src/jalview/ext/jmol/JmolParser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.util.ArrayList;
  26 import java.util.HashMap;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.Locale;
  29 import java.util.Map;
  30 import java.util.Vector;
  31
  32 import org.jmol.api.JmolStatusListener;
  33 import org.jmol.api.JmolViewer;
  34 import org.jmol.c.CBK;
  35 import org.jmol.c.STR;
  36 import org.jmol.modelset.ModelSet;
  37 import org.jmol.viewer.Viewer;
  38
  39 import com.stevesoft.pat.Regex;
  40
  41 import jalview.bin.Console;
  42 import jalview.datamodel.Alignment;
  43 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  44 import jalview.datamodel.Annotation;
  45 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  46 import jalview.datamodel.SequenceI;
  47 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  48 import jalview.datamodel.annotations.AnnotationRowBuilder;
  49 import jalview.io.DataSourceType;
  50 import jalview.io.FileParse;
  51 import jalview.io.StructureFile;
  52 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  53 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  54 import jalview.util.Format;
  55 import jalview.util.MessageManager;
  56 import jalview.ws.dbsources.EBIAlfaFold;
  57 import mc_view.Atom;
  58 import mc_view.PDBChain;
  59 import mc_view.Residue;
  60
  61 /**
  62  * Import and process files with Jmol for file like PDB, mmCIF
  63  *
  64  * @author jprocter
  65  *
  66  */
  67 public class JmolParser extends StructureFile implements JmolStatusListener
  68 {
  69   Viewer viewer = null;
  70
  71   public JmolParser(boolean immediate, Object inFile,
  72           DataSourceType sourceType) throws IOException
  73   {
  74     // BH 2018 File or String for filename
  75     super(immediate, inFile, sourceType);
  76
  77   }
  78
  79   public JmolParser(Object inFile, DataSourceType sourceType)
  80           throws IOException
  81   {
  82     this(inFile, sourceType, null);
  83   }
  84
  85   public JmolParser(Object inFile, DataSourceType sourceType,
  86           StructureImportSettings.TFType tempfacType) throws IOException
  87   {
  88     super(inFile, sourceType, tempfacType);
  89   }
  90
  91   public JmolParser(FileParse fp) throws IOException
  92   {
  93     super(fp);
  94   }
  95
  96   public JmolParser()
  97   {
  98   }
  99
 100   /**
 101    * Calls the Jmol library to parse the PDB/mmCIF file, and then inspects the
 102    * resulting object model to generate Jalview-style sequences, with secondary
 103    * structure annotation added where available (i.e. where it has been computed
 104    * by Jmol using DSSP).
 105    *
 106    * @see jalview.io.AlignFile#parse()
 107    */
 108   @Override
 109   public void parse() throws IOException
 110   {
 111     setChains(new Vector<PDBChain>());
 112     Viewer jmolModel = getJmolData();
 113     jmolModel.openReader(getDataName(), getDataName(), getReader());
 114     waitForScript(jmolModel);
 115
 116     /*
 117      * Convert one or more Jmol Model objects to Jalview sequences
 118      */
 119     if (jmolModel.ms.mc > 0)
 120     {
 121       // ideally we do this
 122       // try
 123       // {
 124       // setStructureFileType(jmolModel.evalString("show _fileType"));
 125       // } catch (Exception q)
 126       // {
 127       // }
 128       // ;
 129       // instead, we distinguish .cif from non-.cif by filename
 130       setStructureFileType(
 131               getDataName().toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith(".cif")
