src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.net.BindException;
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.Collections;
  30 import java.util.Iterator;
  31 import java.util.LinkedHashMap;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Map;
  34
  35 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager;
  36 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  37 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  38 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  39 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  40 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  41 import jalview.bin.Cache;
  42 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  43 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  44 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  45 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  46 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  47 import jalview.datamodel.SequenceI;
  48 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  49 import jalview.httpserver.AbstractRequestHandler;
  50 import jalview.io.DataSourceType;
  51 import jalview.structure.AtomSpec;
  52 import jalview.structure.StructureCommand;
  53 import jalview.structure.StructureCommandI;
  54 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  55 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  56
  57 public abstract class JalviewChimeraBinding extends AAStructureBindingModel
  58 {
  59   public static final String CHIMERA_SESSION_EXTENSION = ".py";
  60
  61   public static final String CHIMERA_FEATURE_GROUP = "Chimera";
  62
  63   // Chimera clause to exclude alternate locations in atom selection
  64   private static final String NO_ALTLOCS = "&~@.B-Z&~@.2-9";
  65
  66   private static final boolean debug = false;
  67
  68   private static final String PHOSPHORUS = "P";
  69
  70   private static final String ALPHACARBON = "CA";
  71
  72   /*
  73    * Object through which we talk to Chimera
  74    */
  75   private ChimeraManager chimeraManager;
  76
  77   /*
  78    * Object which listens to Chimera notifications
  79    */
  80   private AbstractRequestHandler chimeraListener;
  81
  82   /*
  83    * Map of ChimeraModel objects keyed by PDB full local file name
  84    */
  85   protected Map<String, List<ChimeraModel>> chimeraMaps = new LinkedHashMap<>();
  86
  87   String lastHighlightCommand;
  88
  89   private Thread chimeraMonitor;
  90
  91   /**
  92    * Open a PDB structure file in Chimera and set up mappings from Jalview.
  93    *
  94    * We check if the PDB model id is already loaded in Chimera, if so don't reopen
  95    * it. This is the case if Chimera has opened a saved session file.
  96    *
  97    * @param pe
  98    * @return
  99    */
 100   public boolean openFile(PDBEntry pe)
 101   {
 102     String file = pe.getFile();
 103     try
 104     {
 105       List<ChimeraModel> modelsToMap = new ArrayList<>();
 106       List<ChimeraModel> oldList = chimeraManager.getModelList();
 107       boolean alreadyOpen = false;
 108
 109       /*
 110        * If Chimera already has this model, don't reopen it, but do remap it.
 111        */
 112       for (ChimeraModel open : oldList)
 113       {
 114         if (open.getModelName().equals(pe.getId()))
 115         {
 116           alreadyOpen = true;
 117           modelsToMap.add(open);
 118         }
 119       }
 120
 121       /*
 122        * If Chimera doesn't yet have this model, ask it to open it, and retrieve
 123        * the model name(s) added by Chimera.
 124        */
 125       if (!alreadyOpen)
 126       {
 127         chimeraManager.openModel(file, pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL);
 128         addChimeraModel(pe, modelsToMap);
 129       }
 130
 131       chimeraMaps.put(file, modelsToMap);
 132
 133       if (getSsm() != null)
 134       {
 135         getSsm().addStructureViewerListener(this);
 136       }
 137       return true;
 138     } catch (Exception q)
 139     {
 140       log("Exception when trying to open model " + file + "\n"
 141               + q.toString());
 142       q.printStackTrace();
 143     }
 144     return false;
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Adds the ChimeraModel corresponding to the given PDBEntry, based on model
 149    * name matching PDB id
 150    *
 151    * @param pe
 152    * @param modelsToMap
 153    */
 154   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
 155           List<ChimeraModel> modelsToMap)
 156   {
 157     /*
 158      * Chimera: query for actual models and find the one with
 159      * matching model name - already set in viewer.openModel()
 160      */
 161     List<ChimeraModel> newList = chimeraManager.getModelList();
 162     // JAL-1728 newList.removeAll(oldList) does not work
 163     for (ChimeraModel cm : newList)
 164     {
 165       if (cm.getModelName().equals(pe.getId()))
 166       {
 167         modelsToMap.add(cm);
 168       }
 169     }
 170   }
 171
 172   /**
 173    * Constructor
 174    *
 175    * @param ssm
 176    * @param pdbentry
 177    * @param sequenceIs
 178    * @param protocol
 179    */
 180   public JalviewChimeraBinding(StructureSelectionManager ssm,
 181           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 182           DataSourceType protocol)
 183   {
 184     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
 185     chimeraManager = new ChimeraManager(new StructureManager(true));
 186     chimeraManager.setChimeraX(ViewerType.CHIMERAX.equals(getViewerType()));
 187     setStructureCommands(new ChimeraCommands());
 188   }
 189
 190   @Override
 191   protected ViewerType getViewerType()
 192   {
 193     return ViewerType.CHIMERA;
 194   }
 195
 196   /**
 197    * Starts a thread that waits for the Chimera process to finish, so that we can
 198    * then close the associated resources. This avoids leaving orphaned Chimera
 199    * viewer panels in Jalview if the user closes Chimera.
