src/jalview/ext/paradise/Annotate3D.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.paradise;
  22
  23 import jalview.ws.HttpClientUtils;
  24
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.InputStreamReader;
  27 import java.io.Reader;
  28 import java.io.StringReader;
  29 import java.net.URL;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.Collection;
  32 import java.util.Iterator;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import org.apache.http.NameValuePair;
  36 import org.apache.http.message.BasicNameValuePair;
  37 import org.json.simple.JSONArray;
  38 import org.json.simple.JSONObject;
  39 import org.json.simple.JSONStreamAware;
  40 import org.json.simple.parser.ContentHandler;
  41 import org.json.simple.parser.ParseException;
  42
  43 /**
  44  * simple methods for calling the various paradise RNA tools
  45  *
  46  * @author jimp
  47  *
  48  *         History: v1.0 revised from original due to refactoring of
  49  *         paradise-ubmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d to
  50  *         http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d?tool=rnaview
  51  */
  52 public class Annotate3D
  53 {
  54   private static String twoDtoolsURL = "http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d";
  55   private static ContentHandler createContentHandler()
  56   {
  57     ContentHandler ch = new ContentHandler() {
  58
  59       @Override
  60       public void startJSON() throws ParseException, IOException
  61       {
  62         // TODO Auto-generated method stub
  63
  64       }
  65
  66       @Override
  67       public void endJSON() throws ParseException, IOException
  68       {
  69         // TODO Auto-generated method stub
  70
  71       }
  72
  73       @Override
  74       public boolean startObject() throws ParseException, IOException
  75       {
  76         // TODO Auto-generated method stub
  77         return false;
  78       }
  79
  80       @Override
  81       public boolean endObject() throws ParseException, IOException
  82       {
  83         // TODO Auto-generated method stub
  84         return false;
  85       }
  86
  87       @Override
  88       public boolean startObjectEntry(String key) throws ParseException,
  89               IOException
  90       {
  91         // TODO Auto-generated method stub
  92         return false;
  93       }
  94
  95       @Override
  96       public boolean endObjectEntry() throws ParseException, IOException
  97       {
  98         // TODO Auto-generated method stub
  99         return false;
 100       }
 101
 102       @Override
 103       public boolean startArray() throws ParseException, IOException
 104       {
 105         // TODO Auto-generated method stub
 106         return false;
 107       }
 108
 109       @Override
 110       public boolean endArray() throws ParseException, IOException
 111       {
 112         // TODO Auto-generated method stub
 113         return false;
 114       }
 115
 116       @Override
 117       public boolean primitive(Object value) throws ParseException,
 118               IOException
 119       {
 120         // TODO Auto-generated method stub
 121         return false;
 122       }
 123
 124     };
 125     return ch;
 126   }
 127   public static Iterator<Reader> getRNAMLForPDBFileAsString(String pdbfile)
 128           throws Exception
 129   {
 130     List<NameValuePair> vals = new ArrayList<NameValuePair>();
 131     vals.add(new BasicNameValuePair("tool", "rnaview"));
 132     vals.add(new BasicNameValuePair("data", pdbfile));
 133     vals.add(new BasicNameValuePair("output", "rnaml"));
 134     // return processJsonResponseFor(HttpClientUtils.doHttpUrlPost(twoDtoolsURL, vals));
 135     ArrayList<Reader> readers = new ArrayList<Reader>();
 136     readers.add(HttpClientUtils.doHttpUrlPost(twoDtoolsURL, vals));
 137     return readers.iterator();
 138
 139   }
 140   public static Iterator<Reader> processJsonResponseFor(Reader respons) throws Exception
 141   {
 142     org.json.simple.parser.JSONParser jp = new org.json.simple.parser.JSONParser();
 143     try {
 144       final JSONArray responses = (JSONArray) jp.parse(respons);
 145       final Iterator rvals = responses.iterator();
 146       return new Iterator<Reader>()
 147         {
 148           @Override
 149           public boolean hasNext()
 150           {
 151             return rvals.hasNext();
 152           }
 153           @Override
 154           public Reader next()
 155           {
 156             JSONObject val=(JSONObject) rvals.next();
 157
 158             Object sval = null;
 159             try {
 160               sval = val.get("2D");
 161             } catch (Exception x) {x.printStackTrace();};
 162             if (sval==null)
 163             {
 164               System.err.println("DEVELOPER WARNING: Annotate3d didn't return a '2D' tag in its response. Consider checking output of server. Response was :"+val.toString());
 165
 166               sval = "";
 167             }
 168             return new StringReader((sval instanceof JSONObject) ? ((JSONObject)sval).toString():sval.toString());
 169
 170           }@Override
 171           public void remove()
 172           {
 173             throw new Error("Remove: Not implemented");
 174
 175           }@Override
 176           protected Object clone() throws CloneNotSupportedException
 177           {
 178             throw new CloneNotSupportedException("Clone: Not implemented");
 179           }@Override
 180           public boolean equals(Object obj)
 181           {
 182             return super.equals(obj);
 183           }@Override
 184           protected void finalize() throws Throwable
 185           {
 186             while (rvals.hasNext())
 187             {
 188               rvals.next();
 189             }
 190             super.finalize();
 191           }
 192         };
 193     } catch (Exception foo)
 194     {
 195       throw new Exception("Couldn't parse response from Annotate3d server.",foo);
 196     }
 197
 198
 199   }
 200
 201   public static Iterator<Reader> getRNAMLForPDBId(String pdbid) throws Exception
 202   {
 203     List<NameValuePair> vals = new ArrayList<NameValuePair>();
 204     vals.add(new BasicNameValuePair("tool", "rnaview"));
 205     vals.add(new BasicNameValuePair("pdbid", pdbid));
 206     vals.add(new BasicNameValuePair("output", "rnaml"));
 207     java.net.URL geturl = new URL(twoDtoolsURL+"?tool=rnaview&pdbid="+pdbid+"&output=rnaml");
 208     //return processJsonResponseFor(new InputStreamReader(geturl.openStream()));
 209     ArrayList<Reader> readers = new ArrayList<Reader>();
 210     readers.add(new InputStreamReader(geturl.openStream()));
 211     return readers.iterator();
 212   }
 213
 214 }