src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 /*
  19  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
  20  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  21  *
  22  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  23  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  24  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  25  * of the License, or (at your option) any later version.
  26  *
  27  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  28  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  29  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  30  * GNU General Public License for more details.
  31  *
  32  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  33  * along with this program; if not, write to the Free Software
  34  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  35  */
  36 package jalview.gui;
  37
  38 import java.util.*;
  39
  40 import java.awt.*;
  41
  42 import jalview.analysis.*;
  43 import jalview.api.StructureSelectionManagerProvider;
  44
  45 import jalview.bin.*;
  46
  47 import jalview.datamodel.*;
  48
  49 import jalview.schemes.*;
  50 import jalview.structure.SelectionSource;
  51 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  52 import jalview.structure.VamsasSource;
  53
  54 /**
  55  * DOCUMENT ME!
  56  *
  57  * @author $author$
  58  * @version $Revision: 1.141 $
  59  */
  60 public class AlignViewport implements SelectionSource, VamsasSource
  61 {
  62   private static final int RIGHT_JUSTIFY = 1;
  63
  64   int startRes;
  65
  66   int endRes;
  67
  68   int startSeq;
  69
  70   int endSeq;
  71
  72   boolean showJVSuffix = true;
  73
  74   boolean showText = true;
  75
  76   boolean showColourText = false;
  77
  78   boolean showBoxes = true;
  79
  80   boolean wrapAlignment = false;
  81
  82   boolean renderGaps = true;
  83
  84   boolean showSequenceFeatures = false;
  85
  86   boolean showAnnotation = true;
  87
  88   boolean colourAppliesToAllGroups = true;
  89
  90   ColourSchemeI globalColourScheme = null;
  91
  92   boolean conservationColourSelected = false;
  93
  94   boolean abovePIDThreshold = false;
  95
  96   SequenceGroup selectionGroup;
  97
  98   int charHeight;
  99
 100   int charWidth;
 101
 102   boolean validCharWidth;
 103
 104   int wrappedWidth;
 105
 106   Font font;
 107
 108   boolean seqNameItalics;
 109
 110   AlignmentI alignment;
 111
 112   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();
 113
 114   int threshold;
 115
 116   int increment;
 117
 118   NJTree currentTree = null;
 119
 120   boolean scaleAboveWrapped = false;
 121
 122   boolean scaleLeftWrapped = true;
 123
 124   boolean scaleRightWrapped = true;
 125
 126   boolean hasHiddenColumns = false;
 127
 128   boolean hasHiddenRows = false;
 129
 130   boolean showHiddenMarkers = true;
 131
 132   boolean cursorMode = false;
 133
 134   /**
 135    * Keys are the feature types which are currently visible. Note: Values are
 136    * not used!
 137    */
 138   Hashtable featuresDisplayed = null;
 139
 140   /** DOCUMENT ME!! */
 141   public Hashtable[] hconsensus;
 142
 143   AlignmentAnnotation consensus;
 144
 145   AlignmentAnnotation conservation;
 146
 147   AlignmentAnnotation quality;
 148
 149   AlignmentAnnotation[] groupConsensus;
 150
 151   AlignmentAnnotation[] groupConservation;
 152
 153   boolean autoCalculateConsensus = true;
 154
 155   /** DOCUMENT ME!! */
 156   public int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!
 157
 158   // JBPNote Prolly only need this in the applet version.
 159   private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(
 160           this);
 161
 162   boolean ignoreGapsInConsensusCalculation = false;
 163
 164   boolean isDataset = false;
 165
 166   boolean antiAlias = false;
 167
 168   boolean padGaps = false;
 169
 170   Rectangle explodedPosition;
 171
 172   String viewName;
 173
 174   String sequenceSetID;
 175
 176   boolean gatherViewsHere = false;
 177
 178   Stack historyList = new Stack();
 179
 180   Stack redoList = new Stack();
 181
 182   Hashtable sequenceColours;
 183
 184   int thresholdTextColour = 0;
 185
 186   Color textColour = Color.black;
 187
 188   Color textColour2 = Color.white;
 189
 190   boolean rightAlignIds = false;
 191
 192   Hashtable hiddenRepSequences;
 193
 194   boolean sortByTree;
 195
 196   /**
 197    * Creates a new AlignViewport object.
