string);
 830   }
 831
 832   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 833   {
 834     int pdbResNum;
 835     int mdlSep = strInfo.indexOf("/");
 836     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":"), chainSeparator1 = -1;
 837
 838     if (chainSeparator == -1)
 839     {
 840       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 841       if (mdlSep > -1 && mdlSep < chainSeparator)
 842       {
 843         chainSeparator1 = chainSeparator;
 844         chainSeparator = mdlSep;
 845       }
 846     }
 847     pdbResNum = Integer.parseInt(strInfo.substring(
 848             strInfo.indexOf("]") + 1, chainSeparator));
 849
 850     String chainId;
 851
 852     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 853       chainId = strInfo.substring(strInfo.indexOf(":") + 1,
 854               strInfo.indexOf("."));
 855     else
 856     {
 857       chainId = " ";
 858     }
 859
 860     String pdbfilename = modelFileNames[frameNo]; // default is first or current
 861     // model
 862     if (mdlSep > -1)
 863     {
 864       if (chainSeparator1 == -1)
 865       {
 866         chainSeparator1 = strInfo.indexOf(".", mdlSep);
 867       }
 868       String mdlId = (chainSeparator1 > -1) ? strInfo.substring(mdlSep + 1,
 869               chainSeparator1) : strInfo.substring(mdlSep + 1);
 870       try
 871       {
 872         // recover PDB filename for the model hovered over.
 873         pdbfilename = viewer
 874                 .getModelFileName(new Integer(mdlId).intValue() - 1);
 875       } catch (Exception e)
 876       {
 877       }
 878       ;
 879     }
 880     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 881       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbfilename);
 882
 883     lastMessage = strInfo;
 884   }
 885
 886   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo, String data)
 887   {
 888     if (data != null)
 889     {
 890       System.err.println("Ignoring additional hover info: " + data
 891               + " (other info: '" + strInfo + "' pos " + atomIndex + ")");
 892     }
 893     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 894   }
 895
 896   /*
 897    * { if (history != null && strStatus != null &&
 898    * !strStatus.equals("Script completed")) { history.append("\n" + strStatus);
 899    * } }
 900    */
 901
 902   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo, String strData)
 903   {
 904     /**
 905      * this implements the toggle label behaviour copied from the original
 906      * structure viewer, MCView
 907      */
 908     if (strData != null)
 909     {
 910       System.err.println("Ignoring additional pick data string " + strData);
 911     }
 912     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 913     int p = 0;
 914     if (chainSeparator == -1)
 915       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 916
 917     String picked = strInfo.substring(strInfo.indexOf("]") + 1,
 918             chainSeparator);
 919     String mdlString = "";
 920     if ((p = strInfo.indexOf(":")) > -1)
 921       picked += strInfo.substring(p + 1, strInfo.indexOf("."));
 922
 923     if ((p = strInfo.indexOf("/")) > -1)
 924     {
 925       mdlString += strInfo.substring(p, strInfo.indexOf(" #"));
 926     }
 927     picked = "((" + picked + ".CA" + mdlString + ")|(" + picked + ".P"
 928             + mdlString + "))";
 929     jmolHistory(false);
 930
 931     if (!atomsPicked.contains(picked))
 932     {
 933       viewer.evalStringQuiet("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 934       atomsPicked.addElement(picked);
 935     }
 936     else
 937     {
 938       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 939       atomsPicked.removeElement(picked);
 940     }
 941     jmolHistory(true);
 942     // TODO: in application this happens
 943     //
 944     // if (scriptWindow != null)
 945     // {
 946     // scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 947     // scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 948     // }
 949
 950   }
 951
 952   public void notifyCallback(int type, Object[] data)
 953   {
 954     try
 955     {
 956       switch (type)
 957       {
 958       case JmolConstants.CALLBACK_LOADSTRUCT:
 959         notifyFileLoaded((String) data[1], (String) data[2],
 960                 (String) data[3], (String) data[4],
 961                 ((Integer) data[5]).intValue());
 962
 963         break;
 964       case JmolConstants.CALLBACK_PICK:
 965         notifyAtomPicked(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1],
 966                 (String) data[0]);
 967         // also highlight in alignment
 968       case JmolConstants.CALLBACK_HOVER:
 969         notifyAtomHovered(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1],
 970                 (String) data[0]);
