src/jalview/fts/service/threedbeacons/TDBeaconsFTSRestClient.java

   1 package jalview.fts.service.threedbeacons;
   2
   3 import java.net.URI;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.Collection;
   6 import java.util.Iterator;
   7 import java.util.List;
   8 import java.util.Map;
   9 import java.util.Objects;
  10
  11 import javax.ws.rs.core.MediaType;
  12
  13 import org.json.simple.parser.ParseException;
  14
  15 import com.sun.jersey.api.client.Client;
  16 import com.sun.jersey.api.client.ClientResponse;
  17 import com.sun.jersey.api.client.WebResource;
  18 import com.sun.jersey.api.client.config.DefaultClientConfig;
  19
  20 import jalview.datamodel.SequenceI;
  21 import jalview.fts.api.FTSData;
  22 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  23 import jalview.fts.api.FTSRestClientI;
  24 import jalview.fts.core.FTSRestClient;
  25 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  26 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  27 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSRestClient;
  28 import jalview.util.JSONUtils;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.util.Platform;
  31
  32 public class TDBeaconsFTSRestClient extends FTSRestClient
  33 {
  34   private static final String DEFAULT_THREEDBEACONS_DOMAIN =
  35           "https://wwwdev.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/3dbeacons-hub-api/uniprot/";
  36
  37   private static FTSRestClientI instance = null;
  38
  39   protected TDBeaconsFTSRestClient()
  40   {
  41   }
  42
  43   @SuppressWarnings("unchecked")
  44   @Override
  45   public FTSRestResponse executeRequest(FTSRestRequest tdbRestRequest)
  46           throws Exception
  47   {
  48     try
  49     {
  50       String query = tdbRestRequest.getFieldToSearchBy()
  51               + tdbRestRequest.getSearchTerm();
  52       Client client;
  53       Class<ClientResponse> clientResponseClass;
  54       if (Platform.isJS())
  55       {
  56         // JavaScript only
  57         client = (Client) (Object) new jalview.javascript.web.Client();
  58         clientResponseClass = (Class<ClientResponse>) (Object) jalview.javascript.web.ClientResponse.class;
  59       }
  60       else
  61       /**
  62        * Java only
  63        * @j2sIgnore
  64        */
  65       {
  66         client = Client.create(new DefaultClientConfig());
  67         clientResponseClass = ClientResponse.class;
  68       }
  69       WebResource webResource;
  70       webResource = client.resource(DEFAULT_THREEDBEACONS_DOMAIN)
  71               .path(query);
  72       URI uri = webResource.getURI();
  73       System.out.println(uri.toString());
  74
  75       // Execute the REST request
  76       ClientResponse clientResponse = webResource
  77               .accept(MediaType.APPLICATION_JSON).get(clientResponseClass);
  78
  79       // Get the JSON string from the response object or directly from the
  80       // client (JavaScript)
  81       Map<String, Object> jsonObj = null;
  82       String responseString = null;
  83
  84       // Check the response status and report exception if one occurs
  85       int responseStatus = clientResponse.getStatus();
  86       switch (responseStatus)
  87       {
  88       // if success
  89       case 200:
  90         if (Platform.isJS())
  91         {
  92           jsonObj = clientResponse.getEntity(Map.class);
  93         }
  94         else
  95         {
  96           responseString = clientResponse.getEntity(String.class);
  97         }
  98         break;
  99       case 400:
 100         throw new Exception(parseJsonExceptionString(responseString));
 101       default:
 102         throw new Exception(
 103                 getMessageByHTTPStatusCode(responseStatus, "3DBeacons"));
 104       }
 105       // Process the response and return the result to the caller.
 106       return parseTDBeaconsJsonResponse(responseString, jsonObj, tdbRestRequest);
 107     } catch (Exception e)
 108     {
 109       String exceptionMsg = e.getMessage();
 110       if (exceptionMsg.contains("SocketException"))
 111       {
 112         // No internet connection
 113         throw new Exception(MessageManager.getString(
 114                 "exception.unable_to_detect_internet_connection"));
 115       }
 116       else if (exceptionMsg.contains("UnknownHostException"))
 117       {
 118         // The server is unreachable
 119         throw new Exception(MessageManager.formatMessage(
 120                 "exception.fts_server_unreachable", "3DB Hub"));
 121       }
 122       else
 123       {
 124         throw e;
 125       }
 126     }
 127
 128   }
 129
 130   public String setSearchTerm(String term) {
 131     return term;
 132   }
 133
 134   public static FTSRestResponse parseTDBeaconsJsonResponse(
 135           String tdbJsonResponseString, FTSRestRequest tdbRestRequest)
 136   {
 137     return parseTDBeaconsJsonResponse(tdbJsonResponseString,
 138             (Map<String, Object>) null, tdbRestRequest);
 139   }
 140
 141   @SuppressWarnings("unchecked")
 142   public static FTSRestResponse parseTDBeaconsJsonResponse(String tdbJsonResponseString,
 143           Map<String, Object> jsonObj, FTSRestRequest tdbRestRequest)
 144   {
 145     FTSRestResponse searchResult = new FTSRestResponse();
 146     List<FTSData> result = null;
 147
 148     try
 149     {
 150       if (jsonObj == null)
 151       {
 152         jsonObj = (Map<String, Object>) JSONUtils.parse(tdbJsonResponseString);
 153       }
 154       //System.out.println(jsonObj);
 155
 156       Object uniprot_entry = jsonObj.get("uniprot_entry");
 157       System.out.println(uniprot_entry);
 158
