src/jalview/fts/service/threedbeacons/TDBeaconsFTSPanel.java

   1 package jalview.fts.service.threedbeacons;
   2
   3 import java.io.BufferedReader;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.io.InputStreamReader;
   6 import java.net.HttpURLConnection;
   7 import java.net.MalformedURLException;
   8 import java.net.URL;
   9 import java.util.HashMap;
  10 import java.util.HashSet;
  11 import java.util.Map;
  12
  13 import javax.swing.SwingUtilities;
  14
  15 import org.json.JSONArray;
  16 import org.json.JSONObject;
  17
  18 import jalview.bin.Cache;
  19 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  20 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  21 import jalview.fts.api.FTSRestClientI;
  22 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  23 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  24 import jalview.fts.core.GFTSPanel;
  25 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSRestClient;
  26 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  27 import jalview.io.DataSourceType;
  28 import jalview.io.FileFormat;
  29 import jalview.io.FileFormatI;
  30 import jalview.io.FileLoader;
  31 import jalview.io.FormatAdapter;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33
  34 @SuppressWarnings("serial")
  35 public class TDBeaconsFTSPanel extends GFTSPanel
  36 {
  37   private static String defaultFTSFrameTitle = MessageManager
  38           .getString("label.pdb_sequence_fetcher");
  39
  40   private static Map<String, Integer> tempUserPrefs = new HashMap<>();
  41
  42   private static final String THREEDB_FTS_CACHE_KEY = "CACHE.THREEDB_FTS";
  43
  44   private static final String THREEDB_AUTOSEARCH = "FTS.THREEDB.AUTOSEARCH";
  45
  46   private static HttpURLConnection connection;
  47
  48   public TDBeaconsFTSPanel(SequenceFetcher fetcher)
  49   {
  50     // no ID retrieval option for TD Beacons just now
  51     super(null);
  52     pageLimit = TDBeaconsFTSRestClient.getInstance()
  53             .getDefaultResponsePageSize();
  54     this.seqFetcher = fetcher;
  55     this.progressIndicator = (fetcher == null) ? null
  56             : fetcher.getProgressIndicator();
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public void searchAction(boolean isFreshSearch)
  61   {
  62     mainFrame.requestFocusInWindow();
  63     if (isFreshSearch)
  64     {
  65       offSet = 0;
  66     }
  67     new Thread()
  68     {
  69       @Override
  70       public void run()
  71       {
  72         reset();
  73         boolean allowEmptySequence = false;
  74         if (getTypedText().length() > 0)
  75         {
  76           setSearchInProgress(true);
  77           long startTime = System.currentTimeMillis();
  78
  79           String searchTarget = ((FTSDataColumnI) cmb_searchTarget
  80                   .getSelectedItem()).getCode();
  81           wantedFields = TDBeaconsFTSRestClient.getInstance()
  82                   .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns();
  83           String searchTerm = getTypedText(); // to add : decodeSearchTerm
  84
  85           FTSRestRequest request = new FTSRestRequest();
  86           request.setAllowEmptySeq(allowEmptySequence);
  87           request.setResponseSize(100);
  88           // expect it to be uniprot accesssion
  89           request.setSearchTerm(searchTerm + ".json");
  90           request.setOffSet(offSet);
  91           request.setWantedFields(wantedFields);
  92           FTSRestClientI tdbRestClient = TDBeaconsFTSRestClient
  93                   .getInstance();
  94           FTSRestResponse resultList;
  95           try
  96           {
  97             resultList = tdbRestClient.executeRequest(request);
  98           } catch (Exception e)
  99           {
 100             setErrorMessage(e.getMessage());
 101             checkForErrors();
 102             setSearchInProgress(false);
 103             return;
 104           }
 105
 106           if (resultList.getSearchSummary() != null
 107                   && resultList.getSearchSummary().size() > 0)
 108           {
 109             getResultTable().setModel(FTSRestResponse.getTableModel(request,
 110                     resultList.getSearchSummary()));
 111             FTSRestResponse.configureTableColumn(getResultTable(),
 112                     wantedFields, tempUserPrefs);
 113             getResultTable().setVisible(true);
 114           }
 115
 116           long endTime = System.currentTimeMillis();
 117           totalResultSetCount = resultList.getNumberOfItemsFound();
 118           resultSetCount = resultList.getSearchSummary() == null ? 0
 119                   : resultList.getSearchSummary().size();
 120           String result = (resultSetCount > 0)
 121                   ? MessageManager.getString("label.results")
 122                   : MessageManager.getString("label.result");
