src/jalview/fts/core/GFTSPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.fts.core;
  23
  24 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  25 import jalview.fts.api.GFTSPanelI;
  26 import jalview.fts.core.FTSDataColumnPreferences.PreferenceSource;
  27 import jalview.gui.Desktop;
  28 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  29 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  30 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  31 import jalview.io.cache.JvCacheableInputBox;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.CardLayout;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.awt.event.FocusAdapter;
  40 import java.awt.event.FocusEvent;
  41 import java.awt.event.FocusListener;
  42 import java.awt.event.ItemEvent;
  43 import java.awt.event.ItemListener;
  44 import java.awt.event.KeyAdapter;
  45 import java.awt.event.KeyEvent;
  46 import java.awt.event.MouseAdapter;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.text.DecimalFormat;
  49 import java.util.ArrayList;
  50 import java.util.Arrays;
  51 import java.util.Collection;
  52 import java.util.Collections;
  53 import java.util.Comparator;
  54 import java.util.HashSet;
  55 import java.util.List;
  56
  57 import javax.swing.ImageIcon;
  58 import javax.swing.JButton;
  59 import javax.swing.JCheckBox;
  60 import javax.swing.JComboBox;
  61 import javax.swing.JFrame;
  62 import javax.swing.JInternalFrame;
  63 import javax.swing.JLabel;
  64 import javax.swing.JPanel;
  65 import javax.swing.JScrollPane;
  66 import javax.swing.JTabbedPane;
  67 import javax.swing.JTable;
  68 import javax.swing.Timer;
  69 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  70 import javax.swing.event.ChangeListener;
  71 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  72 import javax.swing.event.DocumentListener;
  73 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  74 import javax.swing.table.DefaultTableModel;
  75 import javax.swing.table.TableColumn;
  76
  77 /**
  78  * This class provides the swing GUI layout for FTS Panel and implements most of
  79  * the contracts defined in GFSPanelI
  80  *
  81  * @author tcnofoegbu
  82  *
  83  */
  84
  85 @SuppressWarnings("serial")
  86 public abstract class GFTSPanel extends JPanel implements GFTSPanelI
  87 {
  88   protected JInternalFrame mainFrame = new JInternalFrame(
  89           getFTSFrameTitle());
  90
  91   protected JTabbedPane tabs = jalview.jbgui.GDesktop.createTabbedPane();
  92
  93   protected IProgressIndicator progressIndicator;
  94
  95   protected JComboBox<FTSDataColumnI> cmb_searchTarget = new JComboBox<>();
  96
  97   protected JButton btn_ok = new JButton();
  98
  99   protected JButton btn_back = new JButton();
 100
 101   protected JButton btn_cancel = new JButton();
 102
 103   protected JCheckBox btn_autosearch = new JCheckBox();
 104
 105   protected JvCacheableInputBox<String> txt_search;
 106
 107   protected SequenceFetcher seqFetcher;
 108
 109   protected Collection<FTSDataColumnI> wantedFields;
 110
 111   private String lastSearchTerm = "";
 112
 113   protected JButton btn_next_page = new JButton();
 114
 115   protected JButton btn_prev_page = new JButton();
 116
 117   protected StringBuilder errorWarning = new StringBuilder();
 118
 119   protected ImageIcon warningImage = new ImageIcon(
 120           getClass().getResource("/images/warning.gif"));
 121
 122   protected ImageIcon loadingImage = new ImageIcon(
 123           getClass().getResource("/images/loading.gif"));
 124
 125   protected ImageIcon balnkPlaceholderImage = new ImageIcon(
 126           getClass().getResource("/images/blank_16x16_placeholder.png"));
 127
 128   protected JLabel lbl_warning = new JLabel(warningImage);
 129
 130   protected JLabel lbl_loading = new JLabel(loadingImage);
 131
 132   protected JLabel lbl_blank = new JLabel(balnkPlaceholderImage);
 133
 134   private JTabbedPane tabbedPane = jalview.jbgui.GDesktop.createTabbedPane();
 135
 136   private JPanel pnl_actions = new JPanel();
 137
 138   private JPanel pnl_results = new JPanel(new CardLayout());
 139
 140   private JPanel pnl_inputs = new JPanel();
 141
 142   private BorderLayout mainLayout = new BorderLayout();
 143
 144   protected Object[] previousWantedFields;
 145
 146   protected int resultSetCount;
 147
 148   protected int totalResultSetCount;
 149
 150   protected int offSet;
 151
 152   protected int pageLimit;
 153
 154   protected HashSet<String> paginatorCart = new HashSet<>();
 155
 156   private static final int MIN_WIDTH = 670;
 157
 158   private static final int MIN_HEIGHT = 300;
 159
 160   protected static final DecimalFormat totalNumberformatter = new DecimalFormat(
 161           "###,###");
 162
 163   private JTable tbl_summary = new JTable()
