src/jalview/ext/treeviewer/TreeViewerUtils.java

   1 package jalview.ext.treeviewer;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.ext.archaeopteryx.JalviewBinding;
   5 import jalview.util.MessageManager;
   6 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   7
   8 import java.awt.Dimension;
   9 import java.io.File;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Map;
  12
  13 public final class TreeViewerUtils
  14 {
  15   private static Map<TreeFrameI, TreeViewerBindingI> activeViews = new HashMap<>();
  16
  17   public static TreeViewerBindingI associateNodesWithJalviewSequences(
  18           final TreeFrameI treeFrame,
  19           final AlignmentViewport jalviewAlignViewport,
  20           final Map<SequenceI, TreeNodeI> alignMappedToNodes,
  21           final Map<TreeNodeI, SequenceI> nodesMappedToAlign)
  22   {
  23     TreeViewerBindingI treeBinding = new JalviewBinding(treeFrame,
  24             jalviewAlignViewport,
  25             alignMappedToNodes, nodesMappedToAlign);
  26     jalviewAlignViewport.setCurrentExtTree(treeFrame.getTree());
  27     activeViews.put(treeFrame, treeFrame.getViewBinding());
  28
  29     return treeBinding;
  30   }
  31
  32   public static TreeFrameI addTreeViewFrameToJalview(
  33           final TreeFrameI treeFrame)
  34   {
  35     int width = 400;
  36     int height = 550;
  37     treeFrame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
  38     // aptxApp.setFont(Desktop.instance.getFont());
  39     // aptxApp.getMainPanel().setFont(Desktop.instance.getFont());
  40     String frameTitle = MessageManager.getString("label.aptx_title");
  41     File treeFile = treeFrame.getTreePanel().getTreeFile();
  42     if (treeFile != null)
  43     {
  44       frameTitle += MessageManager.formatMessage("label.aptx_title_append",
  45               new String[]
  46               { treeFile.getAbsolutePath() });
  47     }
  48     // Usually redundant as this is done when associating nodes as well but that
  49     // step could be bypassed
  50     activeViews.put(treeFrame, treeFrame.getViewBinding());
  51
  52     treeFrame.addFrameToJalview(frameTitle, true, width, height, true,
  53             false);
  54     return treeFrame;
  55
  56   }
  57
  58   public static Map<TreeFrameI, TreeViewerBindingI> getActiveTreeViews()
  59   {
  60     return activeViews;
  61   }
  62
  63 }