 159       Long seqLength = (Long) ((Map<String, Object>) jsonObj.get("uniprot_entry")).get("sequence_length");
 160       System.out.println("seqLenght :" + seqLength);
 161
 162       result = new ArrayList<>();
 163       List<Object> structures = (List<Object>) jsonObj.get("structures");
 164     //Map<String, Object> tdbResponse = (Map<String, Object>) jsonObj.get("structures");
 165
 166       int numFound = 0;
 167       for (Iterator<Object> strucIter = structures.iterator(); strucIter
 168               .hasNext();)
 169       {
 170         Map<String, Object> structure = (Map<String, Object>) strucIter.next();
 171         result.add(getFTSData(structure, tdbRestRequest));
 172         numFound++;
 173         //System.out.println(structure);
 174       }
 175
 176       System.out.println("1 : " + structures.get(1));
 177       searchResult.setNumberOfItemsFound(numFound);
 178       searchResult.setSearchSummary(result);
 179       searchResult.setSequenceLength(seqLength);
 180
 181     } catch (ParseException e)
 182     {
 183       e.printStackTrace();
 184     }
 185     return searchResult;
 186   }
 187
 188 private static FTSData getFTSData(Map<String, Object> tdbJsonStructure,
 189           FTSRestRequest tdbRequest)
 190   {
 191     // TODO Auto-generated method stub
 192     String primaryKey = null;
 193     Object[] summaryRowData;
 194     Collection<FTSDataColumnI> displayFields = tdbRequest.getWantedFields();
 195     int colCounter = 0;
 196     summaryRowData = new Object[displayFields.size()];
 197     for (FTSDataColumnI field : displayFields) {
 198       String fieldData = (tdbJsonStructure.get(field.getCode()) == null) ? " "
 199               : tdbJsonStructure.get(field.getCode()).toString();
 200       if (field.isPrimaryKeyColumn())
 201       {
 202         primaryKey = fieldData;
 203         summaryRowData[colCounter++] = primaryKey;
 204       }
 205       else if (fieldData == null || fieldData.isEmpty())
 206       {
 207         summaryRowData[colCounter++] = null;
 208       }
 209       else
 210       {
 211         try
 212         {
 213           summaryRowData[colCounter++] = (field.getDataType()
 214                   .getDataTypeClass() == Integer.class)
 215                           ? Integer.valueOf(fieldData)
 216                           : (field.getDataType()
 217                                   .getDataTypeClass() == Double.class)
 218                                           ? Double.valueOf(fieldData)
 219                                           : fieldData;
 220         } catch (Exception e)
 221         {
 222           e.printStackTrace();
 223           System.out.println("offending value:" + fieldData);
 224         }
 225       }
 226     }
 227     final String primaryKey1 = primaryKey;
 228     final Object[] summaryRowData1 = summaryRowData;
 229
 230     return new FTSData()
 231     {
 232
 233       @Override
 234       public Object[] getSummaryData()
 235       {
 236         return summaryRowData1;
 237       }
 238
 239       @Override
 240       public Object getPrimaryKey()
 241       {
 242         return primaryKey1;
 243       }
 244
 245       /**
 246        * Returns a string representation of this object;
 247        */
 248       @Override
 249       public String toString()
 250       {
 251         StringBuilder summaryFieldValues = new StringBuilder();
 252         for (Object summaryField : summaryRowData1)
 253         {
 254           summaryFieldValues.append(
 255                   summaryField == null ? " " : summaryField.toString())
 256                   .append("\t");
 257         }
 258         return summaryFieldValues.toString();
 259       }
 260
 261       /**
 262        * Returns hash code value for this object
 263        */
 264       @Override
 265       public int hashCode()
 266       {
 267         return Objects.hash(primaryKey1, this.toString());
 268       }
 269
 270       @Override
 271       public boolean equals(Object that)
 272       {
 273         return this.toString().equals(that.toString());
 274       }
 275     };
 276   }
 277
 278 //  private static FTSData getFTSData(Map<String, Object> doc,
 279 //          FTSRestRequest tdbRestRequest)
 280 //  {
 281 //    String primaryKey = null;
 282 //
 283 //    Object[] summaryRowData;
 284 //
 285 //    Collection<FTSDataColumnI> displayFields = tdbRestRequest.getWantedFields();
 286 //    int colCounter = 0;
 287 //    summaryRowData = new Object[displayFields.size() + 1];
 288 //
 289 //    return null;
 290 //  }
 291
 292   private String parseJsonExceptionString(String jsonErrorString)
 293   {
 294     // TODO Auto-generated method stub
 295     return null;
 296   }
 297
 298   @Override
 299   public String getColumnDataConfigFileName()
 300   {
 301     return "/fts/tdbeacons_data_columns.txt";
 302   }
 303
 304   public static FTSRestClientI getInstance()
 305   {
 306     if (instance == null)
 307     {
 308       instance = new TDBeaconsFTSRestClient();
 309     }
 310     return instance;
 311   }
 312
 313   private Collection<FTSDataColumnI> allDefaultDisplayedStructureDataColumns;
 314
 315   public Collection<FTSDataColumnI> getAllDefaultDisplayedStructureDataColumns()
 316   {
 317     if (allDefaultDisplayedStructureDataColumns == null
 318             || allDefaultDisplayedStructureDataColumns.isEmpty())
 319     {
 320       allDefaultDisplayedStructureDataColumns = new ArrayList<>();
 321       allDefaultDisplayedStructureDataColumns
 322               .addAll(super.getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns());
 323     }
 324     return allDefaultDisplayedStructureDataColumns;
 325   }
 326
 327 }