 198    *
 199    * @param al
 200    *          alignment to view
 201    */
 202   public AlignViewport(AlignmentI al)
 203   {
 204     setAlignment(al);
 205     init();
 206   }
 207
 208   /**
 209    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 210    *
 211    * @param al
 212    * @param seqsetid
 213    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 214    */
 215   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 216   {
 217     this(al, seqsetid, null);
 218   }
 219
 220   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 221   {
 222     sequenceSetID = seqsetid;
 223     viewId = viewid;
 224     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 225     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 226     {
 227       Cache.log.debug("Setting viewport's sequence set id : "
 228               + sequenceSetID);
 229     }
 230     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 231     {
 232       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 233     }
 234     setAlignment(al);
 235     init();
 236   }
 237
 238   /**
 239    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 240    *
 241    * @param al
 242    *          AlignmentI
 243    * @param hiddenColumns
 244    *          ColumnSelection
 245    */
 246   public AlignViewport(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns)
 247   {
 248     setAlignment(al);
 249     if (hiddenColumns != null)
 250     {
 251       this.colSel = hiddenColumns;
 252       if (hiddenColumns.getHiddenColumns() != null
 253               && hiddenColumns.getHiddenColumns().size() > 0)
 254       {
 255         hasHiddenColumns = true;
 256       }
 257       else
 258       {
 259         hasHiddenColumns = false;
 260       }
 261     }
 262     init();
 263   }
 264
 265   /**
 266    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 267    *
 268    * @param al
 269    * @param hiddenColumns
 270    * @param seqsetid
 271    *          (may be null)
 272    */
 273   public AlignViewport(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,
 274           String seqsetid)
 275   {
 276     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 277   }
 278
 279   /**
 280    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 281    *
 282    * @param al
 283    * @param hiddenColumns
 284    * @param seqsetid
 285    *          (may be null)
 286    * @param viewid
 287    *          (may be null)
 288    */
 289   public AlignViewport(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,
 290           String seqsetid, String viewid)
 291   {
 292     sequenceSetID = seqsetid;
 293     viewId = viewid;
 294     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 295     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 296     {
 297       Cache.log.debug("Setting viewport's sequence set id : "
 298               + sequenceSetID);
 299     }
 300     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 301     {
 302       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 303     }
 304     setAlignment(al);
 305     if (hiddenColumns != null)
 306     {
 307       this.colSel = hiddenColumns;
 308       if (hiddenColumns.getHiddenColumns() != null
 309               && hiddenColumns.getHiddenColumns().size() > 0)
 310       {
 311         hasHiddenColumns = true;
 312       }
 313       else
 314       {
 315         hasHiddenColumns = false;
 316       }
 317     }
 318     init();
 319   }
 320
 321   void init()
 322   {
 323     this.startRes = 0;
 324     this.endRes = alignment.getWidth() - 1;
 325     this.startSeq = 0;
 326     this.endSeq = alignment.getHeight() - 1;
 327
 328     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);
 329
 330     showJVSuffix = Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true);
 331     showAnnotation = Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true);
 332
 333     rightAlignIds = Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false);
 334     centreColumnLabels = Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false);
 335     autoCalculateConsensus = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 336
 337     padGaps = Cache.getDefault("PAD_GAPS", true);
 338     shownpfeats = Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true);
 339     showdbrefs = Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true);
 340
 341     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 342     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 343     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 344
 345     seqNameItalics = Cache.getDefault("ID_ITALICS", true);
 346
 347     int style = 0;
 348
 349     if (fontStyle.equals("bold"))
 350     {
 351       style = 1;
 352     }
 353     else if (fontStyle.equals("italic"))
 354     {
 355       style = 2;
 356     }
 357
 358     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)));
 359
 360     alignment
 361             .setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 362
 363     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 364     // as Blosum and Clustal require this to be done
 365     if (hconsensus == null && !isDataset)
 366     {
 367       if (!alignment.isNucleotide())
 368       {
 369         conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",
 370                 "Conservation of total alignment less than " + ConsPercGaps
 371                         + "% gaps", new Annotation[1], 0f, 11f,
 372                 AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
 373         conservation.hasText = true;
 374         conservation.autoCalculated = true;
 375
 376         if (Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true))
 377         {
 378           alignment.addAnnotation(conservation);
 379         }
 380
 381         if (Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true))
 382         {
 383           quality = new AlignmentAnnotation("Quality",
 384                   "Alignment Quality based on Blosum62 scores",
 385                   new Annotation[1], 0f, 11f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
 386           quality.hasText = true;
 387           quality.autoCalculated = true;
 388
 389           alignment.addAnnotation(quality);
 390         }
 391         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 392                 false);
 393
 394         {
 395
 396         }
 397       }
 398       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 399               true);
