src/jalview/gbtest/TestListener.java

   1 package jalview.gbtest;
   2
   3 import java.io.IOException;
   4 import java.io.PrintWriter;
   5 import java.net.BindException;
   6 import java.net.URI;
   7 import java.util.HashMap;
   8
   9 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
  10 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
  11
  12 import jalview.bin.Cache;
  13 import jalview.datamodel.SearchResults;
  14 import jalview.datamodel.SequenceI;
  15 import jalview.gui.AlignFrame;
  16 import jalview.gui.Desktop;
  17 import jalview.gui.SeqPanel;
  18 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  19 import jalview.httpserver.AbstractRequestHandler;
  20 import jalview.structure.SelectionSource;
  21 import jalview.util.DBRefUtils;
  22
  23 public class TestListener extends AbstractRequestHandler
  24         implements SelectionSource
  25 {
  26
  27   private String MY_PATH = "TEST";
  28
  29   private static String viewgene = "viewgene";
  30
  31   private static String highlight = "highlight";
  32
  33   private HashMap<String, Thread> threadMap = new HashMap<>();
  34
  35   private HashMap<String, AlignFrame> alignFrames = new HashMap<>();
  36
  37   /**
  38    * Constructor that registers this as an Http request handler on path
  39    * /chimeraN, where N is incremented for each instance. Call getUri to get the
  40    * resulting URI for this handler.
  41    *
  42    * @param chimeraBinding
  43    * @throws BindException
  44    *           if no free port can be assigned
  45    */
  46   public TestListener() throws BindException
  47   {
  48     setPath(MY_PATH);
  49     registerHandler();
  50   }
  51
  52   @Override
  53   protected void processRequest(HttpServletRequest request,
  54           HttpServletResponse response) throws IOException
  55   {
  56     dumpRequest(request);
  57
  58     try // debugging try -- remove later!
  59     {
  60       URI reqUri = URI.create(request.getRequestURI());
  61
  62       Cache.warn("*** request.getRequestURI()=" + request.getRequestURI());
  63       Cache.warn("*** reqUri=" + reqUri.toASCIIString());
  64       Cache.warn(
  65               "*** request.getContextPath()=" + request.getContextPath());
  66       Cache.warn("*** request.getPathInfo()=" + request.getPathInfo());
  67
  68       String pathInfo = request.getPathInfo();
  69       Cache.warn("*** pathInfo=" + pathInfo);
  70       if (pathInfo.startsWith("/" + viewgene + "/"))
  71       {
  72
  73         String temp = pathInfo.substring(viewgene.length() + 2);
  74         String ensemblId = temp.indexOf("/") > -1
  75                 ? temp.substring(0, temp.indexOf("/"))
  76                 : temp;
  77         Cache.warn("*** temp=" + temp);
  78         Cache.warn("*** ensemblId=" + ensemblId);
  79
  80         // Check whether this ensembl search has already been started
  81         // and hasn't finished.
  82         StringBuilder idSB = new StringBuilder();
  83         // Commenting out HttpSession -- there's no SessionManager (causes
  84         // Exception)
  85         // HttpSession session = request.getSession(true);
  86         // idSB.append(session == null ? "NOSESSION" : session.getId());
  87         idSB.append(MY_PATH);
  88         idSB.append("::");
  89         // idSB.append(viewgene);
  90         // idSB.append("::");
  91         idSB.append(ensemblId);
  92
  93         String id = request.getParameter("id") == null ? idSB.toString()
  94                 : request.getParameter("id");
  95
  96         Thread worker = threadMap.get(id);
  97         if (worker == null)
  98         {
  99           String db = DBRefUtils.getCanonicalName("ensembl");
 100           Desktop desktop = Desktop.instance;
 101           SequenceFetcher sf = new SequenceFetcher(desktop, db, ensemblId);
 102           sf.closeDialog(true);
 103           sf.saveAlignFrame(id, alignFrames);
 104           worker = sf.ok_actionPerformed(true);
 105           threadMap.put(id, worker);
 106         }
 107         AlignFrame af = alignFrames.get(id);
 108         PrintWriter pw = response.getWriter();
 109         pw.println("id=" + id);
 110         pw.println("state=" + worker.getState().toString());
 111         pw.println("alignframe=" + (af == null ? null : af.getTitle()));
 112         if (af != null)
 113         {
 114
 115         }
 116       }
 117       else if (pathInfo.startsWith("/" + highlight + "/"))
 118       {
 119         String temp = pathInfo.substring(highlight.length() + 2);
 120         String id = temp.indexOf("/") > -1
 121                 ? temp.substring(0, temp.indexOf("/"))
 122                 : temp;
 123         AlignFrame af = alignFrames.get(id);
 124         Cache.warn("*** temp=" + temp);
 125         Cache.warn("*** id=" + id);
 126         PrintWriter pw = response.getWriter();
 127         pw.println("id=" + id);
 128         pw.println("state=" + threadMap.get(id).getState().toString());
 129         pw.println("alignframe=" + (af == null ? null : af.getTitle()));
 130         if (af == null)
 131         {
 132           pw.println("error=alignframe not ready");
 133           return;
 134         }
 135         String startS = request.getParameter("start");
 136         String endS = request.getParameter("end");
 137         int start = 0;
 138         int end = -1;
 139         if (startS != null || endS != null)
 140         {
 141           try
 142           {
 143             start = Integer.parseInt(startS);
 144             end = Integer.parseInt(endS);
 145           } catch (NumberFormatException e)
 146           {
 147             Cache.warn(Cache.getStackTraceString(e));
 148             pw.println("error=couldn't parse start and end");
 149             return;
 150           }
 151         }
 152         pw.println("start=" + start);
 153         pw.println("end=" + end);
 154
 155         SeqPanel seqPanel = af.alignPanel.getSeqPanel();
 156         SequenceI[] seqs = af.getViewport().getSequenceSelection();
 157         SequenceI seq = seqs.length > 0 ? seqs[0] : null;
 158         SearchResults sr = new SearchResults();
 159         sr.addResult(seq, start, end);
 160         seqPanel.highlightSequence(sr);
 161       }
 162     } catch (Exception e)
 163     {
 164       Cache.warn(Cache.getStackTraceString(e));
 165     }
 166
 167   }
 168
 169   /**
 170    * Returns a display name for this service
 171    */
 172   @Override
 173   public String getName()
 174   {
 175     return "TestListener";
 176   }
 177
 178 }