src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.net.BindException;
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.Collections;
  30 import java.util.LinkedHashMap;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager;
  35 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  36 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  37 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  38 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  39 import jalview.bin.Console;
  40 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  41 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  42 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  44 import jalview.datamodel.SequenceI;
  45 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  46 import jalview.httpserver.AbstractRequestHandler;
  47 import jalview.io.DataSourceType;
  48 import jalview.structure.AtomSpec;
  49 import jalview.structure.AtomSpecModel;
  50 import jalview.structure.StructureCommand;
  51 import jalview.structure.StructureCommandI;
  52 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  53 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  54
  55 public abstract class JalviewChimeraBinding extends AAStructureBindingModel
  56 {
  57   public static final String CHIMERA_SESSION_EXTENSION = ".py";
  58
  59   public static final String CHIMERA_FEATURE_GROUP = "Chimera";
  60
  61   /*
  62    * Object through which we talk to Chimera
  63    */
  64   private ChimeraManager chimeraManager;
  65
  66   /*
  67    * Object which listens to Chimera notifications
  68    */
  69   private AbstractRequestHandler chimeraListener;
  70
  71   /*
  72    * Map of ChimeraModel objects keyed by PDB full local file name
  73    */
  74   protected Map<String, List<ChimeraModel>> chimeraMaps = new LinkedHashMap<>();
  75
  76   String lastHighlightCommand;
  77
  78   /**
  79    * Returns a model of the structure positions described by the Chimera format atomspec
  80    * @param atomSpec
  81    * @return
  82    */
  83   protected  AtomSpec parseAtomSpec(String atomSpec)
  84   {
  85     return AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec);
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Open a PDB structure file in Chimera and set up mappings from Jalview.
  90    *
  91    * We check if the PDB model id is already loaded in Chimera, if so don't reopen
  92    * it. This is the case if Chimera has opened a saved session file.
  93    *
  94    * @param pe
  95    * @return
  96    */
  97   public boolean openFile(PDBEntry pe)
  98   {
  99     String file = pe.getFile();
 100     try
 101     {
 102       List<ChimeraModel> modelsToMap = new ArrayList<>();
 103       List<ChimeraModel> oldList = chimeraManager.getModelList();
 104       boolean alreadyOpen = false;
 105
 106       /*
 107        * If Chimera already has this model, don't reopen it, but do remap it.
 108        */
 109       for (ChimeraModel open : oldList)
 110       {
 111         if (open.getModelName().equals(pe.getId()))
 112         {
 113           alreadyOpen = true;
 114           modelsToMap.add(open);
 115         }
 116       }
 117
 118       /*
 119        * If Chimera doesn't yet have this model, ask it to open it, and retrieve
 120        * the model name(s) added by Chimera.
 121        */
 122       if (!alreadyOpen)
 123       {
 124         chimeraManager.openModel(file, pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL);
 125         addChimeraModel(pe, modelsToMap);
 126       }
 127
 128       chimeraMaps.put(file, modelsToMap);
 129
 130       if (getSsm() != null)
 131       {
 132         getSsm().addStructureViewerListener(this);
 133       }
 134       return true;
 135     } catch (Exception q)
 136     {
 137       log("Exception when trying to open model " + file + "\n"
 138               + q.toString());
 139       q.printStackTrace();
 140     }
 141     return false;
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Adds the ChimeraModel corresponding to the given PDBEntry, based on model
 146    * name matching PDB id
 147    *
 148    * @param pe
 149    * @param modelsToMap
 150    */
 151   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
 152           List<ChimeraModel> modelsToMap)
 153   {
 154     /*
 155      * Chimera: query for actual models and find the one with
 156      * matching model name - already set in viewer.openModel()
 157      */
 158     List<ChimeraModel> newList = chimeraManager.getModelList();
 159     // JAL-1728 newList.removeAll(oldList) does not work
 160     for (ChimeraModel cm : newList)
 161     {
 162       if (cm.getModelName().equals(pe.getId()))
 163       {
 164         modelsToMap.add(cm);
 165       }
 166     }
 167   }
 168
 169   /**
 170    * Constructor
 171    *
 172    * @param ssm
 173    * @param pdbentry
 174    * @param sequenceIs
 175    * @param protocol
 176    */
 177   public JalviewChimeraBinding(StructureSelectionManager ssm,
 178           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 179           DataSourceType protocol)
 180   {
 181     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
 182     boolean chimeraX = ViewerType.CHIMERAX.equals(getViewerType());
 183     chimeraManager = chimeraX ? new ChimeraXManager(new StructureManager(true)) : new ChimeraManager(new StructureManager(true));
 184     setStructureCommands(chimeraX ? new ChimeraXCommands() : new ChimeraCommands());
 185   }
 186
 187   @Override
 188   protected ViewerType getViewerType()
 189   {
 190     return ViewerType.CHIMERA;
 191   }
 192
 193   /**
 194    * Start a dedicated HttpServer to listen for Chimera notifications, and tell it
 195    * to start listening
 196    */
 197   public void startChimeraListener()
 198   {
 199     try
 200     {
 201       chimeraListener = new ChimeraListener(this);
 202       startListening(chimeraListener.getUri());
 203     } catch (BindException e)
 204     {
 205       System.err.println(
 206               "Failed to start Chimera listener: " + e.getMessage());
 207     }
 208   }
 209
 210   /**
 211    * Close down the Jalview viewer and listener, and (optionally) the associated
 212    * Chimera window.