 400       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 401       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 402       // TODO: add menu option action that nulls or creates consensus object
 403       // depending on if the user wants to see the annotation or not in a
 404       // specific alignment
 405       consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus", "PID",
 406               new Annotation[1], 0f, 100f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
 407       consensus.hasText = true;
 408       consensus.autoCalculated = true;
 409
 410       if (Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true))
 411       {
 412         alignment.addAnnotation(consensus);
 413       }
 414     }
 415
 416     if (jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR") != null)
 417     {
 418       globalColourScheme = ColourSchemeProperty.getColour(alignment,
 419               jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR"));
 420
 421       if (globalColourScheme instanceof UserColourScheme)
 422       {
 423         globalColourScheme = UserDefinedColours.loadDefaultColours();
 424         ((UserColourScheme) globalColourScheme).setThreshold(0,
 425                 getIgnoreGapsConsensus());
 426       }
 427
 428       if (globalColourScheme != null)
 429       {
 430         globalColourScheme.setConsensus(hconsensus);
 431       }
 432     }
 433
 434     wrapAlignment = jalview.bin.Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false);
 435     showUnconserved = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_UNCONSERVED",
 436             false);
 437     sortByTree = jalview.bin.Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 438     followSelection = jalview.bin.Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS",
 439             true);
 440   }
 441
 442   /**
 443    * set the flag
 444    *
 445    * @param b
 446    *          features are displayed if true
 447    */
 448   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 449   {
 450     showSequenceFeatures = b;
 451   }
 452
 453   public boolean getShowSequenceFeatures()
 454   {
 455     return showSequenceFeatures;
 456   }
 457
 458   ConservationThread conservationThread;
 459
 460   ConsensusThread consensusThread;
 461
 462   boolean consUpdateNeeded = false;
 463
 464   static boolean UPDATING_CONSENSUS = false;
 465
 466   static boolean UPDATING_CONSERVATION = false;
 467
 468   boolean updatingConsensus = false;
 469
 470   boolean updatingConservation = false;
 471
 472   /**
 473    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation TODO:
 474    * add to jalviewXML and annotation display settings
 475    */
 476   boolean centreColumnLabels = false;
 477
 478   private boolean showdbrefs;
 479
 480   private boolean shownpfeats;
 481
 482   /**
 483    * trigger update of conservation annotation
 484    */
 485   public void updateConservation(final AlignmentPanel ap)
 486   {
 487     // see note in mantis : issue number 8585
 488     if (alignment.isNucleotide() || conservation == null
 489             || !autoCalculateConsensus)
 490     {
 491       return;
 492     }
 493
 494     conservationThread = new ConservationThread(this, ap);
 495     conservationThread.start();
 496   }
 497
 498   /**
 499    * trigger update of consensus annotation
 500    */
 501   public void updateConsensus(final AlignmentPanel ap)
 502   {
 503     // see note in mantis : issue number 8585
 504     if (consensus == null || !autoCalculateConsensus)
 505     {
 506       return;
 507     }
 508     consensusThread = new ConsensusThread(ap);
 509     consensusThread.start();
 510   }
 511
 512   class ConsensusThread extends Thread
 513   {
 514     AlignmentPanel ap;
 515
 516     public ConsensusThread(AlignmentPanel ap)
 517     {
 518       this.ap = ap;
 519     }
 520
 521     public void run()
 522     {
 523       updatingConsensus = true;
 524       while (UPDATING_CONSENSUS)
 525       {
 526         try
 527         {
 528           if (ap != null)
 529           {
 530             ap.paintAlignment(false);
 531           }
 532
 533           Thread.sleep(200);
 534         } catch (Exception ex)
 535         {
 536           ex.printStackTrace();
 537         }
 538       }
 539
 540       UPDATING_CONSENSUS = true;
 541
 542       try
 543       {
 544         int aWidth = (alignment != null) ? alignment.getWidth() : -1; // null
 545         // pointer
 546         // possibility
 547         // here.
 548         if (aWidth <= 0)
 549         {
 550           updatingConsensus = false;
 551           UPDATING_CONSENSUS = false;
 552           return;
 553         }
 554
 555         consensus.annotations = null;
 556         consensus.annotations = new Annotation[aWidth];
 557
 558         hconsensus = new Hashtable[aWidth];
 559         AAFrequency.calculate(alignment.getSequencesArray(), 0,
 560                 alignment.getWidth(), hconsensus, true);
 561         updateAnnotation(true);
 562
 563         if (globalColourScheme != null)
 564         {
 565           globalColourScheme.setConsensus(hconsensus);
 566         }
 567
 568       } catch (OutOfMemoryError error)
 569       {
 570         alignment.deleteAnnotation(consensus);
 571
 572         consensus = null;
 573         hconsensus = null;
 574         new OOMWarning("calculating consensus", error);
 575       }
 576       UPDATING_CONSENSUS = false;
 577       updatingConsensus = false;
 578
 579       if (ap != null)
 580       {
 581         ap.paintAlignment(true);
 582       }
 583     }
 584
 585     /**
 586      * update the consensus annotation from the sequence profile data using
 587      * current visualization settings.
 588      */
 589     public void updateAnnotation()
 590     {
 591       updateAnnotation(false);
 592     }
 593
 594     protected void updateAnnotation(boolean immediate)
 595     {
 596       // TODO: make calls thread-safe, so if another thread calls this method,
 597       // it will either return or wait until one calculation is finished.
 598       if (immediate
 599               || (!updatingConsensus && consensus != null && hconsensus != null))
 600       {
 601         AAFrequency.completeConsensus(consensus, hconsensus, 0,
 602                 hconsensus.length, ignoreGapsInConsensusCalculation,
 603                 showSequenceLogo);
 604       }
 605     }
 606   }
 607
 608   /**
 609    * get the consensus sequence as displayed under the PID consensus annotation
 610    * row.