 200    */
 201   protected void startChimeraProcessMonitor()
 202   {
 203     final Process p = chimeraManager.getChimeraProcess();
 204     chimeraMonitor = new Thread(new Runnable()
 205     {
 206
 207       @Override
 208       public void run()
 209       {
 210         try
 211         {
 212           p.waitFor();
 213           JalviewStructureDisplayI display = getViewer();
 214           if (display != null)
 215           {
 216             display.closeViewer(false);
 217           }
 218         } catch (InterruptedException e)
 219         {
 220           // exit thread if Chimera Viewer is closed in Jalview
 221         }
 222       }
 223     });
 224     chimeraMonitor.start();
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Start a dedicated HttpServer to listen for Chimera notifications, and tell it
 229    * to start listening
 230    */
 231   public void startChimeraListener()
 232   {
 233     try
 234     {
 235       chimeraListener = new ChimeraListener(this);
 236       chimeraManager.startListening(chimeraListener.getUri());
 237     } catch (BindException e)
 238     {
 239       System.err.println(
 240               "Failed to start Chimera listener: " + e.getMessage());
 241     }
 242   }
 243
 244   /**
 245    * Close down the Jalview viewer and listener, and (optionally) the associated
 246    * Chimera window.
 247    */
 248   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 249   {
 250     getSsm().removeStructureViewerListener(this, this.getStructureFiles());
 251     if (closeChimera)
 252     {
 253       chimeraManager.exitChimera();
 254     }
 255     if (this.chimeraListener != null)
 256     {
 257       chimeraListener.shutdown();
 258       chimeraListener = null;
 259     }
 260     chimeraManager = null;
 261
 262     if (chimeraMonitor != null)
 263     {
 264       chimeraMonitor.interrupt();
 265     }
 266     releaseUIResources();
 267   }
 268
 269   /**
 270    * Helper method to construct model spec in Chimera format:
 271    * <ul>
 272    * <li>#0 (#1 etc) for a PDB file with no sub-models</li>
 273    * <li>#0.1 (#1.1 etc) for a PDB file with sub-models</li>
 274    * <ul>
 275    * Note for now we only ever choose the first of multiple models. This
 276    * corresponds to the hard-coded Jmol equivalent (compare {1.1}). Refactor in
 277    * future if there is a need to select specific sub-models.
 278    *
 279    * @param pdbfnum
 280    * @return
 281    */
 282   protected String getModelSpec(int pdbfnum)
 283   {
 284     if (pdbfnum < 0 || pdbfnum >= getPdbCount())
 285     {
 286       return "#" + pdbfnum; // temp hack for ChimeraX
 287     }
 288
 289     /*
 290      * For now, the test for having sub-models is whether multiple Chimera
 291      * models are mapped for the PDB file; the models are returned as a response
 292      * to the Chimera command 'list models type molecule', see
 293      * ChimeraManager.getModelList().
 294      */
 295     List<ChimeraModel> maps = chimeraMaps.get(getStructureFiles()[pdbfnum]);
 296     boolean hasSubModels = maps != null && maps.size() > 1;
 297     return "#" + String.valueOf(pdbfnum) + (hasSubModels ? ".1" : "");
 298   }
 299
 300   /**
 301    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 302    * running. Returns true if Chimera is successfully launched, or already
 303    * running, else false.