 132                       ? PDBEntry.Type.MMCIF.toString()
 133                       : "PDB");
 134
 135       transformJmolModelToJalview(jmolModel.ms);
 136     }
 137   }
 138
 139   /**
 140    * create a headless jmol instance for dataprocessing
 141    *
 142    * @return
 143    */
 144   private Viewer getJmolData()
 145   {
 146     if (viewer == null)
 147     {
 148       try
 149       {
 150         /*
 151          * params -o (output to sysout) -n (nodisplay) -x (exit when finished)
 152          * see http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_Application
 153          */
 154
 155         viewer = JalviewJmolBinding.getJmolData(this);
 156         // ensure the 'new' (DSSP) not 'old' (Ramachandran) SS method is used
 157         viewer.setBooleanProperty("defaultStructureDSSP", true);
 158       } catch (ClassCastException x)
 159       {
 160         throw new Error(MessageManager.formatMessage(
 161                 "error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version",
 162                 new String[]
 163                 { JmolViewer.getJmolVersion() }), x);
 164       }
 165     }
 166     return viewer;
 167   }
 168
 169   public static Regex getNewAlphafoldValidator()
 170   {
 171     Regex validator = new Regex("(AF-[A-Z]+[0-9]+[A-Z0-9]+-F1)");
 172     validator.setIgnoreCase(true);
 173     return validator;
 174   }
 175
 176   PDBEntry.Type jmolFiletype = null;
 177
 178   /**
 179    * resolve a jmol filetype string and update the jmolFiletype field
 180    * accordingly
 181    *
 182    * @param jmolIdentifiedFileType
 183    * @return true if filetype was identified as MMCIF, PDB
 184    */
 185   public boolean updateFileType(String jmolIdentifiedFileType)
 186   {
 187     if (jmolIdentifiedFileType == null
 188             || jmolIdentifiedFileType.trim().equals(""))
 189     {
 190       return false;
 191     }
 192     if ("mmcif".equalsIgnoreCase(jmolIdentifiedFileType))
 193     {
 194       jmolFiletype = PDBEntry.Type.MMCIF;
 195       return true;
 196     }
 197     if ("pdb".equalsIgnoreCase(jmolIdentifiedFileType))
 198     {
 199       jmolFiletype = PDBEntry.Type.PDB;
 200       return true;
 201     }
 202     return false;
 203   }
 204
 205   public void transformJmolModelToJalview(ModelSet ms) throws IOException
 206   {
 207     try
 208     {
 209       Regex alphaFold = getNewAlphafoldValidator();
 210       String lastID = "";
 211       List<SequenceI> rna = new ArrayList<SequenceI>();
 212       List<SequenceI> prot = new ArrayList<SequenceI>();
 213       PDBChain tmpchain;
 214       String pdbId = (String) ms.getInfo(0, "title");
 215       boolean isMMCIF = false;
 216       String jmolFileType_String = (String) ms.getInfo(0, "fileType");
 217       if (updateFileType(jmolFileType_String))
 218       {
 219         setStructureFileType(jmolFiletype.toString());
 220       }
 221
 222       isMMCIF = PDBEntry.Type.MMCIF.equals(jmolFiletype);
 223
 224       if (pdbId == null)
 225       {
 226         setId(safeName(getDataName()));
 227         setPDBIdAvailable(false);
 228       }
 229       else
 230       {
 231         setId(pdbId);
 232         setPDBIdAvailable(true);
 233         setAlphafoldModel(alphaFold.search(pdbId) && isMMCIF);
 234       }
 235       List<Atom> significantAtoms = convertSignificantAtoms(ms);
 236       for (Atom tmpatom : significantAtoms)
 237       {
 238         if (tmpatom.resNumIns.trim().equals(lastID))
 239         {
 240           // phosphorylated protein - seen both CA and P..
