src/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommands.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.FeatureRenderer;
  26 import jalview.api.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.Desktop;
  33 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  34 import jalview.structure.StructureCommandsBase;
  35 import jalview.structure.StructureMapping;
  36 import jalview.structure.StructureMappingcommandSet;
  37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  38 import jalview.util.ColorUtils;
  39 import jalview.util.Comparison;
  40
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.HashMap;
  44 import java.util.LinkedHashMap;
  45 import java.util.List;
  46 import java.util.Map;
  47 import java.util.Map.Entry;
  48
  49 /**
  50  * Routines for generating Chimera commands for Jalview/Chimera binding
  51  *
  52  * @author JimP
  53  *
  54  */
  55 public class ChimeraCommands extends StructureCommandsBase
  56 {
  57   public static final String NAMESPACE_PREFIX = "jv_";
  58
  59   protected static final String CMD_SEPARATOR = ";";
  60
  61   private static final String CMD_COLOUR_BY_CHARGE = "color white;color red ::ASP;color red ::GLU;color blue ::LYS;color blue ::ARG;color yellow ::CYS";
  62
  63   private static final String CMD_COLOUR_BY_CHAIN = "rainbow chain";
  64
  65   @Override
  66   public String[] colourBySequence(
  67           StructureSelectionManager ssm, String[] files,
  68           SequenceI[][] sequence, SequenceRenderer sr,
  69           AlignmentViewPanel viewPanel)
  70   {
  71     Map<Object, AtomSpecModel> colourMap = buildColoursMap(ssm, files,
  72             sequence, sr, viewPanel);
  73
  74     List<String> colourCommands = buildColourCommands(colourMap);
  75
  76     return colourCommands.toArray(new String[colourCommands.size()]);
  77   }
  78
  79   /**
  80    * Traverse the map of colours/models/chains/positions to construct a list of
  81    * 'color' commands (one per distinct colour used). The format of each command
  82    * is
  83    *
  84    * <pre>
  85    * <blockquote>
  86    * color colorname #modelnumber:range.chain
  87    * e.g. color #00ff00 #0:2.B,4.B,9-12.B|#1:1.A,2-6.A,...
  88    * </blockquote>
  89    * </pre>
  90    *
  91    * @param colourMap
  92    * @return
  93    */
  94   protected List<String> buildColourCommands(
  95           Map<Object, AtomSpecModel> colourMap)
  96   {
  97     /*
  98      * This version concatenates all commands into a single String (semi-colon
  99      * delimited). If length limit issues arise, refactor to return one color
 100      * command per colour.
 101      */
 102     List<String> commands = new ArrayList<>();
 103     StringBuilder sb = new StringBuilder(256);
 104     boolean firstColour = true;
 105     for (Object key : colourMap.keySet())
 106     {
 107       Color colour = (Color) key;
 108       String colourCode = ColorUtils.toTkCode(colour);
 109       if (!firstColour)
 110       {
 111         sb.append("; ");
 112       }
 113       firstColour = false;
 114       final AtomSpecModel colourData = colourMap.get(colour);
 115       sb.append(getColourCommand(colourData, colourCode));
 116     }
 117     commands.add(sb.toString());
 118     return commands;
 119   }
 120
 121   protected String getColourCommand(AtomSpecModel colourData,
 122           String colourCode)
 123   {
 124     return "color " + colourCode + " " + colourData.getAtomSpec();
 125   }
 126
 127   /**
 128    * Traverses a map of { modelNumber, {chain, {list of from-to ranges} } } and
 129    * builds a Chimera format atom spec
 130    *
 131    * @param modelAndChainRanges
 132    */
 133   protected static String getAtomSpec(
 134           Map<Integer, Map<String, List<int[]>>> modelAndChainRanges)
 135   {
 136     StringBuilder sb = new StringBuilder(128);
 137     boolean firstModelForColour = true;
 138     for (Integer model : modelAndChainRanges.keySet())
 139     {
 140       boolean firstPositionForModel = true;
 141       if (!firstModelForColour)
 142       {
 143         sb.append("|");
 144       }
 145       firstModelForColour = false;
 146       sb.append("#").append(model).append(":");
 147
 148       final Map<String, List<int[]>> modelData = modelAndChainRanges
 149               .get(model);
 150       for (String chain : modelData.keySet())
 151       {
 152         boolean hasChain = !"".equals(chain.trim());
 153         for (int[] range : modelData.get(chain))
 154         {
 155           if (!firstPositionForModel)
 156           {
 157             sb.append(",");
 158           }
 159           if (range[0] == range[1])
 160           {
 161             sb.append(range[0]);
 162           }
 163           else
 164           {
 165             sb.append(range[0]).append("-").append(range[1]);
 166           }
 167           if (hasChain)
 168           {
 169             sb.append(".").append(chain);
 170           }
 171           firstPositionForModel = false;
 172         }
 173       }
 174     }
 175     return sb.toString();
 176   }
 177
 178   /**
 179    * <pre>
 180    * Build a data structure which records contiguous subsequences for each colour.