 164   {
 165     private boolean inLayout;
 166
 167     @Override
 168     public boolean getScrollableTracksViewportWidth()
 169     {
 170       return hasExcessWidth();
 171
 172     }
 173
 174     @Override
 175     public void doLayout()
 176     {
 177       if (hasExcessWidth())
 178       {
 179         autoResizeMode = AUTO_RESIZE_SUBSEQUENT_COLUMNS;
 180       }
 181       inLayout = true;
 182       super.doLayout();
 183       inLayout = false;
 184       autoResizeMode = AUTO_RESIZE_OFF;
 185     }
 186
 187     protected boolean hasExcessWidth()
 188     {
 189       return getPreferredSize().width < getParent().getWidth();
 190     }
 191
 192     @Override
 193     public void columnMarginChanged(ChangeEvent e)
 194     {
 195       if (isEditing())
 196       {
 197         removeEditor();
 198       }
 199       TableColumn resizingColumn = getTableHeader().getResizingColumn();
 200       // Need to do this here, before the parent's
 201       // layout manager calls getPreferredSize().
 202       if (resizingColumn != null && autoResizeMode == AUTO_RESIZE_OFF
 203               && !inLayout)
 204       {
 205         resizingColumn.setPreferredWidth(resizingColumn.getWidth());
 206         String colHeader = resizingColumn.getHeaderValue().toString();
 207         getTempUserPrefs().put(colHeader, resizingColumn.getWidth());
 208       }
 209       resizeAndRepaint();
 210     }
 211
 212     @Override
 213     public String getToolTipText(MouseEvent evt)
 214     {
 215       String toolTipText = null;
 216       java.awt.Point pnt = evt.getPoint();
 217       int rowIndex = rowAtPoint(pnt);
 218       int colIndex = columnAtPoint(pnt);
 219
 220       try
 221       {
 222         if (getValueAt(rowIndex, colIndex) == null)
 223         {
 224           return null;
 225         }
 226         toolTipText = getValueAt(rowIndex, colIndex).toString();
 227
 228       } catch (Exception e)
 229       {
 230         e.printStackTrace();
 231       }
 232       toolTipText = (toolTipText == null ? null
 233               : (toolTipText.length() > 500
 234                       ? JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 235                               toolTipText.subSequence(0, 500) + "...")
 236                       : JvSwingUtils.wrapTooltip(true, toolTipText)));
 237
 238       return toolTipText;
 239     }
 240   };
 241
 242   protected JScrollPane scrl_searchResult = new JScrollPane(tbl_summary);
 243
 244   public GFTSPanel()
 245   {
 246     this(null);
 247   }
 248
 249   public GFTSPanel(SequenceFetcher fetcher)
 250   {
 251     try
 252     {
 253       if (fetcher == null)
 254       {
 255         tabs = null;
 256       }
 257       jbInit();
 258       if (fetcher != null)
 259       {
 260         tabs.addTab(MessageManager.getString("label.retrieve_ids"),
 261                 fetcher);
 262         fetcher.setDatabaseChooserVisible(false);
 263         fetcher.embedWithFTSPanel(this);
 264       }
 265       mainFrame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 266       final JPanel ftsPanel = this;
 267       mainFrame.addFocusListener(new FocusAdapter()
 268       {
 269         @Override
 270         public void focusGained(FocusEvent e)
 271         {
 272           // TODO: make selected tab gain focus in correct widget
 273           if (tabs != null
 274                   && tabs.getSelectedComponent() == ftsPanel)
 275           {
 276             txt_search.getComponent().requestFocusInWindow();
 277           }
 278         }
 279       });
 280       mainFrame.invalidate();
 281       mainFrame.pack();
 282     } catch (Exception e)
 283     {
 284       e.printStackTrace();
 285     }
 286   }
 287
 288   /**
 289    * Initializes the GUI default properties
 290    *
 291    * @throws Exception
 292    */
 293   private void jbInit() throws Exception
 294   {
 295
 296     txt_search = new JvCacheableInputBox<>(getCacheKey());
 297     populateCmbSearchTargetOptions();
 298     Integer width = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.width") == null ? 800
 299             : getTempUserPrefs().get("FTSPanel.width");
 300     Integer height = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.height") == null ? 400
 301             : getTempUserPrefs().get("FTSPanel.height");
 302     lbl_warning.setVisible(false);
 303     lbl_warning.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 304     lbl_loading.setVisible(false);
 305     lbl_loading.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 306     lbl_blank.setVisible(true);
 307     lbl_blank.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 308
 309     tbl_summary.setAutoCreateRowSorter(true);
 310     tbl_summary.getTableHeader().setReorderingAllowed(false);