 611    *
 612    * @return consensus sequence as a new sequence object
 613    */
 614   public SequenceI getConsensusSeq()
 615   {
 616     if (consensus == null)
 617     {
 618       updateConsensus(null);
 619     }
 620     if (consensus == null)
 621     {
 622       return null;
 623     }
 624     StringBuffer seqs = new StringBuffer();
 625     for (int i = 0; i < consensus.annotations.length; i++)
 626     {
 627       if (consensus.annotations[i] != null)
 628       {
 629         if (consensus.annotations[i].description.charAt(0) == '[')
 630         {
 631           seqs.append(consensus.annotations[i].description.charAt(1));
 632         }
 633         else
 634         {
 635           seqs.append(consensus.annotations[i].displayCharacter);
 636         }
 637       }
 638     }
 639
 640     SequenceI sq = new Sequence("Consensus", seqs.toString());
 641     sq.setDescription("Percentage Identity Consensus "
 642             + ((ignoreGapsInConsensusCalculation) ? " without gaps" : ""));
 643     return sq;
 644   }
 645
 646   /**
 647    *
 648    *
 649    * @return null or the currently selected sequence region
 650    */
 651   public SequenceGroup getSelectionGroup()
 652   {
 653     return selectionGroup;
 654   }
 655
 656   /**
 657    * Set the selection group for this window.
 658    *
 659    * @param sg - group holding references to sequences in this alignment view
 660    *
 661    */
 662   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)
 663   {
 664     selectionGroup = sg;
 665   }
 666
 667   /**
 668    * GUI state
 669    * @return true if conservation based shading is enabled
 670    */
 671   public boolean getConservationSelected()
 672   {
 673     return conservationColourSelected;
 674   }
 675
 676   /**
 677    * GUI state
 678    * @param b
 679    *          enable conservation based shading
 680    */
 681   public void setConservationSelected(boolean b)
 682   {
 683     conservationColourSelected = b;
 684   }
 685
 686   /**
 687    * GUI state
 688    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 689    */
 690   public boolean getAbovePIDThreshold()
 691   {
 692     return abovePIDThreshold;
 693   }
 694
 695   /**
 696    * GUI state
 697    *
 698    *
 699    * @param b indicate if percent identity threshold is applied to shading
 700    */
 701   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 702   {
 703     abovePIDThreshold = b;
 704   }
 705
 706   /**
 707    * DOCUMENT ME!
 708    *
 709    * @return DOCUMENT ME!
 710    */
 711   public int getStartRes()
 712   {
 713     return startRes;
 714   }
 715
 716   /**
 717    * DOCUMENT ME!
 718    *
 719    * @return DOCUMENT ME!
 720    */
 721   public int getEndRes()
 722   {
 723     return endRes;
 724   }
 725
 726   /**
 727    * DOCUMENT ME!
 728    *
 729    * @return DOCUMENT ME!
 730    */
 731   public int getStartSeq()
 732   {
 733     return startSeq;
 734   }
 735
 736   /**
 737    * DOCUMENT ME!
 738    *
 739    * @param cs
 740    *          DOCUMENT ME!
 741    */
 742   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)
 743   {
 744     globalColourScheme = cs;
 745   }
 746
 747   /**
 748    * DOCUMENT ME!
 749    *
 750    * @return DOCUMENT ME!
 751    */
 752   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()
 753   {
 754     return globalColourScheme;
 755   }
 756
 757   /**
 758    * DOCUMENT ME!
 759    *
 760    * @param res
 761    *          DOCUMENT ME!
 762    */
 763   public void setStartRes(int res)
 764   {
 765     this.startRes = res;
 766   }
 767
 768   /**
 769    * DOCUMENT ME!
 770    *
 771    * @param seq
 772    *          DOCUMENT ME!
 773    */
 774   public void setStartSeq(int seq)
 775   {
 776     this.startSeq = seq;
 777   }
 778
 779   /**
 780    * DOCUMENT ME!
 781    *
 782    * @param res
 783    *          DOCUMENT ME!
 784    */
 785   public void setEndRes(int res)
 786   {
 787     if (res > (alignment.getWidth() - 1))
 788     {
 789       // log.System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " +
 790       // (alignment.getWidth()-1));
 791       res = alignment.getWidth() - 1;
 792     }
 793
 794     if (res < 0)
 795     {
 796       res = 0;
 797     }
 798
 799     this.endRes = res;
 800   }
 801
 802   /**
 803    * DOCUMENT ME!
 804    *
 805    * @param seq
 806    *          DOCUMENT ME!
 807    */
 808   public void setEndSeq(int seq)
 809   {
 810     if (seq > alignment.getHeight())
 811     {
 812       seq = alignment.getHeight();
 813     }
 814
 815     if (seq < 0)
 816     {
 817       seq = 0;
 818     }
 819
 820     this.endSeq = seq;
 821   }
 822
 823   /**
 824    * DOCUMENT ME!
 825    *
 826    * @return DOCUMENT ME!
 827    */
 828   public int getEndSeq()
 829   {
 830     return endSeq;
 831   }
 832
 833   /**
 834    * DOCUMENT ME!
 835    *
 836    * @param f
 837    *          DOCUMENT ME!
 838    */
 839   public void setFont(Font f)
 840   {
 841     font = f;
 842
 843     Container c = new Container();
 844
 845     java.awt.FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 846     setCharHeight(fm.getHeight());
 847     setCharWidth(fm.charWidth('M'));
 848     validCharWidth = true;
 849   }
 850
 851   /**
 852    * DOCUMENT ME!
 853    *
 854    * @return DOCUMENT ME!
 855    */
 856   public Font getFont()
 857   {
 858     return font;
 859   }
 860
 861   /**
 862    * DOCUMENT ME!
 863    *
 864    * @param w
 865    *          DOCUMENT ME!
