src/jalview/fts/core/GFTSPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.fts.core;
  23
  24 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  25 import jalview.fts.api.GFTSPanelI;
  26 import jalview.fts.core.FTSDataColumnPreferences.PreferenceSource;
  27 import jalview.gui.Desktop;
  28 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  29 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  30 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 import java.awt.BorderLayout;
  34 import java.awt.CardLayout;
  35 import java.awt.Dimension;
  36 import java.awt.event.ActionEvent;
  37 import java.awt.event.ActionListener;
  38 import java.awt.event.FocusAdapter;
  39 import java.awt.event.FocusEvent;
  40 import java.awt.event.FocusListener;
  41 import java.awt.event.KeyAdapter;
  42 import java.awt.event.KeyEvent;
  43 import java.awt.event.MouseAdapter;
  44 import java.awt.event.MouseEvent;
  45 import java.text.DecimalFormat;
  46 import java.util.ArrayList;
  47 import java.util.Arrays;
  48 import java.util.Collection;
  49 import java.util.Collections;
  50 import java.util.Comparator;
  51 import java.util.HashSet;
  52 import java.util.List;
  53
  54 import javax.swing.ImageIcon;
  55 import javax.swing.JButton;
  56 import javax.swing.JComboBox;
  57 import javax.swing.JFrame;
  58 import javax.swing.JInternalFrame;
  59 import javax.swing.JLabel;
  60 import javax.swing.JPanel;
  61 import javax.swing.JScrollPane;
  62 import javax.swing.JTabbedPane;
  63 import javax.swing.JTable;
  64 import javax.swing.JTextField;
  65 import javax.swing.Timer;
  66 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  67 import javax.swing.event.ChangeListener;
  68 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  69 import javax.swing.event.DocumentListener;
  70 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  71 import javax.swing.table.DefaultTableModel;
  72 import javax.swing.table.TableColumn;
  73
  74 /**
  75  * This class provides the swing GUI layout for FTS Panel and implements most of
  76  * the contracts defined in GFSPanelI
  77  *
  78  * @author tcnofoegbu
  79  *
  80  */
  81
  82 @SuppressWarnings("serial")
  83 public abstract class GFTSPanel extends JPanel implements GFTSPanelI
  84 {
  85   protected JInternalFrame mainFrame = new JInternalFrame(
  86           getFTSFrameTitle());
  87
  88   protected IProgressIndicator progressIndicator;
  89
  90   protected JComboBox<FTSDataColumnI> cmb_searchTarget = new JComboBox<FTSDataColumnI>();
  91
  92   protected JButton btn_ok = new JButton();
  93
  94   protected JButton btn_back = new JButton();
  95
  96   protected JButton btn_cancel = new JButton();
  97
  98   protected JTextField txt_search = new JTextField(30);
  99
 100   protected SequenceFetcher seqFetcher;
 101
 102   protected Collection<FTSDataColumnI> wantedFields;
 103
 104   private String lastSearchTerm = "";
 105
 106   protected JButton btn_next_page = new JButton();
 107
 108   protected JButton btn_prev_page = new JButton();
 109
 110   protected StringBuilder errorWarning = new StringBuilder();
 111
 112   protected ImageIcon warningImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 113           "/images/warning.gif"));
 114
 115   protected ImageIcon loadingImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 116           "/images/loading.gif"));
 117
 118   protected ImageIcon balnkPlaceholderImage = new ImageIcon(getClass()
 119           .getResource("/images/blank_16x16_placeholder.png"));
 120
 121   protected JLabel lbl_warning = new JLabel(warningImage);
 122
 123   protected JLabel lbl_loading = new JLabel(loadingImage);
 124
 125   protected JLabel lbl_blank = new JLabel(balnkPlaceholderImage);
 126
 127   private JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
 128
 129   private JPanel pnl_actions = new JPanel();
 130
 131   private JPanel pnl_results = new JPanel(new CardLayout());
 132
 133   private JPanel pnl_inputs = new JPanel();
 134
 135   private BorderLayout mainLayout = new BorderLayout();
 136
 137   protected Object[] previousWantedFields;
 138
 139   protected int resultSetCount;
 140
 141   protected int totalResultSetCount;
 142
 143   protected int offSet;
 144
 145   protected int pageLimit;
 146
 147   protected HashSet<String> paginatorCart = new HashSet<String>();
 148
 149   private static final int MIN_WIDTH = 670;
 150
 151   private static final int MIN_HEIGHT = 300;