 304    *
 305    * @return
 306    */
 307   public boolean launchChimera()
 308   {
 309     if (chimeraManager.isChimeraLaunched())
 310     {
 311       return true;
 312     }
 313
 314     boolean launched = chimeraManager.launchChimera(getChimeraPaths());
 315     if (launched)
 316     {
 317       startChimeraProcessMonitor();
 318     }
 319     else
 320     {
 321       log("Failed to launch Chimera!");
 322     }
 323     return launched;
 324   }
 325
 326   /**
 327    * Returns a list of candidate paths to the Chimera program executable
 328    *
 329    * @return
 330    */
 331   protected List<String> getChimeraPaths()
 332   {
 333     return StructureManager.getChimeraPaths(false);
 334   }
 335
 336   /**
 337    * Answers true if the Chimera process is still running, false if ended or not
 338    * started.
 339    *
 340    * @return
 341    */
 342   public boolean isChimeraRunning()
 343   {
 344     return chimeraManager.isChimeraLaunched();
 345   }
 346
 347   /**
 348    * Send a command to Chimera, and optionally log and return any responses.
 349    *
 350    * @param command
 351    * @param getResponse
 352    */
 353   @Override
 354   public List<String> executeCommand(final StructureCommandI command,
 355           boolean getResponse)
 356   {
 357     if (chimeraManager == null || command == null)
 358     {
 359       // ? thread running after viewer shut down
 360       return null;
 361     }
 362     List<String> reply = null;
 363     // trim command or it may never find a match in the replyLog!!
 364     String cmd = command.getCommand().trim();
 365     List<String> lastReply = chimeraManager
 366             .sendChimeraCommand(cmd, getResponse);
 367     if (getResponse)
 368     {
 369       reply = lastReply;
 370       if (debug)
 371       {
 372         log("Response from command ('" + cmd + "') was:\n" + lastReply);
 373       }
 374     }
 375
 376     return reply;
 377   }
 378
 379   @Override
 380   public synchronized String[] getStructureFiles()
 381   {
 382     if (chimeraManager == null)
 383     {
 384       return new String[0];
 385     }
 386
 387     return chimeraMaps.keySet()
 388             .toArray(modelFileNames = new String[chimeraMaps.size()]);
 389   }
 390
 391   /**
 392    * Construct and send a command to highlight zero, one or more atoms. We do this
 393    * by sending an "rlabel" command to show the residue label at that position.
 394    */
 395   @Override
 396   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 397   {
 398     if (atoms == null || atoms.size() == 0)
 399     {
 400       return;
 401     }
 402
 403     boolean forChimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 404     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 405     boolean first = true;
 406     boolean found = false;
 407
 408     for (AtomSpec atom : atoms)
 409     {
 410       int pdbResNum = atom.getPdbResNum();
 411       String chain = atom.getChain();
 412       String pdbfile = atom.getPdbFile();
 413       List<ChimeraModel> cms = chimeraMaps.get(pdbfile);
 414       if (cms != null && !cms.isEmpty())
 415       {
 416         if (first)
 417         {
 418           cmd.append(forChimeraX ? "label #" : "rlabel #");
 419         }
 420         else
 421         {
 422           cmd.append(",");
 423         }
 424         first = false;
 425         if (forChimeraX)
 426         {
 427           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 428                   .append("/").append(chain).append(":").append(pdbResNum);
 429         }
 430         else
 431         {
 432           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 433                   .append(":").append(pdbResNum);
 434           if (!chain.equals(" ") && !forChimeraX)
 435           {
 436             cmd.append(".").append(chain);
 437           }
 438         }
 439         found = true;
 440       }
 441     }
 442     String command = cmd.toString();
 443
 444     /*
 445      * avoid repeated commands for the same residue
 446      */
 447     if (command.equals(lastHighlightCommand))
 448     {
 449       return;
 450     }
 451
 452     /*
 453      * unshow the label for the previous residue
 454      */
 455     if (lastHighlightCommand != null)
 456     {
 457       chimeraManager.sendChimeraCommand("~" + lastHighlightCommand, false);
 458     }
