src/jalview/fts/service/threedbeacons/TDB_FTSData.java

   1 package jalview.fts.service.threedbeacons;
   2
   3 import java.util.Map;
   4 import java.util.Objects;
   5
   6 import jalview.fts.api.FTSData;
   7
   8 /**
   9  * TDB result bean - holds filtered fields for GUI and essential metadata fields
  10  * for back end
  11  *
  12  * @author jprocter
  13  *
  14  */
  15 public class TDB_FTSData implements FTSData
  16 {
  17   String primaryKey;
  18
  19   Object[] summaryRowData;
  20
  21   /*
  22    * fields in the JSON object
  23    */
  24   public static String Uniprot_Id= "id";
  25   public static String Uniprot_Start= "uniprot_start";
  26   public static String Uniprot_End= "uniprot_end";
  27   public static String Provider= "provider";
  28   public static String Model_id= "model_identifier";
  29   public static String Model_Category= "model_category";
  30   public static String Model_Type= "model_type";
  31   public static String Model_Title="model_title";
  32   public static String Resolution= "resolution";
  33   public static String Confidence= "confidence_avg_local_score";
  34   public static String Confidence_Score_Type= "confidence_type";
  35   public static String Confidence_Score_Version= "confidence_version";
  36   public static String Coverage= "coverage";
  37   public static String Sequence_Identity= "sequence_identity";
  38   public static String Created_Date= "created";
  39   public static String UniProt_Accession= "uniprot_accession";
  40   public static String Url= "model_url";
  41   public static String Page_URL= "model_page_url";
  42   public static String Ensemble_Sample_Url= "ensembl_sample_url";
  43
  44   /**
  45    * original response from server
  46    */
  47   Map<String, Object> tdb_entry;
  48
  49   public TDB_FTSData(String primaryKey,
  50           Map<String, Object> tdbJsonStructure, Object[] summaryData)
  51   {
  52     this.primaryKey = primaryKey;
  53     tdb_entry = tdbJsonStructure;
  54     this.summaryRowData = summaryData;
  55   }
  56
  57   public Object getField(String key)
  58   {
  59     return tdb_entry.get(key);
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public Object[] getSummaryData()
  64   {
  65     return summaryRowData;
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public Object getPrimaryKey()
  70   {
  71     return primaryKey;
  72   }
  73
  74   /**
  75    * Returns a string representation of this object;
  76    */
  77   @Override
  78   public String toString()
  79   {
  80     StringBuilder summaryFieldValues = new StringBuilder();
  81     for (Object summaryField : summaryRowData)
  82     {
  83       summaryFieldValues
  84               .append(summaryField == null ? " " : summaryField.toString())
  85               .append("\t");
  86     }
  87     return summaryFieldValues.toString();
  88   }
  89
  90   /**
  91    * Returns hash code value for this object
  92    */
  93   @Override
  94   public int hashCode()
  95   {
  96     return Objects.hash(primaryKey, this.toString());
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public boolean equals(Object that)
 101   {
 102     return this.toString().equals(that.toString());
 103   }
 104
 105   public String getProvider()
 106   {
 107     return (String) getField(Provider);
 108   }
 109
 110   public String getModelViewUrl()
 111   {
 112     return (String) getField(Page_URL);
 113   }
 114
 115   public String getModelId()
 116   {
 117     return (String) getField(Model_id);
 118   }
 119
 120 }