 866    */
 867   public void setCharWidth(int w)
 868   {
 869     this.charWidth = w;
 870   }
 871
 872   /**
 873    * DOCUMENT ME!
 874    *
 875    * @return DOCUMENT ME!
 876    */
 877   public int getCharWidth()
 878   {
 879     return charWidth;
 880   }
 881
 882   /**
 883    * DOCUMENT ME!
 884    *
 885    * @param h
 886    *          DOCUMENT ME!
 887    */
 888   public void setCharHeight(int h)
 889   {
 890     this.charHeight = h;
 891   }
 892
 893   /**
 894    * DOCUMENT ME!
 895    *
 896    * @return DOCUMENT ME!
 897    */
 898   public int getCharHeight()
 899   {
 900     return charHeight;
 901   }
 902
 903   /**
 904    * DOCUMENT ME!
 905    *
 906    * @param w
 907    *          DOCUMENT ME!
 908    */
 909   public void setWrappedWidth(int w)
 910   {
 911     this.wrappedWidth = w;
 912   }
 913
 914   /**
 915    * DOCUMENT ME!
 916    *
 917    * @return DOCUMENT ME!
 918    */
 919   public int getWrappedWidth()
 920   {
 921     return wrappedWidth;
 922   }
 923
 924   /**
 925    * DOCUMENT ME!
 926    *
 927    * @return DOCUMENT ME!
 928    */
 929   public AlignmentI getAlignment()
 930   {
 931     return alignment;
 932   }
 933
 934   /**
 935    * DOCUMENT ME!
 936    *
 937    * @param align
 938    *          DOCUMENT ME!
 939    */
 940   public void setAlignment(AlignmentI align)
 941   {
 942     if (alignment != null && alignment.getCodonFrames() != null)
 943     {
 944       StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 945               .removeMappings(alignment.getCodonFrames());
 946     }
 947     this.alignment = align;
 948     if (alignment.getCodonFrames() != null)
 949     {
 950       StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(Desktop.instance).addMappings(
 951               alignment.getCodonFrames());
 952     }
 953   }
 954
 955   /**
 956    * DOCUMENT ME!
 957    *
 958    * @param state
 959    *          DOCUMENT ME!
 960    */
 961   public void setWrapAlignment(boolean state)
 962   {
 963     wrapAlignment = state;
 964   }
 965
 966   /**
 967    * DOCUMENT ME!
 968    *
 969    * @param state
 970    *          DOCUMENT ME!
 971    */
 972   public void setShowText(boolean state)
 973   {
 974     showText = state;
 975   }
 976
 977   /**
 978    * DOCUMENT ME!
 979    *
 980    * @param state
 981    *          DOCUMENT ME!
 982    */
 983   public void setRenderGaps(boolean state)
 984   {
 985     renderGaps = state;
 986   }
 987
 988   /**
 989    * DOCUMENT ME!
 990    *
 991    * @return DOCUMENT ME!
 992    */
 993   public boolean getColourText()
 994   {
 995     return showColourText;
 996   }
 997
 998   /**
 999    * DOCUMENT ME!
1000    *
1001    * @param state
1002    *          DOCUMENT ME!
1003    */
1004   public void setColourText(boolean state)
1005   {
1006     showColourText = state;
1007   }
1008
1009   /**
1010    * DOCUMENT ME!
1011    *
1012    * @param state
1013    *          DOCUMENT ME!
1014    */
1015   public void setShowBoxes(boolean state)
1016   {
1017     showBoxes = state;
1018   }
1019
1020   /**
1021    * DOCUMENT ME!
1022    *
1023    * @return DOCUMENT ME!
1024    */
1025   public boolean getWrapAlignment()
1026   {
1027     return wrapAlignment;
1028   }
1029
1030   /**
1031    * DOCUMENT ME!
1032    *
1033    * @return DOCUMENT ME!
1034    */
1035   public boolean getShowText()
1036   {
1037     return showText;
1038   }
1039
1040   /**
1041    * DOCUMENT ME!
1042    *
1043    * @return DOCUMENT ME!
1044    */
1045   public boolean getShowBoxes()
1046   {
1047     return showBoxes;
1048   }
1049
1050   /**
1051    * DOCUMENT ME!
1052    *
1053    * @return DOCUMENT ME!
1054    */
1055   public char getGapCharacter()
1056   {
1057     return getAlignment().getGapCharacter();
1058   }
1059
1060   /**
1061    * DOCUMENT ME!
1062    *
1063    * @param gap
1064    *          DOCUMENT ME!
1065    */
1066   public void setGapCharacter(char gap)
1067   {
1068     if (getAlignment() != null)
1069     {
1070       getAlignment().setGapCharacter(gap);
1071     }
1072   }
1073
1074   /**
1075    * DOCUMENT ME!
1076    *
1077    * @param thresh
1078    *          DOCUMENT ME!
1079    */
1080   public void setThreshold(int thresh)
1081   {
1082     threshold = thresh;
1083   }
1084
1085   /**
1086    * DOCUMENT ME!
1087    *
1088    * @return DOCUMENT ME!
1089    */
1090   public int getThreshold()
1091   {
1092     return threshold;
1093   }
1094
1095   /**
1096    * DOCUMENT ME!
