src/jalview/gui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Softwarechang\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.datatransfer.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 import java.awt.print.*;\r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 \r
  31 import jalview.analysis.*;\r
  32 import jalview.datamodel.*;\r
  33 import jalview.io.*;\r
  34 import jalview.jbgui.*;\r
  35 import jalview.schemes.*;\r
  36 import jalview.ws.*;\r
  37 import java.awt.dnd.*;\r
  38 \r
  39 \r
  40 /**\r
  41  * DOCUMENT ME!\r
  42  *\r
  43  * @author $author$\r
  44  * @version $Revision$\r
  45  */\r
  46 public class AlignFrame\r
  47     extends GAlignFrame implements ClipboardOwner, DropTargetListener\r
  48 {\r
  49   /** DOCUMENT ME!! */\r
  50   public static final int NEW_WINDOW_WIDTH = 700;\r
  51 \r
  52   /** DOCUMENT ME!! */\r
  53   public static final int NEW_WINDOW_HEIGHT = 500;\r
  54   AlignmentPanel alignPanel;\r
  55   AlignViewport viewport;\r
  56 \r
  57   Vector viewports = new Vector();\r
  58   Vector alignPanels = new Vector();\r
  59 \r
  60   /** DOCUMENT ME!! */\r
  61   public String currentFileFormat = null;\r
  62   Stack historyList = new Stack();\r
  63   Stack redoList = new Stack();\r
  64   private int treeCount = 0;\r
  65 \r
  66 \r
  67   /**\r
  68    * Creates a new AlignFrame object.\r
  69    *\r
  70    * @param al DOCUMENT ME!\r
  71    */\r
  72   public AlignFrame(AlignmentI al)\r
  73   {\r
  74     viewport = new AlignViewport(al);\r
  75     viewports.add(viewport);\r
  76 \r
  77     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(this, this));\r
  78 \r
  79     if(viewport.vconsensus==null)\r
  80     {\r
  81       //Out of memory calculating consensus.\r
  82       BLOSUM62Colour.setEnabled(false);\r
  83       PIDColour.setEnabled(false);\r
  84       conservationMenuItem.setEnabled(false);\r
  85       modifyConservation.setEnabled(false);\r
  86       abovePIDThreshold.setEnabled(false);\r
  87       modifyPID.setEnabled(false);\r
  88     }\r
  89 \r
  90     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  91     alignPanels.add(alignPanel);\r
  92 \r
  93     String sortby = jalview.bin.Cache.getDefault("SORT_ALIGNMENT", "No sort");\r
  94 \r
  95     if(sortby.equals("Id"))\r
  96       sortIDMenuItem_actionPerformed(null);\r
  97     else if(sortby.equals("Pairwise Identity"))\r
  98       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(null);\r
  99 \r
 100    // remove(tabbedPane);\r
 101     getContentPane().add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 102 \r
 103 \r
 104 \r
 105   //  tabbedPane.add(al.isNucleotide() ? "DNA":"Protein", alignPanel);\r
 106 \r
 107     ///Dataset tab\r
 108     /////////////////////////\r
 109     if(al.getDataset()==null)\r
 110     {\r
 111       al.setDataset(null);\r
 112     }\r
 113    // AlignViewport ds = new AlignViewport(al.getDataset(), true);\r
 114    // AlignmentPanel dap = new AlignmentPanel(this, ds);\r
 115   //  tabbedPane.add("Dataset", dap);\r
 116   //  viewports.add(ds);\r
 117   //  alignPanels.add(dap);\r
 118     /////////////////////////\r
 119 \r
 120 \r
 121     viewport.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
 122     {\r
 123      public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 124      {\r
 125        if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 126        {\r
 127          alignmentChanged();\r
 128        }\r
 129      }\r
 130    });\r
 131 \r
 132 \r
 133   if (Desktop.desktop != null)\r
 134   {\r
 135     addServiceListeners();\r
 136     setGUINucleotide(al.isNucleotide());\r
 137   }\r
 138   }\r
 139 \r
 140   /* Set up intrinsic listeners for dynamically generated GUI bits. */\r
 141   private void addServiceListeners()\r
 142   {\r
 143     final java.beans.PropertyChangeListener thisListener;\r
 144     // Do this once to get current state\r
 145     BuildWebServiceMenu();\r
 146     Desktop.discoverer.addPropertyChangeListener(\r
 147         thisListener = new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 148     {\r
 149       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 150       {\r
 151         // System.out.println("Discoverer property change.");\r
 152         if (evt.getPropertyName().equals("services"))\r
 153         {\r
 154           // System.out.println("Rebuilding web service menu");\r
 155           BuildWebServiceMenu();\r
 156         }\r
 157       }\r
 158     });\r
 159     addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 160                              InternalFrameAdapter()\r
 161     {\r
 162       public void internalFrameClosed(\r
 163           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 164       {\r
 165         // System.out.println("deregistering discoverer listener");\r
 166         Desktop.discoverer.removePropertyChangeListener(thisListener);\r
 167         closeMenuItem_actionPerformed(null);\r
 168       }\r
 169       ;\r
 170     });\r
 171 \r
 172   }\r
 173 \r
 174   public void setGUINucleotide(boolean nucleotide)\r
 175   {\r
 176     showTranslation.setVisible( nucleotide );\r
 177     //sequenceFeatures.setVisible(!nucleotide );\r
 178     //featureSettings.setVisible( !nucleotide );\r
 179     conservationMenuItem.setVisible( !nucleotide );\r
 180     modifyConservation.setVisible(   !nucleotide );\r
 181 \r
 182     //Remember AlignFrame always starts as protein\r
 183     if(!nucleotide)\r
 184     {\r
 185       calculateMenu.remove(calculateMenu.getItemCount()-2);\r
 186     }\r
 187   }\r
 188 \r
 189 \r
 190   /*\r
 191    Added so Castor Mapping file can obtain Jalview Version\r
 192   */\r
 193   public String getVersion()\r
 194   {\r
 195     return  jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION");\r
 196   }\r
 197 \r
 198 \r
 199   public void fetchSequence_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 200   {\r
 201     new SequenceFetcher(this);\r
 202   }\r
 203   /**\r
 204    * DOCUMENT ME!\r
 205    *\r
 206    * @param e DOCUMENT ME!\r
 207    */\r
 208   public void saveAlignmentMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 209   {\r
 210     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 211         getProperty(\r
 212             "LAST_DIRECTORY"),\r
 213         new String[]\r
 214         {\r
 215         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 216         "jar"\r
 217     },\r
 218         new String[]\r
 219         {\r
 220         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 221     }, currentFileFormat);\r
 222 \r
 223     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);\r
 224     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 225     chooser.setDialogTitle("Save Alignment to file");\r
 226     chooser.setToolTipText("Save");\r
 227 \r
 228     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 229 \r
 230     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 231     {\r
 232         currentFileFormat = chooser.getSelectedFormat();\r
 233 \r
 234         if (currentFileFormat == null)\r
 235         {\r
 236           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 237                                                 "You must select a file format before saving!",\r
 238                                                 "File format not specified",\r
 239                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 240           value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 241           return;\r
 242         }\r
 243 \r
 244       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT",\r
 245                                     currentFileFormat);\r
 246 \r
 247       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 248       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
 249 \r
 250       saveAlignment(choice, currentFileFormat);\r
 251     }\r
 252   }\r
 253 \r
 254   public boolean saveAlignment(String file, String format)\r
 255   {\r
 256     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 257     {\r
 258       String shortName = title;\r
 259 \r
 260       if (shortName.indexOf(java.io.File.separatorChar) > -1)\r
 261       {\r
 262         shortName = shortName.substring(shortName.lastIndexOf(\r
 263             java.io.File.separatorChar) + 1);\r
 264       }\r
 265 \r
 266       Jalview2XML.SaveAlignment(this, file, shortName);\r
 267 \r
 268       // USE Jalview2XML to save this file\r
 269       return true;\r
 270     }\r
 271     else\r
 272     {\r
 273       String output = new FormatAdapter().formatSequences(format,\r
 274           viewport.getAlignment().\r
 275           getSequences());\r
 276       if (output == null)\r
 277       {\r
 278         return false;\r
 279       }\r
 280 \r
 281       try\r
 282       {\r
 283         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 284             new java.io.FileWriter(file));\r
 285 \r
 286         out.print(output);\r
 287         out.close();\r
 288         return true;\r
 289       }\r
 290       catch (Exception ex)\r
 291       {\r
 292         ex.printStackTrace();\r
 293       }\r
 294     }\r
 295     return false;\r
 296   }\r
 297 \r
 298   /**\r
 299    * DOCUMENT ME!\r
 300    *\r
 301    * @param e DOCUMENT ME!\r
 302    */\r
 303   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 304   {\r
 305     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 306     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 307                              "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600,\r
 308                              500);\r
 309     cap.setText(new FormatAdapter().formatSequences(e.getActionCommand(),\r
 310                                               viewport.getAlignment().\r
 311                                               getSequences()));\r
 312   }\r
 313 \r
 314   /**\r
 315    * DOCUMENT ME!\r
 316    *\r
 317    * @param e DOCUMENT ME!\r
 318    */\r
 319   protected void htmlMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 320   {\r
 321     new HTMLOutput(viewport,\r
 322                    alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer(),\r
 323         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());\r
 324   }\r
 325 \r
 326   public void createImageMap(File file, String image)\r
 327   {\r
 328     alignPanel.makePNGImageMap(file, image);\r
 329   }\r
 330 \r
 331   /**\r
 332    * DOCUMENT ME!\r
 333    *\r
 334    * @param e DOCUMENT ME!\r
 335    */\r
 336   public void createPNG(File f)\r
 337   {\r
 338     alignPanel.makePNG(f);\r
 339   }\r
 340 \r
 341   /**\r
 342    * DOCUMENT ME!\r
 343    *\r
 344    * @param e DOCUMENT ME!\r
 345    */\r
 346   public void createEPS(File f)\r
 347   {\r
 348     alignPanel.makeEPS(f);\r
 349   }\r
 350 \r
 351   /**\r
 352    * DOCUMENT ME!\r
 353    *\r
 354    * @param e DOCUMENT ME!\r
 355    */\r
 356   public void printMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 357   {\r
 358     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 359     PrintThread thread = new PrintThread();\r
 360     thread.start();\r
 361   }\r
 362 \r
 363   /**\r
 364    * DOCUMENT ME!\r
 365    *\r
 366    * @param e DOCUMENT ME!\r
 367    */\r
 368   public void closeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 369   {\r
 370     try\r
 371     {\r
 372       PaintRefresher.components.remove(viewport.alignment);\r
 373       this.setClosed(true);\r
 374     }\r
 375     catch (Exception ex)\r
 376     {\r
 377     }\r