 241           continue;
 242         }
 243         tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 244         if (tmpchain != null)
 245         {
 246           tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 247         }
 248         else
 249         {
 250           AnnotationRowBuilder builder = null;
 251           if (isAlphafoldModel()
 252                   || getTemperatureFactorType() == StructureImportSettings.TFType.PLDDT)
 253           {
 254             builder = new AlphaFoldAnnotationRowBuilder();
 255           }
 256
 257           tmpchain = new PDBChain(getId(), tmpatom.chain, builder);
 258           getChains().add(tmpchain);
 259           tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 260         }
 261         lastID = tmpatom.resNumIns.trim();
 262       }
 263       if (isParseImmediately())
 264       {
 265         // configure parsing settings from the static singleton
 266         xferSettings();
 267       }
 268
 269       makeResidueList();
 270       makeCaBondList();
 271
 272       for (PDBChain chain : getChains())
 273       {
 274         SequenceI chainseq = postProcessChain(chain);
 275         if (isRNA(chainseq))
 276         {
 277           rna.add(chainseq);
 278         }
 279         else
 280         {
 281           prot.add(chainseq);
 282         }
 283
 284         // look at local setting for adding secondary tructure
 285         if (predictSecondaryStructure)
 286         {
 287           createAnnotation(chainseq, chain, ms.at);
 288         }
 289       }
 290       // if Alphafold, fetch the PAE matrix if doesn't already have one
 291       if (isAlphafoldModel() && !hasPAEMatrix())
 292       {
 293         try
 294         {
 295           Console.info("retrieving pAE for " + pdbId);
 296           File paeFile = EBIAlfaFold.fetchAlphaFoldPAE(pdbId, null);
 297           this.setPAEMatrix(paeFile.getAbsolutePath());
 298         } catch (Throwable t)
 299         {
 300           Console.error("Couldn't get the pAE for " + pdbId, t);
 301         }
 302       }
 303       // add a PAEMatrix if set (either by above or otherwise)
 304       if (hasPAEMatrix())
 305       {
 306         Alignment al = new Alignment(prot.toArray(new SequenceI[0]));
 307         EBIAlfaFold.addAlphaFoldPAE(al, new File(this.getPAEMatrix()), 0,
 308                 null, false, false, null);
 309
 310         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 311         {
 312           for (AlignmentAnnotation alann : al.getAlignmentAnnotation())
 313           {
 314             annotations.add(alann);
 315           }
 316         }
 317       }
 318     } catch (OutOfMemoryError er)
 319     {
 320       System.out.println(
 321               "OUT OF MEMORY LOADING TRANSFORMING JMOL MODEL TO JALVIEW MODEL");
 322       throw new IOException(MessageManager
 323               .getString("exception.outofmemory_loading_mmcif_file"));
 324     }
 325   }
 326
 327   private List<Atom> convertSignificantAtoms(ModelSet ms)
 328   {
 329     List<Atom> significantAtoms = new ArrayList<Atom>();
 330     HashMap<String, org.jmol.modelset.Atom> chainTerMap = new HashMap<String, org.jmol.modelset.Atom>();
 331     org.jmol.modelset.Atom prevAtom = null;
 332     for (org.jmol.modelset.Atom atom : ms.at)
 333     {
 334       if (atom.getAtomName().equalsIgnoreCase("CA")
 335               || atom.getAtomName().equalsIgnoreCase("P"))
 336       {
 337         if (!atomValidated(atom, prevAtom, chainTerMap))
 338         {
 339           continue;
 340         }
 341         Atom curAtom = new Atom(atom.x, atom.y, atom.z);
 342         curAtom.atomIndex = atom.getIndex();
 343         curAtom.chain = atom.getChainIDStr();
 344         curAtom.insCode = atom.group.getInsertionCode() == '\000' ? ' '
 345                 : atom.group.getInsertionCode();
 346         curAtom.name = atom.getAtomName();
 347         curAtom.number = atom.getAtomNumber();
 348         curAtom.resName = atom.getGroup3(true);
 349         curAtom.resNumber = atom.getResno();
