src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  29 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  33 import jalview.httpserver.AbstractRequestHandler;
  34 import jalview.io.DataSourceType;
  35 import jalview.structure.AtomSpec;
  36 import jalview.structure.StructureCommand;
  37 import jalview.structure.StructureCommandI;
  38 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  39 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  40
  41 import java.io.File;
  42 import java.io.FileOutputStream;
  43 import java.io.IOException;
  44 import java.io.PrintWriter;
  45 import java.net.BindException;
  46 import java.util.ArrayList;
  47 import java.util.Collections;
  48 import java.util.Iterator;
  49 import java.util.LinkedHashMap;
  50 import java.util.List;
  51 import java.util.Map;
  52
  53 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager;
  54 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  55 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  56 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  57
  58 public abstract class JalviewChimeraBinding extends AAStructureBindingModel
  59 {
  60   public static final String CHIMERA_FEATURE_GROUP = "Chimera";
  61
  62   // Chimera clause to exclude alternate locations in atom selection
  63   private static final String NO_ALTLOCS = "&~@.B-Z&~@.2-9";
  64
  65   private static final boolean debug = false;
  66
  67   private static final String PHOSPHORUS = "P";
  68
  69   private static final String ALPHACARBON = "CA";
  70
  71   /*
  72    * Object through which we talk to Chimera
  73    */
  74   private ChimeraManager chimeraManager;
  75
  76   /*
  77    * Object which listens to Chimera notifications
  78    */
  79   private AbstractRequestHandler chimeraListener;
  80
  81   /*
  82    * Map of ChimeraModel objects keyed by PDB full local file name
  83    */
  84   protected Map<String, List<ChimeraModel>> chimeraMaps = new LinkedHashMap<>();
  85
  86   String lastHighlightCommand;
  87
  88   private Thread chimeraMonitor;
  89
  90   /**
  91    * Open a PDB structure file in Chimera and set up mappings from Jalview.
  92    *
  93    * We check if the PDB model id is already loaded in Chimera, if so don't reopen
  94    * it. This is the case if Chimera has opened a saved session file.
  95    *
  96    * @param pe
  97    * @return
  98    */
  99   public boolean openFile(PDBEntry pe)
 100   {
 101     String file = pe.getFile();
 102     try
 103     {
 104       List<ChimeraModel> modelsToMap = new ArrayList<>();
 105       List<ChimeraModel> oldList = chimeraManager.getModelList();
 106       boolean alreadyOpen = false;
 107
 108       /*
 109        * If Chimera already has this model, don't reopen it, but do remap it.
 110        */
 111       for (ChimeraModel open : oldList)
 112       {
 113         if (open.getModelName().equals(pe.getId()))
 114         {
 115           alreadyOpen = true;
 116           modelsToMap.add(open);
 117         }
 118       }
 119
 120       /*
 121        * If Chimera doesn't yet have this model, ask it to open it, and retrieve
 122        * the model name(s) added by Chimera.
 123        */
 124       if (!alreadyOpen)
 125       {
 126         chimeraManager.openModel(file, pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL);
 127         addChimeraModel(pe, modelsToMap);
 128       }
 129
 130       chimeraMaps.put(file, modelsToMap);
 131
 132       if (getSsm() != null)
 133       {
 134         getSsm().addStructureViewerListener(this);
 135       }
 136       return true;
 137     } catch (Exception q)
 138     {
 139       log("Exception when trying to open model " + file + "\n"
 140               + q.toString());
 141       q.printStackTrace();
 142     }
 143     return false;
 144   }
 145
 146   /**
 147    * Adds the ChimeraModel corresponding to the given PDBEntry, based on model
 148    * name matching PDB id
 149    *
 150    * @param pe
 151    * @param modelsToMap
 152    */
 153   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
 154           List<ChimeraModel> modelsToMap)
 155   {
 156     /*
 157      * Chimera: query for actual models and find the one with
 158      * matching model name - already set in viewer.openModel()
 159      */
 160     List<ChimeraModel> newList = chimeraManager.getModelList();
 161     // JAL-1728 newList.removeAll(oldList) does not work
 162     for (ChimeraModel cm : newList)
 163     {
 164       if (cm.getModelName().equals(pe.getId()))
 165       {
 166         modelsToMap.add(cm);
 167       }
 168     }
 169   }
 170
 171   /**
 172    * Constructor
 173    *
 174    * @param ssm
 175    * @param pdbentry
 176    * @param sequenceIs
 177    * @param protocol
 178    */
 179   public JalviewChimeraBinding(StructureSelectionManager ssm,
 180           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 181           DataSourceType protocol)
 182   {
 183     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
 184     chimeraManager = new ChimeraManager(new StructureManager(true));
 185     chimeraManager.setChimeraX(ViewerType.CHIMERAX.equals(getViewerType()));
 186     setStructureCommands(new ChimeraCommands());
 187   }
 188
 189   @Override
 190   protected ViewerType getViewerType()
 191   {
 192     return ViewerType.CHIMERA;
 193   }
 194
 195   /**
 196    * Starts a thread that waits for the Chimera process to finish, so that we can
 197    * then close the associated resources. This avoids leaving orphaned Chimera
 198    * viewer panels in Jalview if the user closes Chimera.
