src/jalview/ext/varna/RnaModel.java

   1 package jalview.ext.varna;
   2
   3 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
   4
   5 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7
   8 /**
   9  * Data bean wrapping the data items that define one RNA view
  10  */
  11 public class RnaModel
  12 {
  13   public final String title;
  14
  15   public final AlignmentAnnotation ann;
  16
  17   public final SequenceI seq;
  18
  19   public final boolean gapped;
  20
  21   public final RNA rna;
  22
  23   // path to a file holding VARNA session state XML
  24   public final String varnaSession;
  25
  26   public RnaModel(String t, AlignmentAnnotation aa, SequenceI s, RNA r,
  27           boolean g,
  28           String sessionFile)
  29   {
  30     title = t;
  31     ann = aa;
  32     seq = s;
  33     gapped = g;
  34     rna = r;
  35     varnaSession = sessionFile;
  36   }
  37 }