 971         break;
 972       case JmolConstants.CALLBACK_SCRIPT:
 973         notifyScriptTermination((String) data[2],
 974                 ((Integer) data[3]).intValue());
 975         break;
 976       case JmolConstants.CALLBACK_ECHO:
 977         sendConsoleEcho((String) data[1]);
 978         break;
 979       case JmolConstants.CALLBACK_MESSAGE:
 980         sendConsoleMessage((data == null) ? ((String) null)
 981                 : (String) data[1]);
 982         break;
 983       case JmolConstants.CALLBACK_ERROR:
 984         // System.err.println("Ignoring error callback.");
 985         break;
 986       case JmolConstants.CALLBACK_SYNC:
 987       case JmolConstants.CALLBACK_RESIZE:
 988         refreshGUI();
 989         break;
 990       case JmolConstants.CALLBACK_MEASURE:
 991
 992       case JmolConstants.CALLBACK_CLICK:
 993       default:
 994         System.err.println("Unhandled callback " + type + " "
 995                 + data[1].toString());
 996         break;
 997       }
 998     } catch (Exception e)
 999     {
1000       System.err.println("Squashed Jmol callback handler error:");
1001       e.printStackTrace();
1002     }
1003   }
1004
1005   public boolean notifyEnabled(int callbackPick)
1006   {
1007     switch (callbackPick)
1008     {
1009     case JmolConstants.CALLBACK_ECHO:
1010     case JmolConstants.CALLBACK_LOADSTRUCT:
1011     case JmolConstants.CALLBACK_MEASURE:
1012     case JmolConstants.CALLBACK_MESSAGE:
1013     case JmolConstants.CALLBACK_PICK:
1014     case JmolConstants.CALLBACK_SCRIPT:
1015     case JmolConstants.CALLBACK_HOVER:
1016     case JmolConstants.CALLBACK_ERROR:
1017       return true;
1018     case JmolConstants.CALLBACK_RESIZE:
1019     case JmolConstants.CALLBACK_SYNC:
1020     case JmolConstants.CALLBACK_CLICK:
1021     case JmolConstants.CALLBACK_ANIMFRAME:
1022     case JmolConstants.CALLBACK_MINIMIZATION:
1023     }
1024     return false;
1025   }
1026
1027   // incremented every time a load notification is successfully handled -
1028   // lightweight mechanism for other threads to detect when they can start
1029   // referrring to new structures.
1030   private long loadNotifiesHandled = 0;
1031
1032   public long getLoadNotifiesHandled()
1033   {
1034     return loadNotifiesHandled;
1035   }
1036
1037   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName2,
1038           String modelName, String errorMsg, int modelParts)
1039   {
1040     if (errorMsg != null)
1041     {
1042       fileLoadingError = errorMsg;
1043       refreshGUI();
1044       return;
1045     }
1046     // TODO: deal sensibly with models loaded inLine:
1047     // modelName will be null, as will fullPathName.
1048
1049     // the rest of this routine ignores the arguments, and simply interrogates
1050     // the Jmol view to find out what structures it contains, and adds them to
1051     // the structure selection manager.
1052     fileLoadingError = null;
1053     String[] oldmodels = modelFileNames;
1054     modelFileNames = null;
1055     chainNames = new Vector();
1056     chainFile = new Hashtable();
1057     boolean notifyLoaded = false;
1058     String[] modelfilenames = getPdbFile();
1059     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
1060     // first check if we've lost any structures
1061     if (oldmodels != null && oldmodels.length > 0)
1062     {
1063       int oldm = 0;
1064       for (int i = 0; i < oldmodels.length; i++)
1065       {
1066         for (int n = 0; n < modelfilenames.length; n++)
1067         {
1068           if (modelfilenames[n] == oldmodels[i])
1069           {
1070             oldmodels[i] = null;
1071             break;
1072           }
1073         }
1074         if (oldmodels[i] != null)
1075         {
1076           oldm++;
1077         }
1078       }
1079       if (oldm > 0)
1080       {
1081         String[] oldmfn = new String[oldm];
1082         oldm = 0;
1083         for (int i = 0; i < oldmodels.length; i++)
1084         {
1085           if (oldmodels[i] != null)
1086           {
1087             oldmfn[oldm++] = oldmodels[i];
1088           }
1089         }
1090         // deregister the Jmol instance for these structures - we'll add
1091         // ourselves again at the end for the current structure set.
1092         ssm.removeStructureViewerListener(this, oldmfn);
1093       }
1094     }
1095     refreshPdbEntries();
1096     for (int modelnum = 0; modelnum < modelfilenames.length; modelnum++)
1097     {
1098       String fileName = modelfilenames[modelnum];
1099       boolean foundEntry = false;
1100       MCview.PDBfile pdb = null;
1101       String pdbfile = null, pdbfhash = null;
1102       // model was probably loaded inline - so check the pdb file hashcode
1103       if (loadedInline)
1104       {
1105         // calculate essential attributes for the pdb data imported inline.
