src/jalview/fts/service/uniprot/UniprotFTSPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.fts.service.uniprot;
  23
  24 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  25 import jalview.fts.api.FTSRestClientI;
  26 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  27 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  28 import jalview.fts.core.GFTSPanel;
  29 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.util.HashSet;
  33
  34 @SuppressWarnings("serial")
  35 public class UniprotFTSPanel extends GFTSPanel
  36 {
  37
  38   private static String defaultFTSFrameTitle = MessageManager
  39           .getString("label.uniprot_sequence_fetcher");
  40
  41   private String ftsFrameTitle = defaultFTSFrameTitle;
  42
  43   public UniprotFTSPanel(SequenceFetcher seqFetcher)
  44   {
  45     this.seqFetcher = seqFetcher;
  46     this.progressIdicator = (seqFetcher == null) ? null : seqFetcher
  47             .getProgressIndicator();
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public void searchAction()
  52   {
  53     new Thread()
  54   {
  55       @Override
  56       public void run()
  57       {
  58         ftsFrameTitle = defaultFTSFrameTitle;
  59         reset();
  60         if (getTypedText().length() > 0)
  61         {
  62           setSearchInProgress(true);
  63           long startTime = System.currentTimeMillis();
  64
  65           String searchTarget = ((FTSDataColumnI) cmb_searchTarget
  66                   .getSelectedItem()).getAltCode();
  67
  68           wantedFields = UniProtFTSRestClient.getInstance()
  69                   .getAllDefaulDisplayedDataColumns();
  70           String searchTerm = txt_search.getText();
  71
  72           FTSRestRequest request = new FTSRestRequest();
  73           request.setFieldToSearchBy(searchTarget);
  74           request.setSearchTerm(searchTerm);
  75           request.setWantedFields(wantedFields);
  76           FTSRestClientI uniProtRestCleint = UniProtFTSRestClient
  77                   .getInstance();
  78           FTSRestResponse resultList;
  79           try
  80           {
  81             resultList = uniProtRestCleint.executeRequest(request);
  82           } catch (Exception e)
  83           {
  84             e.printStackTrace();
  85             setErrorMessage(e.getMessage());
  86             checkForErrors();
  87             return;
  88           }
  89
  90           if (resultList.getSearchSummary() != null
  91                   && resultList.getSearchSummary().size() > 0)
  92           {
  93             getResultTable().setModel(
  94                     FTSRestResponse.getTableModel(request,
  95                     resultList.getSearchSummary()));
  96             FTSRestResponse.configureTableColumn(getResultTable(),
  97                     wantedFields);
  98             getResultTable().setVisible(true);
  99           }
 100
 101           long endTime = System.currentTimeMillis();
 102           int resultSetCount = resultList.getNumberOfItemsFound();
 103           String result = (resultSetCount > 1) ? MessageManager
 104                   .getString("label.results") : MessageManager
 105                   .getString("label.result");
 106           updateSearchFrameTitle(defaultFTSFrameTitle + " - "
 107                   + resultSetCount + " " + result + " ("
 108                   + (endTime - startTime) + " milli secs)");
 109           setSearchInProgress(false);
 110         }
 111       }
 112     }.start();
 113
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public void okAction()
 118   {
 119     disableActionButtons();
 120     StringBuilder selectedIds = new StringBuilder();
 121     HashSet<String> selectedIdsSet = new HashSet<String>();
 122     int primaryKeyColIndex = 0;
 123     try
 124     {
 125       primaryKeyColIndex = getFTSRestClient().getPrimaryKeyColumIndex(
 126               wantedFields, false);
 127     } catch (Exception e)
 128     {
 129       e.printStackTrace();
 130     }
 131     int[] selectedRows = getResultTable().getSelectedRows();
 132     for (int summaryRow : selectedRows)
 133     {
 134       String idStr = getResultTable().getValueAt(summaryRow,
 135               primaryKeyColIndex).toString();
 136       selectedIdsSet.add(idStr);
 137     }
 138
 139     for (String selectedId : selectedIdsSet)
 140     {
 141       selectedIds.append(selectedId).append(";");
 142     }
 143
 144     String ids = selectedIds.toString();
 145     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>>>> selected Ids: " + ids);
 146     seqFetcher.getTextArea().setText(ids);
 147     Thread worker = new Thread(seqFetcher);
 148     worker.start();
 149     delayAndEnableActionButtons();
 150   }
 151
 152   @Override
 153   public FTSRestClientI getFTSRestClient()
 154   {
 155     return UniProtFTSRestClient.getInstance();
 156   }
 157
 158   @Override
 159   public String getFTSFrameTitle()
 160   {
 161     return ftsFrameTitle;
 162   }
 163
 164 }