 311     tbl_summary.addMouseListener(new MouseAdapter()
 312     {
 313       @Override
 314       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 315       {
 316         validateSelection();
 317       }
 318
 319       @Override
 320       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 321       {
 322         validateSelection();
 323       }
 324     });
 325     tbl_summary.addKeyListener(new KeyAdapter()
 326     {
 327       @Override
 328       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 329       {
 330         validateSelection();
 331         switch (evt.getKeyCode())
 332         {
 333         case KeyEvent.VK_ESCAPE: // escape key
 334           btn_back_ActionPerformed();
 335           break;
 336         case KeyEvent.VK_ENTER: // enter key
 337           if (btn_ok.isEnabled())
 338           {
 339             okAction();
 340           }
 341           evt.consume();
 342           break;
 343         case KeyEvent.VK_TAB: // tab key
 344           if (evt.isShiftDown())
 345           {
 346             tabbedPane.requestFocus();
 347           }
 348           else
 349           {
 350             btn_back.requestFocus();
 351           }
 352           evt.consume();
 353           break;
 354         default:
 355           return;
 356         }
 357       }
 358     });
 359
 360     btn_autosearch.setText(MessageManager.getString("option.autosearch"));
 361     btn_autosearch.setToolTipText(
 362             MessageManager.getString("option.enable_disable_autosearch"));
 363     btn_autosearch.setSelected(
 364             jalview.bin.Cache.getDefault(getAutosearchPreference(), true));
 365     btn_autosearch.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 366     {
 367       @Override
 368       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 369       {
 370         jalview.bin.Cache.setProperty(getAutosearchPreference(),
 371                 Boolean.toString(btn_autosearch.isSelected()));
 372       }
 373     });
 374     btn_back.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 375     btn_back.setText(MessageManager.getString("action.back"));
 376     btn_back.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 377     {
 378       @Override
 379       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 380       {
 381         btn_back_ActionPerformed();
 382       }
 383     });
 384     btn_back.addKeyListener(new KeyAdapter()
 385     {
 386       @Override
 387       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 388       {
 389         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 390         {
 391           btn_back_ActionPerformed();
 392         }
 393       }
 394     });
 395
 396     btn_ok.setEnabled(false);
 397     btn_ok.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 398     btn_ok.setText(MessageManager.getString("action.ok"));
 399     btn_ok.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 400     {
 401       @Override
 402       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 403       {
 404         okAction();
 405       }
 406     });
 407     btn_ok.addKeyListener(new KeyAdapter()
 408     {
 409       @Override
 410       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 411       {
 412         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 413         {
 414           okAction();
 415         }
 416       }
 417     });
 418     btn_next_page.setEnabled(false);
 419     btn_next_page.setToolTipText(
 420             MessageManager.getString("label.next_page_tooltip"));
 421     btn_next_page.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 422     btn_next_page.setText(MessageManager.getString("action.next_page"));
 423     btn_next_page.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 424     {
 425       @Override
 426       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 427       {
 428         nextPageAction();
 429       }
 430     });
 431     btn_next_page.addKeyListener(new KeyAdapter()
 432     {
 433       @Override
 434       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 435       {
 436         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 437         {
 438           nextPageAction();
 439         }
 440       }
 441     });
 442
 443     btn_prev_page.setEnabled(false);
 444     btn_prev_page.setToolTipText(
 445             MessageManager.getString("label.prev_page_tooltip"));
 446     btn_prev_page.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 447     btn_prev_page.setText(MessageManager.getString("action.prev_page"));
 448     btn_prev_page.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 449     {
 450       @Override
 451       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 452       {
