src/jalview/fts/service/threedbeacons/TDBeaconsFTSRestClient.java

   1 package jalview.fts.service.threedbeacons;
   2
   3 import java.net.URI;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.Collection;
   6 import java.util.Iterator;
   7 import java.util.List;
   8 import java.util.Map;
   9 import java.util.Objects;
  10
  11 import javax.ws.rs.core.MediaType;
  12
  13 import org.json.simple.parser.ParseException;
  14
  15 import com.sun.jersey.api.client.Client;
  16 import com.sun.jersey.api.client.ClientResponse;
  17 import com.sun.jersey.api.client.WebResource;
  18 import com.sun.jersey.api.client.config.DefaultClientConfig;
  19
  20 import jalview.datamodel.SequenceI;
  21 import jalview.fts.api.FTSData;
  22 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  23 import jalview.fts.api.FTSRestClientI;
  24 import jalview.fts.core.FTSRestClient;
  25 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  26 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  27 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSRestClient;
  28 import jalview.util.JSONUtils;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.util.Platform;
  31
  32 public class TDBeaconsFTSRestClient extends FTSRestClient
  33 {
  34   private static final String DEFAULT_THREEDBEACONS_DOMAIN =
  35           "https://wwwdev.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/3dbeacons-hub-api/uniprot/";
  36
  37   private static FTSRestClientI instance = null;
  38
  39   protected TDBeaconsFTSRestClient()
  40   {
  41   }
  42
  43   @SuppressWarnings("unchecked")
  44   @Override
  45   public FTSRestResponse executeRequest(FTSRestRequest tdbRestRequest)
  46           throws Exception
  47   {
  48     try
  49     {
  50       String query = tdbRestRequest.getFieldToSearchBy()
  51               + tdbRestRequest.getSearchTerm();
  52       Client client;
  53       Class<ClientResponse> clientResponseClass;
  54       if (Platform.isJS())
  55       {
  56         // JavaScript only
  57         client = (Client) (Object) new jalview.javascript.web.Client();
  58         clientResponseClass = (Class<ClientResponse>) (Object) jalview.javascript.web.ClientResponse.class;
  59       }
  60       else
  61       /**
  62        * Java only
  63        * @j2sIgnore
  64        */
  65       {
  66         client = Client.create(new DefaultClientConfig());
  67         clientResponseClass = ClientResponse.class;
  68       }
  69       WebResource webResource;
  70       webResource = client.resource(DEFAULT_THREEDBEACONS_DOMAIN)
  71               .path(query);
  72       URI uri = webResource.getURI();
  73       System.out.println(uri.toString());
  74
  75       // Execute the REST request
  76       ClientResponse clientResponse = webResource
  77               .accept(MediaType.APPLICATION_JSON).get(clientResponseClass);
  78
  79       // Get the JSON string from the response object or directly from the
  80       // client (JavaScript)
  81       Map<String, Object> jsonObj = null;
  82       String responseString = null;
  83
  84       // Check the response status and report exception if one occurs
  85       int responseStatus = clientResponse.getStatus();
  86       switch (responseStatus)
  87       {
  88       // if success
  89       case 200:
  90         if (Platform.isJS())
  91         {
  92           jsonObj = clientResponse.getEntity(Map.class);
  93         }
  94         else
  95         {
  96           responseString = clientResponse.getEntity(String.class);
  97         }
  98         break;
  99       case 400:
 100         throw new Exception(parseJsonExceptionString(responseString));
 101       default:
 102         throw new Exception(
 103                 getMessageByHTTPStatusCode(responseStatus, "3DBeacons"));
 104       }
 105       // Process the response and return the result to the caller.
 106       return parseTDBeaconsJsonResponse(responseString, jsonObj, tdbRestRequest);
 107     } catch (Exception e)
 108     {
 109       String exceptionMsg = e.getMessage();
 110       if (exceptionMsg.contains("SocketException"))
 111       {
 112         // No internet connection
 113         throw new Exception(MessageManager.getString(
 114                 "exception.unable_to_detect_internet_connection"));
 115       }
 116       else if (exceptionMsg.contains("UnknownHostException"))
 117       {
 118         // The server is unreachable
 119         throw new Exception(MessageManager.formatMessage(
 120                 "exception.fts_server_unreachable", "3DB Hub"));
 121       }
 122       else
 123       {
 124         throw e;
 125       }
 126     }
 127
 128   }
 129
 130   public String setSearchTerm(String term) {
 131     return term;
 132   }
 133
 134   public static FTSRestResponse parseTDBeaconsJsonResponse(
 135           String tdbJsonResponseString, FTSRestRequest tdbRestRequest)
 136   {
 137     return parseTDBeaconsJsonResponse(tdbJsonResponseString,
 138             (Map<String, Object>) null, tdbRestRequest);
 139   }
 140
 141   @SuppressWarnings("unchecked")
 142   public static FTSRestResponse parseTDBeaconsJsonResponse(String tdbJsonResponseString,
 143           Map<String, Object> jsonObj, FTSRestRequest tdbRestRequest)
 144   {
 145     FTSRestResponse searchResult = new FTSRestResponse();
 146     List<FTSData> result = null;
 147
 148     try
 149     {
 150       if (jsonObj == null)
 151       {
 152         jsonObj = (Map<String, Object>) JSONUtils.parse(tdbJsonResponseString);
 153       }
 154
 155       Object uniprot_entry = jsonObj.get("uniprot_entry");
 156       Long seqLength = (Long) ((Map<String, Object>) jsonObj.get("uniprot_entry")).get("sequence_length");
 157       //System.out.println(uniprot_entry);