 152
 153   protected static final DecimalFormat totalNumberformatter = new DecimalFormat(
 154           "###,###");
 155
 156   private JTable tbl_summary = new JTable()
 157   {
 158     private boolean inLayout;
 159
 160     @Override
 161     public boolean getScrollableTracksViewportWidth()
 162     {
 163       return hasExcessWidth();
 164
 165     }
 166
 167     @Override
 168     public void doLayout()
 169     {
 170       if (hasExcessWidth())
 171       {
 172         autoResizeMode = AUTO_RESIZE_SUBSEQUENT_COLUMNS;
 173       }
 174       inLayout = true;
 175       super.doLayout();
 176       inLayout = false;
 177       autoResizeMode = AUTO_RESIZE_OFF;
 178     }
 179
 180     protected boolean hasExcessWidth()
 181     {
 182       return getPreferredSize().width < getParent().getWidth();
 183     }
 184
 185     @Override
 186     public void columnMarginChanged(ChangeEvent e)
 187     {
 188       if (isEditing())
 189       {
 190         removeEditor();
 191       }
 192       TableColumn resizingColumn = getTableHeader().getResizingColumn();
 193       // Need to do this here, before the parent's
 194       // layout manager calls getPreferredSize().
 195       if (resizingColumn != null && autoResizeMode == AUTO_RESIZE_OFF
 196               && !inLayout)
 197       {
 198         resizingColumn.setPreferredWidth(resizingColumn.getWidth());
 199         String colHeader = resizingColumn.getHeaderValue().toString();
 200         getTempUserPrefs().put(colHeader, resizingColumn.getWidth());
 201       }
 202       resizeAndRepaint();
 203     }
 204
 205     @Override
 206     public String getToolTipText(MouseEvent evt)
 207     {
 208       String toolTipText = null;
 209       java.awt.Point pnt = evt.getPoint();
 210       int rowIndex = rowAtPoint(pnt);
 211       int colIndex = columnAtPoint(pnt);
 212
 213       try
 214       {
 215         if (getValueAt(rowIndex, colIndex) == null)
 216         {
 217           return null;
 218         }
 219         toolTipText = getValueAt(rowIndex, colIndex).toString();
 220
 221       } catch (Exception e)
 222       {
 223         e.printStackTrace();
 224       }
 225       toolTipText = (toolTipText == null ? null
 226               : (toolTipText.length() > 500 ? JvSwingUtils.wrapTooltip(
 227                       true, toolTipText.subSequence(0, 500) + "...")
 228                       : JvSwingUtils.wrapTooltip(true, toolTipText)));
 229
 230       return toolTipText;
 231     }
 232   };
 233
 234   protected JScrollPane scrl_searchResult = new JScrollPane(tbl_summary);
 235
 236   public GFTSPanel()
 237   {
 238     try
 239     {
 240       jbInit();
 241       mainFrame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 242       mainFrame.addFocusListener(new FocusAdapter()
 243       {
 244         @Override
 245         public void focusGained(FocusEvent e)
 246         {
 247           txt_search.requestFocusInWindow();
 248         }
 249       });
 250       mainFrame.invalidate();
 251       mainFrame.pack();
 252     } catch (Exception e)
 253     {
 254       e.printStackTrace();
 255     }
 256   }
 257
 258   /**
 259    * Initializes the GUI default properties
 260    *
 261    * @throws Exception
 262    */
 263   private void jbInit() throws Exception
 264   {
 265     Integer width = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.width") == null ? 800
 266             : getTempUserPrefs().get("FTSPanel.width");
 267     Integer height = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.height") == null ? 400
 268             : getTempUserPrefs().get("FTSPanel.height");
 269     lbl_warning.setVisible(false);
 270     lbl_warning.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 271     lbl_loading.setVisible(false);
 272     lbl_loading.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 273     lbl_blank.setVisible(true);
 274     lbl_blank.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 275
 276     tbl_summary.setAutoCreateRowSorter(true);
 277     tbl_summary.getTableHeader().setReorderingAllowed(false);
 278     tbl_summary.addMouseListener(new MouseAdapter()
 279     {
 280       @Override
 281       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 282       {
 283         validateSelection();
 284       }
 285
 286       @Override
 287       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 288       {
 289         validateSelection();