 181    * From this we can easily generate the Chimera command for colour by sequence.
 182    * Color
 183    *     Model number
 184    *         Chain
 185    *             list of start/end ranges
 186    * Ordering is by order of addition (for colours and positions), natural ordering (for models and chains)
 187    * </pre>
 188    *
 189    * @param ssm
 190    * @param files
 191    * @param sequence
 192    * @param sr
 193    * @param viewPanel
 194    * @return
 195    */
 196   protected static Map<Object, AtomSpecModel> buildColoursMap(
 197           StructureSelectionManager ssm, String[] files,
 198           SequenceI[][] sequence, SequenceRenderer sr,
 199           AlignmentViewPanel viewPanel)
 200   {
 201     FeatureRenderer fr = viewPanel.getFeatureRenderer();
 202     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 203     AlignViewportI viewport = viewPanel.getAlignViewport();
 204     HiddenColumns cs = viewport.getAlignment().getHiddenColumns();
 205     AlignmentI al = viewport.getAlignment();
 206     Map<Object, AtomSpecModel> colourMap = new LinkedHashMap<>();
 207     Color lastColour = null;
 208
 209     for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 210     {
 211       final int modelNumber = pdbfnum + getModelStartNo();
 212       StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(files[pdbfnum]);
 213
 214       if (mapping == null || mapping.length < 1)
 215       {
 216         continue;
 217       }
 218
 219       int startPos = -1, lastPos = -1;
 220       String lastChain = "";
 221       for (int s = 0; s < sequence[pdbfnum].length; s++)
 222       {
 223         for (int sp, m = 0; m < mapping.length; m++)
 224         {
 225           final SequenceI seq = sequence[pdbfnum][s];
 226           if (mapping[m].getSequence() == seq
 227                   && (sp = al.findIndex(seq)) > -1)
 228           {
 229             SequenceI asp = al.getSequenceAt(sp);
 230             for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 231             {
 232               // no mapping to gaps in sequence
 233               if (Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 234               {
 235                 continue;
 236               }
 237               int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 238
 239               if (pos < 1 || pos == lastPos)
 240               {
 241                 continue;
 242               }
 243
 244               Color colour = sr.getResidueColour(seq, r, finder);
 245
 246               /*
 247                * darker colour for hidden regions
 248                */
 249               if (!cs.isVisible(r))
 250               {
 251                 colour = Color.GRAY;
 252               }
 253
 254               final String chain = mapping[m].getChain();
 255
 256               /*
 257                * Just keep incrementing the end position for this colour range
 258                * _unless_ colour, PDB model or chain has changed, or there is a
 259                * gap in the mapped residue sequence
 260                */
 261               final boolean newColour = !colour.equals(lastColour);
 262               final boolean nonContig = lastPos + 1 != pos;
 263               final boolean newChain = !chain.equals(lastChain);
 264               if (newColour || nonContig || newChain)
 265               {
 266                 if (startPos != -1)
 267                 {
 268                   addAtomSpecRange(colourMap, lastColour, modelNumber,
 269                           startPos, lastPos, lastChain);
 270                 }
 271                 startPos = pos;
 272               }
 273               lastColour = colour;
 274               lastPos = pos;
 275               lastChain = chain;
 276             }
 277             // final colour range
 278             if (lastColour != null)
 279             {
 280               addAtomSpecRange(colourMap, lastColour, modelNumber, startPos,
 281                       lastPos, lastChain);
 282             }
 283             // break;
 284           }
 285         }
 286       }
 287     }
 288     return colourMap;
 289   }
 290
 291   protected static int getModelStartNo()
 292   {
 293     return 0;