1097    *
1098    * @param inc
1099    *          DOCUMENT ME!
1100    */
1101   public void setIncrement(int inc)
1102   {
1103     increment = inc;
1104   }
1105
1106   /**
1107    * DOCUMENT ME!
1108    *
1109    * @return DOCUMENT ME!
1110    */
1111   public int getIncrement()
1112   {
1113     return increment;
1114   }
1115
1116   /**
1117    * DOCUMENT ME!
1118    *
1119    * @return DOCUMENT ME!
1120    */
1121   public ColumnSelection getColumnSelection()
1122   {
1123     return colSel;
1124   }
1125
1126   /**
1127    * DOCUMENT ME!
1128    *
1129    * @param tree
1130    *          DOCUMENT ME!
1131    */
1132   public void setCurrentTree(NJTree tree)
1133   {
1134     currentTree = tree;
1135   }
1136
1137   /**
1138    * DOCUMENT ME!
1139    *
1140    * @return DOCUMENT ME!
1141    */
1142   public NJTree getCurrentTree()
1143   {
1144     return currentTree;
1145   }
1146
1147   /**
1148    * DOCUMENT ME!
1149    *
1150    * @param b
1151    *          DOCUMENT ME!
1152    */
1153   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
1154   {
1155     colourAppliesToAllGroups = b;
1156   }
1157
1158   /**
1159    * DOCUMENT ME!
1160    *
1161    * @return DOCUMENT ME!
1162    */
1163   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
1164   {
1165     return colourAppliesToAllGroups;
1166   }
1167
1168   /**
1169    * DOCUMENT ME!
1170    *
1171    * @return DOCUMENT ME!
1172    */
1173   public boolean getShowJVSuffix()
1174   {
1175     return showJVSuffix;
1176   }
1177
1178   /**
1179    * DOCUMENT ME!
1180    *
1181    * @param b
1182    *          DOCUMENT ME!
1183    */
1184   public void setShowJVSuffix(boolean b)
1185   {
1186     showJVSuffix = b;
1187   }
1188
1189   /**
1190    * DOCUMENT ME!
1191    *
1192    * @return DOCUMENT ME!
1193    */
1194   public boolean getShowAnnotation()
1195   {
1196     return showAnnotation;
1197   }
1198
1199   /**
1200    * DOCUMENT ME!
1201    *
1202    * @param b
1203    *          DOCUMENT ME!
1204    */
1205   public void setShowAnnotation(boolean b)
1206   {
1207     showAnnotation = b;
1208   }
1209
1210   /**
1211    * DOCUMENT ME!
1212    *
1213    * @return DOCUMENT ME!
1214    */
1215   public boolean getScaleAboveWrapped()
1216   {
1217     return scaleAboveWrapped;
1218   }
1219
1220   /**
1221    * DOCUMENT ME!
1222    *
1223    * @return DOCUMENT ME!
1224    */
1225   public boolean getScaleLeftWrapped()
1226   {
1227     return scaleLeftWrapped;
1228   }
1229
1230   /**
1231    * DOCUMENT ME!
1232    *
1233    * @return DOCUMENT ME!
1234    */
1235   public boolean getScaleRightWrapped()
1236   {
1237     return scaleRightWrapped;
1238   }
1239
1240   /**
1241    * DOCUMENT ME!
1242    *
1243    * @param b
1244    *          DOCUMENT ME!
1245    */
1246   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
1247   {
1248     scaleAboveWrapped = b;
1249   }
1250
1251   /**
1252    * DOCUMENT ME!
1253    *
1254    * @param b
1255    *          DOCUMENT ME!
1256    */
1257   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
1258   {
1259     scaleLeftWrapped = b;
1260   }
1261
1262   /**
1263    * DOCUMENT ME!
1264    *
1265    * @param b
1266    *          DOCUMENT ME!
1267    */
1268   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
1269   {
1270     scaleRightWrapped = b;
1271   }
1272
1273   /**
1274    * Property change listener for changes in alignment
1275    *
1276    * @param listener
1277    *          DOCUMENT ME!
1278    */
1279   public void addPropertyChangeListener(
1280           java.beans.PropertyChangeListener listener)
1281   {
1282     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
1283   }
1284
1285   /**
1286    * DOCUMENT ME!
1287    *
1288    * @param listener
1289    *          DOCUMENT ME!
1290    */
1291   public void removePropertyChangeListener(
1292           java.beans.PropertyChangeListener listener)
1293   {
1294     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
1295   }
1296
1297   /**
1298    * Property change listener for changes in alignment
1299    *
1300    * @param prop
1301    *          DOCUMENT ME!
1302    * @param oldvalue
1303    *          DOCUMENT ME!
1304    * @param newvalue
1305    *          DOCUMENT ME!