 378   }\r
 379 \r
 380   /**\r
 381    * DOCUMENT ME!\r
 382    */\r
 383   void updateEditMenuBar()\r
 384   {\r
 385     if (historyList.size() > 0)\r
 386     {\r
 387       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
 388 \r
 389       HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.peek();\r
 390       undoMenuItem.setText("Undo " + hi.getDescription());\r
 391     }\r
 392     else\r
 393     {\r
 394       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
 395       undoMenuItem.setText("Undo");\r
 396     }\r
 397 \r
 398     if (redoList.size() > 0)\r
 399     {\r
 400       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
 401 \r
 402       HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.peek();\r
 403       redoMenuItem.setText("Redo " + hi.getDescription());\r
 404     }\r
 405     else\r
 406     {\r
 407       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
 408       redoMenuItem.setText("Redo");\r
 409     }\r
 410   }\r
 411 \r
 412   /**\r
 413    * DOCUMENT ME!\r
 414    *\r
 415    * @param hi DOCUMENT ME!\r
 416    */\r
 417   public void addHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 418   {\r
 419     historyList.push(hi);\r
 420     updateEditMenuBar();\r
 421   }\r
 422 \r
 423   /**\r
 424    * DOCUMENT ME!\r
 425    *\r
 426    * @param e DOCUMENT ME!\r
 427    */\r
 428   protected void undoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 429   {\r
 430     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 431     redoList.push(new HistoryItem(hi.getDescription(), viewport.alignment,\r
 432                                   HistoryItem.HIDE));\r
 433     restoreHistoryItem(hi);\r
 434     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 435   }\r
 436 \r
 437   /**\r
 438    * DOCUMENT ME!\r
 439    *\r
 440    * @param e DOCUMENT ME!\r
 441    */\r
 442   protected void redoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 443   {\r
 444     HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.pop();\r
 445     restoreHistoryItem(hi);\r
 446     updateEditMenuBar();\r
 447     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 448   }\r
 449 \r
 450   // used by undo and redo\r
 451   void restoreHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 452   {\r
 453     if (hi.getType() == HistoryItem.SORT)\r
 454     {\r
 455       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 456       {\r
 457         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(hi.getSequences()\r
 458             .elementAt(i),\r
 459             i);\r
 460       }\r
 461     }\r
 462     else\r
 463     {\r
 464       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 465       {\r
 466         SequenceI restore = (SequenceI) hi.getSequences().elementAt(i);\r
 467 \r
 468         if (restore.getLength() == 0)\r
 469         {\r
 470           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 471           viewport.alignment.getSequences().insertElementAt(restore,\r
 472               hi.getAlignIndex(i));\r
 473         }\r
 474         else\r
 475         {\r
 476           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 477         }\r
 478       }\r
 479 \r
 480       if (hi.getType() == HistoryItem.PASTE)\r
 481       {\r
 482         for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 1;\r
 483              i > (hi.getSequences().size() - 1); i--)\r
 484         {\r
 485           viewport.alignment.deleteSequence(i);\r
 486         }\r
 487       }\r
 488     }\r
 489 \r
 490     updateEditMenuBar();\r
 491 \r
 492     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 493                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
 494   }\r
 495 \r
 496   /**\r
 497    * DOCUMENT ME!\r
 498    *\r
 499    * @param up DOCUMENT ME!\r
 500    */\r
 501   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
 502   {\r
 503     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 504 \r
 505     if (sg == null)\r
 506     {\r
 507       return;\r
 508     }\r
 509 \r
 510     if (up)\r
 511     {\r
 512       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
 513       {\r
 514         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 515 \r
 516         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 517         {\r
 518           continue;\r
 519         }\r
 520 \r
 521         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
 522 \r
 523         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 524         {\r
 525           continue;\r
 526         }\r
 527 \r
 528         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 529         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
 530       }\r
 531     }\r
 532     else\r
 533     {\r
 534       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
 535       {\r
 536         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 537 \r
 538         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 539         {\r
 540           continue;\r
 541         }\r
 542 \r
 543         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
 544 \r
 545         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 546         {\r
 547           continue;\r
 548         }\r
 549 \r
 550         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 551         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
 552       }\r
 553     }\r
 554 \r
 555     alignPanel.repaint();\r
 556   }\r
 557 \r
 558   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)\r
 559   {\r
 560     Desktop.jalviewClipboard = null;\r
 561   }\r
 562 \r
 563 \r
 564   /**\r
 565    * DOCUMENT ME!\r
 566    *\r
 567    * @param e DOCUMENT ME!\r
 568    */\r
 569   protected void copy_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 570   {\r
 571     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 572     {\r
 573       return;\r
 574     }\r
 575 \r
 576     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 577 \r
 578     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 579 \r
 580     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
 581     SequenceI[] seqs = new SequenceI[sg.getSize()];\r
 582 \r
 583     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 584     {\r
 585       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 586       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
 587       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
 588     }\r
 589 \r
 590     int index = 0, startRes, endRes;\r
 591     char ch;\r
 592 \r
 593     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 594     {\r
 595       SequenceI seq = null;\r
 596 \r
 597       while (seq == null)\r
 598       {\r
 599         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
 600         {\r
 601           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
 602           index++;\r
 603 \r
 604           break;\r
 605         }\r
 606         else\r
 607         {\r
 608           index++;\r
 609         }\r
 610       }\r
 611 \r
 612       //FIND START RES\r
 613       //Returns residue following index if gap\r
 614       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
 615 \r
 616       //FIND END RES\r
 617       //Need to find the residue preceeding index if gap\r
 618       endRes = 0;\r
 619 \r
 620       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
 621       {\r
 622         ch = seq.getCharAt(j);\r
 623         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
 624         {\r
 625           endRes++;\r
 626         }\r
 627       }\r
 628 \r
 629       if (endRes > 0)\r
 630       {\r
 631         endRes += seq.getStart() - 1;\r
 632       }\r
 633 \r
 634       seqs[i] = new Sequence(seq.getName(),\r
 635                              seq.getSequence(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1),\r
 636                              startRes,\r
 637                              endRes);\r
 638       seqs[i].setDescription(seq.getDescription());\r
 639       seqs[i].setDBRef(seq.getDBRef());\r
 640       seqs[i].setSequenceFeatures(seq.getSequenceFeatures());\r
 641       seqs[i].setDatasetSequence(seq.getDatasetSequence());\r
 642 \r
 643     }\r
 644 \r
 645     FastaFile ff = new FastaFile();\r
 646     ff.addJVSuffix( viewport.showJVSuffix );\r
 647     c.setContents(new StringSelection( ff.print(seqs)), this);\r
 648     Desktop.jalviewClipboard = new Object[]{seqs,  viewport.alignment.getDataset()};\r
 649   }\r
 650 \r
 651   /**\r
 652    * DOCUMENT ME!\r
 653    *\r
 654    * @param e DOCUMENT ME!\r
 655    */\r
 656   protected void pasteNew_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 657   {\r
 658     paste(true);\r
 659   }\r
 660 \r
 661   /**\r
 662    * DOCUMENT ME!\r
 663    *\r
 664    * @param e DOCUMENT ME!\r
 665    */\r
 666   protected void pasteThis_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 667   {\r
 668     addHistoryItem(new HistoryItem("Paste Sequences", viewport.alignment,\r
 669                                    HistoryItem.PASTE));\r
 670     paste(false);\r
 671   }\r
 672 \r
 673   /**\r
 674    * DOCUMENT ME!\r
 675    *\r
 676    * @param newAlignment DOCUMENT ME!\r
 677    */\r
 678   void paste(boolean newAlignment)\r
 679   {\r
 680     try\r
 681     {\r
 682       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 683       Transferable contents = c.getContents(this);\r
 684 \r
 685       if (contents == null)\r
 686       {\r
 687         return;\r
 688       }\r
 689 \r
 690       String str = (String) contents.getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);\r
 691       if(str.length()<1)\r
 692         return;\r
 693 \r
 694       String format = new IdentifyFile().Identify(str, "Paste");\r
 695       SequenceI[] sequences;\r
 696 \r
 697      if(Desktop.jalviewClipboard!=null)\r
 698      {\r
 699        // The clipboard was filled from within Jalview, we must use the sequences\r
 700        // And dataset from the copied alignment\r
 701        sequences = (SequenceI[])Desktop.jalviewClipboard[0];\r
 702      }\r
 703      else\r
 704      {\r
 705        sequences = new FormatAdapter().readFile(str, "Paste", format);\r
 706      }\r
 707 \r
 708       if (newAlignment)\r
 709       {\r
 710 \r
 711         Alignment alignment = new Alignment(sequences);\r
 712 \r
 713         if(Desktop.jalviewClipboard!=null)\r
 714            alignment.setDataset( (Alignment)Desktop.jalviewClipboard[1] );\r
 715         else\r
 716            alignment.setDataset( null );\r
 717 \r
 718 \r
 719         AlignFrame af = new AlignFrame(alignment);\r
 720         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
 721 \r
 722         if (title.startsWith("Copied sequences"))\r
 723         {\r
 724           newtitle = title;\r
 725         }\r
 726         else\r
 727         {\r
 728           newtitle = newtitle.concat("- from " + title);\r
 729         }\r
 730 \r
 731         Desktop.addInternalFrame(af, newtitle, NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 732                                  NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 733       }\r
 734       else\r
 735       {\r
 736         //!newAlignment\r
 737         for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
 738         {\r
 739           Sequence newseq = new Sequence(sequences[i].getName(),\r
 740               sequences[i].getSequence(), sequences[i].getStart(),\r
 741               sequences[i].getEnd());\r
 742           viewport.alignment.addSequence(newseq);\r