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Helper method to add one contiguous range to the AtomSpec model for the given
 298    * value (creating the model if necessary). As used by Jalview, {@code value} is
 299    * <ul>
 300    * <li>a colour, when building a 'colour structure by sequence' command</li>
 301    * <li>a feature value, when building a 'set Chimera attributes from features'
 302    * command</li>
 303    * </ul>
 304    *
 305    * @param map
 306    * @param value
 307    * @param model
 308    * @param startPos
 309    * @param endPos
 310    * @param chain
 311    */
 312   protected static void addAtomSpecRange(Map<Object, AtomSpecModel> map,
 313           Object value, int model, int startPos, int endPos, String chain)
 314   {
 315     /*
 316      * Get/initialize map of data for the colour
 317      */
 318     AtomSpecModel atomSpec = map.get(value);
 319     if (atomSpec == null)
 320     {
 321       atomSpec = new AtomSpecModel();
 322       map.put(value, atomSpec);
 323     }
 324
 325     atomSpec.addRange(model, startPos, endPos, chain);
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Constructs and returns Chimera commands to set attributes on residues
 330    * corresponding to features in Jalview. Attribute names are the Jalview feature
 331    * type, with a "jv_" prefix.
 332    *
 333    * @param ssm
 334    * @param files
 335    * @param seqs
 336    * @param viewPanel
 337    * @param isChimeraX
 338    * @return
 339    */
 340   public static StructureMappingcommandSet getSetAttributeCommandsForFeatures(
 341           StructureSelectionManager ssm, String[] files, SequenceI[][] seqs,
 342           AlignmentViewPanel viewPanel, boolean isChimeraX)
 343   {
 344     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureMap = buildFeaturesMap(
 345             ssm, files, seqs, viewPanel, isChimeraX);
 346
 347     List<String> commands = buildSetAttributeCommands(featureMap,
 348             isChimeraX);
 349
 350     StructureMappingcommandSet cs = new StructureMappingcommandSet(
 351             ChimeraCommands.class, null,
 352             commands.toArray(new String[commands.size()]));
 353
 354     return cs;
 355   }
 356
 357   /**
 358    * <pre>
 359    * Helper method to build a map of
 360    *   { featureType, { feature value, AtomSpecModel } }
 361    * </pre>
 362    *
 363    * @param ssm
 364    * @param files
 365    * @param seqs
 366    * @param viewPanel
 367    * @param isChimeraX
 368    * @return
 369    */
 370   protected static Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> buildFeaturesMap(
 371           StructureSelectionManager ssm, String[] files, SequenceI[][] seqs,
 372           AlignmentViewPanel viewPanel, boolean isChimeraX)
 373   {
 374     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> theMap = new LinkedHashMap<>();
 375
 376     FeatureRenderer fr = viewPanel.getFeatureRenderer();
 377     if (fr == null)
 378     {
 379       return theMap;
 380     }
 381
 382     AlignViewportI viewport = viewPanel.getAlignViewport();
 383     List<String> visibleFeatures = fr.getDisplayedFeatureTypes();
 384
 385     /*
 386      * if alignment is showing features from complement, we also transfer
 387      * these features to the corresponding mapped structure residues
 388      */
 389     boolean showLinkedFeatures = viewport.isShowComplementFeatures();
 390     List<String> complementFeatures = new ArrayList<>();
 391     FeatureRenderer complementRenderer = null;
 392     if (showLinkedFeatures)
 393     {
 394       AlignViewportI comp = fr.getViewport().getCodingComplement();
 395       if (comp != null)
 396       {
 397         complementRenderer = Desktop.getAlignFrameFor(comp)
 398                 .getFeatureRenderer();
 399         complementFeatures = complementRenderer.getDisplayedFeatureTypes();
 400       }
 401     }
 402     if (visibleFeatures.isEmpty() && complementFeatures.isEmpty())
 403     {
 404       return theMap;
 405     }
 406
 407     AlignmentI alignment = viewPanel.getAlignment();
 408     for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 409     {
 410       final int modelNumber = pdbfnum + (isChimeraX ? 1 : 0);