 350         curAtom.occupancy = ms.occupancies != null
 351                 ? ms.occupancies[atom.getIndex()]
 352                 : Float.valueOf(atom.getOccupancy100());
 353         String fmt = new Format("%4i").form(curAtom.resNumber);
 354         curAtom.resNumIns = (fmt + curAtom.insCode);
 355         curAtom.tfactor = atom.getBfactor100() / 100f;
 356         curAtom.type = 0;
 357         // significantAtoms.add(curAtom);
 358         // ignore atoms from subsequent models
 359         if (!significantAtoms.contains(curAtom))
 360         {
 361           significantAtoms.add(curAtom);
 362         }
 363         prevAtom = atom;
 364       }
 365     }
 366     return significantAtoms;
 367   }
 368
 369   private boolean atomValidated(org.jmol.modelset.Atom curAtom,
 370           org.jmol.modelset.Atom prevAtom,
 371           HashMap<String, org.jmol.modelset.Atom> chainTerMap)
 372   {
 373     // System.out.println("Atom: " + curAtom.getAtomNumber()
 374     // + " Last atom index " + curAtom.group.lastAtomIndex);
 375     if (chainTerMap == null || prevAtom == null)
 376     {
 377       return true;
 378     }
 379     String curAtomChId = curAtom.getChainIDStr();
 380     String prevAtomChId = prevAtom.getChainIDStr();
 381     // new chain encoutered
 382     if (!prevAtomChId.equals(curAtomChId))
 383     {
 384       // On chain switch add previous chain termination to xTerMap if not exists
 385       if (!chainTerMap.containsKey(prevAtomChId))
 386       {
 387         chainTerMap.put(prevAtomChId, prevAtom);
 388       }
 389       // if current atom belongs to an already terminated chain and the resNum
 390       // diff < 5 then mark as valid and update termination Atom
 391       if (chainTerMap.containsKey(curAtomChId))
 392       {
 393         if (curAtom.getResno() < chainTerMap.get(curAtomChId).getResno())
 394         {
 395           return false;
 396         }
 397         if ((curAtom.getResno()
 398                 - chainTerMap.get(curAtomChId).getResno()) < 5)
 399         {
 400           chainTerMap.put(curAtomChId, curAtom);
 401           return true;
 402         }
 403         return false;
 404       }
 405     }
 406     // atom with previously terminated chain encountered
 407     else if (chainTerMap.containsKey(curAtomChId))
 408     {
 409       if (curAtom.getResno() < chainTerMap.get(curAtomChId).getResno())
 410       {
 411         return false;
 412       }
 413       if ((curAtom.getResno()
 414               - chainTerMap.get(curAtomChId).getResno()) < 5)
 415       {
 416         chainTerMap.put(curAtomChId, curAtom);
 417         return true;
 418       }
 419       return false;
 420     }
 421     // HETATM with resNum jump > 2
 422     return !(curAtom.isHetero()
 423             && ((curAtom.getResno() - prevAtom.getResno()) > 2));
 424   }
 425
 426   private void createAnnotation(SequenceI sequence, PDBChain chain,
 427           org.jmol.modelset.Atom[] jmolAtoms)
 428   {
 429     char[] secstr = new char[sequence.getLength()];
 430     char[] secstrcode = new char[sequence.getLength()];
 431
 432     // Ensure Residue size equals Seq size
 433     if (chain.residues.size() != sequence.getLength())
 434     {
 435       return;
 436     }
 437     int annotIndex = 0;
 438     for (Residue residue : chain.residues)
 439     {
 440       Atom repAtom = residue.getAtoms().get(0);
 441       STR proteinStructureSubType = jmolAtoms[repAtom.atomIndex].group
 442               .getProteinStructureSubType();
 443       setSecondaryStructure(proteinStructureSubType, annotIndex, secstr,
 444               secstrcode);
 445       ++annotIndex;
 446     }
 447     addSecondaryStructureAnnotation(chain.pdbid, sequence, secstr,
 448             secstrcode, chain.id, sequence.getStart());
 449   }
 450
 451   /**
 452    * Helper method that adds an AlignmentAnnotation for secondary structure to
 453    * the sequence, provided at least one secondary structure assignment has been
 454    * made
 455    *
 456    * @param modelTitle
 457    * @param seq
 458    * @param secstr
 459    * @param secstrcode