 199    */
 200   protected void startChimeraProcessMonitor()
 201   {
 202     final Process p = chimeraManager.getChimeraProcess();
 203     chimeraMonitor = new Thread(new Runnable()
 204     {
 205
 206       @Override
 207       public void run()
 208       {
 209         try
 210         {
 211           p.waitFor();
 212           JalviewStructureDisplayI display = getViewer();
 213           if (display != null)
 214           {
 215             display.closeViewer(false);
 216           }
 217         } catch (InterruptedException e)
 218         {
 219           // exit thread if Chimera Viewer is closed in Jalview
 220         }
 221       }
 222     });
 223     chimeraMonitor.start();
 224   }
 225
 226   /**
 227    * Start a dedicated HttpServer to listen for Chimera notifications, and tell it
 228    * to start listening
 229    */
 230   public void startChimeraListener()
 231   {
 232     try
 233     {
 234       chimeraListener = new ChimeraListener(this);
 235       chimeraManager.startListening(chimeraListener.getUri());
 236     } catch (BindException e)
 237     {
 238       System.err.println(
 239               "Failed to start Chimera listener: " + e.getMessage());
 240     }
 241   }
 242
 243   /**
 244    * Close down the Jalview viewer and listener, and (optionally) the associated
 245    * Chimera window.
 246    */
 247   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 248   {
 249     getSsm().removeStructureViewerListener(this, this.getStructureFiles());
 250     if (closeChimera)
 251     {
 252       chimeraManager.exitChimera();
 253     }
 254     if (this.chimeraListener != null)
 255     {
 256       chimeraListener.shutdown();
 257       chimeraListener = null;
 258     }
 259     chimeraManager = null;
 260
 261     if (chimeraMonitor != null)
 262     {
 263       chimeraMonitor.interrupt();
 264     }
 265     releaseUIResources();
 266   }
 267
 268   /**
 269    * Helper method to construct model spec in Chimera format:
 270    * <ul>
 271    * <li>#0 (#1 etc) for a PDB file with no sub-models</li>
 272    * <li>#0.1 (#1.1 etc) for a PDB file with sub-models</li>
 273    * <ul>
 274    * Note for now we only ever choose the first of multiple models. This
 275    * corresponds to the hard-coded Jmol equivalent (compare {1.1}). Refactor in
 276    * future if there is a need to select specific sub-models.
 277    *
 278    * @param pdbfnum
 279    * @return
 280    */
 281   protected String getModelSpec(int pdbfnum)
 282   {
 283     if (pdbfnum < 0 || pdbfnum >= getPdbCount())
 284     {
 285       return "#" + pdbfnum; // temp hack for ChimeraX
 286     }
 287
 288     /*
 289      * For now, the test for having sub-models is whether multiple Chimera
 290      * models are mapped for the PDB file; the models are returned as a response
 291      * to the Chimera command 'list models type molecule', see
 292      * ChimeraManager.getModelList().
 293      */
 294     List<ChimeraModel> maps = chimeraMaps.get(getStructureFiles()[pdbfnum]);
 295     boolean hasSubModels = maps != null && maps.size() > 1;
 296     return "#" + String.valueOf(pdbfnum) + (hasSubModels ? ".1" : "");
 297   }
 298
 299   /**
 300    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 301    * running. Returns true if Chimera is successfully launched, or already
 302    * running, else false.