 213    */
 214   @Override
 215   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 216   {
 217     super.closeViewer(closeChimera);
 218     if (this.chimeraListener != null)
 219     {
 220       chimeraListener.shutdown();
 221       chimeraListener = null;
 222     }
 223
 224     /*
 225      * the following call is added to avoid a stack trace error in Chimera
 226      * after "stop really" is sent; Chimera > 1.14 will not need it; see also
 227      * http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/17597
 228      */
 229     if (closeChimera && (getViewerType() == ViewerType.CHIMERA))
 230     {
 231       chimeraManager.getChimeraProcess().destroy();
 232     }
 233
 234     chimeraManager.clearOnChimeraExit();
 235     chimeraManager = null;
 236   }
 237
 238   /**
 239    * Helper method to construct model spec in Chimera format:
 240    * <ul>
 241    * <li>#0 (#1 etc) for a PDB file with no sub-models</li>
 242    * <li>#0.1 (#1.1 etc) for a PDB file with sub-models</li>
 243    * <ul>
 244    * Note for now we only ever choose the first of multiple models. This
 245    * corresponds to the hard-coded Jmol equivalent (compare {1.1}). Refactor in
 246    * future if there is a need to select specific sub-models.
 247    *
 248    * @param pdbfnum
 249    * @return
 250    */
 251   protected String getModelSpec(int pdbfnum)
 252   {
 253     if (pdbfnum < 0 || pdbfnum >= getPdbCount())
 254     {
 255       return "#" + pdbfnum; // temp hack for ChimeraX
 256     }
 257
 258     /*
 259      * For now, the test for having sub-models is whether multiple Chimera
 260      * models are mapped for the PDB file; the models are returned as a response
 261      * to the Chimera command 'list models type molecule', see
 262      * ChimeraManager.getModelList().
 263      */
 264     List<ChimeraModel> maps = chimeraMaps.get(getStructureFiles()[pdbfnum]);
 265     boolean hasSubModels = maps != null && maps.size() > 1;
 266     return "#" + String.valueOf(pdbfnum) + (hasSubModels ? ".1" : "");
 267   }
 268
 269   /**
 270    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 271    * running. Returns true if Chimera is successfully launched, or already
 272    * running, else false.
 273    *
 274    * @return
 275    */
 276   public boolean launchChimera()
 277   {
 278     if (chimeraManager.isChimeraLaunched())
 279     {
 280       return true;
 281     }
 282
 283     boolean launched = chimeraManager.launchChimera(getChimeraPaths());
 284     if (launched)
 285     {
 286       startExternalViewerMonitor(chimeraManager.getChimeraProcess());
 287     }
 288     else
 289     {
 290       log("Failed to launch Chimera!");
 291     }
 292     return launched;
 293   }
 294
 295   /**
 296    * Returns a list of candidate paths to the Chimera program executable
 297    *
 298    * @return
 299    */
 300   protected List<String> getChimeraPaths()
 301   {
 302     return StructureManager.getChimeraPaths(false);
 303   }
 304
 305   /**
 306    * Answers true if the Chimera process is still running, false if ended or not
 307    * started.
 308    *
 309    * @return
 310    */
 311   @Override
 312   public boolean isViewerRunning()
 313   {
 314     return chimeraManager!=null && chimeraManager.isChimeraLaunched();
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Send a command to Chimera, and optionally log and return any responses.
 319    *
 320    * @param command
 321    * @param getResponse
 322    */
 323   @Override
 324   public List<String> executeCommand(final StructureCommandI command,
 325           boolean getResponse)
 326   {
 327     if (chimeraManager == null || command == null)
 328     {
 329       // ? thread running after viewer shut down
 330       return null;
 331     }
 332     List<String> reply = null;
 333     // trim command or it may never find a match in the replyLog!!
