src/jalview/ext/treeviewer/TreeViewerUtils.java

   1 package jalview.ext.treeviewer;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.ext.archaeopteryx.JalviewBinding;
   5 import jalview.util.MessageManager;
   6 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   7
   8 import java.awt.Dimension;
   9 import java.io.File;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Map;
  12
  13 public final class TreeViewerUtils
  14 {
  15   private static Map<TreeFrameI, TreeViewerBindingI> activeViews = new HashMap<>();
  16
  17   public static TreeFrameI addTreeViewFrameToJalview(
  18           final TreeFrameI treeFrame)
  19   {
  20     int width = 400;
  21     int height = 550;
  22     treeFrame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
  23     // aptxApp.setFont(Desktop.instance.getFont());
  24     // aptxApp.getMainPanel().setFont(Desktop.instance.getFont());
  25     String frameTitle = MessageManager.getString("label.aptx_title");
  26     File treeFile = treeFrame.getTreePanel().getTreeFile();
  27     if (treeFile != null)
  28     {
  29       frameTitle += MessageManager.formatMessage("label.of_x",
  30               new String[]
  31               { treeFile.getAbsolutePath() });
  32     }
  33     // Usually redundant as this is done when associating nodes as well but that
  34     // step could be bypassed
  35     activeViews.put(treeFrame, treeFrame.getViewBinding());
  36
  37     treeFrame.addFrameToJalview(frameTitle, true, width, height, true,
  38             false);
  39     treeFrame.getTreeControls().displayEntireTree();
  40     return treeFrame;
  41
  42   }
  43
  44   public static TreeViewerBindingI associateNodesWithJalviewSequences(
  45           final TreeFrameI treeFrame,
  46           final AlignmentViewport jalviewAlignViewport,
  47           final Map<SequenceI, TreeNodeI> alignMappedToNodes,
  48           final Map<TreeNodeI, SequenceI> nodesMappedToAlign)
  49   {
  50     TreeViewerBindingI treeBinding = new JalviewBinding(treeFrame,
  51             jalviewAlignViewport,
  52             alignMappedToNodes, nodesMappedToAlign);
  53     jalviewAlignViewport.setCurrentExtTree(treeFrame.getTree());
  54     activeViews.put(treeFrame, treeFrame.getViewBinding());
  55
  56     return treeBinding;
  57   }
  58
  59   public static Map<TreeFrameI, TreeViewerBindingI> getActiveTreeViews()
  60   {
  61     return activeViews;
  62   }
  63
  64 }