 290       }
 291     });
 292     tbl_summary.addKeyListener(new KeyAdapter()
 293     {
 294       @Override
 295       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 296       {
 297         validateSelection();
 298         switch (evt.getKeyCode())
 299         {
 300         case KeyEvent.VK_ESCAPE: // escape key
 301           btn_back_ActionPerformed();
 302           break;
 303         case KeyEvent.VK_ENTER: // enter key
 304           if (btn_ok.isEnabled())
 305           {
 306             okAction();
 307           }
 308           evt.consume();
 309           break;
 310         case KeyEvent.VK_TAB: // tab key
 311           if (evt.isShiftDown())
 312           {
 313             tabbedPane.requestFocus();
 314           }
 315           else
 316           {
 317             btn_back.requestFocus();
 318           }
 319           evt.consume();
 320           break;
 321         default:
 322           return;
 323         }
 324       }
 325     });
 326
 327     btn_back.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 328     btn_back.setText(MessageManager.getString("action.back"));
 329     btn_back.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 330     {
 331       @Override
 332       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 333       {
 334         btn_back_ActionPerformed();
 335       }
 336     });
 337     btn_back.addKeyListener(new KeyAdapter()
 338     {
 339       @Override
 340       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 341       {
 342         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 343         {
 344           btn_back_ActionPerformed();
 345         }
 346       }
 347     });
 348
 349     btn_ok.setEnabled(false);
 350     btn_ok.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 351     btn_ok.setText(MessageManager.getString("action.ok"));
 352     btn_ok.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 353     {
 354       @Override
 355       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 356       {
 357         okAction();
 358       }
 359     });
 360     btn_ok.addKeyListener(new KeyAdapter()
 361     {
 362       @Override
 363       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 364       {
 365         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 366         {
 367           okAction();
 368         }
 369       }
 370     });
 371     btn_next_page.setEnabled(false);
 372     btn_next_page.setToolTipText(MessageManager
 373             .getString("label.next_page_tooltip"));
 374     btn_next_page.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 375     btn_next_page.setText(MessageManager.getString("action.next_page"));
 376     btn_next_page.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 377     {
 378       @Override
 379       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 380       {
 381         nextPageAction();
 382       }
 383     });
 384     btn_next_page.addKeyListener(new KeyAdapter()
 385     {
 386       @Override
 387       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 388       {
 389         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 390         {
 391           nextPageAction();
 392         }
 393       }
 394     });
 395
 396     btn_prev_page.setEnabled(false);
 397     btn_prev_page.setToolTipText(MessageManager
 398             .getString("label.prev_page_tooltip"));
 399     btn_prev_page.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 400     btn_prev_page.setText(MessageManager.getString("action.prev_page"));
 401     btn_prev_page.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 402     {
 403       @Override
 404       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 405       {
 406         prevPageAction();
 407       }
 408     });
 409     btn_prev_page.addKeyListener(new KeyAdapter()
 410     {
 411       @Override
 412       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 413       {
 414         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 415         {
 416           prevPageAction();
 417         }
 418       }
 419     });
 420
 421     if (isPaginationEnabled())
 422     {
 423       btn_prev_page.setVisible(true);
 424       btn_next_page.setVisible(true);
 425     }
 426     else
 427     {
 428       btn_prev_page.setVisible(false);
 429       btn_next_page.setVisible(false);
 430     }
 431