1106         // prolly need to resolve modelnumber properly - for now just use our
1107         // 'best guess'
1108         pdbfile = viewer.getData("" + (1 + _modelFileNameMap[modelnum])
1109                 + ".0", "PDB");
1110         pdbfhash = "" + pdbfile.hashCode();
1111       }
1112       if (pdbentry != null)
1113       {
1114         // search pdbentries and sequences to find correct pdbentry for this
1115         // model
1116         for (int pe = 0; pe < pdbentry.length; pe++)
1117         {
1118           boolean matches = false;
1119           if (fileName == null)
1120           {
1121             if (false)
1122             // see JAL-623 - need method of matching pasted data up
1123             {
1124               pdb = ssm.setMapping(sequence[pe], chains[pe], pdbfile,
1125                       AppletFormatAdapter.PASTE);
1126               pdbentry[modelnum].setFile("INLINE" + pdb.id);
1127               matches = true;
1128               foundEntry = true;
1129             }
1130           }
1131           else
1132           {
1133             if (matches = pdbentry[pe].getFile().equals(fileName))
1134             {
1135               foundEntry = true;
1136               // TODO: Jmol can in principle retrieve from CLASSLOADER but
1137               // this
1138               // needs
1139               // to be tested. See mantis bug
1140               // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36605
1141               String protocol = AppletFormatAdapter.URL;
1142               try
1143               {
1144                 File fl = new java.io.File(pdbentry[pe].getFile());
1145                 if (fl.exists())
1146                 {
1147                   protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
1148                 }
1149               } catch (Exception e)
1150               {
1151               } catch (Error e)
1152               {
1153               }
1154               ;
1155               pdb = ssm.setMapping(sequence[pe], chains[pe],
1156                       pdbentry[pe].getFile(), protocol);
1157
1158             }
1159           }
1160           if (matches)
1161           {
1162             pdbentry[pe].setId(pdb.id);
1163             // add an entry for every chain in the model
1164             for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
1165             {
1166               String chid = new String(pdb.id + ":"
1167                       + ((MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
1168               chainFile.put(chid, pdbentry[pe].getFile());
1169               chainNames.addElement(chid);
1170             }
1171             notifyLoaded = true;
1172           }
1173         }
1174       }
1175       if (!foundEntry && associateNewStructs)
1176       {
1177         // this is a foreign pdb file that jalview doesn't know about - add
1178         // it to the dataset and try to find a home - either on a matching
1179         // sequence or as a new sequence.
1180         String pdbcontent = viewer.getData("/" + (modelnum + 1) + ".1",
1181                 "PDB");
1182         // parse pdb file into a chain, etc.
1183         // locate best match for pdb in associated views and add mapping to
1184         // ssm
1185         // if properly registered then
1186         notifyLoaded = true;
1187
1188       }
1189     }
1190     // FILE LOADED OK
1191     // so finally, update the jmol bits and pieces
1192     if (jmolpopup != null)
1193     {
1194       // potential for deadlock here:
1195       // jmolpopup.updateComputedMenus();
1196     }
1197     if (!isLoadingFromArchive())
1198     {
1199       viewer.evalStringQuiet("model 0; select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
1200     }
1201     setLoadingFromArchive(false);
1202     // register ourselves as a listener and notify the gui that it needs to
1203     // update itself.