 743           if(sequences[i].getDatasetSequence()==null)\r
 744           {\r
 745              ////////////////////////////\r
 746             //Datset needs extension;\r
 747             /////////////////////////////\r
 748             Sequence ds = new Sequence(sequences[i].getName(),\r
 749                                        AlignSeq.extractGaps("-. ", sequences[i].getSequence()),\r
 750                                        sequences[i].getStart(),\r
 751                                        sequences[i].getEnd());\r
 752             newseq.setDatasetSequence(ds);\r
 753             viewport.alignment.getDataset().addSequence(ds);\r
 754           }\r
 755           else\r
 756           {\r
 757             newseq.setDatasetSequence(sequences[i].getDatasetSequence());\r
 758             if(sequences[i].getDatasetSequence().getAnnotation()!=null)\r
 759             {\r
 760               for(int aa=0; aa<sequences[i].getDatasetSequence().getAnnotation().length; aa++)\r
 761               {\r
 762                 viewport.alignment.addAnnotation(sequences[i].getDatasetSequence().getAnnotation()[aa]);\r
 763               }\r
 764             }\r
 765           }\r
 766         }\r
 767         viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
 768         viewport.alignment.getWidth();\r
 769         viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 770       }\r
 771     }\r
 772     catch (Exception ex)\r
 773     {\r
 774       ex.printStackTrace();\r
 775         System.out.println("Exception whilst pasting: "+ex);\r
 776         // could be anything being pasted in here\r
 777     }\r
 778 \r
 779 \r
 780   }\r
 781 \r
 782   /**\r
 783    * DOCUMENT ME!\r
 784    *\r
 785    * @param e DOCUMENT ME!\r
 786    */\r
 787   protected void cut_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 788   {\r
 789     copy_actionPerformed(null);\r
 790     delete_actionPerformed(null);\r
 791   }\r
 792 \r
 793   /**\r
 794    * DOCUMENT ME!\r
 795    *\r
 796    * @param e DOCUMENT ME!\r
 797    */\r
 798   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 799   {\r
 800 \r
 801     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 802     {\r
 803       return;\r
 804     }\r
 805 \r
 806 \r
 807     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 808 \r
 809 \r
 810 \r
 811     //Jalview no longer allows deletion of residues.\r
 812     //Check here whether any residues are in selection area\r
 813     if( sg.getEndRes()-sg.getStartRes() < viewport.alignment.getWidth()-1)\r
 814     {\r
 815       for (int i = 0; i < sg.sequences.size(); i++)\r
 816       {\r
 817         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 818         int j = sg.getStartRes();\r
 819         do\r
 820         {\r
 821           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 822           {\r
 823             JOptionPane.showInternalMessageDialog(\r
 824                 Desktop.desktop, "Cannot delete residues from alignment!\n"\r
 825                 + "Try hiding columns instead.",\r
 826                 "Deletion of residues not permitted",\r
 827                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 828 \r
 829             return;\r
 830           }\r
 831           j++;\r
 832         }while(j<=sg.getEndRes());\r
 833       }\r
 834     }\r
 835 \r
 836 \r
 837     addHistoryItem(new HistoryItem("Delete Sequences", viewport.alignment,\r
 838                                    HistoryItem.HIDE));\r
 839 \r
 840 \r
 841     for (int i = 0; i < sg.sequences.size(); i++)\r
 842     {\r
 843       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 844       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
 845 \r
 846       seq.deleteChars(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 847 \r
 848       // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
 849       if (sg.sequences.size() == viewport.alignment.getHeight())\r
 850       {\r
 851         viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
 852             sg.getEndRes() + 1);\r
 853       }\r
 854 \r
 855       if (seq.getSequence().length() < 1)\r
 856       {\r
 857         viewport.getAlignment().deleteSequence(seq);\r
 858       }\r
 859       else\r
 860       {\r
 861         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, index);\r
 862       }\r
 863     }\r
 864 \r
 865     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 866     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 867 \r
 868     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 869                                   viewport.getAlignment().getSequences());\r
 870 \r
 871 \r
 872 \r
 873     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 874     {\r
 875       try\r
 876       {\r
 877         this.setClosed(true);\r
 878       }\r
 879       catch (Exception ex)\r
 880       {\r
 881       }\r
 882     }\r
 883   }\r
 884 \r
 885   /**\r
 886    * DOCUMENT ME!\r
 887    *\r
 888    * @param e DOCUMENT ME!\r
 889    */\r
 890   protected void deleteGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 891   {\r
 892     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
 893     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 894     alignPanel.repaint();\r
 895   }\r
 896 \r
 897   /**\r
 898    * DOCUMENT ME!\r
 899    *\r
 900    * @param e DOCUMENT ME!\r
 901    */\r
 902   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 903   {\r
 904     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 905 \r
 906     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 907          i++)\r
 908     {\r
 909       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 910     }\r
 911 \r
 912     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
 913     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 914     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 915   }\r
 916 \r
 917   /**\r
 918    * DOCUMENT ME!\r
 919    *\r
 920    * @param e DOCUMENT ME!\r
 921    */\r
 922   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 923   {\r
 924     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 925     viewport.getColumnSelection().clear();\r
 926     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 927     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
 928     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
 929     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 930   }\r
 931 \r
 932   /**\r
 933    * DOCUMENT ME!\r
 934    *\r
 935    * @param e DOCUMENT ME!\r
 936    */\r
 937   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 938   {\r
 939     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 940 \r
 941     if (sg == null)\r
 942     {\r
 943       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 944 \r
 945       return;\r
 946     }\r
 947 \r
 948     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 949          i++)\r
 950     {\r
 951       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 952     }\r
 953 \r
 954     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 955   }\r
 956 \r
 957   /**\r
 958    * DOCUMENT ME!\r
 959    *\r
 960    * @param e DOCUMENT ME!\r
 961    */\r
 962   public void remove2LeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 963   {\r
 964     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 965 \r
 966     if (colSel.size() > 0)\r
 967     {\r
 968       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Left", viewport.alignment,\r
 969                                      HistoryItem.HIDE));\r
 970 \r
 971       int min = colSel.getMin();\r
 972       viewport.getAlignment().trimLeft(min);\r
 973       colSel.compensateForEdit(0, min);\r
 974 \r
 975       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 976       {\r
 977         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveLeft(min);\r
 978       }\r
 979 \r
 980       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 981 \r
 982       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 983       {\r
 984         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 985 \r
 986         if (!sg.adjustForRemoveLeft(min))\r
 987         {\r
 988           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 989         }\r
 990       }\r
 991 \r
 992       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 993     }\r
 994   }\r
 995 \r
 996   /**\r
 997    * DOCUMENT ME!\r
 998    *\r
 999    * @param e DOCUMENT ME!\r
1000    */\r
1001   public void remove2RightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1002   {\r
1003     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1004 \r
1005     if (colSel.size() > 0)\r
1006     {\r
1007       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Right", viewport.alignment,\r
1008                                      HistoryItem.HIDE));\r
1009 \r
1010       int max = colSel.getMax();\r
1011       viewport.getAlignment().trimRight(max);\r
1012 \r
1013       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1014       {\r
1015         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveRight(max);\r
1016       }\r
1017 \r
1018       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1019 \r
1020       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1021       {\r
1022         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
1023 \r
1024         if (!sg.adjustForRemoveRight(max))\r
1025         {\r
1026           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1027         }\r
1028       }\r
1029 \r
1030       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
1031     }\r
1032   }\r
1033 \r
1034   /**\r
1035    * DOCUMENT ME!\r
1036    *\r
1037    * @param e DOCUMENT ME!\r
1038    */\r
1039   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1040   {\r
1041     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gapped Columns",\r
1042                                    viewport.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
1043 \r
1044     //This is to maintain viewport position on first residue\r
1045     //of first sequence\r
1046     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1047     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1048 \r
1049     viewport.getAlignment().removeGaps();\r
1050 \r
1051     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
1052 \r
1053    viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
1054   }\r
1055 \r
1056   /**\r
1057    * DOCUMENT ME!\r
1058    *\r
1059    * @param e DOCUMENT ME!\r
1060    */\r
1061   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1062   {\r
1063     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gaps", viewport.alignment,\r
1064                                    HistoryItem.HIDE));\r
1065 \r
1066     //This is to maintain viewport position on first residue\r
1067     //of first sequence\r
1068     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1069     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1070 \r
1071 \r
1072     SequenceI current;\r
1073     int jSize;\r
1074 \r
1075     Vector seqs = null;\r
1076 \r
1077     int start = 0;\r
1078     int end = viewport.alignment.getWidth();\r
1079 \r
1080     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1081         && viewport.getSelectionGroup().sequences != null\r
1082         && viewport.getSelectionGroup().sequences.size() > 0)\r
1083     {\r
1084       seqs = viewport.getSelectionGroup().sequences;\r
1085       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1086       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes()+1;\r