 303    *
 304    * @return
 305    */
 306   public boolean launchChimera()
 307   {
 308     if (chimeraManager.isChimeraLaunched())
 309     {
 310       return true;
 311     }
 312
 313     boolean launched = chimeraManager.launchChimera(getChimeraPaths());
 314     if (launched)
 315     {
 316       startChimeraProcessMonitor();
 317     }
 318     else
 319     {
 320       log("Failed to launch Chimera!");
 321     }
 322     return launched;
 323   }
 324
 325   /**
 326    * Returns a list of candidate paths to the Chimera program executable
 327    *
 328    * @return
 329    */
 330   protected List<String> getChimeraPaths()
 331   {
 332     return StructureManager.getChimeraPaths(false);
 333   }
 334
 335   /**
 336    * Answers true if the Chimera process is still running, false if ended or not
 337    * started.
 338    *
 339    * @return
 340    */
 341   public boolean isChimeraRunning()
 342   {
 343     return chimeraManager.isChimeraLaunched();
 344   }
 345
 346   /**
 347    * Send a command to Chimera, and optionally log and return any responses.
 348    *
 349    * @param command
 350    * @param getResponse
 351    */
 352   @Override
 353   public List<String> executeCommand(final StructureCommandI command,
 354           boolean getResponse)
 355   {
 356     if (chimeraManager == null || command == null)
 357     {
 358       // ? thread running after viewer shut down
 359       return null;
 360     }
 361     List<String> reply = null;
 362     // trim command or it may never find a match in the replyLog!!
 363     String cmd = command.getCommand().trim();
 364     List<String> lastReply = chimeraManager
 365             .sendChimeraCommand(cmd, getResponse);
 366     if (getResponse)
 367     {
 368       reply = lastReply;
 369       if (debug)
 370       {
 371         log("Response from command ('" + cmd + "') was:\n" + lastReply);
 372       }
 373     }
 374
 375     return reply;
 376   }
 377
 378   @Override
 379   public synchronized String[] getStructureFiles()
 380   {
 381     if (chimeraManager == null)
 382     {
 383       return new String[0];
 384     }
 385
 386     return chimeraMaps.keySet()
 387             .toArray(modelFileNames = new String[chimeraMaps.size()]);
 388   }
 389
 390   /**
 391    * Construct and send a command to highlight zero, one or more atoms. We do this
 392    * by sending an "rlabel" command to show the residue label at that position.
 393    */
 394   @Override
 395   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 396   {
 397     if (atoms == null || atoms.size() == 0)
 398     {
 399       return;
 400     }
 401
 402     boolean forChimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 403     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 404     boolean first = true;
 405     boolean found = false;
 406
 407     for (AtomSpec atom : atoms)
 408     {
 409       int pdbResNum = atom.getPdbResNum();
 410       String chain = atom.getChain();
 411       String pdbfile = atom.getPdbFile();
 412       List<ChimeraModel> cms = chimeraMaps.get(pdbfile);
 413       if (cms != null && !cms.isEmpty())
 414       {
 415         if (first)
 416         {
 417           cmd.append(forChimeraX ? "label #" : "rlabel #");
 418         }
 419         else
 420         {
 421           cmd.append(",");
 422         }
 423         first = false;
 424         if (forChimeraX)
 425         {
 426           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 427                   .append("/").append(chain).append(":").append(pdbResNum);
 428         }
 429         else
 430         {
 431           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 432                   .append(":").append(pdbResNum);
 433           if (!chain.equals(" ") && !forChimeraX)
 434           {
 435             cmd.append(".").append(chain);
 436           }
 437         }
 438         found = true;
 439       }
 440     }
 441     String command = cmd.toString();
 442
 443     /*
 444      * avoid repeated commands for the same residue
 445      */
 446     if (command.equals(lastHighlightCommand))
 447     {
 448       return;
 449     }
 450
 451     /*
 452      * unshow the label for the previous residue
 453      */
 454     if (lastHighlightCommand != null)
 455     {
 456       chimeraManager.sendChimeraCommand("~" + lastHighlightCommand, false);
 457     }
