src/jalview/ext/paradise/Annotate3D.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.paradise;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.ws.HttpClientUtils;
  25
  26 import java.io.BufferedReader;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.io.InputStreamReader;
  29 import java.io.Reader;
  30 import java.io.StringReader;
  31 import java.net.URL;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Iterator;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.apache.http.NameValuePair;
  37 import org.apache.http.message.BasicNameValuePair;
  38 import org.json.simple.JSONArray;
  39 import org.json.simple.JSONObject;
  40 import org.json.simple.parser.ContentHandler;
  41 import org.json.simple.parser.ParseException;
  42
  43 /**
  44  * simple methods for calling the various paradise RNA tools
  45  *
  46  * @author jimp
  47  *
  48  *         History: v1.0 revised from original due to refactoring of
  49  *         paradise-ubmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d to
  50  *         http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d?tool=rnaview
  51  */
  52 public class Annotate3D
  53 {
  54   private static String twoDtoolsURL = "http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d";
  55
  56   private static ContentHandler createContentHandler()
  57   {
  58     ContentHandler ch = new ContentHandler()
  59     {
  60
  61       @Override
  62       public void startJSON() throws ParseException, IOException
  63       {
  64         // TODO Auto-generated method stub
  65
  66       }
  67
  68       @Override
  69       public void endJSON() throws ParseException, IOException
  70       {
  71         // TODO Auto-generated method stub
  72
  73       }
  74
  75       @Override
  76       public boolean startObject() throws ParseException, IOException
  77       {
  78         // TODO Auto-generated method stub
  79         return false;
  80       }
  81
  82       @Override
  83       public boolean endObject() throws ParseException, IOException
  84       {
  85         // TODO Auto-generated method stub
  86         return false;
  87       }
  88
  89       @Override
  90       public boolean startObjectEntry(String key) throws ParseException,
  91               IOException
  92       {
  93         // TODO Auto-generated method stub
  94         return false;
  95       }
  96
  97       @Override
  98       public boolean endObjectEntry() throws ParseException, IOException
  99       {
 100         // TODO Auto-generated method stub
 101         return false;
 102       }
 103
 104       @Override
 105       public boolean startArray() throws ParseException, IOException
 106       {
 107         // TODO Auto-generated method stub
 108         return false;
 109       }
 110
 111       @Override
 112       public boolean endArray() throws ParseException, IOException
 113       {
 114         // TODO Auto-generated method stub
 115         return false;
 116       }
 117
 118       @Override
 119       public boolean primitive(Object value) throws ParseException,
 120               IOException
 121       {
 122         // TODO Auto-generated method stub
 123         return false;
 124       }
 125
 126     };
 127     return ch;
 128   }
 129
 130   public static Iterator<Reader> getRNAMLForPDBFileAsString(String pdbfile)
 131           throws Exception
 132   {
 133     List<NameValuePair> vals = new ArrayList<NameValuePair>();
 134     vals.add(new BasicNameValuePair("tool", "rnaview"));
 135     vals.add(new BasicNameValuePair("data", pdbfile));
 136     vals.add(new BasicNameValuePair("output", "rnaml"));
 137     // return processJsonResponseFor(HttpClientUtils.doHttpUrlPost(twoDtoolsURL,
 138     // vals));
 139     ArrayList<Reader> readers = new ArrayList<Reader>();
 140     final BufferedReader postResponse = HttpClientUtils.doHttpUrlPost(
 141             twoDtoolsURL, vals, 0, 0);
 142     readers.add(postResponse);
 143     return readers.iterator();
 144
 145   }
 146
 147   public static Iterator<Reader> processJsonResponseFor(Reader respons)
 148           throws Exception
 149   {
 150     org.json.simple.parser.JSONParser jp = new org.json.simple.parser.JSONParser();
 151     try
 152     {
 153       final JSONArray responses = (JSONArray) jp.parse(respons);
 154       final Iterator rvals = responses.iterator();
 155       return new Iterator<Reader>()
 156       {
 157         @Override
 158         public boolean hasNext()
 159         {
 160           return rvals.hasNext();
 161         }
 162
 163         @Override
 164         public Reader next()
 165         {
 166           JSONObject val = (JSONObject) rvals.next();
 167
 168           Object sval = null;
 169           try
 170           {
 171             sval = val.get("2D");
 172           } catch (Exception x)
 173           {
 174             x.printStackTrace();
 175           }
 176           ;
 177           if (sval == null)
 178           {
 179             System.err
 180                     .println("DEVELOPER WARNING: Annotate3d didn't return a '2D' tag in its response. Consider checking output of server. Response was :"
 181                             + val.toString());
 182
 183             sval = "";
 184           }
 185           return new StringReader(
 186                   (sval instanceof JSONObject) ? ((JSONObject) sval)
 187                           .toString() : sval.toString());
 188
 189         }
 190
 191         @Override
 192         public void remove()
 193         {
 194           throw new Error(
 195                   MessageManager.getString("error.not_implemented_remove"));
 196
 197         }
 198
 199         @Override
 200         protected Object clone() throws CloneNotSupportedException
 201         {
 202           throw new CloneNotSupportedException(
 203                   MessageManager.getString("error.not_implemented_clone"));
 204         }
 205
 206         @Override
 207         public boolean equals(Object obj)
 208         {
 209           return super.equals(obj);
 210         }
 211
 212         @Override
 213         protected void finalize() throws Throwable
 214         {
 215           while (rvals.hasNext())
 216           {
 217             rvals.next();
 218           }
 219           super.finalize();
 220         }
 221       };
 222     } catch (Exception foo)
 223     {
 224       throw new Exception(
 225               MessageManager
 226                       .getString("exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server"),
 227               foo);
 228     }
 229
 230   }
 231
 232   public static Iterator<Reader> getRNAMLForPDBId(String pdbid)
 233           throws Exception
 234   {
 235     List<NameValuePair> vals = new ArrayList<NameValuePair>();
 236     vals.add(new BasicNameValuePair("tool", "rnaview"));
 237     vals.add(new BasicNameValuePair("pdbid", pdbid));
 238     vals.add(new BasicNameValuePair("output", "rnaml"));
 239     java.net.URL geturl = new URL(twoDtoolsURL + "?tool=rnaview&pdbid="
 240             + pdbid + "&output=rnaml");
 241     // return processJsonResponseFor(new
 242     // InputStreamReader(geturl.openStream()));
 243     ArrayList<Reader> readers = new ArrayList<Reader>();
 244     readers.add(new InputStreamReader(geturl.openStream()));
 245     return readers.iterator();
 246   }
 247
 248 }