1087     }\r
1088     else\r
1089     {\r
1090       seqs = viewport.alignment.getSequences();\r
1091     }\r
1092 \r
1093     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1094     {\r
1095       current = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1096       jSize = current.getLength();\r
1097 \r
1098       // Removing a range is much quicker than removing gaps\r
1099       // one by one for long sequences\r
1100       int j = start;\r
1101       int rangeStart=-1, rangeEnd=-1;\r
1102 \r
1103       do\r
1104       {\r
1105         if (jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(j)))\r
1106         {\r
1107           if(rangeStart==-1)\r
1108            {\r
1109              rangeStart = j;\r
1110              rangeEnd = j+1;\r
1111            }\r
1112            else\r
1113            {\r
1114              rangeEnd++;\r
1115            }\r
1116            j++;\r
1117         }\r
1118         else\r
1119         {\r
1120           if(rangeStart>-1)\r
1121           {\r
1122             current.deleteChars(rangeStart, rangeEnd);\r
1123             j-=rangeEnd-rangeStart;\r
1124             jSize-=rangeEnd-rangeStart;\r
1125             rangeStart = -1;\r
1126             rangeEnd = -1;\r
1127           }\r
1128           else\r
1129             j++;\r
1130         }\r
1131       }\r
1132       while (j < end && j < jSize);\r
1133       if(rangeStart>-1)\r
1134       {\r
1135        current.deleteChars(rangeStart, rangeEnd);\r
1136       }\r
1137     }\r
1138 \r
1139     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
1140 \r
1141     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
1142   }\r
1143 \r
1144  public void alignmentChanged()\r
1145  {\r
1146    if(viewport.vconsensus!=null)\r
1147    {\r
1148      viewport.updateConsensus();\r
1149      viewport.updateConservation();\r
1150    }\r
1151    resetAllColourSchemes();\r
1152    if(alignPanel.overviewPanel!=null)\r
1153      alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
1154 \r
1155    viewport.alignment.adjustSequenceAnnotations();\r
1156 \r
1157    alignPanel.repaint();\r
1158  }\r
1159 \r
1160   void resetAllColourSchemes()\r
1161   {\r
1162     ColourSchemeI cs = viewport.globalColourScheme;\r
1163     if(cs!=null)\r
1164     {\r
1165       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1166       {\r
1167         ( (ClustalxColourScheme) viewport.getGlobalColourScheme()).\r
1168             resetClustalX(viewport.alignment.getSequences(),\r
1169                           viewport.alignment.getWidth());\r
1170       }\r
1171 \r
1172       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1173       if (cs.conservationApplied())\r
1174       {\r
1175         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1176         Conservation c = new Conservation("All",\r
1177                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1178                                           al.getSequences(), 0,\r
1179                                           al.getWidth() - 1);\r
1180         c.calculate();\r
1181         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1182 \r
1183         cs.setConservation(c);\r
1184       }\r
1185     }\r
1186 \r
1187     int s, sSize = viewport.alignment.getGroups().size();\r
1188     for(s=0; s<sSize; s++)\r
1189     {\r
1190       SequenceGroup sg = (SequenceGroup)viewport.alignment.getGroups().elementAt(s);\r
1191       if(sg.cs!=null && sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1192       {\r
1193         ((ClustalxColourScheme)sg.cs).resetClustalX(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1194       }\r
1195       sg.recalcConservation();\r
1196     }\r
1197   }\r
1198 \r
1199   /**\r
1200    * DOCUMENT ME!\r
1201    *\r
1202    * @param e DOCUMENT ME!\r
1203    */\r
1204   public void padGapsMenuitem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1205   {\r
1206     addHistoryItem(new HistoryItem("Pad Gaps", viewport.alignment,\r
1207                                    HistoryItem.HIDE));\r
1208     if (viewport.getAlignment().padGaps())\r
1209       alignmentChanged();\r
1210   }\r
1211 \r
1212   /**\r
1213    * DOCUMENT ME!\r
1214    *\r
1215    * @param e DOCUMENT ME!\r
1216    */\r
1217   public void findMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1218   {\r
1219     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1220     Finder finder = new Finder(viewport, alignPanel, frame);\r
1221     frame.setContentPane(finder);\r
1222     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1223     Desktop.addInternalFrame(frame, "Find", 340, 110);\r
1224   }\r
1225 \r
1226   /**\r
1227    * DOCUMENT ME!\r
1228    *\r
1229    * @param e DOCUMENT ME!\r
1230    */\r
1231   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1232   {\r
1233     new FontChooser(alignPanel);\r
1234   }\r
1235 \r
1236   public void smoothFont_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1237   {\r
1238     viewport.antiAlias = smoothFont.isSelected();\r
1239     alignPanel.annotationPanel.image = null;\r
1240     alignPanel.repaint();\r
1241   }\r
1242 \r
1243 \r
1244   /**\r
1245    * DOCUMENT ME!\r
1246    *\r
1247    * @param e DOCUMENT ME!\r
1248    */\r
1249   protected void seqLimit_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1250   {\r
1251     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.isSelected());\r
1252 \r
1253     alignPanel.idPanel.idCanvas.setPreferredSize(alignPanel.calculateIdWidth());\r
1254     alignPanel.repaint();\r
1255   }\r
1256 \r
1257 \r
1258   /**\r
1259    * DOCUMENT ME!\r
1260    *\r
1261    * @param e DOCUMENT ME!\r
1262    */\r
1263   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1264   {\r
1265     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.isSelected());\r
1266     alignPanel.repaint();\r
1267   }\r
1268 \r
1269   /**\r
1270    * DOCUMENT ME!\r
1271    *\r
1272    * @param e DOCUMENT ME!\r
1273    */\r
1274   protected void wrapMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1275   {\r
1276     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1277     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1278     scaleAbove.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1279     scaleLeft.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1280     scaleRight.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1281     alignPanel.repaint();\r
1282   }\r
1283 \r
1284   /**\r
1285    * DOCUMENT ME!\r
1286    *\r
1287    * @param e DOCUMENT ME!\r
1288    */\r
1289   protected void scaleAbove_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1290   {\r
1291     viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.isSelected());\r
1292     alignPanel.repaint();\r
1293   }\r
1294 \r
1295   /**\r
1296    * DOCUMENT ME!\r
1297    *\r
1298    * @param e DOCUMENT ME!\r
1299    */\r
1300   protected void scaleLeft_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1301   {\r
1302     viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.isSelected());\r
1303     alignPanel.repaint();\r
1304   }\r
1305 \r
1306   /**\r
1307    * DOCUMENT ME!\r
1308    *\r
1309    * @param e DOCUMENT ME!\r
1310    */\r
1311   protected void scaleRight_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1312   {\r
1313     viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.isSelected());\r
1314     alignPanel.repaint();\r
1315   }\r
1316 \r
1317   /**\r
1318    * DOCUMENT ME!\r
1319    *\r
1320    * @param e DOCUMENT ME!\r
1321    */\r
1322   public void viewBoxesMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1323   {\r
1324     viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.isSelected());\r
1325     alignPanel.repaint();\r
1326   }\r
1327 \r
1328   /**\r
1329    * DOCUMENT ME!\r
1330    *\r
1331    * @param e DOCUMENT ME!\r
1332    */\r
1333   public void viewTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1334   {\r
1335     viewport.setShowText(viewTextMenuItem.isSelected());\r
1336     alignPanel.repaint();\r
1337   }\r
1338 \r
1339   /**\r
1340    * DOCUMENT ME!\r
1341    *\r
1342    * @param e DOCUMENT ME!\r
1343    */\r
1344   protected void renderGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1345   {\r
1346     viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.isSelected());\r
1347     alignPanel.repaint();\r
1348   }\r
1349 \r
1350   public void fetchSeqFeatures_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1351   {\r
1352     if (!viewport.alignment.isNucleotide())\r
1353     {\r
1354       new SequenceFeatureFetcher(viewport.\r
1355                                  alignment,\r
1356                                  alignPanel);\r
1357       viewport.setShowSequenceFeatures(true);\r
1358       showSeqFeatures.setSelected(true);\r
1359     }\r
1360   }\r
1361 \r
1362 \r
1363   public void featureSettings_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1364   {\r
1365     new FeatureSettings(viewport, alignPanel);\r
1366   }\r
1367 \r
1368   /**\r
1369    * DOCUMENT ME!\r
1370    *\r
1371    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1372    */\r
1373   public void showSeqFeatures_actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1374   {\r
1375     viewport.setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures.isSelected());\r
1376     alignPanel.repaint();\r
1377     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1378     {\r
1379       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1380     }\r
1381   }\r
1382 \r
1383   /**\r
1384    * DOCUMENT ME!\r
1385    *\r
1386    * @param e DOCUMENT ME!\r
1387    */\r
1388   public void annotationPanelMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1389   {\r
1390     viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1391     alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1392   }\r
1393 \r
1394   /**\r
1395    * DOCUMENT ME!\r
1396    *\r
1397    * @param e DOCUMENT ME!\r
1398    */\r
1399   public void overviewMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1400   {\r
1401     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
1402     {\r
1403       return;\r
1404     }\r
1405 \r
1406     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1407     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
1408     frame.setContentPane(overview);\r
1409     Desktop.addInternalFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
1410                              frame.getWidth(), frame.getHeight());\r
1411     frame.pack();\r
1412     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1413     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
1414     {\r
1415       public void internalFrameClosed(\r
1416           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
1417       {\r
1418         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
1419       }\r
1420       ;\r
1421     });\r
1422 \r
1423     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
1424   }\r
1425 \r
1426   /**\r
1427    * DOCUMENT ME!\r
1428    *\r
1429    * @param e DOCUMENT ME!\r
1430    */\r
1431   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1432   {\r
1433     changeColour(null);\r
1434   }\r
1435 \r
1436   /**\r
1437    * DOCUMENT ME!\r
1438    *\r
1439    * @param e DOCUMENT ME!\r
1440    */\r
1441   public void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1442   {\r
1443     changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
1444         viewport.alignment.getSequences(), viewport.alignment.getWidth()));\r