 460    * @param chainId
 461    * @param firstResNum
 462    * @return
 463    */
 464   protected void addSecondaryStructureAnnotation(String modelTitle,
 465           SequenceI sq, char[] secstr, char[] secstrcode, String chainId,
 466           int firstResNum)
 467   {
 468     int length = sq.getLength();
 469     boolean ssFound = false;
 470     Annotation asecstr[] = new Annotation[length + firstResNum - 1];
 471     for (int p = 0; p < length; p++)
 472     {
 473       if (secstr[p] >= 'A' && secstr[p] <= 'z')
 474       {
 475         try
 476         {
 477           asecstr[p] = new Annotation(null, null, secstrcode[p], Float.NaN);
 478           ssFound = true;
 479         } catch (Exception e)
 480         {
 481           // e.printStackTrace();
 482         }
 483       }
 484     }
 485
 486     if (ssFound)
 487     {
 488       String mt = modelTitle == null ? getDataName() : modelTitle;
 489       mt += chainId;
 490       AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation(
 491               "Secondary Structure", "Secondary Structure for " + mt,
 492               asecstr);
 493       ann.belowAlignment = true;
 494       ann.visible = true;
 495       ann.autoCalculated = false;
 496       ann.setCalcId(getClass().getName());
 497       ann.adjustForAlignment();
 498       ann.validateRangeAndDisplay();
 499       annotations.add(ann);
 500       sq.addAlignmentAnnotation(ann);
 501     }
 502   }
 503
 504   private void waitForScript(Viewer jmd)
 505   {
 506     while (jmd.isScriptExecuting())
 507     {
 508       try
 509       {
 510         Thread.sleep(50);
 511
 512       } catch (InterruptedException x)
 513       {
 514       }
 515     }
 516   }
 517
 518   /**
 519    * Convert Jmol's secondary structure code to Jalview's, and stored it in the
 520    * secondary structure arrays at the given sequence position
 521    *
 522    * @param proteinStructureSubType
 523    * @param pos
 524    * @param secstr
 525    * @param secstrcode
 526    */
 527   protected void setSecondaryStructure(STR proteinStructureSubType, int pos,
 528           char[] secstr, char[] secstrcode)
 529   {
 530     switch (proteinStructureSubType)
 531     {
 532     case HELIX310:
 533       secstr[pos] = '3';
 534       break;
 535     case HELIX:
 536     case HELIXALPHA:
 537       secstr[pos] = 'H';
 538       break;
 539     case HELIXPI:
 540       secstr[pos] = 'P';
 541       break;
 542     case SHEET:
 543       secstr[pos] = 'E';
 544       break;
 545     default:
 546       secstr[pos] = 0;
 547     }
 548
 549     switch (proteinStructureSubType)
 550     {
 551     case HELIX310:
 552     case HELIXALPHA:
 553     case HELIXPI:
 554     case HELIX:
 555       secstrcode[pos] = 'H';
 556       break;
 557     case SHEET:
 558       secstrcode[pos] = 'E';
 559       break;
 560     default:
 561       secstrcode[pos] = 0;
 562     }
 563   }
 564
 565   /**
 566    * Convert any non-standard peptide codes to their standard code table
 567    * equivalent. (Initial version only does Selenomethionine MSE->MET.)
 568    *
 569    * @param threeLetterCode
 570    * @param seq
 571    * @param pos
 572    */
 573   protected void replaceNonCanonicalResidue(String threeLetterCode,
 574           char[] seq, int pos)
 575   {
 576     String canonical = ResidueProperties
 577             .getCanonicalAminoAcid(threeLetterCode);
 578     if (canonical != null && !canonical.equalsIgnoreCase(threeLetterCode))
 579     {
 580       seq[pos] = ResidueProperties.getSingleCharacterCode(canonical);
 581     }
 582   }
 583
 584   /**
 585    * Not implemented - returns null
 586    */
 587   @Override
 588   public String print(SequenceI[] seqs, boolean jvSuffix)
 589   {
 590     return null;
 591   }
 592
 593   /**
 594    * Not implemented
 595    */
 596   @Override
 597   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 598           String callbackFunction)
 599   {
 600   }
 601
 602   @Override
 603   public void notifyCallback(CBK cbType, Object[] data)
 604   {