 453         prevPageAction();
 454       }
 455     });
 456     btn_prev_page.addKeyListener(new KeyAdapter()
 457     {
 458       @Override
 459       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 460       {
 461         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 462         {
 463           prevPageAction();
 464         }
 465       }
 466     });
 467
 468     if (isPaginationEnabled())
 469     {
 470       btn_prev_page.setVisible(true);
 471       btn_next_page.setVisible(true);
 472     }
 473     else
 474     {
 475       btn_prev_page.setVisible(false);
 476       btn_next_page.setVisible(false);
 477     }
 478
 479     btn_cancel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 480     btn_cancel.setText(MessageManager.getString("action.cancel"));
 481     btn_cancel.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 482     {
 483       @Override
 484       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 485       {
 486         btn_cancel_ActionPerformed();
 487       }
 488     });
 489     btn_cancel.addKeyListener(new KeyAdapter()
 490     {
 491       @Override
 492       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 493       {
 494         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 495         {
 496           btn_cancel_ActionPerformed();
 497         }
 498       }
 499     });
 500     scrl_searchResult.setPreferredSize(new Dimension(width, height));
 501
 502     cmb_searchTarget.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 503     cmb_searchTarget.addItemListener(new ItemListener()
 504     {
 505       @Override
 506       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 507       {
 508         if (e.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED)
 509         {
 510           String tooltipText;
 511           if ("all".equalsIgnoreCase(
 512                   getCmbSearchTarget().getSelectedItem().toString()))
 513           {
 514             tooltipText = MessageManager.getString("label.search_all");
 515           }
 516           else if ("pdb id".equalsIgnoreCase(
 517                   getCmbSearchTarget().getSelectedItem().toString()))
 518           {
 519             tooltipText = MessageManager
 520                     .getString("label.separate_multiple_accession_ids");
 521           }
 522           else
 523           {
 524             tooltipText = MessageManager.formatMessage(
 525                     "label.separate_multiple_query_values", new Object[]
 526                     { getCmbSearchTarget().getSelectedItem().toString() });
 527           }
 528           txt_search.getComponent().setToolTipText(
 529                   JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tooltipText));
 530           searchAction(true);
 531         }
 532       }
 533     });
 534
 535     txt_search.getComponent().setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 536
 537     txt_search.addKeyListener(new KeyAdapter()
 538             {
 539               @Override
 540               public void keyPressed(KeyEvent e)
 541               {
 542                 if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 543                 {
 544                   if (getTypedText() == null || getTypedText().isEmpty())
 545                   {
 546                     return;
 547                   }
 548                   String primaryKeyName = getFTSRestClient()
 549                           .getPrimaryKeyColumn().getName();
 550                   if (primaryKeyName.equalsIgnoreCase(getCmbSearchTarget()
 551                           .getSelectedItem().toString()))
 552                   {
 553                     // TODO: nicer to show the list in the result set before
 554                     // viewing in Jalview perhaps ?
 555                     transferToSequenceFetcher(getTypedText());
 556                   }
 557                   else
 558                   {
 559                     performSearchAction();
 560                   }
 561                 }
 562               }
 563             });
 564     final DeferredTextInputListener listener = new DeferredTextInputListener(
 565             1500, new ActionListener()
 566             {
 567               @Override
 568               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 569               {
 570                 if (btn_autosearch.isSelected()
 571                         || txt_search.wasEnterPressed())
 572                 {
 573                   performSearchAction();
 574                 }
 575               }
 576             }, false);
 577     txt_search.addDocumentListener(listener);
 578
 579     txt_search.addFocusListener(new FocusListener()
 580     {
 581       @Override