 432     btn_cancel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 433     btn_cancel.setText(MessageManager.getString("action.cancel"));
 434     btn_cancel.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 435     {
 436       @Override
 437       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 438       {
 439         btn_cancel_ActionPerformed();
 440       }
 441     });
 442     btn_cancel.addKeyListener(new KeyAdapter()
 443     {
 444       @Override
 445       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 446       {
 447         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 448         {
 449           btn_cancel_ActionPerformed();
 450         }
 451       }
 452     });
 453     scrl_searchResult.setPreferredSize(new Dimension(width, height));
 454
 455     cmb_searchTarget.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 456     cmb_searchTarget.addActionListener(new ActionListener()
 457     {
 458       @Override
 459       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 460       {
 461         String tooltipText;
 462         if ("all".equalsIgnoreCase(getCmbSearchTarget().getSelectedItem()
 463                 .toString()))
 464         {
 465           tooltipText = MessageManager.getString("label.search_all");
 466         }
 467         else if ("pdb id".equalsIgnoreCase(getCmbSearchTarget()
 468                 .getSelectedItem().toString()))
 469         {
 470           tooltipText = MessageManager
 471                   .getString("label.separate_multiple_accession_ids");
 472         }
 473         else
 474         {
 475           tooltipText = MessageManager.formatMessage(
 476                   "label.separate_multiple_query_values",
 477                   new Object[] { getCmbSearchTarget().getSelectedItem()
 478                           .toString() });
 479         }
 480         txt_search.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 481                 tooltipText));
 482         searchAction(true);
 483       }
 484     });
 485
 486     populateCmbSearchTargetOptions();
 487
 488     txt_search.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 489
 490     txt_search.addKeyListener(new KeyAdapter()
 491     {
 492       @Override
 493       public void keyPressed(KeyEvent e)
 494       {
 495         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 496         {
 497           if (txt_search.getText() == null
 498                   || txt_search.getText().isEmpty())
 499           {
 500             return;
 501           }
 502           String primaryKeyName = getFTSRestClient().getPrimaryKeyColumn()
 503                   .getName();
 504           if (primaryKeyName.equalsIgnoreCase(getCmbSearchTarget()
 505                   .getSelectedItem().toString()))
 506           {
 507             transferToSequenceFetcher(txt_search.getText());
 508           }
 509         }
 510       }
 511     });
 512
 513     final DeferredTextInputListener listener = new DeferredTextInputListener(
 514             1500, new ActionListener()
 515             {
 516               @Override
 517               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 518               {
 519                 if (!getTypedText().equalsIgnoreCase(lastSearchTerm))
 520                 {
 521                   searchAction(true);
 522                   paginatorCart.clear();
 523                   lastSearchTerm = getTypedText();
 524                 }
 525               }
 526             }, false);
 527     txt_search.getDocument().addDocumentListener(listener);
 528     txt_search.addFocusListener(new FocusListener()
 529     {
 530       @Override
 531       public void focusGained(FocusEvent e)
 532       {
 533         listener.start();
 534       }
 535
 536       @Override
 537       public void focusLost(FocusEvent e)
 538       {
 539         // listener.stop();
 540       }
 541     });
 542
 543     final String searchTabTitle = MessageManager
 544             .getString("label.search_result");
 545     final String configureCols = MessageManager
 546             .getString("label.configure_displayed_columns");
 547     ChangeListener changeListener = new ChangeListener()
 548     {
 549       @Override
 550       public void stateChanged(ChangeEvent changeEvent)
 551       {
 552         JTabbedPane sourceTabbedPane = (JTabbedPane) changeEvent
 553                 .getSource();
 554         int index = sourceTabbedPane.getSelectedIndex();