 123
 124           if (isPaginationEnabled() && resultSetCount > 0)
 125           {
 126             String f1 = totalNumberformatter
 127                     .format(Integer.valueOf(offSet + 1));
 128             String f2 = totalNumberformatter
 129                     .format(Integer.valueOf(offSet + resultSetCount));
 130             String f3 = totalNumberformatter
 131                     .format(Integer.valueOf(totalResultSetCount));
 132             updateSearchFrameTitle(defaultFTSFrameTitle + " - " + result
 133                     + " " + f1 + " to " + f2 + " of " + f3 + " " + " ("
 134                     + (endTime - startTime) + " milli secs)");
 135           }
 136           else
 137           {
 138             updateSearchFrameTitle(defaultFTSFrameTitle + " - "
 139                     + resultSetCount + " " + result + " ("
 140                     + (endTime - startTime) + " milli secs)");
 141           }
 142
 143           setSearchInProgress(false);
 144           refreshPaginatorState();
 145           updateSummaryTableSelections();
 146         }
 147         txt_search.updateCache();
 148       }
 149     }.start();
 150   }
 151
 152   @Override
 153   public void okAction()
 154   {
 155     // mainFrame.dispose();
 156     disableActionButtons();
 157     StringBuilder selectedIds = new StringBuilder();
 158     final HashSet<String> selectedIdsSet = new HashSet<>();
 159     int primaryKeyColIndex = 0;
 160     try
 161     {
 162       primaryKeyColIndex = getFTSRestClient()
 163               .getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields, false);
 164     } catch (Exception e)
 165     {
 166       e.printStackTrace();
 167     }
 168     int[] selectedRows = getResultTable().getSelectedRows();
 169     String searchTerm = getTypedText();
 170     for (int summaryRow : selectedRows)
 171     {
 172       String idStr = getResultTable()
 173               .getValueAt(summaryRow, primaryKeyColIndex).toString();
 174       selectedIdsSet.add(idStr);
 175     }
 176
 177     for (String idStr : paginatorCart)
 178     {
 179       selectedIdsSet.add(idStr);
 180     }
 181
 182     for (String selectedId : selectedIdsSet)
 183     {
 184       selectedIds.append(selectedId).append(";");
 185     }
 186
 187     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 188     {
 189       @Override
 190       public void run()
 191       {
 192         AlignmentI allSeqs = null;
 193         FormatAdapter fl = new jalview.io.FormatAdapter();
 194         for (String tdbURL : selectedIdsSet)
 195         {
 196           try
 197           {
 198             // retrieve the structure via its URL
 199             AlignmentI tdbAl = fl.readFile(tdbURL, DataSourceType.URL,
 200                     FileFormat.MMCif);
 201
 202             // TODO: pad structure according to its Uniprot Start so all line up w.r.t. the Uniprot reference sequence
 203             // TODO: give the structure a sensible name (not the giant URL *:o) )
 204             if (tdbAl != null)
 205             {
 206               if (allSeqs != null)
 207               {
 208                 allSeqs.append(tdbAl);
 209               }
 210               else
 211               {
 212                 allSeqs = tdbAl;
 213               }
 214             }
 215           } catch (Exception x)
 216           {
 217             Cache.warn(
 218                     "Couldn't retrieve 3d-beacons model for uniprot id"
 219                             + searchTerm + " : " + tdbURL,
 220                     x);
 221           }
 222         }
 223         seqFetcher.parseResult(allSeqs,
 224                 "3D-Beacons models for " + searchTerm, FileFormat.MMCif,
 225                 null);
 226
 227       }
 228     });
 229     delayAndEnableActionButtons();
 230   }
 231
 232   @Override
 233   public FTSRestClientI getFTSRestClient()
 234   {
 235     return TDBeaconsFTSRestClient.getInstance();
 236   }
 237
 238   @Override
 239   public String getFTSFrameTitle()
 240   {
 241     return defaultFTSFrameTitle;
 242   }
 243
 244   @Override
 245   public boolean isPaginationEnabled()
 246   {
 247     return true;
 248   }
 249
 250   @Override
 251   public Map<String, Integer> getTempUserPrefs()
 252   {
 253     return tempUserPrefs;
 254   }
 255
 256   @Override
 257   public String getCacheKey()
 258   {
 259     return THREEDB_FTS_CACHE_KEY;
 260   }
 261
 262   @Override
 263   public String getAutosearchPreference()
 264   {
 265     return THREEDB_AUTOSEARCH;
 266   }
 267
 268   @Override
 269   protected void showHelp()
 270   {
 271     System.out.println("No help implemented yet.");
 272
 273   }
 274
 275   public static String decodeSearchTerm(String enteredText)
 276   {
 277     // no multiple query support yet
 278     return enteredText;
 279   }
 280 }