 334     String cmd = command.getCommand().trim();
 335     List<String> lastReply = chimeraManager
 336             .sendChimeraCommand(cmd, getResponse);
 337     if (getResponse)
 338     {
 339       reply = lastReply;
 340       if (Console.isDebugEnabled()) {
 341         Console.debug(
 342               "Response from command ('" + cmd + "') was:\n" + lastReply);
 343       }
 344     }
 345     else
 346     {
 347       if (Console.isDebugEnabled())
 348       {
 349         Console.debug("Command executed: " + cmd);
 350       }
 351     }
 352
 353     return reply;
 354   }
 355
 356   @Override
 357   public synchronized String[] getStructureFiles()
 358   {
 359     if (chimeraManager == null)
 360     {
 361       return new String[0];
 362     }
 363
 364     return chimeraMaps.keySet()
 365             .toArray(modelFileNames = new String[chimeraMaps.size()]);
 366   }
 367
 368   /**
 369    * Construct and send a command to highlight zero, one or more atoms. We do this
 370    * by sending an "rlabel" command to show the residue label at that position.
 371    */
 372   @Override
 373   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 374   {
 375     if (atoms == null || atoms.size() == 0)
 376     {
 377       return;
 378     }
 379
 380     boolean forChimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 381     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 382     boolean first = true;
 383     boolean found = false;
 384
 385     for (AtomSpec atom : atoms)
 386     {
 387       int pdbResNum = atom.getPdbResNum();
 388       String chain = atom.getChain();
 389       String pdbfile = atom.getPdbFile();
 390       List<ChimeraModel> cms = chimeraMaps.get(pdbfile);
 391       if (cms != null && !cms.isEmpty())
 392       {
 393         if (first)
 394         {
 395           cmd.append(forChimeraX ? "label #" : "rlabel #");
 396         }
 397         else
 398         {
 399           cmd.append(",");
 400         }
 401         first = false;
 402         if (forChimeraX)
 403         {
 404           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 405                   .append("/").append(chain).append(":").append(pdbResNum);
 406         }
 407         else
 408         {
 409           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 410                   .append(":").append(pdbResNum);
 411           if (!chain.equals(" ") && !forChimeraX)
 412           {
 413             cmd.append(".").append(chain);
 414           }
 415         }
 416         found = true;
 417       }
 418     }
 419     String command = cmd.toString();
 420
 421     /*
 422      * avoid repeated commands for the same residue
 423      */
 424     if (command.equals(lastHighlightCommand))
 425     {
 426       return;
 427     }
 428     if (!found)
 429     {
 430       // not a valid residue label command, so clear
 431       cmd.setLength(0);
 432     }
 433     /*
 434      * prepend with command
 435      * to unshow the label for the previous residue
 436      */
 437     if (lastHighlightCommand != null)
 438     {
 439       cmd.insert(0, ";");
 440       cmd.insert(0,lastHighlightCommand);
 441       cmd.insert(0,"~");
 442
 443     }
 444     if (cmd.length()>0) {
 445       executeCommand(true,  null,  new StructureCommand(cmd.toString()));
 446     }
 447
 448     if (found) {
 449       this.lastHighlightCommand = command;
 450     }
 451   }
 452
 453   /**
 454    * Query Chimera for its current selection, and highlight it on the alignment
 455    */
 456   public void highlightChimeraSelection()
 457   {
 458     /*
 459      * Ask Chimera for its current selection
 460      */
 461     StructureCommandI command = getCommandGenerator().getSelectedResidues();
 462
 463     Runnable action = new Runnable()
 464     {
 465       @Override
 466       public void run()
 467       {
 468         List<String> chimeraReply = executeCommand(command, true);
 469
 470         List<String> selectedResidues = new ArrayList<>();
 471         if (chimeraReply != null)
 472         {
 473           /*
 474            * expect 0, 1 or more lines of the format either
 475            * Chimera:
 476            * residue id #0:43.A type GLY
 477            * ChimeraX:
 478            * residue id /A:89 name THR index 88
 479            * We are only interested in the atomspec (third token of the reply)
 480            */
 481           for (String inputLine : chimeraReply)
 482           {
 483             String[] inputLineParts = inputLine.split("\\s+");
 484             if (inputLineParts.length >= 5)
 485             {
 486               selectedResidues.add(inputLineParts[2]);
 487             }
 488           }
 489         }
 490
 491         /*
