src/jalview/fts/service/uniprot/UniProtFTSRestClient.java

   1 package jalview.fts.service.uniprot;
   2
   3 import jalview.fts.api.FTSRestClientI;
   4 import jalview.fts.core.FTSRestClient;
   5 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
   6 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
   7
   8 import javax.ws.rs.core.MediaType;
   9
  10 import com.sun.jersey.api.client.Client;
  11 import com.sun.jersey.api.client.ClientResponse;
  12 import com.sun.jersey.api.client.WebResource;
  13 import com.sun.jersey.api.client.config.ClientConfig;
  14 import com.sun.jersey.api.client.config.DefaultClientConfig;
  15
  16 public class UniProtRestClient extends FTSRestClient
  17 {
  18   private static FTSRestClientI instance = null;
  19
  20   public static final String UNIPROT_SEARCH_ENDPOINT = "http://www.uniprot.org/uniprot/?";
  21
  22   private static int DEFAULT_RESPONSE_SIZE = 200;
  23
  24   @Override
  25   public FTSRestResponse executeRequest(FTSRestRequest uniportRestRequest)
  26   {
  27     ClientConfig clientConfig = new DefaultClientConfig();
  28     Client client = Client.create(clientConfig);
  29
  30     @SuppressWarnings("unchecked")
  31     // String wantedFields =
  32     // getUniProtDocFieldsAsCommaDelimitedString((Collection<UniProtDocField>)
  33     // uniportRestRequest
  34     // .getWantedFields());
  35     int responseSize = (uniportRestRequest.getResponseSize() == 0) ? DEFAULT_RESPONSE_SIZE
  36             : uniportRestRequest.getResponseSize();
  37
  38     WebResource webResource = null;
  39
  40     webResource = client.resource(UNIPROT_SEARCH_ENDPOINT)
  41             .queryParam("format", "tab")
  42             // .queryParam("columns", wantedFields)
  43             .queryParam("limit", String.valueOf(responseSize))
  44             .queryParam("query", "name:filaggrin");
  45     // Execute the REST request
  46     ClientResponse clientResponse = webResource
  47             .accept(MediaType.TEXT_PLAIN).get(ClientResponse.class);
  48     String responseString = clientResponse.getEntity(String.class);
  49     String[] results = responseString.split("\n");
  50     for (String result : results)
  51     {
  52       String[] columns = result.split("\t");
  53       System.out.println("Entry : " + columns[0]);
  54       System.out.println("Entry name : " + columns[1]);
  55       System.out.println("Status : " + columns[2]);
  56       System.out.println("Protein names : " + columns[3]);
  57       System.out.println("Gene name : " + columns[4]);
  58       System.out.println("Organism : " + columns[5]);
  59       System.out.println("Lenght : " + columns[6]);
  60       System.out.println("");
  61     }
  62
  63     // Make redundant objects eligible for garbage collection to conserve
  64     // memory
  65     clientResponse = null;
  66     client = null;
  67     return null;
  68
  69     // Process the response and return the result to the caller.
  70     // return parsePDBJsonResponse(responseString, pdbRestRequest);
  71     // System.out.println(">>>>> " + responseString);
  72
  73   }
  74
  75
  76   public static FTSRestClientI getInstance()
  77   {
  78     if (instance == null)
  79     {
  80       instance = new UniProtRestClient();
  81     }
  82     return instance;
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public String getColumnDataConfigFile()
  87   {
  88     return "fts/uniprot_data_columns.conf";
  89   }
  90
  91 }