 605     String strInfo = (data == null || data[1] == null ? null
 606             : data[1].toString());
 607     switch (cbType)
 608     {
 609     case ECHO:
 610       sendConsoleEcho(strInfo);
 611       break;
 612     case SCRIPT:
 613       notifyScriptTermination((String) data[2],
 614               ((Integer) data[3]).intValue());
 615       break;
 616     case MEASURE:
 617       String mystatus = (String) data[3];
 618       if (mystatus.indexOf("Picked") >= 0
 619               || mystatus.indexOf("Sequence") >= 0)
 620       {
 621         // Picking mode
 622         sendConsoleMessage(strInfo);
 623       }
 624       else if (mystatus.indexOf("Completed") >= 0)
 625       {
 626         sendConsoleEcho(strInfo.substring(strInfo.lastIndexOf(",") + 2,
 627                 strInfo.length() - 1));
 628       }
 629       break;
 630     case MESSAGE:
 631       sendConsoleMessage(data == null ? null : strInfo);
 632       break;
 633     case PICK:
 634       sendConsoleMessage(strInfo);
 635       break;
 636     default:
 637       break;
 638     }
 639   }
 640
 641   String lastConsoleEcho = "";
 642
 643   private void sendConsoleEcho(String string)
 644   {
 645     lastConsoleEcho += string;
 646     lastConsoleEcho += "\n";
 647   }
 648
 649   String lastConsoleMessage = "";
 650
 651   private void sendConsoleMessage(String string)
 652   {
 653     lastConsoleMessage += string;
 654     lastConsoleMessage += "\n";
 655   }
 656
 657   int lastScriptTermination = -1;
 658
 659   String lastScriptMessage = "";
 660
 661   private void notifyScriptTermination(String string, int intValue)
 662   {
 663     lastScriptMessage += string;
 664     lastScriptMessage += "\n";
 665     lastScriptTermination = intValue;
 666   }
 667
 668   @Override
 669   public boolean notifyEnabled(CBK callbackPick)
 670   {
 671     switch (callbackPick)
 672     {
 673     case MESSAGE:
 674     case SCRIPT:
 675     case ECHO:
 676     case LOADSTRUCT:
 677     case ERROR:
 678       return true;
 679     default:
 680       return false;
 681     }
 682   }
 683
 684   /**
 685    * Not implemented - returns null
 686    */
 687   @Override
 688   public String eval(String strEval)
 689   {
 690     return null;
 691   }
 692
 693   /**
 694    * Not implemented - returns null
 695    */
 696   @Override
 697   public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
 698   {
 699     return null;
 700   }
 701
 702   /**
 703    * Not implemented - returns null
 704    */
 705   @Override
 706   public float[][][] functionXYZ(String functionName, int nx, int ny,
 707           int nz)
 708   {
 709     return null;
 710   }
 711
 712   /**
 713    * Not implemented - returns null
 714    */
 715   @Override
 716   public String createImage(String fileName, String imageType,
 717           Object text_or_bytes, int quality)
 718   {
 719     return null;
 720   }
 721
 722   /**
 723    * Not implemented - returns null
 724    */
 725   @Override
 726   public Map<String, Object> getRegistryInfo()
 727   {
 728     return null;
 729   }
 730
 731   /**
 732    * Not implemented
 733    */
 734   @Override
 735   public void showUrl(String url)
 736   {
 737   }
 738
 739   /**
 740    * Not implemented - returns null
 741    */
 742   @Override
 743   public int[] resizeInnerPanel(String data)
 744   {
 745     return null;
 746   }
 747
 748   @Override
 749   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 750   {
 751     return null;
 752   }
 753
 754   public boolean isPredictSecondaryStructure()
 755   {
 756     return predictSecondaryStructure;
 757   }
 758
 759   public void setPredictSecondaryStructure(
 760           boolean predictSecondaryStructure)
 761   {
 762     this.predictSecondaryStructure = predictSecondaryStructure;
 763   }
 764
 765   public boolean isVisibleChainAnnotation()
 766   {
 767     return visibleChainAnnotation;
 768   }
 769
 770   public void setVisibleChainAnnotation(boolean visibleChainAnnotation)
 771   {
 772     this.visibleChainAnnotation = visibleChainAnnotation;
 773   }
 774
 775 }