 582       public void focusGained(FocusEvent e)
 583       {
 584         listener.start();
 585       }
 586
 587       @Override
 588       public void focusLost(FocusEvent e)
 589       {
 590         // listener.stop();
 591       }
 592     });
 593
 594     txt_search.addActionListener(new ActionListener()
 595     {
 596
 597       @Override
 598       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 599       {
 600         performSearchAction();
 601       }
 602     });
 603     final String searchTabTitle = MessageManager
 604             .getString("label.search_result");
 605     final String configureCols = MessageManager
 606             .getString("label.configure_displayed_columns");
 607     ChangeListener changeListener = new ChangeListener()
 608     {
 609       @Override
 610       public void stateChanged(ChangeEvent changeEvent)
 611       {
 612         JTabbedPane sourceTabbedPane = (JTabbedPane) changeEvent
 613                 .getSource();
 614         int index = sourceTabbedPane.getSelectedIndex();
 615
 616         btn_back.setVisible(true);
 617         btn_cancel.setVisible(true);
 618         btn_ok.setVisible(true);
 619         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index).equals(configureCols))
 620         {
 621           btn_back.setVisible(false);
 622           btn_cancel.setVisible(false);
 623           btn_ok.setVisible(false);
 624           btn_back.setEnabled(false);
 625           btn_cancel.setEnabled(false);
 626           btn_ok.setEnabled(false);
 627           btn_next_page.setEnabled(false);
 628           btn_prev_page.setEnabled(false);
 629           txt_search.getComponent().setEnabled(false);
 630           cmb_searchTarget.setEnabled(false);
 631           previousWantedFields = getFTSRestClient()
 632                   .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns()
 633                   .toArray(new Object[0]);
 634         }
 635         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index).equals(searchTabTitle))
 636         {
 637           btn_back.setEnabled(true);
 638           btn_cancel.setEnabled(true);
 639           refreshPaginatorState();
 640           txt_search.getComponent().setEnabled(true);
 641           cmb_searchTarget.setEnabled(true);
 642           if (wantedFieldsUpdated())
 643           {
 644             searchAction(true);
 645             paginatorCart.clear();
 646           }
 647           else
 648           {
 649             validateSelection();
 650           }
 651         }
 652       }
 653     };
 654     tabbedPane.addChangeListener(changeListener);
 655     tabbedPane.setPreferredSize(new Dimension(width, height));
 656     tabbedPane.add(searchTabTitle, scrl_searchResult);
 657     tabbedPane.add(configureCols, new FTSDataColumnPreferences(
 658             PreferenceSource.SEARCH_SUMMARY, getFTSRestClient()));
 659
 660     pnl_actions.add(btn_back);
 661     pnl_actions.add(btn_ok);
 662     pnl_actions.add(btn_cancel);
 663
 664     pnl_results.add(tabbedPane);
 665     pnl_inputs.add(cmb_searchTarget);
 666     pnl_inputs.add(txt_search.getComponent());
 667     pnl_inputs.add(btn_autosearch);
 668     pnl_inputs.add(lbl_loading);
 669     pnl_inputs.add(lbl_warning);
 670     pnl_inputs.add(lbl_blank);
 671     pnl_inputs.add(btn_prev_page);
 672     pnl_inputs.add(btn_next_page);
 673
 674     this.setLayout(mainLayout);
 675     this.add(pnl_inputs, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 676     this.add(pnl_results, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 677     this.add(pnl_actions, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 678     mainFrame.setVisible(true);
 679     if (tabs != null)
 680     {
 681       tabs.setOpaque(true);
 682       tabs.insertTab(MessageManager.getString("label.free_text_search"),
 683               null, this, "", 0);
 684       mainFrame.setContentPane(tabs);
 685       tabs.setVisible(true);
 686     }
 687     else
 688     {
 689       mainFrame.setContentPane(this);
 690     }
 691     mainFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 692     mainFrame.addInternalFrameListener(
 693             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 694             {
 695               @Override
 696               public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent e)
 697               {
 698                 closeAction();
 699               }
 700             });
 701     mainFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 702     Integer x = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.x");
 703     Integer y = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.y");
 704     if (x != null && y != null)
 705     {
 706       mainFrame.setLocation(x, y);
 707     }