1204     ssm.addStructureViewerListener(this);
1205     if (notifyLoaded)
1206     {
1207       FeatureRenderer fr = getFeatureRenderer();
1208       if (fr != null)
1209       {
1210         fr.featuresAdded();
1211       }
1212       refreshGUI();
1213       loadNotifiesHandled++;
1214     }
1215   }
1216
1217   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
1218   {
1219     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure, null);
1220   }
1221
1222   public abstract void notifyScriptTermination(String strStatus,
1223           int msWalltime);
1224
1225   /**
1226    * display a message echoed from the jmol viewer
1227    *
1228    * @param strEcho
1229    */
1230   public abstract void sendConsoleEcho(String strEcho); /*
1231                                                          * { showConsole(true);
1232                                                          *
1233                                                          * history.append("\n" +
1234                                                          * strEcho); }
1235                                                          */
1236
1237   // /End JmolStatusListener
1238   // /////////////////////////////
1239
1240   /**
1241    * @param strStatus
1242    *          status message - usually the response received after a script
1243    *          executed
1244    */
1245   public abstract void sendConsoleMessage(String strStatus);
1246
1247   public void setCallbackFunction(String callbackType,
1248           String callbackFunction)
1249   {
1250     System.err.println("Ignoring set-callback request to associate "
1251             + callbackType + " with function " + callbackFunction);
1252
1253   }
1254
1255   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
1256   {
1257     colourBySequence = false;
1258
1259     if (cs == null)
1260       return;
1261
1262     String res;
1263     int index;
1264     Color col;
1265     jmolHistory(false);
1266     // TODO: Switch between nucleotide or aa selection expressions
1267     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
1268     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
1269     while (en.hasMoreElements())
1270     {
1271       res = en.nextElement().toString();
1272       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
1273       if (index > 20)
1274         continue;
1275
1276       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
1277
1278       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
1279               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
1280     }
1281
1282     evalStateCommand(command.toString());
1283     jmolHistory(true);
1284   }
1285
1286   public void showHelp()
1287   {
1288     showUrl("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/", "jmolHelp");
1289   }
1290
1291   /**
1292    * open the URL somehow
1293    *
1294    * @param target
1295    */
1296   public abstract void showUrl(String url, String target);
1297
1298   /**
1299    * called when the binding thinks the UI needs to be refreshed after a Jmol
1300    * state change. this could be because structures were loaded, or because an
1301    * error has occured.
1302    */
1303   public abstract void refreshGUI();
1304
1305   /**
1306    * called to show or hide the associated console window container.
1307    *
1308    * @param show
1309    */
1310   public abstract void showConsole(boolean show);
1311
1312   /**
1313    * @param renderPanel
1314    * @param jmolfileio
1315    *          - when true will initialise jmol's file IO system (should be false
1316    *          in applet context)
1317    * @param htmlName
1318    * @param documentBase
1319    * @param codeBase
1320    * @param commandOptions
1321    */
1322   public void allocateViewer(Component renderPanel, boolean jmolfileio,
1323           String htmlName, URL documentBase, URL codeBase,
1324           String commandOptions)
1325   {
1326     allocateViewer(renderPanel, jmolfileio, htmlName, documentBase,
1327             codeBase, commandOptions, null, null);
1328   }
1329
1330   /**
1331    *
1332    * @param renderPanel
1333    * @param jmolfileio
1334    *          - when true will initialise jmol's file IO system (should be false
1335    *          in applet context)
1336    * @param htmlName
1337    * @param documentBase
1338    * @param codeBase
1339    * @param commandOptions
1340    * @param consolePanel
1341    *          - panel to contain Jmol console
1342    * @param buttonsToShow
1343    *          - buttons to show on the console, in ordr
1344    */
1345   public void allocateViewer(Component renderPanel, boolean jmolfileio,
1346           String htmlName, URL documentBase, URL codeBase,
1347           String commandOptions, final Container consolePanel,
1348           String buttonsToShow)
1349   {
1350     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
1351             (jmolfileio ? new SmarterJmolAdapter() : null), htmlName
1352                     + ((Object) this).toString(), documentBase, codeBase,
1353             commandOptions, this);
1354
1355     console = createJmolConsole(viewer, consolePanel, buttonsToShow);
1356     if (consolePanel != null)
1357     {
1358       consolePanel.addComponentListener(this);
1359
1360     }
1361
1362
1363   }
1364
1365   protected abstract JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
1366           JmolViewer viewer2, Container consolePanel, String buttonsToShow);
1367
1368   protected org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface console = null;
1369
1370 @Override
1371 public void componentResized(ComponentEvent e)
1372 {
1373
1374 }
1375
1376 @Override
1377 public void componentMoved(ComponentEvent e)
1378 {
1379
1380 }
1381
1382 @Override
1383 public void componentShown(ComponentEvent e)
1384 {
1385   showConsole(true);
1386 }
1387
1388 @Override
1389 public void componentHidden(ComponentEvent e)
1390 {
1391   showConsole(false);
1392 }
1393
1394
1395   public void setLoadingFromArchive(boolean loadingFromArchive)
1396   {
1397     this.loadingFromArchive = loadingFromArchive;
1398   }
1399
1400   public boolean isLoadingFromArchive()
1401   {
1402     return loadingFromArchive;
1403   }
1404
1405   public void setBackgroundColour(java.awt.Color col)
1406   {
1407     jmolHistory(false);
1408     viewer.evalStringQuiet("background [" + col.getRed() + ","
1409             + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
1410     jmolHistory(true);
1411   }
1412
1413   /**
1414    * add structures and any known sequence associations
1415    *
1416    * @returns the pdb entries added to the current set.