 158       //System.out.println(jsonObj);
 159       //System.out.println("seqLenght :" + seqLength);
 160
 161       //Map<String, Object> tdbResponse = (Map<String, Object>) jsonObj.get("structures");
 162       List<Object> structures = (List<Object>) jsonObj.get("structures");
 163       result = new ArrayList<>();
 164
 165       int numFound = 0;
 166       for (Iterator<Object> strucIter = structures.iterator(); strucIter.hasNext();)
 167       {
 168         Map<String, Object> structure = (Map<String, Object>) strucIter.next();
 169         result.add(getFTSData(structure, tdbRestRequest));
 170         numFound++;
 171         //System.out.println(structure);
 172       }
 173
 174       System.out.println("1 : " + structures.get(1));
 175       searchResult.setNumberOfItemsFound(numFound);
 176       searchResult.setSearchSummary(result);
 177       searchResult.setSequenceLength(seqLength);
 178
 179     } catch (ParseException e)
 180     {
 181       e.printStackTrace();
 182     }
 183     return searchResult;
 184   }
 185
 186 private static FTSData getFTSData(Map<String, Object> tdbJsonStructure,
 187           FTSRestRequest tdbRequest)
 188   {
 189     // TODO Auto-generated method stub
 190     String primaryKey = null;
 191     Object[] summaryRowData;
 192     Collection<FTSDataColumnI> displayFields = tdbRequest.getWantedFields();
 193     int colCounter = 0;
 194     summaryRowData = new Object[displayFields.size()];
 195
 196     for (FTSDataColumnI field : displayFields) {
 197       System.out.println("Field " + field);
 198       String fieldData = (tdbJsonStructure.get(field.getCode()) == null) ? " "
 199               : tdbJsonStructure.get(field.getCode()).toString();
 200       System.out.println("Field Data : " + fieldData);
 201       if (field.isPrimaryKeyColumn())
 202       {
 203         primaryKey = fieldData;
 204         summaryRowData[colCounter++] = primaryKey;
 205       }
 206       else if (fieldData == null || fieldData.isEmpty())
 207       {
 208         summaryRowData[colCounter++] = null;
 209       }
 210       else
 211       {
 212         try
 213         {
 214           summaryRowData[colCounter++] = (field.getDataType()
 215                   .getDataTypeClass() == Integer.class)
 216                           ? Integer.valueOf(fieldData)
 217                           : (field.getDataType()
 218                                   .getDataTypeClass() == Double.class)
 219                                           ? Double.valueOf(fieldData)
 220                                           : fieldData;
 221         } catch (Exception e)
 222         {
 223           //e.printStackTrace();
 224           System.out.println("offending value:" + fieldData);
 225         }
 226       }
 227     }
 228     final String primaryKey1 = primaryKey;
 229     final Object[] summaryRowData1 = summaryRowData;
 230
 231     return new FTSData()
 232     {
 233
 234       @Override
 235       public Object[] getSummaryData()
 236       {
 237         return summaryRowData1;
 238       }
 239
 240       @Override
 241       public Object getPrimaryKey()
 242       {
 243         return primaryKey1;
 244       }
 245
 246       /**
 247        * Returns a string representation of this object;
 248        */
 249       @Override
 250       public String toString()
 251       {
 252         StringBuilder summaryFieldValues = new StringBuilder();
 253         for (Object summaryField : summaryRowData1)
 254         {
 255           summaryFieldValues.append(
 256                   summaryField == null ? " " : summaryField.toString())
 257                   .append("\t");
 258         }
 259         return summaryFieldValues.toString();
 260       }
 261
 262       /**
 263        * Returns hash code value for this object
 264        */
 265       @Override
 266       public int hashCode()
 267       {
 268         return Objects.hash(primaryKey1, this.toString());
 269       }
 270
 271       @Override
 272       public boolean equals(Object that)
 273       {
 274         return this.toString().equals(that.toString());
 275       }
 276     };
 277   }
 278
 279 //  private static FTSData getFTSData(Map<String, Object> doc,
 280 //          FTSRestRequest tdbRestRequest)
 281 //  {
 282 //    String primaryKey = null;
 283 //
 284 //    Object[] summaryRowData;
 285 //
 286 //    Collection<FTSDataColumnI> displayFields = tdbRestRequest.getWantedFields();
 287 //    int colCounter = 0;
 288 //    summaryRowData = new Object[displayFields.size() + 1];
 289 //
 290 //    return null;
 291 //  }
 292
 293   private String parseJsonExceptionString(String jsonErrorString)
 294   {
 295     // TODO Auto-generated method stub
 296     return null;
 297   }
 298
 299   @Override
 300   public String getColumnDataConfigFileName()
 301   {
 302     return "/fts/tdbeacons_data_columns.txt";
 303   }
 304
 305   public static FTSRestClientI getInstance()
 306   {
 307     if (instance == null)
 308     {
 309       instance = new TDBeaconsFTSRestClient();
 310     }
 311     return instance;
 312   }
 313
 314   private Collection<FTSDataColumnI> allDefaultDisplayedStructureDataColumns;
 315
 316   public Collection<FTSDataColumnI> getAllDefaultDisplayedStructureDataColumns()
 317   {
 318     if (allDefaultDisplayedStructureDataColumns == null
 319             || allDefaultDisplayedStructureDataColumns.isEmpty())
 320     {
 321       allDefaultDisplayedStructureDataColumns = new ArrayList<>();
 322       allDefaultDisplayedStructureDataColumns
 323               .addAll(super.getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns());
 324     }
 325     return allDefaultDisplayedStructureDataColumns;
 326   }
 327
 328 }