 458     if (found)
 459     {
 460       chimeraManager.sendChimeraCommand(command, false);
 461     }
 462     this.lastHighlightCommand = command;
 463   }
 464
 465   /**
 466    * Query Chimera for its current selection, and highlight it on the alignment
 467    */
 468   public void highlightChimeraSelection()
 469   {
 470     /*
 471      * Ask Chimera for its current selection
 472      */
 473     List<String> selection = chimeraManager.getSelectedResidueSpecs();
 474
 475     /*
 476      * Parse model number, residue and chain for each selected position,
 477      * formatted as #0:123.A or #1.2:87.B (#model.submodel:residue.chain)
 478      */
 479     List<AtomSpec> atomSpecs = convertStructureResiduesToAlignment(
 480             selection);
 481
 482     /*
 483      * Broadcast the selection (which may be empty, if the user just cleared all
 484      * selections)
 485      */
 486     getSsm().mouseOverStructure(atomSpecs);
 487   }
 488
 489   /**
 490    * Converts a list of Chimera atomspecs to a list of AtomSpec representing the
 491    * corresponding residues (if any) in Jalview
 492    *
 493    * @param structureSelection
 494    * @return
 495    */
 496   protected List<AtomSpec> convertStructureResiduesToAlignment(
 497           List<String> structureSelection)
 498   {
 499     boolean chimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 500     List<AtomSpec> atomSpecs = new ArrayList<>();
 501     for (String atomSpec : structureSelection)
 502     {
 503       try
 504       {
 505         AtomSpec spec = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec, chimeraX);
 506         String pdbfilename = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 507         spec.setPdbFile(pdbfilename);
 508         atomSpecs.add(spec);
 509       } catch (IllegalArgumentException e)
 510       {
 511         System.err.println("Failed to parse atomspec: " + atomSpec);
 512       }
 513     }
 514     return atomSpecs;
 515   }
 516
 517   /**
 518    * @param modelId
 519    * @return
 520    */
 521   protected String getPdbFileForModel(int modelId)
 522   {
 523     /*
 524      * Work out the pdbfilename from the model number
 525      */
 526     String pdbfilename = modelFileNames[0];
 527     findfileloop: for (String pdbfile : this.chimeraMaps.keySet())
 528     {
 529       for (ChimeraModel cm : chimeraMaps.get(pdbfile))
 530       {
 531         if (cm.getModelNumber() == modelId)
 532         {
 533           pdbfilename = pdbfile;
 534           break findfileloop;
 535         }
 536       }
 537     }
 538     return pdbfilename;
 539   }
 540
 541   private void log(String message)
 542   {
 543     System.err.println("## Chimera log: " + message);
 544   }
 545
 546   /**
 547    * Ask Chimera to save its session to the given file. Returns true if
 548    * successful, else false.
 549    *
 550    * @param filepath
 551    * @return
 552    */
 553   public boolean saveSession(String filepath)
 554   {
 555     if (isChimeraRunning())
 556     {
 557       /*
 558        * Chimera:  https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/save.html
 559        * ChimeraX: https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/save.html
 560        */
 561       String command = getCommandGenerator().saveSession(filepath)
 562               .getCommand();
 563       List<String> reply = chimeraManager.sendChimeraCommand(command, true);
 564       if (reply.contains("Session written"))
 565       {
 566         return true;
 567       }
 568       else
 569       {
 570         Cache.log
 571                 .error("Error saving Chimera session: " + reply.toString());
 572       }
 573     }
 574     return false;
 575   }
 576
 577   /**
 578    * Ask Chimera to open a session file. Returns true if successful, else false.
 579    * The filename must have a .py (Chimera) or .cxs (ChimeraX) extension for
 580    * this command to work.
 581    *
 582    * @param filepath
 583    * @return
 584    */
 585   public boolean openSession(String filepath)
 586   {
 587     /*
 588      * Chimera:  https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/open.html
 589      * ChimeraX: https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/open.html
 590      */
 591     executeCommand(getCommandGenerator().loadFile(filepath), true);
 592     // todo: test for failure - how?