1445   }\r
1446 \r
1447   /**\r
1448    * DOCUMENT ME!\r
1449    *\r
1450    * @param e DOCUMENT ME!\r
1451    */\r
1452   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1453   {\r
1454     changeColour(new ZappoColourScheme());\r
1455   }\r
1456 \r
1457   /**\r
1458    * DOCUMENT ME!\r
1459    *\r
1460    * @param e DOCUMENT ME!\r
1461    */\r
1462   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1463   {\r
1464     changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1465   }\r
1466 \r
1467   /**\r
1468    * DOCUMENT ME!\r
1469    *\r
1470    * @param e DOCUMENT ME!\r
1471    */\r
1472   public void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1473   {\r
1474     changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1475   }\r
1476 \r
1477   /**\r
1478    * DOCUMENT ME!\r
1479    *\r
1480    * @param e DOCUMENT ME!\r
1481    */\r
1482   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1483   {\r
1484     changeColour(new HelixColourScheme());\r
1485   }\r
1486 \r
1487   /**\r
1488    * DOCUMENT ME!\r
1489    *\r
1490    * @param e DOCUMENT ME!\r
1491    */\r
1492   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1493   {\r
1494     changeColour(new StrandColourScheme());\r
1495   }\r
1496 \r
1497   /**\r
1498    * DOCUMENT ME!\r
1499    *\r
1500    * @param e DOCUMENT ME!\r
1501    */\r
1502   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1503   {\r
1504     changeColour(new TurnColourScheme());\r
1505   }\r
1506 \r
1507   /**\r
1508    * DOCUMENT ME!\r
1509    *\r
1510    * @param e DOCUMENT ME!\r
1511    */\r
1512   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1513   {\r
1514     changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1515   }\r
1516 \r
1517   /**\r
1518    * DOCUMENT ME!\r
1519    *\r
1520    * @param e DOCUMENT ME!\r
1521    */\r
1522   public void nucleotideColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1523   {\r
1524     changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1525   }\r
1526 \r
1527   public void annotationColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1528   {\r
1529     new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1530   }\r
1531 \r
1532 \r
1533   /**\r
1534    * DOCUMENT ME!\r
1535    *\r
1536    * @param e DOCUMENT ME!\r
1537    */\r
1538   protected void applyToAllGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1539   {\r
1540     viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.isSelected());\r
1541   }\r
1542 \r
1543   /**\r
1544    * DOCUMENT ME!\r
1545    *\r
1546    * @param cs DOCUMENT ME!\r
1547    */\r
1548   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
1549   {\r
1550     int threshold = 0;\r
1551 \r
1552     if(cs!=null)\r
1553     {\r
1554       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
1555       {\r
1556         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
1557                                                    "Background");\r
1558 \r
1559         cs.setThreshold(threshold,\r
1560                         viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1561 \r
1562         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1563       }\r
1564       else\r
1565       {\r
1566         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1567       }\r
1568 \r
1569       if (viewport.getConservationSelected())\r
1570       {\r
1571 \r
1572         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1573         Conservation c = new Conservation("All",\r
1574                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1575                                           al.getSequences(), 0,\r
1576                                           al.getWidth() - 1);\r
1577 \r
1578         c.calculate();\r
1579         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1580 \r
1581         cs.setConservation(c);\r
1582 \r
1583         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, cs,\r
1584             "Background"));\r
1585       }\r
1586       else\r
1587       {\r
1588         cs.setConservation(null);\r
1589       }\r
1590 \r
1591       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1592     }\r
1593 \r
1594     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1595 \r
1596     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
1597     {\r
1598       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1599 \r
1600       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1601       {\r
1602         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1603 \r
1604         if (cs == null)\r
1605         {\r
1606           sg.cs = null;\r
1607           continue;\r
1608         }\r
1609 \r
1610         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1611         {\r
1612           sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1613         }\r
1614         else if (cs instanceof UserColourScheme)\r
1615         {\r
1616           sg.cs = new UserColourScheme( ( (UserColourScheme) cs).getColours());\r
1617         }\r
1618         else\r
1619         {\r
1620           try\r
1621           {\r
1622             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
1623           }\r
1624           catch (Exception ex)\r
1625           {\r
1626           }\r
1627         }\r
1628 \r
1629         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
1630             || cs instanceof PIDColourScheme\r
1631             || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
1632         {\r
1633          sg.cs.setThreshold(threshold,\r
1634                 viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1635 \r
1636           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
1637               sg.getWidth()));\r
1638         }\r
1639         else\r
1640           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1641 \r
1642 \r
1643         if (viewport.getConservationSelected())\r
1644         {\r
1645           Conservation c = new Conservation("Group",\r
1646                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
1647                                             sg.sequences, 0,\r
1648                                             viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1649           c.calculate();\r
1650           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1651           sg.cs.setConservation(c);\r
1652         }\r
1653         else\r
1654           sg.cs.setConservation(null);\r
1655       }\r
1656     }\r
1657 \r
1658     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1659     {\r
1660       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1661     }\r
1662 \r
1663     alignPanel.repaint();\r
1664   }\r
1665 \r
1666   /**\r
1667    * DOCUMENT ME!\r
1668    *\r
1669    * @param e DOCUMENT ME!\r
1670    */\r
1671   protected void modifyPID_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1672   {\r
1673     if (viewport.getAbovePIDThreshold() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1674     {\r
1675       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
1676                                      viewport.getGlobalColourScheme(),\r
1677                                      "Background");\r
1678       SliderPanel.showPIDSlider();\r
1679     }\r
1680   }\r
1681 \r
1682   /**\r
1683    * DOCUMENT ME!\r
1684    *\r
1685    * @param e DOCUMENT ME!\r
1686    */\r
1687   protected void modifyConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1688   {\r
1689     if (viewport.getConservationSelected() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1690     {\r
1691       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
1692                                         viewport.globalColourScheme,\r
1693                                         "Background");\r
1694       SliderPanel.showConservationSlider();\r
1695     }\r
1696   }\r
1697 \r
1698   /**\r
1699    * DOCUMENT ME!\r
1700    *\r
1701    * @param e DOCUMENT ME!\r
1702    */\r
1703   protected void conservationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1704   {\r
1705     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.isSelected());\r
1706 \r
1707     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
1708     abovePIDThreshold.setSelected(false);\r
1709 \r
1710     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1711 \r
1712     modifyConservation_actionPerformed(null);\r
1713   }\r
1714 \r
1715   /**\r
1716    * DOCUMENT ME!\r
1717    *\r
1718    * @param e DOCUMENT ME!\r
1719    */\r
1720   public void abovePIDThreshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1721   {\r
1722     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.isSelected());\r
1723 \r
1724     conservationMenuItem.setSelected(false);\r
1725     viewport.setConservationSelected(false);\r
1726 \r
1727     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1728 \r
1729     modifyPID_actionPerformed(null);\r
1730   }\r
1731 \r
1732   /**\r
1733    * DOCUMENT ME!\r
1734    *\r
1735    * @param e DOCUMENT ME!\r
1736    */\r
1737   public void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1738   {\r
1739     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))\r
1740     {\r
1741       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1742     }\r
1743     else\r
1744     {\r
1745       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.\r
1746           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
1747 \r
1748       changeColour(udc);\r
1749     }\r
1750   }\r
1751 \r
1752   public void updateUserColourMenu()\r
1753   {\r
1754 \r
1755     Component[] menuItems = colourMenu.getMenuComponents();\r
1756     int i, iSize = menuItems.length;\r
1757     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
1758     {\r
1759       if (menuItems[i].getName() != null &&\r
1760           menuItems[i].getName().equals("USER_DEFINED"))\r
1761       {\r
1762         colourMenu.remove(menuItems[i]);\r
1763         iSize--;\r
1764       }\r
1765     }\r
1766     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
1767     {\r
1768       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.\r
1769           getUserColourSchemes().keys();\r
1770 \r
1771       while (userColours.hasMoreElements())\r
1772       {\r
1773         final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(userColours.\r
1774             nextElement().toString());\r
1775         radioItem.setName("USER_DEFINED");\r
1776         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
1777             {\r
1778               public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
1779               {\r
1780                 if(evt.isControlDown() || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1781                 {\r
1782                   radioItem.removeActionListener(radioItem.getActionListeners()[0]);\r
1783 \r
1784                   int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(jalview.gui.Desktop.desktop,\r
1785                       "Remove from default list?",\r
1786                       "Remove user defined colour",\r
1787                       JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
1788                   if(option == JOptionPane.YES_OPTION)\r
1789                   {\r
1790                     jalview.gui.UserDefinedColours.removeColourFromDefaults(radioItem.getText());\r
1791                     colourMenu.remove(radioItem);\r
1792                   }\r
1793                   else\r
1794                     radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1795                     {\r