 459     if (found)
 460     {
 461       chimeraManager.sendChimeraCommand(command, false);
 462     }
 463     this.lastHighlightCommand = command;
 464   }
 465
 466   /**
 467    * Query Chimera for its current selection, and highlight it on the alignment
 468    */
 469   public void highlightChimeraSelection()
 470   {
 471     /*
 472      * Ask Chimera for its current selection
 473      */
 474     List<String> selection = chimeraManager.getSelectedResidueSpecs();
 475
 476     /*
 477      * Parse model number, residue and chain for each selected position,
 478      * formatted as #0:123.A or #1.2:87.B (#model.submodel:residue.chain)
 479      */
 480     List<AtomSpec> atomSpecs = convertStructureResiduesToAlignment(
 481             selection);
 482
 483     /*
 484      * Broadcast the selection (which may be empty, if the user just cleared all
 485      * selections)
 486      */
 487     getSsm().mouseOverStructure(atomSpecs);
 488   }
 489
 490   /**
 491    * Converts a list of Chimera atomspecs to a list of AtomSpec representing the
 492    * corresponding residues (if any) in Jalview
 493    *
 494    * @param structureSelection
 495    * @return
 496    */
 497   protected List<AtomSpec> convertStructureResiduesToAlignment(
 498           List<String> structureSelection)
 499   {
 500     boolean chimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 501     List<AtomSpec> atomSpecs = new ArrayList<>();
 502     for (String atomSpec : structureSelection)
 503     {
 504       try
 505       {
 506         AtomSpec spec = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec, chimeraX);
 507         String pdbfilename = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 508         spec.setPdbFile(pdbfilename);
 509         atomSpecs.add(spec);
 510       } catch (IllegalArgumentException e)
 511       {
 512         System.err.println("Failed to parse atomspec: " + atomSpec);
 513       }
 514     }
 515     return atomSpecs;
 516   }
 517
 518   /**
 519    * @param modelId
 520    * @return
 521    */
 522   protected String getPdbFileForModel(int modelId)
 523   {
 524     /*
 525      * Work out the pdbfilename from the model number
 526      */
 527     String pdbfilename = modelFileNames[0];
 528     findfileloop: for (String pdbfile : this.chimeraMaps.keySet())
 529     {
 530       for (ChimeraModel cm : chimeraMaps.get(pdbfile))
 531       {
 532         if (cm.getModelNumber() == modelId)
 533         {
 534           pdbfilename = pdbfile;
 535           break findfileloop;
 536         }
 537       }
 538     }
 539     return pdbfilename;
 540   }
 541
 542   private void log(String message)
 543   {
 544     System.err.println("## Chimera log: " + message);
 545   }
 546
 547   /**
 548    * Ask Chimera to save its session to the given file. Returns true if
 549    * successful, else false.
 550    *
 551    * @param filepath
 552    * @return
 553    */
 554   public boolean saveSession(String filepath)
 555   {
 556     if (isChimeraRunning())
 557     {
 558       /*
 559        * Chimera:  https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/save.html
 560        * ChimeraX: https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/save.html
 561        */
 562       String command = getCommandGenerator().saveSession(filepath)
 563               .getCommand();
 564       List<String> reply = chimeraManager.sendChimeraCommand(command, true);
 565       if (reply.contains("Session written"))
 566       {
 567         return true;
 568       }
 569       else
 570       {
 571         Cache.log
 572                 .error("Error saving Chimera session: " + reply.toString());
 573       }
 574     }
 575     return false;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * Ask Chimera to open a session file. Returns true if successful, else false.
 580    * The filename must have a .py (Chimera) or .cxs (ChimeraX) extension for
 581    * this command to work.
 582    *
 583    * @param filepath
 584    * @return
 585    */
 586   public boolean openSession(String filepath)
 587   {
 588     /*
 589      * Chimera:  https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/open.html
 590      * ChimeraX: https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/open.html
 591      */
 592     executeCommand(getCommandGenerator().loadFile(filepath), true);
 593     // todo: test for failure - how?