 492          * Parse model number, residue and chain for each selected position,
 493          * formatted as #0:123.A or #1.2:87.B (#model.submodel:residue.chain)
 494          */
 495         List<AtomSpec> atomSpecs = convertStructureResiduesToAlignment(
 496                 selectedResidues);
 497
 498         /*
 499          * Broadcast the selection (which may be empty, if the user just cleared all
 500          * selections)
 501          */
 502         getSsm().mouseOverStructure(atomSpecs);
 503
 504       }
 505     };
 506     new Thread(action).start();
 507   }
 508
 509   /**
 510    * Converts a list of Chimera(X) atomspecs to a list of AtomSpec representing the
 511    * corresponding residues (if any) in Jalview
 512    *
 513    * @param structureSelection
 514    * @return
 515    */
 516   protected List<AtomSpec> convertStructureResiduesToAlignment(
 517           List<String> structureSelection)
 518   {
 519     List<AtomSpec> atomSpecs = new ArrayList<>();
 520     for (String atomSpec : structureSelection)
 521     {
 522       try
 523       {
 524         AtomSpec spec = parseAtomSpec(atomSpec);
 525         String pdbfilename = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 526         spec.setPdbFile(pdbfilename);
 527         atomSpecs.add(spec);
 528       } catch (IllegalArgumentException e)
 529       {
 530         Console.error("Failed to parse atomspec: " + atomSpec);
 531       }
 532     }
 533     return atomSpecs;
 534   }
 535
 536   /**
 537    * @param modelId
 538    * @return
 539    */
 540   protected String getPdbFileForModel(int modelId)
 541   {
 542     /*
 543      * Work out the pdbfilename from the model number
 544      */
 545     String pdbfilename = modelFileNames[0];
 546     findfileloop: for (String pdbfile : this.chimeraMaps.keySet())
 547     {
 548       for (ChimeraModel cm : chimeraMaps.get(pdbfile))
 549       {
 550         if (cm.getModelNumber() == modelId)
 551         {
 552           pdbfilename = pdbfile;
 553           break findfileloop;
 554         }
 555       }
 556     }
 557     return pdbfilename;
 558   }
 559
 560   private void log(String message)
 561   {
 562     System.err.println("## Chimera log: " + message);
 563   }
 564
 565   /**
 566    * Constructs and send commands to Chimera to set attributes on residues for
 567    * features visible in Jalview.
 568    * <p>
 569    * The syntax is: setattr r &lt;attName&gt; &lt;attValue&gt; &lt;atomSpec&gt;
 570    * <p>
 571    * For example: setattr r jv_chain "Ferredoxin-1, Chloroplastic" #0:94.A
 572    *
 573    * @param avp
 574    * @return
 575    */
 576   public int sendFeaturesToViewer(AlignmentViewPanel avp)
 577   {
 578     // TODO refactor as required to pull up to an interface
 579
 580     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureValues = buildFeaturesMap(
 581             avp);
 582     List<StructureCommandI> commands = getCommandGenerator()
 583             .setAttributes(featureValues);
 584     if (commands.size() > 10)
 585     {
 586       sendCommandsByFile(commands);
 587     }
 588     else
 589     {
 590       executeCommands(commands, false, null);
 591     }
 592     return commands.size();
 593   }
 594
 595   /**
 596    * Write commands to a temporary file, and send a command to Chimera to open the
 597    * file as a commands script. For use when sending a large number of separate
 598    * commands would overload the REST interface mechanism.
 599    *
 600    * @param commands
 601    */
 602   protected void sendCommandsByFile(List<StructureCommandI> commands)
 603   {
 604     try
 605     {
 606       File tmp = File.createTempFile("chim", getCommandFileExtension());
 607       tmp.deleteOnExit();
 608       PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(tmp));
 609       for (StructureCommandI command : commands)
 610       {
 611         out.println(command.getCommand());
 612       }
 613       out.flush();
 614       out.close();
 615       String path = tmp.getAbsolutePath();
 616       StructureCommandI command = getCommandGenerator()
 617               .openCommandFile(path);
 618       executeCommand(false, null, command);
 619     } catch (IOException e)
 620     {
 621       System.err.println("Sending commands to Chimera via file failed with "
 622               + e.getMessage());
 623     }
 624   }
 625
 626   /**
 627    * Returns the file extension required for a file of commands to be read by
 628    * the structure viewer
 629    * @return
 630    */
 631   protected String getCommandFileExtension()
 632   {
 633     return ".com";
 634   }
 635
 636   /**
 637    * Create features in Jalview for the given attribute name and structure
 638    * residues.