1796                       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1797                       {\r
1798                         userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1799                       }\r
1800                     });\r
1801                 }\r
1802               }\r
1803             });\r
1804         radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1805         {\r
1806           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1807           {\r
1808             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1809           }\r
1810         });\r
1811 \r
1812         colourMenu.insert(radioItem, 15);\r
1813         colours.add(radioItem);\r
1814       }\r
1815     }\r
1816   }\r
1817 \r
1818   /**\r
1819    * DOCUMENT ME!\r
1820    *\r
1821    * @param e DOCUMENT ME!\r
1822    */\r
1823   public void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1824   {\r
1825     changeColour(new PIDColourScheme());\r
1826   }\r
1827 \r
1828   /**\r
1829    * DOCUMENT ME!\r
1830    *\r
1831    * @param e DOCUMENT ME!\r
1832    */\r
1833   public void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1834   {\r
1835     changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1836   }\r
1837 \r
1838   /**\r
1839    * DOCUMENT ME!\r
1840    *\r
1841    * @param e DOCUMENT ME!\r
1842    */\r
1843   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1844   {\r
1845     addHistoryItem(new HistoryItem("Pairwise Sort", viewport.alignment,\r
1846                                    HistoryItem.SORT));\r
1847     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(),\r
1848                               viewport.getAlignment().getSequenceAt(0));\r
1849     alignPanel.repaint();\r
1850   }\r
1851 \r
1852   /**\r
1853    * DOCUMENT ME!\r
1854    *\r
1855    * @param e DOCUMENT ME!\r
1856    */\r
1857   public void sortIDMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1858   {\r
1859     addHistoryItem(new HistoryItem("ID Sort", viewport.alignment,\r
1860                                    HistoryItem.SORT));\r
1861     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
1862     alignPanel.repaint();\r
1863   }\r
1864 \r
1865   /**\r
1866    * DOCUMENT ME!\r
1867    *\r
1868    * @param e DOCUMENT ME!\r
1869    */\r
1870   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1871   {\r
1872     addHistoryItem(new HistoryItem("Group Sort", viewport.alignment,\r
1873                                    HistoryItem.SORT));\r
1874 \r
1875     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
1876     alignPanel.repaint();\r
1877   }\r
1878 \r
1879   /**\r
1880    * DOCUMENT ME!\r
1881    *\r
1882    * @param e DOCUMENT ME!\r
1883    */\r
1884   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1885   {\r
1886     RedundancyPanel sp = new RedundancyPanel(alignPanel, this);\r
1887     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1888     frame.setContentPane(sp);\r
1889     Desktop.addInternalFrame(frame, "Redundancy threshold selection", 400,\r
1890                              100, false);\r
1891   }\r
1892 \r
1893   /**\r
1894    * DOCUMENT ME!\r
1895    *\r
1896    * @param e DOCUMENT ME!\r
1897    */\r
1898   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1899   {\r
1900     if ( (viewport.getSelectionGroup() == null) ||\r
1901         (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 2))\r
1902     {\r
1903       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1904                                             "You must select at least 2 sequences.",\r
1905                                             "Invalid Selection",\r
1906                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1907     }\r
1908     else\r
1909     {\r
1910       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1911       frame.setContentPane(new PairwiseAlignPanel(viewport));\r
1912       Desktop.addInternalFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600, 500);\r
1913     }\r
1914   }\r
1915 \r
1916   /**\r
1917    * DOCUMENT ME!\r
1918    *\r
1919    * @param e DOCUMENT ME!\r
1920    */\r
1921   public void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1922   {\r
1923     if ( ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1924           (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4) &&\r
1925           (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)) ||\r
1926         (viewport.getAlignment().getHeight() < 4))\r
1927     {\r
1928       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1929                                             "Principal component analysis must take\n" +\r
1930                                             "at least 4 input sequences.",\r
1931                                             "Sequence selection insufficient",\r
1932                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1933 \r
1934       return;\r
1935     }\r
1936 \r
1937      new PCAPanel(viewport);\r
1938   }\r
1939 \r
1940   /**\r
1941    * DOCUMENT ME!\r
1942    *\r
1943    * @param e DOCUMENT ME!\r
1944    */\r
1945   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1946   {\r
1947     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
1948   }\r
1949 \r
1950   /**\r
1951    * DOCUMENT ME!\r
1952    *\r
1953    * @param e DOCUMENT ME!\r
1954    */\r
1955   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1956   {\r
1957     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
1958   }\r
1959 \r
1960   /**\r
1961    * DOCUMENT ME!\r
1962    *\r
1963    * @param e DOCUMENT ME!\r
1964    */\r
1965   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1966   {\r
1967     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
1968   }\r
1969 \r
1970   /**\r
1971    * DOCUMENT ME!\r
1972    *\r
1973    * @param e DOCUMENT ME!\r
1974    */\r
1975   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1976   {\r
1977     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
1978   }\r
1979 \r
1980   /**\r
1981    * DOCUMENT ME!\r
1982    *\r
1983    * @param type DOCUMENT ME!\r
1984    * @param pwType DOCUMENT ME!\r
1985    * @param title DOCUMENT ME!\r
1986    */\r
1987   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
1988   {\r
1989     final TreePanel tp;\r
1990 \r
1991     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1992         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
1993     {\r
1994       int s = 0;\r
1995       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1996 \r
1997       /* Decide if the selection is a column region */\r
1998       while (s < sg.sequences.size())\r
1999       {\r
2000         if ( ( (SequenceI) sg.sequences.elementAt(s++)).getLength() <\r
2001             sg.getEndRes())\r
2002         {\r
2003           JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
2004                                         "The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\n" +\r
2005                                         "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
2006                                         "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
2007                                         "Sequences in selection are not aligned",\r
2008                                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2009 \r
2010           return;\r
2011         }\r
2012       }\r
2013 \r
2014       title = title + " on region";\r
2015       tp = new TreePanel(viewport,\r
2016                          viewport.getSelectionGroup().sequences, type, pwType,\r
2017                          sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
2018     }\r
2019     else\r
2020     {\r
2021       //are the sequences aligned?\r
2022       if (!viewport.alignment.isAligned())\r
2023       {\r
2024         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
2025                                       "The sequences must be aligned before creating a tree.\n" +\r
2026                                       "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
2027                                       "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
2028                                       "Sequences not aligned",\r
2029                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2030 \r
2031         return;\r
2032       }\r
2033 \r
2034       tp = new TreePanel(viewport,\r
2035                          viewport.getAlignment().getSequences(), type, pwType,\r
2036                          0,\r
2037                          viewport.alignment.getWidth());\r
2038     }\r
2039 \r
2040     addTreeMenuItem(tp, title);\r
2041     viewport.setCurrentTree(tp.getTree());\r
2042 \r
2043     Desktop.addInternalFrame(tp, title + " from " + this.title, 600, 500);\r
2044   }\r
2045 \r
2046   /**\r
2047    * DOCUMENT ME!\r
2048    *\r
2049    * @param title DOCUMENT ME!\r
2050    * @param order DOCUMENT ME!\r
2051    */\r
2052   public void addSortByOrderMenuItem(String title, final AlignmentOrder order)\r
2053   {\r
2054     final JMenuItem item = new JMenuItem("by " + title);\r
2055     sort.add(item);\r
2056     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2057     {\r
2058       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2059       {\r
2060         addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2061                                        HistoryItem.SORT));\r
2062 \r
2063         // TODO: JBPNote - have to map order entries to curent SequenceI pointers\r
2064         AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), order);\r
2065         alignPanel.repaint();\r
2066       }\r
2067     });\r
2068   }\r
2069 \r
2070   /**\r
2071    * Maintain the Order by->Displayed Tree menu.\r
2072    * Creates a new menu item for a TreePanel with an appropriate\r
2073    * <code>jalview.analysis.AlignmentSorter</code> call. Listeners are added\r
2074    * to remove the menu item when the treePanel is closed, and adjust\r
2075    * the tree leaf to sequence mapping when the alignment is modified.\r
2076    * @param treePanel Displayed tree window.\r
2077    * @param title SortBy menu item title.\r
2078    */\r
2079   void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel, String title)\r
2080   {\r
2081     final JMenuItem item = new JMenuItem(title);\r
2082 \r
2083     treeCount++;\r
2084 \r
2085     if (treeCount == 1)\r
2086     {\r
2087       sort.add(sortByTreeMenu);\r
2088     }\r
2089 \r
2090     sortByTreeMenu.add(item);\r
2091     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2092     {\r
2093       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2094       {\r
2095         addHistoryItem(new HistoryItem("Tree Sort",\r
2096                                        viewport.alignment, HistoryItem.SORT));\r
2097         AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(),\r
2098                                    treePanel.getTree());\r
2099         alignPanel.repaint();\r
2100       }\r
2101     });\r
2102 \r
2103     treePanel.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
2104                                        InternalFrameAdapter()\r
2105     {\r
2106       public void internalFrameClosed(\r
2107           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
2108       {\r
2109         treeCount--;\r
2110         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2111 \r
2112         if (treeCount == 0)\r
2113         {\r
2114           sort.remove(sortByTreeMenu);\r
2115         }\r
2116       }\r
2117       ;\r
2118     });\r