 594     return true;
 595   }
 596
 597   /**
 598    * Send a 'show' command for all atoms in the currently selected columns
 599    *
 600    * TODO: pull up to abstract structure viewer interface
 601    *
 602    * @param vp
 603    */
 604   public void highlightSelection(AlignmentViewPanel vp)
 605   {
 606     List<Integer> cols = vp.getAlignViewport().getColumnSelection()
 607             .getSelected();
 608     AlignmentI alignment = vp.getAlignment();
 609     StructureSelectionManager sm = getSsm();
 610     for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
 611     {
 612       /*
 613        * convert selected columns into sequence positions
 614        */
 615       int[] positions = new int[cols.size()];
 616       int i = 0;
 617       for (Integer col : cols)
 618       {
 619         positions[i++] = seq.findPosition(col);
 620       }
 621       sm.highlightStructure(this, seq, positions);
 622     }
 623   }
 624
 625   /**
 626    * Constructs and send commands to Chimera to set attributes on residues for
 627    * features visible in Jalview
 628    *
 629    * @param avp
 630    * @return
 631    */
 632   public int sendFeaturesToViewer(AlignmentViewPanel avp)
 633   {
 634     // TODO refactor as required to pull up to an interface
 635     String[] files = getStructureFiles();
 636     if (files == null)
 637     {
 638       return 0;
 639     }
 640
 641     List<StructureCommandI> commands = getCommandGenerator()
 642             .setAttributesForFeatures(getSsm(), files, getSequence(), avp);
 643     if (commands.size() > 10)
 644     {
 645       sendCommandsByFile(commands);
 646     }
 647     else
 648     {
 649       for (StructureCommandI command : commands)
 650       {
 651         sendAsynchronousCommand(command, null);
 652       }
 653     }
 654     return commands.size();
 655   }
 656
 657   /**
 658    * Write commands to a temporary file, and send a command to Chimera to open the
 659    * file as a commands script. For use when sending a large number of separate
 660    * commands would overload the REST interface mechanism.
 661    *
 662    * @param commands
 663    */
 664   protected void sendCommandsByFile(List<StructureCommandI> commands)
 665   {
 666     try
 667     {
 668       File tmp = File.createTempFile("chim", getCommandFileExtension());
 669       tmp.deleteOnExit();
 670       PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(tmp));
 671       for (StructureCommandI command : commands)
 672       {
 673         out.println(command.getCommand());
 674       }
 675       out.flush();
 676       out.close();
 677       String path = tmp.getAbsolutePath();
 678       StructureCommandI command = getCommandGenerator()
 679               .openCommandFile(path);
 680       sendAsynchronousCommand(command, null);
 681     } catch (IOException e)
 682     {
 683       System.err.println("Sending commands to Chimera via file failed with "
 684               + e.getMessage());
 685     }
 686   }
 687
 688   /**
 689    * Returns the file extension required for a file of commands to be read by
 690    * the structure viewer
 691    * @return
 692    */
 693   protected String getCommandFileExtension()
 694   {
 695     return ".com";
 696   }
 697
 698   /**
 699    * Get Chimera residues which have the named attribute, find the mapped
 700    * positions in the Jalview sequence(s), and set as sequence features
 701    *
 702    * @param attName
 703    * @param alignmentPanel
 704    */
 705   public void copyStructureAttributesToFeatures(String attName,
 706           AlignmentViewPanel alignmentPanel)
 707   {
 708     // todo pull up to AAStructureBindingModel (and interface?)
 709
 710     /*
 711      * ask Chimera to list residues with the attribute, reporting its value
 712      */
 713     // this alternative command
 714     // list residues spec ':*/attName' attr attName
 715     // doesn't report 'None' values (which is good), but
 716     // fails for 'average.bfactor' (which is bad):
 717
 718     String cmd = "list residues attr '" + attName + "'";
 719     List<String> residues = executeCommand(new StructureCommand(cmd), true);
 720
 721     boolean featureAdded = createFeaturesForAttributes(attName, residues);
 722     if (featureAdded)
 723     {
 724       alignmentPanel.getFeatureRenderer().featuresAdded();
 725     }
 726   }
 727
 728   /**
 729    * Create features in Jalview for the given attribute name and structure
 730    * residues.