 411       StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(files[pdbfnum]);
 412
 413       if (mapping == null || mapping.length < 1)
 414       {
 415         continue;
 416       }
 417
 418       for (int seqNo = 0; seqNo < seqs[pdbfnum].length; seqNo++)
 419       {
 420         for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 421         {
 422           final SequenceI seq = seqs[pdbfnum][seqNo];
 423           int sp = alignment.findIndex(seq);
 424           StructureMapping structureMapping = mapping[m];
 425           if (structureMapping.getSequence() == seq && sp > -1)
 426           {
 427             /*
 428              * found a sequence with a mapping to a structure;
 429              * now scan its features
 430              */
 431             if (!visibleFeatures.isEmpty())
 432             {
 433               scanSequenceFeatures(visibleFeatures, structureMapping, seq,
 434                       theMap, modelNumber);
 435             }
 436             if (showLinkedFeatures)
 437             {
 438               scanComplementFeatures(complementRenderer, structureMapping,
 439                       seq, theMap, modelNumber);
 440             }
 441           }
 442         }
 443       }
 444     }
 445     return theMap;
 446   }
 447
 448   /**
 449    * Scans visible features in mapped positions of the CDS/peptide complement, and
 450    * adds any found to the map of attribute values/structure positions
 451    *
 452    * @param complementRenderer
 453    * @param structureMapping
 454    * @param seq
 455    * @param theMap
 456    * @param modelNumber
 457    */
 458   protected static void scanComplementFeatures(
 459           FeatureRenderer complementRenderer,
 460           StructureMapping structureMapping, SequenceI seq,
 461           Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> theMap, int modelNumber)
 462   {
 463     /*
 464      * for each sequence residue mapped to a structure position...
 465      */
 466     for (int seqPos : structureMapping.getMapping().keySet())
 467     {
 468       /*
 469        * find visible complementary features at mapped position(s)
 470        */
 471       MappedFeatures mf = complementRenderer
 472               .findComplementFeaturesAtResidue(seq, seqPos);
 473       if (mf != null)
 474       {
 475         for (SequenceFeature sf : mf.features)
 476         {
 477           String type = sf.getType();
 478
 479           /*
 480            * Don't copy features which originated from Chimera
 481            */
 482           if (JalviewChimeraBinding.CHIMERA_FEATURE_GROUP
 483                   .equals(sf.getFeatureGroup()))
 484           {
 485             continue;
 486           }
 487
 488           /*
 489            * record feature 'value' (score/description/type) as at the
 490            * corresponding structure position
 491            */
 492           List<int[]> mappedRanges = structureMapping
 493                   .getPDBResNumRanges(seqPos, seqPos);
 494
 495           if (!mappedRanges.isEmpty())
 496           {
 497             String value = sf.getDescription();
 498             if (value == null || value.length() == 0)
 499             {
 500               value = type;
 501             }
 502             float score = sf.getScore();
 503             if (score != 0f && !Float.isNaN(score))
 504             {
 505               value = Float.toString(score);
 506             }
 507             Map<Object, AtomSpecModel> featureValues = theMap.get(type);
 508             if (featureValues == null)
 509             {
 510               featureValues = new HashMap<>();
 511               theMap.put(type, featureValues);
 512             }
 513             for (int[] range : mappedRanges)
 514             {
 515               addAtomSpecRange(featureValues, value, modelNumber, range[0],
 516                       range[1], structureMapping.getChain());
 517             }
 518           }
 519         }
 520       }
 521     }
 522   }
 523
 524   /**
 525    * Inspect features on the sequence; for each feature that is visible, determine
 526    * its mapped ranges in the structure (if any) according to the given mapping,
 527    * and add them to the map.