2119   }\r
2120 \r
2121   /**\r
2122    * Work out whether the whole set of sequences\r
2123    * or just the selected set will be submitted for multiple alignment.\r
2124    *\r
2125    */\r
2126   private SequenceI[] gatherSequencesForAlignment()\r
2127   {\r
2128     // Now, check we have enough sequences\r
2129     SequenceI[] msa = null;\r
2130 \r
2131     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2132         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1))\r
2133     {\r
2134       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2135       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2136       int sz;\r
2137       msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2138 \r
2139       for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2140       {\r
2141         msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2142       }\r
2143     }\r
2144     else\r
2145     {\r
2146       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2147 \r
2148       if (seqs.size() > 1)\r
2149       {\r
2150         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2151 \r
2152         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2153         {\r
2154           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2155         }\r
2156       }\r
2157     }\r
2158     return msa;\r
2159   }\r
2160 \r
2161   /**\r
2162    * Decides what is submitted to a secondary structure prediction service,\r
2163    * the currently selected sequence, or the currently selected alignment\r
2164    * (where the first sequence in the set is the one that the prediction\r
2165    * will be for).\r
2166    */\r
2167   SequenceI[] gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction()\r
2168   {\r
2169     SequenceI seq = null;\r
2170     SequenceI[] msa = null;\r
2171 \r
2172     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2173         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0))\r
2174     {\r
2175       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2176       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2177 \r
2178       if ( (seqs.getSize() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2179       {\r
2180         seq = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(0);\r
2181       }\r
2182       else\r
2183       {\r
2184         int sz;\r
2185         msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2186 \r
2187         for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2188         {\r
2189           msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2190         }\r
2191       }\r
2192     }\r
2193     else\r
2194     {\r
2195       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2196 \r
2197       if ( (seqs.size() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2198       {\r
2199         seq = (SequenceI) seqs.elementAt(0);\r
2200       }\r
2201       else\r
2202       {\r
2203         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2204 \r
2205         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2206         {\r
2207           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2208         }\r
2209       }\r
2210     }\r
2211     if (msa != null)\r
2212     {\r
2213       return msa;\r
2214     }\r
2215     else\r
2216     {\r
2217       if (seq != null)\r
2218       {\r
2219         return new SequenceI[]\r
2220             {\r
2221             seq};\r
2222       }\r
2223     }\r
2224     return null;\r
2225   }\r
2226   /**\r
2227    * DOCUMENT ME!\r
2228    *\r
2229    * @param e DOCUMENT ME!\r
2230    */\r
2231   protected void LoadtreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2232   {\r
2233     // Pick the tree file\r
2234     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
2235         getProperty(\r
2236             "LAST_DIRECTORY"));\r
2237     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
2238     chooser.setDialogTitle("Select a newick-like tree file");\r
2239     chooser.setToolTipText("Load a tree file");\r
2240 \r
2241     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
2242 \r
2243     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
2244     {\r
2245       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
2246       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
2247 \r
2248       try\r
2249       {\r
2250         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(choice,\r
2251             "File");\r
2252         viewport.setCurrentTree(ShowNewickTree(fin, choice).getTree());\r
2253       }\r
2254       catch (Exception ex)\r
2255       {\r
2256         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
2257                                       "Problem reading tree file",\r
2258                                       ex.getMessage(),\r
2259                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2260         ex.printStackTrace();\r
2261       }\r
2262     }\r
2263   }\r
2264 \r
2265 \r
2266   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title)\r
2267   {\r
2268     return ShowNewickTree(nf,title,600,500,4,5);\r
2269   }\r
2270   /**\r
2271    * DOCUMENT ME!\r
2272    *\r
2273    * @param nf DOCUMENT ME!\r
2274    * @param title DOCUMENT ME!\r
2275    *\r
2276    * @return DOCUMENT ME!\r
2277    */\r
2278   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title, int w,int h,int x, int y)\r
2279   {\r
2280     TreePanel tp = null;\r
2281 \r
2282     try\r
2283     {\r
2284       nf.parse();\r
2285 \r
2286       if (nf.getTree() != null)\r
2287       {\r
2288         tp = new TreePanel(viewport,\r
2289                            viewport.getAlignment().getSequences(), nf,\r
2290                            "FromFile",\r
2291                            title);\r
2292 \r
2293         tp.setSize(w,h);\r
2294 \r
2295         if(x>0 && y>0)\r
2296           tp.setLocation(x,y);\r
2297 \r
2298 \r
2299         Desktop.addInternalFrame(tp, title, w, h);\r
2300         addTreeMenuItem(tp, title);\r
2301       }\r
2302     }\r
2303     catch (Exception ex)\r
2304     {\r
2305       ex.printStackTrace();\r
2306     }\r
2307 \r
2308     return tp;\r
2309   }\r
2310 \r
2311   class PrintThread\r
2312       extends Thread\r
2313   {\r
2314     public void run()\r
2315     {\r
2316       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
2317       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
2318       printJob.setPrintable(alignPanel, pf);\r
2319 \r
2320       if (printJob.printDialog())\r
2321       {\r
2322         try\r
2323         {\r
2324           printJob.print();\r
2325         }\r
2326         catch (Exception PrintException)\r
2327         {\r
2328           PrintException.printStackTrace();\r
2329         }\r
2330       }\r
2331     }\r
2332   }\r
2333 \r
2334   /**\r
2335    * Generates menu items and listener event actions for web service clients\r
2336    *\r
2337    */\r
2338   public void BuildWebServiceMenu()\r
2339   {\r
2340     if ( (Discoverer.services != null)\r
2341         && (Discoverer.services.size() > 0))\r
2342     {\r
2343       Vector msaws = (Vector) Discoverer.services.get("MsaWS");\r
2344       Vector secstrpr = (Vector) Discoverer.services.get("SecStrPred");\r
2345       Vector wsmenu = new Vector();\r
2346       if (msaws != null)\r
2347       {\r
2348         // Add any Multiple Sequence Alignment Services\r
2349         final JMenu msawsmenu = new JMenu("Alignment");\r
2350         for (int i = 0, j = msaws.size(); i < j; i++)\r
2351         {\r
2352           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle) msaws.\r
2353               get(i);\r
2354           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2355           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2356           {\r
2357             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2358             {\r
2359               SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2360               new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2361                   false, true, viewport.getAlignment().getDataset());\r
2362 \r
2363             }\r
2364 \r
2365           });\r
2366           msawsmenu.add(method);\r
2367           // Deal with services that we know accept partial alignments.\r
2368           if (sh.getName().indexOf("lustal") > -1)\r
2369           {\r
2370             // We know that ClustalWS can accept partial alignments for refinement.\r
2371             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(sh.getName()+" Realign");\r
2372             methodR.addActionListener(new ActionListener()\r
2373             {\r
2374               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2375               {\r
2376                 SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2377                 new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2378                     true, true, viewport.getAlignment().getDataset());\r
2379 \r
2380               }\r
2381 \r
2382             });\r
2383             msawsmenu.add(methodR);\r
2384 \r
2385           }\r
2386         }\r
2387         wsmenu.add(msawsmenu);\r
2388       }\r
2389       if (secstrpr != null)\r
2390       {\r
2391         // Add any secondary structure prediction services\r
2392         final JMenu secstrmenu = new JMenu("Secondary Structure Prediction");\r
2393         for (int i = 0, j = secstrpr.size(); i < j; i++)\r
2394         {\r
2395           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle)\r
2396               secstrpr.get(i);\r
2397           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2398           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2399           {\r
2400             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2401             {\r
2402               SequenceI[] msa = gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();\r
2403               if (msa.length == 1)\r
2404               {\r
2405                 // Single Sequence prediction\r
2406                 new jalview.ws.JPredClient(sh,title, msa[0]);\r
2407               }\r
2408               else\r
2409               {\r
2410                 if (msa.length > 1)\r
2411                 {\r
2412                   // Single Sequence prediction\r
2413                   jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2414                       title, msa);\r
2415                 }\r
2416               }\r
2417             }\r
2418           });\r
2419           secstrmenu.add(method);\r
2420         }\r
2421         wsmenu.add(secstrmenu);\r
2422       }\r
2423       this.webService.removeAll();\r
2424       for (int i = 0, j = wsmenu.size(); i < j; i++)\r
2425       {\r
2426         webService.add( (JMenu) wsmenu.get(i));\r
2427       }\r
2428     }\r
2429     else\r
2430     {\r
2431       this.webService.removeAll();\r
2432       this.webService.add(this.webServiceNoServices);\r
2433     }\r
2434     // TODO: add in rediscovery function\r
2435     // TODO: reduce code redundancy.\r
2436     // TODO: group services by location as well as function.\r
2437   }\r
2438 \r
2439  /* public void vamsasStore_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2440   {\r
2441     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
2442         getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
2443 \r
2444     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
2445     chooser.setDialogTitle("Export to Vamsas file");\r
2446     chooser.setToolTipText("Export");\r
2447 \r
2448     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