 731    *
 732    * <pre>
 733    * The residue list should be 0, 1 or more reply lines of the format:
 734    *     residue id #0:5.A isHelix -155.000836316 index 5
 735    * or
 736    *     residue id #0:6.A isHelix None
 737    * </pre>
 738    *
 739    * @param attName
 740    * @param residues
 741    * @return
 742    */
 743   protected boolean createFeaturesForAttributes(String attName,
 744           List<String> residues)
 745   {
 746     boolean featureAdded = false;
 747     String featureGroup = getViewerFeatureGroup();
 748     boolean chimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 749
 750     for (String residue : residues)
 751     {
 752       AtomSpec spec = null;
 753       String[] tokens = residue.split(" ");
 754       if (tokens.length < 5)
 755       {
 756         continue;
 757       }
 758       String atomSpec = tokens[2];
 759       String attValue = tokens[4];
 760
 761       /*
 762        * ignore 'None' (e.g. for phi) or 'False' (e.g. for isHelix)
 763        */
 764       if ("None".equalsIgnoreCase(attValue)
 765               || "False".equalsIgnoreCase(attValue))
 766       {
 767         continue;
 768       }
 769
 770       try
 771       {
 772         spec = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec, chimeraX);
 773       } catch (IllegalArgumentException e)
 774       {
 775         System.err.println("Problem parsing atomspec " + atomSpec);
 776         continue;
 777       }
 778
 779       String chainId = spec.getChain();
 780       String description = attValue;
 781       float score = Float.NaN;
 782       try
 783       {
 784         score = Float.valueOf(attValue);
 785         description = chainId;
 786       } catch (NumberFormatException e)
 787       {
 788         // was not a float value
 789       }
 790
 791       String pdbFile = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 792       spec.setPdbFile(pdbFile);
 793
 794       List<AtomSpec> atoms = Collections.singletonList(spec);
 795
 796       /*
 797        * locate the mapped position in the alignment (if any)
 798        */
 799       SearchResultsI sr = getSsm()
 800               .findAlignmentPositionsForStructurePositions(atoms);
 801
 802       /*
 803        * expect one matched alignment position, or none
 804        * (if the structure position is not mapped)
 805        */
 806       for (SearchResultMatchI m : sr.getResults())
 807       {
 808         SequenceI seq = m.getSequence();
 809         int start = m.getStart();
 810         int end = m.getEnd();
 811         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(attName, description,
 812                 start, end, score, featureGroup);
 813         // todo: should SequenceFeature have an explicit property for chain?
 814         // note: repeating the action shouldn't duplicate features
 815         featureAdded |= seq.addSequenceFeature(sf);
 816       }
 817     }
 818     return featureAdded;
 819   }
 820
 821   /**
 822    * Answers the feature group name to apply to features created in Jalview from
 823    * Chimera attributes
 824    *
 825    * @return
 826    */
 827   protected String getViewerFeatureGroup()
 828   {
 829     // todo pull up to interface
 830     return CHIMERA_FEATURE_GROUP;
 831   }
 832
 833   @Override
 834   public String getModelIdForFile(String pdbFile)
 835   {
 836     List<ChimeraModel> foundModels = chimeraMaps.get(pdbFile);
 837     if (foundModels != null && !foundModels.isEmpty())
 838     {
 839       return String.valueOf(foundModels.get(0).getModelNumber());
 840     }
 841     return "";
 842   }
 843
 844   /**
 845    * Answers a (possibly empty) list of attribute names in Chimera[X], excluding
 846    * any which were added from Jalview
 847    *
 848    * @return
 849    */
 850   public List<String> getChimeraAttributes()
 851   {
 852     List<String> atts = chimeraManager.getAttrList();
 853     Iterator<String> it = atts.iterator();
 854     while (it.hasNext())
 855     {
 856       if (it.next().startsWith(ChimeraCommands.NAMESPACE_PREFIX))
 857       {
 858         /*
 859          * attribute added from Jalview - exclude it
 860          */
 861         it.remove();
 862       }
 863     }
 864     return atts;
 865   }
 866
 867   /**
 868    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file (.py)
 869    *
 870    * @return
 871    */
 872   @Override
 873   public String getSessionFileExtension()
 874   {
 875     return CHIMERA_SESSION_EXTENSION;
 876   }
 877
 878   public String getHelpURL()
 879   {
 880     return "https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide";
 881   }
 882 }