1306    */
1307   public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue,
1308           Object newvalue)
1309   {
1310     changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);
1311   }
1312
1313   public void setIgnoreGapsConsensus(boolean b, AlignmentPanel ap)
1314   {
1315     ignoreGapsInConsensusCalculation = b;
1316     updateConsensus(ap);
1317     if (globalColourScheme != null)
1318     {
1319       globalColourScheme.setThreshold(globalColourScheme.getThreshold(),
1320               ignoreGapsInConsensusCalculation);
1321     }
1322   }
1323
1324   public boolean getIgnoreGapsConsensus()
1325   {
1326     return ignoreGapsInConsensusCalculation;
1327   }
1328
1329   public void setDataset(boolean b)
1330   {
1331     isDataset = b;
1332   }
1333
1334   public boolean isDataset()
1335   {
1336     return isDataset;
1337   }
1338
1339   public void hideSelectedColumns()
1340   {
1341     if (colSel.size() < 1)
1342     {
1343       return;
1344     }
1345
1346     colSel.hideSelectedColumns();
1347     setSelectionGroup(null);
1348
1349     hasHiddenColumns = true;
1350   }
1351
1352   public void hideColumns(int start, int end)
1353   {
1354     if (start == end)
1355     {
1356       colSel.hideColumns(start);
1357     }
1358     else
1359     {
1360       colSel.hideColumns(start, end);
1361     }
1362
1363     hasHiddenColumns = true;
1364   }
1365
1366   public void hideRepSequences(SequenceI repSequence, SequenceGroup sg)
1367   {
1368     int sSize = sg.getSize();
1369     if (sSize < 2)
1370     {
1371       return;
1372     }
1373
1374     if (hiddenRepSequences == null)
1375     {
1376       hiddenRepSequences = new Hashtable();
1377     }
1378
1379     hiddenRepSequences.put(repSequence, sg);
1380
1381     // Hide all sequences except the repSequence
1382     SequenceI[] seqs = new SequenceI[sSize - 1];
1383     int index = 0;
1384     for (int i = 0; i < sSize; i++)
1385     {
1386       if (sg.getSequenceAt(i) != repSequence)
1387       {
1388         if (index == sSize - 1)
1389         {
1390           return;
1391         }
1392
1393         seqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1394       }
1395     }
1396     sg.setSeqrep(repSequence);
1397     sg.setHidereps(true);
1398     hideSequence(seqs);
1399
1400   }
1401
1402   public void hideAllSelectedSeqs()
1403   {
1404     if (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() < 1)
1405     {
1406       return;
1407     }
1408
1409     SequenceI[] seqs = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
1410
1411     hideSequence(seqs);
1412
1413     setSelectionGroup(null);
1414   }
1415
1416   public void hideSequence(SequenceI[] seq)
1417   {
1418     if (seq != null)
1419     {
1420       for (int i = 0; i < seq.length; i++)
1421       {
1422         alignment.getHiddenSequences().hideSequence(seq[i]);
1423       }
1424       hasHiddenRows = true;
1425       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
1426     }
1427   }
1428
1429   public void showSequence(int index)
1430   {
1431     Vector tmp = alignment.getHiddenSequences().showSequence(index,
1432             hiddenRepSequences);
1433     if (tmp.size() > 0)
1434     {
1435       if (selectionGroup == null)
1436       {
1437         selectionGroup = new SequenceGroup();
1438         selectionGroup.setEndRes(alignment.getWidth() - 1);
1439       }
1440
1441       for (int t = 0; t < tmp.size(); t++)
1442       {
1443         selectionGroup.addSequence((SequenceI) tmp.elementAt(t), false);
1444       }
1445       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
1446       sendSelection();
1447     }
1448
1449     if (alignment.getHiddenSequences().getSize() < 1)
1450     {
1451       hasHiddenRows = false;
1452     }
1453   }
1454
1455   public void showColumn(int col)
1456   {
1457     colSel.revealHiddenColumns(col);
1458     if (colSel.getHiddenColumns() == null)
1459     {
1460       hasHiddenColumns = false;
1461     }
1462   }
1463
1464   public void showAllHiddenColumns()
1465   {
1466     colSel.revealAllHiddenColumns();
1467     hasHiddenColumns = false;
1468   }
1469
1470   public void showAllHiddenSeqs()
1471   {
1472     if (alignment.getHiddenSequences().getSize() > 0)
1473     {
1474       if (selectionGroup == null)
1475       {
1476         selectionGroup = new SequenceGroup();
1477         selectionGroup.setEndRes(alignment.getWidth() - 1);
1478       }
1479       Vector tmp = alignment.getHiddenSequences().showAll(
1480               hiddenRepSequences);
1481       for (int t = 0; t < tmp.size(); t++)
1482       {
1483         selectionGroup.addSequence((SequenceI) tmp.elementAt(t), false);
1484       }
1485       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
1486       sendSelection();
1487       hasHiddenRows = false;
1488       hiddenRepSequences = null;
1489     }
1490   }
1491
1492   public void invertColumnSelection()
1493   {
1494     colSel.invertColumnSelection(0, alignment.getWidth());
1495   }
1496
1497   public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)
1498   {
1499     return alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(
1500             alignmentIndex);
1501   }
1502
1503   /**
1504    * This method returns an array of new SequenceI objects derived from the
1505    * whole alignment or just the current selection with start and end points
1506    * adjusted
1507    *
1508    * @note if you need references to the actual SequenceI objects in the
1509    *       alignment or currently selected then use getSequenceSelection()
1510    * @return selection as new sequenceI objects
1511    */
1512   public SequenceI[] getSelectionAsNewSequence()
1513   {
1514     SequenceI[] sequences;
1515
1516     if (selectionGroup == null)
1517     {
1518       sequences = alignment.getSequencesArray();
1519       AlignmentAnnotation[] annots = alignment.getAlignmentAnnotation();
1520       for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
1521       {
1522         sequences[i] = new Sequence(sequences[i], annots); // construct new
1523         // sequence with
1524         // subset of visible
1525         // annotation
1526       }
1527     }
1528     else
1529     {
1530       sequences = selectionGroup.getSelectionAsNewSequences(alignment);
1531     }
1532
1533     return sequences;
1534   }
1535
1536   /**
1537    * get the currently selected sequence objects or all the sequences in the
1538    * alignment.