 593     return true;
 594   }
 595
 596   /**
 597    * Send a 'show' command for all atoms in the currently selected columns
 598    *
 599    * TODO: pull up to abstract structure viewer interface
 600    *
 601    * @param vp
 602    */
 603   public void highlightSelection(AlignmentViewPanel vp)
 604   {
 605     List<Integer> cols = vp.getAlignViewport().getColumnSelection()
 606             .getSelected();
 607     AlignmentI alignment = vp.getAlignment();
 608     StructureSelectionManager sm = getSsm();
 609     for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
 610     {
 611       /*
 612        * convert selected columns into sequence positions
 613        */
 614       int[] positions = new int[cols.size()];
 615       int i = 0;
 616       for (Integer col : cols)
 617       {
 618         positions[i++] = seq.findPosition(col);
 619       }
 620       sm.highlightStructure(this, seq, positions);
 621     }
 622   }
 623
 624   /**
 625    * Constructs and send commands to Chimera to set attributes on residues for
 626    * features visible in Jalview
 627    *
 628    * @param avp
 629    * @return
 630    */
 631   public int sendFeaturesToViewer(AlignmentViewPanel avp)
 632   {
 633     // TODO refactor as required to pull up to an interface
 634     String[] files = getStructureFiles();
 635     if (files == null)
 636     {
 637       return 0;
 638     }
 639
 640     List<StructureCommandI> commands = getCommandGenerator()
 641             .setAttributesForFeatures(getSsm(), files, getSequence(), avp);
 642     if (commands.size() > 10)
 643     {
 644       sendCommandsByFile(commands);
 645     }
 646     else
 647     {
 648       for (StructureCommandI command : commands)
 649       {
 650         sendAsynchronousCommand(command, null);
 651       }
 652     }
 653     return commands.size();
 654   }
 655
 656   /**
 657    * Write commands to a temporary file, and send a command to Chimera to open the
 658    * file as a commands script. For use when sending a large number of separate
 659    * commands would overload the REST interface mechanism.
 660    *
 661    * @param commands
 662    */
 663   protected void sendCommandsByFile(List<StructureCommandI> commands)
 664   {
 665     try
 666     {
 667       File tmp = File.createTempFile("chim", getCommandFileExtension());
 668       tmp.deleteOnExit();
 669       PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(tmp));
 670       for (StructureCommandI command : commands)
 671       {
 672         out.println(command.getCommand());
 673       }
 674       out.flush();
 675       out.close();
 676       String path = tmp.getAbsolutePath();
 677       StructureCommandI command = getCommandGenerator()
 678               .openCommandFile(path);
 679       sendAsynchronousCommand(command, null);
 680     } catch (IOException e)
 681     {
 682       System.err.println("Sending commands to Chimera via file failed with "
 683               + e.getMessage());
 684     }
 685   }
 686
 687   /**
 688    * Returns the file extension required for a file of commands to be read by
 689    * the structure viewer
 690    * @return
 691    */
 692   protected String getCommandFileExtension()
 693   {
 694     return ".com";
 695   }
 696
 697   /**
 698    * Get Chimera residues which have the named attribute, find the mapped
 699    * positions in the Jalview sequence(s), and set as sequence features
 700    *
 701    * @param attName
 702    * @param alignmentPanel
 703    */
 704   public void copyStructureAttributesToFeatures(String attName,
 705           AlignmentViewPanel alignmentPanel)
 706   {
 707     // todo pull up to AAStructureBindingModel (and interface?)
 708
 709     /*
 710      * ask Chimera to list residues with the attribute, reporting its value
 711      */
 712     // this alternative command
 713     // list residues spec ':*/attName' attr attName
 714     // doesn't report 'None' values (which is good), but
 715     // fails for 'average.bfactor' (which is bad):
 716
 717     String cmd = "list residues attr '" + attName + "'";
 718     List<String> residues = executeCommand(new StructureCommand(cmd), true);
 719
 720     boolean featureAdded = createFeaturesForAttributes(attName, residues);
 721     if (featureAdded)
 722     {
 723       alignmentPanel.getFeatureRenderer().featuresAdded();
 724     }
 725   }
 726
 727   /**
 728    * Create features in Jalview for the given attribute name and structure
 729    * residues.
