src/jalview/ext/treeviewer/TreeViewerUtils.java

   1 package jalview.ext.treeviewer;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.ext.archaeopteryx.JalviewBinding;
   5 import jalview.util.MessageManager;
   6 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   7
   8 import java.awt.Dimension;
   9 import java.io.File;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Map;
  12
  13 /**
  14  * Static class containing generic methods for
  15  *
  16  * @author kjvanderheide
  17  *
  18  */
  19 public final class TreeViewerUtils
  20 {
  21   /**
  22    * All tree viewers should be added to this map so that Jalview saves them to
  23    * its project.
  24    */
  25   private static Map<TreeFrameI, TreeViewerBindingI> activeViews = new HashMap<>();
  26
  27   /**
  28    *
  29    * @param treeFrame
  30    * @return
  31    */
  32   public static TreeFrameI addTreeViewFrameToJalview(
  33           final TreeFrameI treeFrame)
  34   {
  35     int width = 400;
  36     int height = 550;
  37     treeFrame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
  38     // aptxApp.setFont(Desktop.instance.getFont());
  39     // aptxApp.getMainPanel().setFont(Desktop.instance.getFont());
  40     String frameTitle = MessageManager.getString("label.aptx_title");
  41     File treeFile = treeFrame.getTreePanel().getTreeFile();
  42     if (treeFile != null)
  43     {
  44       frameTitle += MessageManager.formatMessage("label.of_x",
  45               new String[]
  46               { treeFile.getAbsolutePath() });
  47     }
  48     // Usually redundant as this is done when associating nodes as well but that
  49     // step could be bypassed
  50     activeViews.put(treeFrame, treeFrame.getViewBinding());
  51
  52     treeFrame.addFrameToJalview(frameTitle, true, width, height, true,
  53             false);
  54     treeFrame.getTreeControls().displayEntireTree();
  55     return treeFrame;
  56
  57   }
  58
  59   /**
  60    *
  61    * @param treeFrame
  62    * @param jalviewAlignViewport
  63    * @param alignMappedToNodes
  64    * @param nodesMappedToAlign
  65    * @return
  66    */
  67   public static TreeViewerBindingI associateNodesWithJalviewSequences(
  68           final TreeFrameI treeFrame,
  69           final AlignmentViewport jalviewAlignViewport,
  70           final Map<SequenceI, TreeNodeI> alignMappedToNodes,
  71           final Map<TreeNodeI, SequenceI> nodesMappedToAlign)
  72   {
  73     TreeViewerBindingI treeBinding = new JalviewBinding(treeFrame,
  74             jalviewAlignViewport,
  75             alignMappedToNodes, nodesMappedToAlign);
  76     jalviewAlignViewport.setCurrentExtTree(treeFrame.getTree());
  77     activeViews.put(treeFrame, treeFrame.getViewBinding());
  78
  79     return treeBinding;
  80   }
  81
  82   public static Map<TreeFrameI, TreeViewerBindingI> getActiveTreeViews()
  83   {
  84     return activeViews;
  85   }
  86
  87 }