 708     Desktop.addInternalFrame(mainFrame, getFTSFrameTitle(), width, height);
 709   }
 710
 711   protected void closeAction()
 712   {
 713     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.width", this.getWidth());
 714     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.height", pnl_results.getHeight());
 715     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.x", mainFrame.getX());
 716     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.y", mainFrame.getY());
 717     mainFrame.dispose();
 718     txt_search.persistCache();
 719   }
 720
 721   public class DeferredTextInputListener implements DocumentListener
 722   {
 723     private final Timer swingTimer;
 724
 725     public DeferredTextInputListener(int timeOut, ActionListener listener,
 726             boolean repeats)
 727     {
 728       swingTimer = new Timer(timeOut, listener);
 729       swingTimer.setRepeats(repeats);
 730     }
 731
 732     public void start()
 733     {
 734       swingTimer.start();
 735     }
 736
 737     public void stop()
 738     {
 739       swingTimer.stop();
 740     }
 741
 742     @Override
 743     public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 744     {
 745       swingTimer.restart();
 746     }
 747
 748     @Override
 749     public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 750     {
 751       swingTimer.restart();
 752     }
 753
 754     @Override
 755     public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 756     {
 757       swingTimer.restart();
 758     }
 759
 760   }
 761
 762   void performSearchAction()
 763   {
 764     String typed = getTypedText();
 765     if (typed != null && typed.length() > 0
 766             && !typed.equalsIgnoreCase(lastSearchTerm))
 767     {
 768       searchAction(true);
 769       paginatorCart.clear();
 770       lastSearchTerm = typed;
 771     }
 772   }
 773
 774   public boolean wantedFieldsUpdated()
 775   {
 776     if (previousWantedFields == null)
 777     {
 778       return false;
 779     }
 780
 781     return Arrays.equals(getFTSRestClient()
 782             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns().toArray(new Object[0]),
 783             previousWantedFields) ? false : true;
 784
 785   }
 786
 787   public void validateSelection()
 788   {
 789     if (tbl_summary.getSelectedRows().length > 0
 790             || !paginatorCart.isEmpty())
 791     {
 792       btn_ok.setEnabled(true);
 793     }
 794     else
 795     {
 796       btn_ok.setEnabled(false);
 797     }
 798   }
 799
 800   public JComboBox<FTSDataColumnI> getCmbSearchTarget()
 801   {
 802     return cmb_searchTarget;
 803   }
 804
 805   public JInternalFrame getMainFrame()
 806   {
 807     return mainFrame;
 808   }
 809
 810   protected void delayAndEnableActionButtons()
 811   {
 812     new Thread()
 813     {
 814       @Override
 815       public void run()
 816       {
 817         try
 818         {
 819           Thread.sleep(1500);
 820         } catch (InterruptedException e)
 821         {
 822           e.printStackTrace();
 823         }
 824         btn_ok.setEnabled(true);
 825         btn_back.setEnabled(true);
 826         btn_cancel.setEnabled(true);
 827       }
 828     }.start();
 829   }
 830
 831   protected void checkForErrors()
 832   {
 833     lbl_warning.setVisible(false);
 834     lbl_blank.setVisible(true);
 835     if (errorWarning.length() > 0)
 836     {
 837       lbl_loading.setVisible(false);
 838       lbl_blank.setVisible(false);
 839       lbl_warning.setToolTipText(
 840               JvSwingUtils.wrapTooltip(true, errorWarning.toString()));
 841       lbl_warning.setVisible(true);
 842     }
 843   }
 844
 845   public void btn_back_ActionPerformed()
 846   {
 847     closeAction();
 848     new SequenceFetcher(progressIndicator);
 849   }
 850
 851   protected void disableActionButtons()
 852   {
 853     btn_ok.setEnabled(false);
 854     btn_back.setEnabled(false);
 855     btn_cancel.setEnabled(false);
 856   }
 857
 858   public void btn_cancel_ActionPerformed()
 859   {
 860     closeAction();
 861   }
 862
 863   /**
 864    * Populates search target combo-box options
 865    */
 866   public void populateCmbSearchTargetOptions()
 867   {
 868     List<FTSDataColumnI> searchableTargets = new ArrayList<>();
 869     try
 870     {
 871       Collection<FTSDataColumnI> foundFTSTargets = getFTSRestClient()
 872               .getSearchableDataColumns();
 873       searchableTargets.addAll(foundFTSTargets);
 874     } catch (Exception e)
 875     {
 876       e.printStackTrace();
 877     }
 878
 879     Collections.sort(searchableTargets, new Comparator<FTSDataColumnI>()
 880     {
 881       @Override
 882       public int compare(FTSDataColumnI o1, FTSDataColumnI o2)