 730    *
 731    * <pre>
 732    * The residue list should be 0, 1 or more reply lines of the format:
 733    *     residue id #0:5.A isHelix -155.000836316 index 5
 734    * or
 735    *     residue id #0:6.A isHelix None
 736    * </pre>
 737    *
 738    * @param attName
 739    * @param residues
 740    * @return
 741    */
 742   protected boolean createFeaturesForAttributes(String attName,
 743           List<String> residues)
 744   {
 745     boolean featureAdded = false;
 746     String featureGroup = getViewerFeatureGroup();
 747     boolean chimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 748
 749     for (String residue : residues)
 750     {
 751       AtomSpec spec = null;
 752       String[] tokens = residue.split(" ");
 753       if (tokens.length < 5)
 754       {
 755         continue;
 756       }
 757       String atomSpec = tokens[2];
 758       String attValue = tokens[4];
 759
 760       /*
 761        * ignore 'None' (e.g. for phi) or 'False' (e.g. for isHelix)
 762        */
 763       if ("None".equalsIgnoreCase(attValue)
 764               || "False".equalsIgnoreCase(attValue))
 765       {
 766         continue;
 767       }
 768
 769       try
 770       {
 771         spec = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec, chimeraX);
 772       } catch (IllegalArgumentException e)
 773       {
 774         System.err.println("Problem parsing atomspec " + atomSpec);
 775         continue;
 776       }
 777
 778       String chainId = spec.getChain();
 779       String description = attValue;
 780       float score = Float.NaN;
 781       try
 782       {
 783         score = Float.valueOf(attValue);
 784         description = chainId;
 785       } catch (NumberFormatException e)
 786       {
 787         // was not a float value
 788       }
 789
 790       String pdbFile = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 791       spec.setPdbFile(pdbFile);
 792
 793       List<AtomSpec> atoms = Collections.singletonList(spec);
 794
 795       /*
 796        * locate the mapped position in the alignment (if any)
 797        */
 798       SearchResultsI sr = getSsm()
 799               .findAlignmentPositionsForStructurePositions(atoms);
 800
 801       /*
 802        * expect one matched alignment position, or none
 803        * (if the structure position is not mapped)
 804        */
 805       for (SearchResultMatchI m : sr.getResults())
 806       {
 807         SequenceI seq = m.getSequence();
 808         int start = m.getStart();
 809         int end = m.getEnd();
 810         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(attName, description,
 811                 start, end, score, featureGroup);
 812         // todo: should SequenceFeature have an explicit property for chain?
 813         // note: repeating the action shouldn't duplicate features
 814         featureAdded |= seq.addSequenceFeature(sf);
 815       }
 816     }
 817     return featureAdded;
 818   }
 819
 820   /**
 821    * Answers the feature group name to apply to features created in Jalview from
 822    * Chimera attributes
 823    *
 824    * @return
 825    */
 826   protected String getViewerFeatureGroup()
 827   {
 828     // todo pull up to interface
 829     return CHIMERA_FEATURE_GROUP;
 830   }
 831
 832   @Override
 833   public String getModelIdForFile(String pdbFile)
 834   {
 835     List<ChimeraModel> foundModels = chimeraMaps.get(pdbFile);
 836     if (foundModels != null && !foundModels.isEmpty())
 837     {
 838       return String.valueOf(foundModels.get(0).getModelNumber());
 839     }
 840     return "";
 841   }
 842
 843   /**
 844    * Answers a (possibly empty) list of attribute names in Chimera[X], excluding
 845    * any which were added from Jalview
 846    *
 847    * @return
 848    */
 849   public List<String> getChimeraAttributes()
 850   {
 851     List<String> atts = chimeraManager.getAttrList();
 852     Iterator<String> it = atts.iterator();
 853     while (it.hasNext())
 854     {
 855       if (it.next().startsWith(ChimeraCommands.NAMESPACE_PREFIX))
 856       {
 857         /*
 858          * attribute added from Jalview - exclude it
 859          */
 860         it.remove();
 861       }
 862     }
 863     return atts;
 864   }
 865
 866   /**
 867    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file
 868    *
 869    * @return
 870    */
 871   public String getSessionFileExtension()
 872   {
 873     return ".py";
 874   }
 875
 876   public String getHelpURL()
 877   {
 878     return "https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide";
 879   }
 880 }