 555
 556         btn_back.setVisible(true);
 557         btn_cancel.setVisible(true);
 558         btn_ok.setVisible(true);
 559         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index).equals(configureCols))
 560         {
 561           btn_back.setVisible(false);
 562           btn_cancel.setVisible(false);
 563           btn_ok.setVisible(false);
 564           btn_back.setEnabled(false);
 565           btn_cancel.setEnabled(false);
 566           btn_ok.setEnabled(false);
 567           btn_next_page.setEnabled(false);
 568           btn_prev_page.setEnabled(false);
 569           txt_search.setEnabled(false);
 570           cmb_searchTarget.setEnabled(false);
 571           previousWantedFields = getFTSRestClient()
 572                   .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns().toArray(
 573                           new Object[0]);
 574         }
 575         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index).equals(searchTabTitle))
 576         {
 577           btn_back.setEnabled(true);
 578           btn_cancel.setEnabled(true);
 579           refreshPaginatorState();
 580           txt_search.setEnabled(true);
 581           cmb_searchTarget.setEnabled(true);
 582           if (wantedFieldsUpdated())
 583           {
 584             searchAction(true);
 585             paginatorCart.clear();
 586           }
 587           else
 588           {
 589             validateSelection();
 590           }
 591         }
 592       }
 593     };
 594     tabbedPane.addChangeListener(changeListener);
 595     tabbedPane.setPreferredSize(new Dimension(width, height));
 596     tabbedPane.add(searchTabTitle, scrl_searchResult);
 597     tabbedPane.add(configureCols, new FTSDataColumnPreferences(
 598             PreferenceSource.SEARCH_SUMMARY, getFTSRestClient()));
 599
 600     pnl_actions.add(btn_back);
 601     pnl_actions.add(btn_ok);
 602     pnl_actions.add(btn_cancel);
 603
 604     pnl_results.add(tabbedPane);
 605     pnl_inputs.add(cmb_searchTarget);
 606     pnl_inputs.add(txt_search);
 607     pnl_inputs.add(lbl_loading);
 608     pnl_inputs.add(lbl_warning);
 609     pnl_inputs.add(lbl_blank);
 610     pnl_inputs.add(btn_prev_page);
 611     pnl_inputs.add(btn_next_page);
 612
 613     this.setLayout(mainLayout);
 614     this.add(pnl_inputs, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 615     this.add(pnl_results, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 616     this.add(pnl_actions, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 617     mainFrame.setVisible(true);
 618     mainFrame.setContentPane(this);
 619     mainFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 620     mainFrame
 621             .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 622             {
 623               @Override
 624               public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent e)
 625               {
 626                 closeAction();
 627               }
 628             });
 629     mainFrame.setVisible(true);
 630     mainFrame.setContentPane(this);
 631     mainFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 632     Integer x = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.x");
 633     Integer y = getTempUserPrefs().get("FTSPanel.y");
 634     if (x != null && y != null)
 635     {
 636       mainFrame.setLocation(x, y);
 637     }
 638     Desktop.addInternalFrame(mainFrame, getFTSFrameTitle(), width, height);
 639   }
 640
 641   protected void closeAction()
 642   {
 643     // System.out.println(">>>>>>>>>> closing internal frame!!!");
 644     // System.out.println("width : " + this.getWidth());
 645     // System.out.println("heigh : " + this.getHeight());
 646     // System.out.println("x : " + mainFrame.getX());
 647     // System.out.println("y : " + mainFrame.getY());
 648     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.width", this.getWidth());
 649     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.height", pnl_results.getHeight());
 650     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.x", mainFrame.getX());
 651     getTempUserPrefs().put("FTSPanel.y", mainFrame.getY());
 652     mainFrame.dispose();
 653   }
 654
 655   public class DeferredTextInputListener implements DocumentListener
 656   {
 657     private final Timer swingTimer;
 658
 659     public DeferredTextInputListener(int timeOut, ActionListener listener,