 883       {
 884         return o1.getName().compareTo(o2.getName());
 885       }
 886     });
 887
 888     for (FTSDataColumnI searchTarget : searchableTargets)
 889     {
 890       cmb_searchTarget.addItem(searchTarget);
 891     }
 892   }
 893
 894   public void transferToSequenceFetcher(String ids)
 895   {
 896     seqFetcher.getTextArea().setText(ids);
 897     Thread worker = new Thread(seqFetcher);
 898     worker.start();
 899   }
 900
 901   @Override
 902   public String getTypedText()
 903   {
 904     return txt_search.getUserInput();
 905   }
 906
 907   @Override
 908   public JTable getResultTable()
 909   {
 910     return tbl_summary;
 911   }
 912
 913   public void reset()
 914   {
 915     lbl_loading.setVisible(false);
 916     errorWarning.setLength(0);
 917     lbl_warning.setVisible(false);
 918     lbl_blank.setVisible(true);
 919     btn_ok.setEnabled(false);
 920     mainFrame.setTitle(getFTSFrameTitle());
 921     referesh();
 922     tbl_summary.setModel(new DefaultTableModel());
 923     tbl_summary.setVisible(false);
 924   }
 925
 926   @Override
 927   public void setPrevPageButtonEnabled(boolean isEnabled)
 928   {
 929     btn_prev_page.setEnabled(isEnabled);
 930   }
 931
 932   @Override
 933   public void setNextPageButtonEnabled(boolean isEnabled)
 934   {
 935     btn_next_page.setEnabled(isEnabled);
 936   }
 937
 938   @Override
 939   public void setErrorMessage(String message)
 940   {
 941     errorWarning.append(message);
 942   }
 943
 944   @Override
 945   public void updateSearchFrameTitle(String title)
 946   {
 947     mainFrame.setTitle(title);
 948   }
 949
 950   @Override
 951   public void setSearchInProgress(Boolean isSearchInProgress)
 952   {
 953     lbl_blank.setVisible(!isSearchInProgress);
 954     lbl_loading.setVisible(isSearchInProgress);
 955     txt_search.setEditable(!isSearchInProgress);
 956   }
 957
 958   @Override
 959   public void prevPageAction()
 960   {
 961     updatePaginatorCart();
 962     if (offSet >= pageLimit)
 963     {
 964       offSet = offSet - pageLimit;
 965       searchAction(false);
 966     }
 967     else
 968     {
 969       refreshPaginatorState();
 970     }
 971   }
 972
 973   @Override
 974   public void nextPageAction()
 975   {
 976     updatePaginatorCart();
 977     offSet = offSet + pageLimit;
 978     searchAction(false);
 979   }
 980
 981   public void updatePaginatorCart()
 982   {
 983     int primaryKeyColIndex = 0;
 984     JTable resultTable = getResultTable();
 985     int totalRows = resultTable.getRowCount();
 986     try
 987     {
 988       primaryKeyColIndex = getFTSRestClient()
 989               .getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields, false);
 990     } catch (Exception e)
 991     {
 992       e.printStackTrace();
 993     }
 994
 995     for (int row = 0; row < totalRows; row++)
 996     {
 997       String id = (String) resultTable.getValueAt(row, primaryKeyColIndex);
 998       if (paginatorCart.contains(id))
 999       {
1000         paginatorCart.remove(id);
1001       }
1002     }
1003     int[] selectedRows = resultTable.getSelectedRows();
1004     for (int summaryRow : selectedRows)
1005     {
1006       String idStr = resultTable.getValueAt(summaryRow, primaryKeyColIndex)
1007               .toString();
1008       paginatorCart.add(idStr);
1009     }
1010   }
1011
1012   public void updateSummaryTableSelections()
1013   {
1014     JTable resultTable = getResultTable();
1015     if (paginatorCart.isEmpty())
1016     {
1017       return;
1018     }
1019     int primaryKeyColIndex = 0;
1020     try
1021     {
1022       primaryKeyColIndex = getFTSRestClient()
1023               .getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields, false);
1024     } catch (Exception e)
1025     {
1026       e.printStackTrace();
1027     }
1028     int totalRows = resultTable.getRowCount();
1029     for (int row = 0; row < totalRows; row++)
1030     {
1031       String id = (String) resultTable.getValueAt(row, primaryKeyColIndex);
1032       if (paginatorCart.contains(id))
1033       {
1034         resultTable.addRowSelectionInterval(row, row);
1035       }
1036     }
1037     validateSelection();
1038   }
1039
1040   public void refreshPaginatorState()
1041   {
1042     setPrevPageButtonEnabled(false);
1043     setNextPageButtonEnabled(false);
1044     if (resultSetCount == 0 && pageLimit == 0)
1045     {
1046       return;
1047     }
1048     if (resultSetCount >= pageLimit)
1049     {
1050       setNextPageButtonEnabled(true);
1051     }
1052     if (offSet >= pageLimit)
1053     {
1054       setPrevPageButtonEnabled(true);
1055     }
1056   }
1057
1058   public void referesh()
1059   {
1060     mainFrame.setTitle(getFTSFrameTitle());
1061   }
1062
1063 }