 639    *
 640    * <pre>
 641    * The residue list should be 0, 1 or more reply lines of the format:
 642    *     residue id #0:5.A isHelix -155.000836316 index 5
 643    * or
 644    *     residue id #0:6.A isHelix None
 645    * </pre>
 646    *
 647    * @param attName
 648    * @param residues
 649    * @return the number of features added
 650    */
 651   protected int createFeaturesForAttributes(String attName,
 652           List<String> residues)
 653   {
 654     int featuresAdded = 0;
 655     String featureGroup = getViewerFeatureGroup();
 656
 657     for (String residue : residues)
 658     {
 659       AtomSpec spec = null;
 660       String[] tokens = residue.split(" ");
 661       if (tokens.length < 5)
 662       {
 663         continue;
 664       }
 665       String atomSpec = tokens[2];
 666       String attValue = tokens[4];
 667
 668       /*
 669        * ignore 'None' (e.g. for phi) or 'False' (e.g. for isHelix)
 670        */
 671       if ("None".equalsIgnoreCase(attValue)
 672               || "False".equalsIgnoreCase(attValue))
 673       {
 674         continue;
 675       }
 676
 677       try
 678       {
 679         spec = parseAtomSpec(atomSpec);
 680       } catch (IllegalArgumentException e)
 681       {
 682         Console.error("Problem parsing atomspec " + atomSpec);
 683         continue;
 684       }
 685
 686       String chainId = spec.getChain();
 687       String description = attValue;
 688       float score = Float.NaN;
 689       try
 690       {
 691         score = Float.valueOf(attValue);
 692         description = chainId;
 693       } catch (NumberFormatException e)
 694       {
 695         // was not a float value
 696       }
 697
 698       String pdbFile = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 699       spec.setPdbFile(pdbFile);
 700
 701       List<AtomSpec> atoms = Collections.singletonList(spec);
 702
 703       /*
 704        * locate the mapped position in the alignment (if any)
 705        */
 706       SearchResultsI sr = getSsm()
 707               .findAlignmentPositionsForStructurePositions(atoms);
 708
 709       /*
 710        * expect one matched alignment position, or none
 711        * (if the structure position is not mapped)
 712        */
 713       for (SearchResultMatchI m : sr.getResults())
 714       {
 715         SequenceI seq = m.getSequence();
 716         int start = m.getStart();
 717         int end = m.getEnd();
 718         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(attName, description,
 719                 start, end, score, featureGroup);
 720         // todo: should SequenceFeature have an explicit property for chain?
 721         // note: repeating the action shouldn't duplicate features
 722         if (seq.addSequenceFeature(sf))
 723         {
 724           featuresAdded++;
 725         }
 726       }
 727     }
 728     return featuresAdded;
 729   }
 730
 731   /**
 732    * Answers the feature group name to apply to features created in Jalview from
 733    * Chimera attributes
 734    *
 735    * @return
 736    */
 737   protected String getViewerFeatureGroup()
 738   {
 739     // todo pull up to interface
 740     return CHIMERA_FEATURE_GROUP;
 741   }
 742
 743   @Override
 744   public String getModelIdForFile(String pdbFile)
 745   {
 746     List<ChimeraModel> foundModels = chimeraMaps.get(pdbFile);
 747     if (foundModels != null && !foundModels.isEmpty())
 748     {
 749       return String.valueOf(foundModels.get(0).getModelNumber());
 750     }
 751     return "";
 752   }
 753
 754   /**
 755    * Answers a (possibly empty) list of attribute names in Chimera[X], excluding
 756    * any which were added from Jalview
 757    *
 758    * @return
 759    */
 760   public List<String> getChimeraAttributes()
 761   {
 762     List<String> attributes = new ArrayList<>();
 763     StructureCommandI command = getCommandGenerator().listResidueAttributes();
 764     final List<String> reply = executeCommand(command, true);
 765     if (reply != null)
 766     {
 767       for (String inputLine : reply)
 768       {
 769         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 770         if (lineParts.length == 2 && lineParts[0].equals("resattr"))
 771         {
 772           String attName = lineParts[1];
 773           /*
 774            * exclude attributes added from Jalview
 775            */
 776           if (!attName.startsWith(ChimeraCommands.NAMESPACE_PREFIX))
 777           {
 778             attributes.add(attName);
 779           }
 780         }
 781       }
 782     }
 783     return attributes;
 784   }
 785
 786   /**
 787    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file (.py)
 788    *
 789    * @return
 790    */
 791   @Override
 792   public String getSessionFileExtension()
 793   {
 794     return CHIMERA_SESSION_EXTENSION;
 795   }
 796
 797   @Override
 798   public String getHelpURL()
 799   {
 800     return "https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide";
 801   }
 802 }