1417    */
1418   public synchronized PDBEntry[] addSequenceAndChain(PDBEntry[] pdbe,
1419           SequenceI[][] seq, String[][] chns)
1420   {
1421     int pe = -1;
1422     Vector v = new Vector();
1423     Vector rtn = new Vector();
1424     for (int i = 0; i < pdbentry.length; i++)
1425     {
1426       v.addElement(pdbentry[i]);
1427     }
1428     for (int i = 0; i < pdbe.length; i++)
1429     {
1430       int r = v.indexOf(pdbe[i]);
1431       if (r == -1 || r >= pdbentry.length)
1432       {
1433         rtn.addElement(new int[]
1434         { v.size(), i });
1435         v.addElement(pdbe[i]);
1436       }
1437       else
1438       {
1439         // just make sure the sequence/chain entries are all up to date
1440         addSequenceAndChain(r, seq[i], chns[i]);
1441       }
1442     }
1443     pdbe = new PDBEntry[v.size()];
1444     v.copyInto(pdbe);
1445     pdbentry = pdbe;
1446     if (rtn.size() > 0)
1447     {
1448       // expand the tied seuqence[] and string[] arrays
1449       SequenceI[][] sqs = new SequenceI[pdbentry.length][];
1450       String[][] sch = new String[pdbentry.length][];
1451       System.arraycopy(sequence, 0, sqs, 0, sequence.length);
1452       System.arraycopy(chains, 0, sch, 0, this.chains.length);
1453       sequence = sqs;
1454       chains = sch;
1455       pdbe = new PDBEntry[rtn.size()];
1456       for (int r = 0; r < pdbe.length; r++)
1457       {
1458         int[] stri = ((int[]) rtn.elementAt(r));
1459         // record the pdb file as a new addition
1460         pdbe[r] = pdbentry[stri[0]];
1461         // and add the new sequence/chain entries
1462         addSequenceAndChain(stri[0], seq[stri[1]], chns[stri[1]]);
1463       }
1464     }
1465     else
1466     {
1467       pdbe = null;
1468     }
1469     return pdbe;
1470   }
1471
1472   public void addSequence(int pe, SequenceI[] seq)
1473   {
1474     // add sequences to the pe'th pdbentry's seuqence set.
1475     addSequenceAndChain(pe, seq, null);
1476   }
1477
1478   private void addSequenceAndChain(int pe, SequenceI[] seq, String[] tchain)
1479   {
1480     if (pe < 0 || pe >= pdbentry.length)
1481     {
1482       throw new Error(
1483               "Implementation error - no corresponding pdbentry (for index "
1484                       + pe + ") to add sequences mappings to");
1485     }
1486     final String nullChain = "TheNullChain";
1487     Vector s = new Vector();
1488     Vector c = new Vector();
1489     if (chains == null)
1490     {
1491       chains = new String[pdbentry.length][];
1492     }
1493     if (sequence[pe] != null)
1494     {
1495       for (int i = 0; i < sequence[pe].length; i++)
1496       {
1497         s.addElement(sequence[pe][i]);
1498         if (chains[pe] != null)
1499         {
1500           if (i < chains[pe].length)
1501           {
1502             c.addElement(chains[pe][i]);
1503           }
1504           else
1505           {
1506             c.addElement(nullChain);
1507           }
1508         }
1509         else
1510         {
1511           if (tchain != null && tchain.length > 0)
1512           {
1513             c.addElement(nullChain);
1514           }
1515         }
1516       }
1517     }
1518     for (int i = 0; i < seq.length; i++)
1519     {
1520       if (!s.contains(seq[i]))
1521       {
1522         s.addElement(seq[i]);
1523         if (tchain != null && i < tchain.length)
1524         {
1525           c.addElement(tchain[i] == null ? nullChain : tchain[i]);
1526         }
1527       }
1528     }
1529     SequenceI[] tmp = new SequenceI[s.size()];
1530     s.copyInto(tmp);
1531     sequence[pe] = tmp;
1532     if (c.size() > 0)
1533     {
1534       String[] tch = new String[c.size()];
1535       c.copyInto(tch);
1536       for (int i = 0; i < tch.length; i++)
1537       {
1538         if (tch[i] == nullChain)
1539         {
1540           tch[i] = null;
1541         }
1542       }
1543       chains[pe] = tch;
1544     }
1545     else
1546     {
1547       chains[pe] = null;
1548     }
1549   }
1550 }