 528    *
 529    * @param visibleFeatures
 530    * @param mapping
 531    * @param seq
 532    * @param theMap
 533    * @param modelNumber
 534    */
 535   protected static void scanSequenceFeatures(List<String> visibleFeatures,
 536           StructureMapping mapping, SequenceI seq,
 537           Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> theMap, int modelNumber)
 538   {
 539     List<SequenceFeature> sfs = seq.getFeatures().getPositionalFeatures(
 540             visibleFeatures.toArray(new String[visibleFeatures.size()]));
 541     for (SequenceFeature sf : sfs)
 542     {
 543       String type = sf.getType();
 544
 545       /*
 546        * Don't copy features which originated from Chimera
 547        */
 548       if (JalviewChimeraBinding.CHIMERA_FEATURE_GROUP
 549               .equals(sf.getFeatureGroup()))
 550       {
 551         continue;
 552       }
 553
 554       List<int[]> mappedRanges = mapping.getPDBResNumRanges(sf.getBegin(),
 555               sf.getEnd());
 556
 557       if (!mappedRanges.isEmpty())
 558       {
 559         String value = sf.getDescription();
 560         if (value == null || value.length() == 0)
 561         {
 562           value = type;
 563         }
 564         float score = sf.getScore();
 565         if (score != 0f && !Float.isNaN(score))
 566         {
 567           value = Float.toString(score);
 568         }
 569         Map<Object, AtomSpecModel> featureValues = theMap.get(type);
 570         if (featureValues == null)
 571         {
 572           featureValues = new HashMap<>();
 573           theMap.put(type, featureValues);
 574         }
 575         for (int[] range : mappedRanges)
 576         {
 577           addAtomSpecRange(featureValues, value, modelNumber, range[0],
 578                   range[1], mapping.getChain());
 579         }
 580       }
 581     }
 582   }
 583
 584   /**
 585    * Traverse the map of features/values/models/chains/positions to construct a
 586    * list of 'setattr' commands (one per distinct feature type and value).
 587    * <p>
 588    * The format of each command is
 589    *
 590    * <pre>
 591    * <blockquote> setattr r <featureName> " " #modelnumber:range.chain
 592    * e.g. setattr r jv:chain <value> #0:2.B,4.B,9-12.B|#1:1.A,2-6.A,...
 593    * </blockquote>
 594    * </pre>
 595    *
 596    * @param featureMap
 597    * @param isChimeraX
 598    * @return
 599    */
 600   protected static List<String> buildSetAttributeCommands(
 601           Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureMap,
 602           boolean isChimeraX)
 603   {
 604     List<String> commands = new ArrayList<>();
 605     for (String featureType : featureMap.keySet())
 606     {
 607       String attributeName = makeAttributeName(featureType);
 608
 609       /*
 610        * clear down existing attributes for this feature
 611        */
 612       // 'problem' - sets attribute to None on all residues - overkill?
