src/jalview/fts/service/pdb/PDBFTSPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.fts.service.pdb;
  23
  24 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  25 import jalview.fts.api.FTSRestClientI;
  26 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  27 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  28 import jalview.fts.core.GFTSPanel;
  29 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.util.HashSet;
  33
  34 @SuppressWarnings("serial")
  35 public class PDBFTSPanel extends GFTSPanel
  36 {
  37   private static String defaultFTSFrameTitle = MessageManager
  38           .getString("label.pdb_sequence_fetcher");
  39
  40   private String ftsFrameTitle = defaultFTSFrameTitle;
  41
  42   public PDBFTSPanel(SequenceFetcher seqFetcher)
  43   {
  44     this.seqFetcher = seqFetcher;
  45     this.progressIdicator = (seqFetcher == null) ? null : seqFetcher
  46             .getProgressIndicator();
  47   }
  48
  49
  50   @Override
  51   public void searchAction()
  52   {
  53     new Thread()
  54     {
  55       @Override
  56       public void run()
  57       {
  58         ftsFrameTitle = defaultFTSFrameTitle;
  59         reset();
  60         boolean allowEmptySequence = false;
  61         if (getTypedText().length() > 0)
  62         {
  63           setSearchInProgress(true);
  64           long startTime = System.currentTimeMillis();
  65
  66           String searchTarget = ((FTSDataColumnI) cmb_searchTarget
  67                   .getSelectedItem()).getCode();
  68           wantedFields = PDBFTSRestClient.getInstance()
  69                   .getAllDefaulDisplayedDataColumns();
  70           String searchTerm = decodeSearchTerm(txt_search.getText(),
  71                   searchTarget);
  72
  73           FTSRestRequest request = new FTSRestRequest();
  74           request.setAllowEmptySeq(allowEmptySequence);
  75           request.setResponseSize(100);
  76           request.setFieldToSearchBy("(" + searchTarget + ":");
  77           request.setSearchTerm(searchTerm + ")");
  78           request.setWantedFields(wantedFields);
  79           FTSRestClientI pdbRestCleint = PDBFTSRestClient.getInstance();
  80           FTSRestResponse resultList;
  81           try
  82           {
  83             resultList = pdbRestCleint.executeRequest(request);
  84           } catch (Exception e)
  85           {
  86             setErrorMessage(e.getMessage());
  87             checkForErrors();
  88             return;
  89           }
  90
  91           if (resultList.getSearchSummary() != null
  92                   && resultList.getSearchSummary().size() > 0)
  93           {
  94             getResultTable().setModel(
  95                     FTSRestResponse.getTableModel(request,
  96                     resultList.getSearchSummary()));
  97             FTSRestResponse.configureTableColumn(getResultTable(),
  98                     wantedFields);
  99             getResultTable().setVisible(true);
 100           }
 101
 102           long endTime = System.currentTimeMillis();
 103           int resultSetCount = resultList.getNumberOfItemsFound();
 104           String result = (resultSetCount > 1) ? MessageManager
 105                   .getString("label.results") : MessageManager
 106                   .getString("label.result");
 107           updateSearchFrameTitle(defaultFTSFrameTitle + " - "
 108                   + resultSetCount + " " + result + " ("
 109                   + (endTime - startTime) + " milli secs)");
 110           setSearchInProgress(false);
 111         }
 112       }
 113     }.start();
 114   }
 115
 116   public static String decodeSearchTerm(String enteredText,
 117           String targetField)
 118   {
 119     String foundSearchTerms = enteredText;
 120     StringBuilder foundSearchTermsBuilder = new StringBuilder();
 121     if (enteredText.contains(";"))
 122     {
 123       String[] searchTerms = enteredText.split(";");
 124       for (String searchTerm : searchTerms)
 125       {
 126         if (searchTerm.contains(":"))
 127         {
 128           foundSearchTermsBuilder.append(targetField).append(":")
 129                   .append(searchTerm.split(":")[0]).append(" OR ");
 130         }
 131         else
 132         {
 133           foundSearchTermsBuilder.append(targetField).append(":")
 134                   .append(searchTerm).append(" OR ");
 135         }
 136       }
 137       int endIndex = foundSearchTermsBuilder.lastIndexOf(" OR ");
 138       foundSearchTerms = foundSearchTermsBuilder.toString();
 139       if (foundSearchTerms.contains(" OR "))
 140       {
 141         foundSearchTerms = foundSearchTerms.substring(
 142                 targetField.length() + 1, endIndex);
 143       }
 144     }
 145     else if (enteredText.contains(":"))
 146     {
 147       foundSearchTerms = foundSearchTerms.split(":")[0];
 148     }
 149     return foundSearchTerms;
 150   }
 151
 152   @Override
 153   public void okAction()
 154   {
 155     // mainFrame.dispose();
 156     disableActionButtons();
 157     StringBuilder selectedIds = new StringBuilder();
 158     HashSet<String> selectedIdsSet = new HashSet<String>();
 159     int primaryKeyColIndex = 0;
 160     try
 161     {
 162       primaryKeyColIndex = getFTSRestClient().getPrimaryKeyColumIndex(
 163               wantedFields,
 164               false);
 165     } catch (Exception e)
 166     {
 167       // TODO Auto-generated catch block
 168       e.printStackTrace();
 169     }
 170     int[] selectedRows = getResultTable().getSelectedRows();
 171     for (int summaryRow : selectedRows)
 172     {
 173       String idStr = getResultTable().getValueAt(summaryRow,
 174               primaryKeyColIndex)
 175               .toString();
 176       String searchTerm = txt_search.getText();
 177       selectedIdsSet.add(getPDBIdwithSpecifiedChain(idStr, searchTerm));
 178     }
 179
 180     for (String selectedId : selectedIdsSet)
 181     {
 182       selectedIds.append(selectedId).append(";");
 183     }
 184
 185     String ids = selectedIds.toString();
 186     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>>>> selected Ids: " + ids);
 187     seqFetcher.getTextArea().setText(ids);
 188     Thread worker = new Thread(seqFetcher);
 189     worker.start();
 190     delayAndEnableActionButtons();
 191   }
 192
 193
 194   public static String getPDBIdwithSpecifiedChain(String pdbId,
 195           String searchTerm)
 196   {
 197     String pdbIdWithChainCode = "";
 198     if (searchTerm.contains(";"))
 199     {
 200       String[] foundTerms = searchTerm.split(";");
 201       for (String foundTerm : foundTerms)
 202       {
 203         if (foundTerm.contains(pdbId))
 204         {
 205           pdbIdWithChainCode = foundTerm;
 206         }
 207       }
 208     }
 209     else if (searchTerm.contains(pdbId))
 210     {
 211       pdbIdWithChainCode = searchTerm;
 212     }
 213     else
 214     {
 215       pdbIdWithChainCode = pdbId;
 216     }
 217     return pdbIdWithChainCode;
 218   }
 219
 220
 221
 222   @Override
 223   public FTSRestClientI getFTSRestClient()
 224   {
 225     return PDBFTSRestClient.getInstance();
 226   }
 227
 228   @Override
 229   public String getFTSFrameTitle()
 230   {
 231     return ftsFrameTitle;
 232   }
 233
 234
 235   @Override
 236   public void prevPageAction()
 237   {
 238     // TODO pagination not yet implemented for PDB FTS
 239
 240   }
 241
 242   @Override
 243   public void nextPageAction()
 244   {
 245     // TODO pagination not yet implemented for PDB FTS
 246
 247   }
 248
 249   @Override
 250   public boolean isPaginationEnabled()
 251   {
 252     return false;
 253   }
 254
 255 }