 660             boolean repeats)
 661     {
 662       swingTimer = new Timer(timeOut, listener);
 663       swingTimer.setRepeats(repeats);
 664     }
 665
 666     public void start()
 667     {
 668       swingTimer.start();
 669     }
 670
 671     public void stop()
 672     {
 673       swingTimer.stop();
 674     }
 675
 676     @Override
 677     public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 678     {
 679       swingTimer.restart();
 680     }
 681
 682     @Override
 683     public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 684     {
 685       swingTimer.restart();
 686     }
 687
 688     @Override
 689     public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 690     {
 691       swingTimer.restart();
 692     }
 693
 694   }
 695
 696   public boolean wantedFieldsUpdated()
 697   {
 698     if (previousWantedFields == null)
 699     {
 700       return true;
 701     }
 702
 703     return Arrays.equals(getFTSRestClient()
 704             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns().toArray(new Object[0]),
 705             previousWantedFields) ? false : true;
 706
 707   }
 708
 709   public void validateSelection()
 710   {
 711     if (tbl_summary.getSelectedRows().length > 0
 712             || !paginatorCart.isEmpty())
 713     {
 714       btn_ok.setEnabled(true);
 715     }
 716     else
 717     {
 718       btn_ok.setEnabled(false);
 719     }
 720   }
 721
 722   public JComboBox<FTSDataColumnI> getCmbSearchTarget()
 723   {
 724     return cmb_searchTarget;
 725   }
 726
 727   public JTextField getTxtSearch()
 728   {
 729     return txt_search;
 730   }
 731
 732   public JInternalFrame getMainFrame()
 733   {
 734     return mainFrame;
 735   }
 736
 737   protected void delayAndEnableActionButtons()
 738   {
 739     new Thread()
 740     {
 741       @Override
 742       public void run()
 743       {
 744         try
 745         {
 746           Thread.sleep(1500);
 747         } catch (InterruptedException e)
 748         {
 749           e.printStackTrace();
 750         }
 751         btn_ok.setEnabled(true);
 752         btn_back.setEnabled(true);
 753         btn_cancel.setEnabled(true);
 754       }
 755     }.start();
 756   }
 757
 758   protected void checkForErrors()
 759   {
 760     lbl_warning.setVisible(false);
 761     lbl_blank.setVisible(true);
 762     if (errorWarning.length() > 0)
 763     {
 764       lbl_loading.setVisible(false);
 765       lbl_blank.setVisible(false);
 766       lbl_warning.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 767               errorWarning.toString()));
 768       lbl_warning.setVisible(true);
 769     }
 770   }
 771
 772   protected void btn_back_ActionPerformed()
 773   {
 774     closeAction();
 775     new SequenceFetcher(progressIndicator);
 776   }
 777
 778   protected void disableActionButtons()
 779   {
 780     btn_ok.setEnabled(false);
 781     btn_back.setEnabled(false);
 782     btn_cancel.setEnabled(false);
 783   }
 784
 785   protected void btn_cancel_ActionPerformed()
 786   {
 787     closeAction();
 788   }
 789
 790   /**
 791    * Populates search target combo-box options
 792    */
 793   public void populateCmbSearchTargetOptions()
 794   {
 795     List<FTSDataColumnI> searchableTargets = new ArrayList<FTSDataColumnI>();
 796     try
 797     {
 798       Collection<FTSDataColumnI> foundFTSTargets = getFTSRestClient()
 799               .getSearchableDataColumns();
 800       searchableTargets.addAll(foundFTSTargets);
 801     } catch (Exception e)
 802     {
 803       e.printStackTrace();
 804     }
 805
 806     Collections.sort(searchableTargets, new Comparator<FTSDataColumnI>()
 807     {
 808       @Override
 809       public int compare(FTSDataColumnI o1, FTSDataColumnI o2)
 810       {
 811         return o1.getName().compareTo(o2.getName());
 812       }
 813     });
 814
 815     for (FTSDataColumnI searchTarget : searchableTargets)
 816     {
 817       cmb_searchTarget.addItem(searchTarget);
 818     }
 819   }
 820
 821   public void transferToSequenceFetcher(String ids)
 822   {
 823     // mainFrame.dispose();
 824     seqFetcher.getTextArea().setText(ids);
 825     Thread worker = new Thread(seqFetcher);
 826     worker.start();
 827   }
 828
 829   @Override
 830   public String getTypedText()
 831   {
 832     return txt_search.getText().trim();
 833   }
 834
 835   @Override
 836   public JTable getResultTable()
