src/jalview/fts/service/uniprot/UniprotFTSPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.fts.service.uniprot;
  23
  24 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  25 import jalview.fts.api.FTSRestClientI;
  26 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  27 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  28 import jalview.fts.core.GFTSPanel;
  29 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.util.HashSet;
  33
  34 @SuppressWarnings("serial")
  35 public class UniprotFTSPanel extends GFTSPanel
  36 {
  37
  38   private static String defaultFTSFrameTitle = MessageManager
  39           .getString("label.uniprot_sequence_fetcher");
  40
  41   private String ftsFrameTitle = defaultFTSFrameTitle;
  42
  43   private int resultSetCount;
  44
  45   private int offSet;
  46
  47   private static int pageLimit = UniProtFTSRestClient.getInstance()
  48           .getDefaultResponsePageSize();
  49
  50   public UniprotFTSPanel(SequenceFetcher seqFetcher)
  51   {
  52     this.seqFetcher = seqFetcher;
  53     this.progressIdicator = (seqFetcher == null) ? null : seqFetcher
  54             .getProgressIndicator();
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public void searchAction()
  59   {
  60     offSet = 0;
  61     executeSearch();
  62   }
  63
  64   public void executeSearch()
  65   {
  66     new Thread()
  67   {
  68       @Override
  69       public void run()
  70       {
  71         ftsFrameTitle = defaultFTSFrameTitle;
  72         reset();
  73         if (getTypedText().length() > 0)
  74         {
  75           setSearchInProgress(true);
  76           long startTime = System.currentTimeMillis();
  77
  78           String searchTarget = ((FTSDataColumnI) cmb_searchTarget
  79                   .getSelectedItem()).getAltCode();
  80
  81           wantedFields = UniProtFTSRestClient.getInstance()
  82                   .getAllDefaulDisplayedDataColumns();
  83           String searchTerm = txt_search.getText();
  84
  85           FTSRestRequest request = new FTSRestRequest();
  86           request.setFieldToSearchBy(searchTarget);
  87           request.setSearchTerm(searchTerm);
  88           request.setOffSet(offSet);
  89           request.setWantedFields(wantedFields);
  90           FTSRestClientI uniProtRestCleint = UniProtFTSRestClient
  91                   .getInstance();
  92           FTSRestResponse resultList;
  93           try
  94           {
  95             resultList = uniProtRestCleint.executeRequest(request);
  96           } catch (Exception e)
  97           {
  98             e.printStackTrace();
  99             setErrorMessage(e.getMessage());
 100             checkForErrors();
 101             return;
 102           }
 103
 104           if (resultList.getSearchSummary() != null
 105                   && resultList.getSearchSummary().size() > 0)
 106           {
 107             getResultTable().setModel(
 108                     FTSRestResponse.getTableModel(request,
 109                             resultList.getSearchSummary()));
 110             FTSRestResponse.configureTableColumn(getResultTable(),
 111                     wantedFields);
 112             getResultTable().setVisible(true);
 113           }
 114
 115           long endTime = System.currentTimeMillis();
 116           resultSetCount = resultList.getNumberOfItemsFound();
 117           String result = (resultSetCount > 1) ? MessageManager
 118                   .getString("label.results") : MessageManager
 119                   .getString("label.result");
 120           if (isPaginationEnabled() && resultSetCount > 1)
 121           {
 122             updateSearchFrameTitle(defaultFTSFrameTitle + " - " + result
 123                     + " " + offSet + " to " + (offSet + resultSetCount)
 124                     + " " + " (" + (endTime - startTime) + " milli secs)");
 125           }
 126           else
 127           {
 128             updateSearchFrameTitle(defaultFTSFrameTitle + " - "
 129                     + resultSetCount + " " + result + " ("
 130                     + (endTime - startTime) + " milli secs)");
 131           }
 132           setSearchInProgress(false);
 133           refreshPaginatorState();
 134         }
 135       }
 136     }.start();
 137
 138   }
 139
 140
 141
 142   public void refreshPaginatorState()
 143   {
 144     // System.out.println("resultSet count : " + resultSetCount);
 145     // System.out.println("offSet : " + offSet);
 146     // System.out.println("page limit : " + pageLimit);
 147     setPrevPageButtonEnabled(false);
 148     setNextPageButtonEnabled(false);
 149     if (resultSetCount >= pageLimit)
 150     {
 151       setNextPageButtonEnabled(true);
 152     }
 153     if (offSet >= pageLimit)
 154     {
 155       setPrevPageButtonEnabled(true);
 156     }
 157   }
 158
 159   @Override
 160   public void prevPageAction()
 161   {
 162     if (offSet >= pageLimit)
 163     {
 164       offSet = offSet - pageLimit;
 165       executeSearch();
 166     }else{
 167       refreshPaginatorState();
 168     }
 169   }
 170
 171   @Override
 172   public void nextPageAction()
 173   {
 174     offSet = offSet + pageLimit;
 175     executeSearch();
 176
 177   }
 178
 179   @Override
 180   public boolean isPaginationEnabled()
 181   {
 182     return true;
 183   }
 184
 185   @Override
 186   public void okAction()
 187   {
 188     disableActionButtons();
 189     StringBuilder selectedIds = new StringBuilder();
 190     HashSet<String> selectedIdsSet = new HashSet<String>();
 191     int primaryKeyColIndex = 0;
 192     try
 193     {
 194       primaryKeyColIndex = getFTSRestClient().getPrimaryKeyColumIndex(
 195               wantedFields, false);
 196     } catch (Exception e)
 197     {
 198       e.printStackTrace();
 199     }
 200     int[] selectedRows = getResultTable().getSelectedRows();
 201     for (int summaryRow : selectedRows)
 202     {
 203       String idStr = getResultTable().getValueAt(summaryRow,
 204               primaryKeyColIndex).toString();
 205       selectedIdsSet.add(idStr);
 206     }
 207
 208     for (String selectedId : selectedIdsSet)
 209     {
 210       selectedIds.append(selectedId).append(";");
 211     }
 212
 213     String ids = selectedIds.toString();
 214     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>>>> selected Ids: " + ids);
 215     seqFetcher.getTextArea().setText(ids);
 216     Thread worker = new Thread(seqFetcher);
 217     worker.start();
 218     delayAndEnableActionButtons();
 219   }
 220
 221   @Override
 222   public FTSRestClientI getFTSRestClient()
 223   {
 224     return UniProtFTSRestClient.getInstance();
 225   }
 226
 227   @Override
 228   public String getFTSFrameTitle()
 229   {
 230     return ftsFrameTitle;
 231   }
 232
 233 }