 613       // commands.add("~setattr r " + attributeName + " :*");
 614
 615       Map<Object, AtomSpecModel> values = featureMap.get(featureType);
 616       for (Object value : values.keySet())
 617       {
 618         /*
 619          * for each distinct value recorded for this feature type,
 620          * add a command to set the attribute on the mapped residues
 621          * Put values in single quotes, encoding any embedded single quotes
 622          */
 623         AtomSpecModel atomSpecModel = values.get(value);
 624         StringBuilder sb = new StringBuilder(128);
 625         sb.append("setattr");
 626         if (isChimeraX)
 627         {
 628           sb.append(" ").append(atomSpecModel.getAtomSpecX());
 629         }
 630         String featureValue = value.toString();
 631         featureValue = featureValue.replaceAll("\\'", "&#39;");
 632         sb.append(" res ").append(attributeName).append(" '")
 633                 .append(featureValue).append("' ");
 634         if (isChimeraX)
 635         {
 636           sb.append(" create true");
 637         }
 638         else
 639         {
 640           sb.append(atomSpecModel.getAtomSpec());
 641         }
 642         commands.add(sb.toString());
 643       }
 644     }
 645
 646     return commands;
 647   }
 648
 649   /**
 650    * Makes a prefixed and valid Chimera attribute name. A jv_ prefix is applied
 651    * for a 'Jalview' namespace, and any non-alphanumeric character is converted
 652    * to an underscore.
 653    *
 654    * @param featureType
 655    * @return
 656    *
 657    *         <pre>
 658    * &#64;see https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/setattr.html
 659    *         </pre>
 660    */
 661   protected static String makeAttributeName(String featureType)
 662   {
 663     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 664     if (featureType != null)
 665     {
 666       for (char c : featureType.toCharArray())
 667       {
 668         sb.append(Character.isLetterOrDigit(c) ? c : '_');
 669       }
 670     }
 671     String attName = NAMESPACE_PREFIX + sb.toString();
 672
 673     /*
 674      * Chimera treats an attribute name ending in 'color' as colour-valued;
 675      * Jalview doesn't, so prevent this by appending an underscore
 676      */
 677     if (attName.toUpperCase().endsWith("COLOR"))
 678     {
 679       attName += "_";
 680     }
 681
 682     return attName;
 683   }
 684
 685   @Override
 686   public String colourByChain()
 687   {
 688     return CMD_COLOUR_BY_CHAIN;
 689   }
 690
 691   @Override
 692   public String colourByCharge()
 693   {
 694     return CMD_COLOUR_BY_CHARGE;
 695   }
 696
 697   @Override
 698   public String colourByResidues(Map<String, Color> colours)
 699   {
 700     StringBuilder cmd = new StringBuilder(12 * colours.size());
 701
 702     /*
 703      * concatenate commands like
 704      * color #4949b6 ::VAL
 705      */
 706     for (Entry<String, Color> entry : colours.entrySet())
 707     {
 708       String colorSpec = ColorUtils.toTkCode(entry.getValue());
 709       String resCode = entry.getKey();
 710       cmd.append("color ").append(colorSpec).append(" ::").append(resCode)
 711               .append(CMD_SEPARATOR);
 712     }
 713     return cmd.toString();
 714   }
 715
 716   @Override
 717   public String setBackgroundColour(Color col)
 718   {
 719     return "set bgColor " + ColorUtils.toTkCode(col);
 720   }
 721
 722   @Override
 723   public String focusView()
 724   {
 725     return "focus";
 726   }
 727
 728   @Override
 729   public String showChains(List<String> toShow)
 730   {
 731     /*
 732      * Construct a chimera command like
 733      *
 734      * ~display #*;~ribbon #*;ribbon :.A,:.B
 735      */
 736     StringBuilder cmd = new StringBuilder(64);
 737     boolean first = true;
 738     for (String chain : toShow)
 739     {
 740       String[] tokens = chain.split(":");
 741       if (tokens.length == 2)
 742       {
 743         String showChainCmd = tokens[0] + ":." + tokens[1];
 744         if (!first)
 745         {
 746           cmd.append(",");
 747         }
 748         cmd.append(showChainCmd);
 749         first = false;
 750       }
 751     }
 752
 753     /*
 754      * could append ";focus" to this command to resize the display to fill the
 755      * window, but it looks more helpful not to (easier to relate chains to the
 756      * whole)
 757      */
 758     final String command = "~display #*; ~ribbon #*; ribbon :"
 759             + cmd.toString();
 760     return command;
 761   }
 762
 763 }