 837   {
 838     return tbl_summary;
 839   }
 840
 841   public void reset()
 842   {
 843     lbl_loading.setVisible(false);
 844     errorWarning.setLength(0);
 845     lbl_warning.setVisible(false);
 846     lbl_blank.setVisible(true);
 847     btn_ok.setEnabled(false);
 848     mainFrame.setTitle(getFTSFrameTitle());
 849     referesh();
 850     tbl_summary.setModel(new DefaultTableModel());
 851     tbl_summary.setVisible(false);
 852   }
 853
 854   @Override
 855   public void setPrevPageButtonEnabled(boolean isEnabled)
 856   {
 857     btn_prev_page.setEnabled(isEnabled);
 858   }
 859
 860   @Override
 861   public void setNextPageButtonEnabled(boolean isEnabled)
 862   {
 863     btn_next_page.setEnabled(isEnabled);
 864   }
 865
 866   @Override
 867   public void setErrorMessage(String message)
 868   {
 869     errorWarning.append(message);
 870   }
 871
 872   @Override
 873   public void updateSearchFrameTitle(String title)
 874   {
 875     mainFrame.setTitle(title);
 876   }
 877
 878   @Override
 879   public void setSearchInProgress(Boolean isSearchInProgress)
 880   {
 881     lbl_blank.setVisible(!isSearchInProgress);
 882     lbl_loading.setVisible(isSearchInProgress);
 883   }
 884
 885   @Override
 886   public void prevPageAction()
 887   {
 888     updatePaginatorCart();
 889     if (offSet >= pageLimit)
 890     {
 891       offSet = offSet - pageLimit;
 892       searchAction(false);
 893     }
 894     else
 895     {
 896       refreshPaginatorState();
 897     }
 898   }
 899
 900   @Override
 901   public void nextPageAction()
 902   {
 903     updatePaginatorCart();
 904     offSet = offSet + pageLimit;
 905     searchAction(false);
 906   }
 907
 908   public void updatePaginatorCart()
 909   {
 910     int primaryKeyColIndex = 0;
 911     JTable resultTable = getResultTable();
 912     int totalRows = resultTable.getRowCount();
 913     try
 914     {
 915       primaryKeyColIndex = getFTSRestClient().getPrimaryKeyColumIndex(
 916               wantedFields, false);
 917     } catch (Exception e)
 918     {
 919       e.printStackTrace();
 920     }
 921
 922     for (int row = 0; row < totalRows; row++)
 923     {
 924       String id = (String) resultTable.getValueAt(row, primaryKeyColIndex);
 925       if (paginatorCart.contains(id))
 926       {
 927         paginatorCart.remove(id);
 928       }
 929     }
 930     int[] selectedRows = resultTable.getSelectedRows();
 931     for (int summaryRow : selectedRows)
 932     {
 933       String idStr = resultTable.getValueAt(summaryRow, primaryKeyColIndex)
 934               .toString();
 935       paginatorCart.add(idStr);
 936     }
 937     // System.out.println("Paginator shopping cart size : "
 938     // + paginatorCart.size());
 939   }
 940
 941   public void updateSummaryTableSelections()
 942   {
 943     JTable resultTable = getResultTable();
 944     if (paginatorCart.isEmpty())
 945     {
 946       return;
 947     }
 948     int primaryKeyColIndex = 0;
 949     try
 950     {
 951       primaryKeyColIndex = getFTSRestClient().getPrimaryKeyColumIndex(
 952               wantedFields, false);
 953     } catch (Exception e)
 954     {
 955       e.printStackTrace();
 956     }
 957     // System.out.println(">>>>>> got here : 1");
 958     int totalRows = resultTable.getRowCount();
 959     // resultTable.clearSelection();
 960     for (int row = 0; row < totalRows; row++)
 961     {
 962       String id = (String) resultTable.getValueAt(row, primaryKeyColIndex);
 963       if (paginatorCart.contains(id))
 964       {
 965         resultTable.addRowSelectionInterval(row, row);
 966       }
 967     }
 968     validateSelection();
 969   }
 970
 971   public void refreshPaginatorState()
 972   {
 973     // System.out.println("resultSet count : " + resultSetCount);
 974     // System.out.println("offSet : " + offSet);
 975     // System.out.println("page limit : " + pageLimit);
 976     setPrevPageButtonEnabled(false);
 977     setNextPageButtonEnabled(false);
 978     if (resultSetCount == 0 && pageLimit == 0)
 979     {
 980       return;
 981     }
 982     if (resultSetCount >= pageLimit)
 983     {
 984       setNextPageButtonEnabled(true);
 985     }
 986     if (offSet >= pageLimit)
 987     {
 988       setPrevPageButtonEnabled(true);
 989     }
 990   }
 991
 992   public void referesh()
 993   {
 994     mainFrame.setTitle(getFTSFrameTitle());
 995   }
 996
 997 }