2449 \r
2450     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
2451     {\r
2452       jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(viewport);\r
2453       //vs.store(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()   );\r
2454       vs.storeJalview( chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath(), this);\r
2455     }\r
2456   }*/\r
2457 \r
2458 \r
2459 \r
2460 \r
2461 \r
2462 public void showTranslation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2463 {\r
2464   int s, sSize = viewport.alignment.getHeight();\r
2465   SequenceI [] newSeq = new SequenceI[sSize];\r
2466 \r
2467   int res, resSize;\r
2468   StringBuffer protein;\r
2469   String seq;\r
2470   for(s=0; s<sSize; s++)\r
2471   {\r
2472     protein = new StringBuffer();\r
2473     seq = AlignSeq.extractGaps("-. ", viewport.alignment.getSequenceAt(s).getSequence());\r
2474     resSize = seq.length();\r
2475     resSize -= resSize%3;\r
2476 \r
2477     for(res = 0; res < resSize; res+=3)\r
2478     {\r
2479       String codon = seq.substring(res, res+3);\r
2480       codon = codon.replace('U', 'T');\r
2481       String aa = ResidueProperties.codonTranslate(codon);\r
2482       if(aa==null)\r
2483         protein.append(viewport.getGapCharacter());\r
2484       else if(aa.equals("STOP"))\r
2485         protein.append("X");\r
2486       else\r
2487         protein.append( aa );\r
2488     }\r
2489     newSeq[s] = new Sequence(viewport.alignment.getSequenceAt(s).getName(), protein.toString());\r
2490   }\r
2491 \r
2492 \r
2493   AlignmentI al = new Alignment(newSeq);\r
2494   al.setDataset(null);\r
2495 \r
2496 \r
2497   ////////////////////////////////\r
2498   // Copy annotations across\r
2499   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation[] annotations\r
2500       = viewport.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
2501   int a, aSize;\r
2502   for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
2503   {\r
2504 \r
2505     if (annotations[i].label.equals("Quality") ||\r
2506         annotations[i].label.equals("Conservation") ||\r
2507         annotations[i].label.equals("Consensus"))\r
2508     {\r
2509       continue;\r
2510     }\r
2511 \r
2512 \r
2513     aSize = viewport.alignment.getWidth()/3;\r
2514     jalview.datamodel.Annotation [] anots =\r
2515         new jalview.datamodel.Annotation[aSize];\r
2516 \r
2517     for(a=0; a<viewport.alignment.getWidth(); a++)\r
2518     {\r
2519      if( annotations[i].annotations[a]==null\r
2520       || annotations[i].annotations[a]==null)\r
2521        continue;\r
2522 \r
2523       anots[a/3] = new Annotation(\r
2524      annotations[i].annotations[a].displayCharacter,\r
2525      annotations[i].annotations[a].description,\r
2526      annotations[i].annotations[a].secondaryStructure,\r
2527      annotations[i].annotations[a].value,\r
2528      annotations[i].annotations[a].colour);\r
2529     }\r
2530 \r
2531     jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa\r
2532           = new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation(annotations[i].label,\r
2533        annotations[i].description, anots );\r
2534      al.addAnnotation(aa);\r
2535   }\r
2536 \r
2537 \r
2538     AlignFrame af = new AlignFrame(al);\r
2539     Desktop.addInternalFrame(af, "Translation of "+this.getTitle(),\r
2540                              NEW_WINDOW_WIDTH,\r
2541                              NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
2542 \r
2543 \r
2544    // AlignViewport newViewport = new AlignViewport(al);\r
2545    // AlignmentPanel ap = new AlignmentPanel(this, newViewport);\r
2546    // tabbedPane.add("Protein", ap);\r
2547    // viewports.add(newViewport);\r
2548   //  alignPanels.add(ap);\r
2549 \r
2550     ///Dataset tab\r
2551   /////////////////////////\r
2552 \r
2553   //  AlignViewport ds = new AlignViewport(al.getDataset());\r
2554   //  ds.setDataset(true);\r
2555   //  AlignmentPanel dap = new AlignmentPanel(this, ds);\r
2556   //  tabbedPane.add("Dataset", dap);\r
2557   //  viewports.add(ds);\r
2558   //  alignPanels.add(dap);\r
2559   /////////////////////////\r
2560 \r
2561 \r
2562 }\r
2563 \r
2564 /*public void tabSelected()\r
2565  {\r
2566   int index = tabbedPane.getSelectedIndex();\r
2567   viewport = (AlignViewport)viewports.elementAt(index);\r
2568   alignPanel = (AlignmentPanel)alignPanels.elementAt(index);\r
2569  }*/\r
2570 \r
2571 /**\r
2572  * DOCUMENT ME!\r
2573  *\r
2574  * @param String DOCUMENT ME!\r
2575  */\r
2576 public boolean parseGroupsFile(String file)\r
2577 {\r
2578     try\r
2579     {\r
2580       BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
2581       SequenceI seq = null;\r
2582       String line, type, desc, token;\r
2583 \r
2584       int index, start, end;\r
2585       StringTokenizer st;\r
2586       SequenceFeature sf;\r
2587       int lineNo = 0;\r
2588       String featureGroup = null;\r
2589       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
2590       {\r
2591         lineNo++;\r
2592         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
2593         if (st.countTokens() == 2)\r
2594         {\r
2595           type = st.nextToken();\r
2596           if (type.equalsIgnoreCase("startgroup"))\r
2597           {\r
2598             featureGroup = st.nextToken();\r
2599           }\r
2600           else if (type.equalsIgnoreCase("endgroup"))\r
2601           {\r
2602             //We should check whether this is the current group,\r
2603             //but at present theres no way of showing more than 1 group\r
2604             st.nextToken();\r
2605             featureGroup = null;\r
2606           }\r
2607           else\r
2608           {\r
2609             UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
2610             alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().setColour(type,\r
2611                 ucs.findColour("A"));\r
2612           }\r
2613           continue;\r
2614         }\r
2615 \r
2616         while (st.hasMoreElements())\r
2617         {\r
2618           desc = st.nextToken();\r
2619           token = st.nextToken();\r
2620           if (!token.equals("ID_NOT_SPECIFIED"))\r
2621           {\r
2622             index = viewport.alignment.findIndex(viewport.alignment.findName(token));\r
2623             st.nextToken();\r
2624           }\r
2625           else\r
2626           {\r
2627             index = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
2628           }\r
2629 \r
2630           start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
2631           end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
2632 \r
2633           seq = viewport.alignment.getSequenceAt(index);\r
2634 \r
2635           type = st.nextToken();\r
2636 \r
2637           if (alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().getColour(type) == null)\r
2638           {\r
2639             // Probably the old style groups file\r
2640             UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(type);\r
2641             alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().setColour(type, ucs.findColour("A"));\r
2642           }\r
2643 \r
2644           sf = new SequenceFeature(type, desc, "", start, end);\r
2645           sf.setFeatureGroup(featureGroup);\r
2646 \r
2647           seq.getDatasetSequence().addSequenceFeature(sf);\r
2648         }\r
2649       }\r
2650     }\r
2651     catch (Exception ex)\r
2652     {\r
2653       ex.printStackTrace();\r
2654       System.out.println("Error parsing groups file: " + ex);\r
2655       return false;\r
2656     }\r
2657 \r
2658     viewport.showSequenceFeatures = true;\r
2659     showSeqFeatures.setSelected(true);\r
2660     alignPanel.repaint();\r
2661     return true;\r
2662 }\r
2663 \r
2664 public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
2665 {}\r
2666 \r
2667 public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
2668 {}\r
2669 \r
2670 public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
2671 {}\r
2672 \r
2673 public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
2674 {}\r
2675 \r
2676 public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
2677 {\r
2678     Transferable t = evt.getTransferable();\r
2679     java.util.List files = null;\r
2680 \r
2681     try\r
2682     {\r
2683       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");\r
2684       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
2685       {\r
2686         //Works on Windows and MacOSX\r
2687         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
2688         files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);\r
2689       }\r
2690       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))\r
2691       {\r
2692         // This is used by Unix drag system\r
2693         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
2694         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);\r
2695         files = new java.util.ArrayList(1);\r
2696         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(\r
2697             data,\r
2698             "\r\n");\r
2699              st.hasMoreTokens(); )\r
2700         {\r
2701           String s = st.nextToken();\r
2702           if (s.startsWith("#"))\r
2703           {\r
2704             // the line is a comment (as per the RFC 2483)\r
2705             continue;\r
2706           }\r
2707 \r
2708           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);\r
2709           java.io.File file = new java.io.File(uri);\r
2710           files.add(file);\r
2711         }\r
2712       }\r
2713     }\r
2714     catch (Exception e)\r
2715     {\r
2716       e.printStackTrace();\r
2717     }\r
2718 \r
2719     if (files != null)\r
2720     {\r
2721       try\r
2722       {\r
2723         boolean isAnnotation = false;\r
2724 \r
2725         for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
2726         {\r
2727           String file = files.get(i).toString();\r
2728 \r
2729           isAnnotation = new AnnotationReader().readAnnotationFile(viewport.alignment, file);\r
2730 \r
2731           if( !isAnnotation )\r
2732           {\r
2733             boolean isGroupsFile = parseGroupsFile(file);\r
2734             if (!isGroupsFile)\r
2735             {\r
2736               String protocol = "File";\r
2737               String format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
2738               SequenceI[] sequences = new FormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
2739 \r
2740               FastaFile ff = new FastaFile();\r
2741               Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
2742               c.setContents(new StringSelection(ff.print(sequences)), this);\r
2743 \r
2744               this.paste(false);\r
2745 \r
2746             }\r
2747           }\r
2748         }\r
2749 \r
2750         if(isAnnotation)\r
2751         {\r
2752           int height = alignPanel.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
2753           alignPanel.annotationScroller.setPreferredSize(\r
2754               new Dimension(alignPanel.annotationScroller.getWidth(),\r
2755                             height));\r
2756 \r
2757           alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
2758               alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
2759               height));\r
2760 \r
2761           alignPanel.addNotify();\r
2762         }\r
2763       }\r
2764       catch (Exception ex)\r
2765       {\r
2766         ex.printStackTrace();\r
2767       }\r
2768     }\r
2769 }\r
2770 \r
2771 }\r