1539    *
1540    * @return array of references to sequence objects
1541    */
1542   public SequenceI[] getSequenceSelection()
1543   {
1544     SequenceI[] sequences = null;
1545     if (selectionGroup != null)
1546     {
1547       sequences = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
1548     }
1549     if (sequences == null)
1550     {
1551       sequences = alignment.getSequencesArray();
1552     }
1553     return sequences;
1554   }
1555
1556   /**
1557    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
1558    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
1559    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
1560    * columns.
1561    *
1562    * @return String[]
1563    */
1564   public jalview.datamodel.CigarArray getViewAsCigars(
1565           boolean selectedRegionOnly)
1566   {
1567     return new jalview.datamodel.CigarArray(alignment, (hasHiddenColumns ? colSel : null), (selectedRegionOnly ? selectionGroup : null));
1568   }
1569
1570   /**
1571    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
1572    * to an analysis function
1573    *
1574    * @param selectedOnly
1575    *          boolean true to just return the selected view
1576    * @return AlignmentView
1577    */
1578   public jalview.datamodel.AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly)
1579   {
1580     return getAlignmentView(selectedOnly, false);
1581   }
1582
1583   /**
1584    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
1585    * to an analysis function
1586    *
1587    * @param selectedOnly
1588    *          boolean true to just return the selected view
1589    * @param markGroups
1590    *          boolean true to annotate the alignment view with groups on the alignment (and intersecting with selected region if selectedOnly is true)
1591    * @return AlignmentView
1592    */
1593   public jalview.datamodel.AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly, boolean markGroups)
1594   {
1595     return new AlignmentView(alignment, colSel, selectionGroup, hasHiddenColumns, selectedOnly, markGroups);
1596   }
1597
1598   /**
1599    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
1600    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
1601    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
1602    * columns.
1603    *
1604    * @return String[]
1605    */
1606   public String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly)
1607   {
1608     String[] selection = null;
1609     SequenceI[] seqs = null;
1610     int i, iSize;
1611     int start = 0, end = 0;
1612     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
1613     {
1614       iSize = selectionGroup.getSize();
1615       seqs = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
1616       start = selectionGroup.getStartRes();
1617       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
1618     }
1619     else
1620     {
1621       iSize = alignment.getHeight();
1622       seqs = alignment.getSequencesArray();
1623       end = alignment.getWidth();
1624     }
1625
1626     selection = new String[iSize];
1627     if (hasHiddenColumns)
1628     {
1629       selection = colSel.getVisibleSequenceStrings(start, end, seqs);
1630     }
1631     else
1632     {
1633       for (i = 0; i < iSize; i++)
1634       {
1635         selection[i] = seqs[i].getSequenceAsString(start, end);
1636       }
1637
1638     }
1639     return selection;
1640   }
1641
1642   public int[][] getVisibleRegionBoundaries(int min, int max)
1643   {
1644     Vector regions = new Vector();
1645     int start = min;
1646     int end = max;
1647
1648     do
1649     {
1650       if (hasHiddenColumns)
1651       {
1652         if (start == 0)
1653         {
1654           start = colSel.adjustForHiddenColumns(start);
1655         }
1656
1657         end = colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
1658         if (start == end)
1659         {
1660           end = max;
1661         }
1662         if (end > max)
1663         {
1664           end = max;
1665         }
1666       }
1667
1668       regions.addElement(new int[]
1669       { start, end });
1670
1671       if (hasHiddenColumns)
1672       {
1673         start = colSel.adjustForHiddenColumns(end);
1674         start = colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
1675       }
1676     } while (end < max);
1677
1678     int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
1679
1680     regions.copyInto(startEnd);
1681
1682     return startEnd;
1683
1684   }
1685
1686   public boolean getShowHiddenMarkers()
1687   {
1688     return showHiddenMarkers;
1689   }
1690
1691   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
1692   {
1693     showHiddenMarkers = show;
1694   }
1695
1696   public String getSequenceSetId()
1697   {
1698     if (sequenceSetID == null)
1699     {
1700       sequenceSetID = alignment.hashCode() + "";
1701     }
1702
1703     return sequenceSetID;
1704   }
1705
1706   /**
1707    * unique viewId for synchronizing state with stored Jalview Project
1708    *
1709    */
1710   private String viewId = null;
1711
1712   public String getViewId()
1713   {
1714     if (viewId == null)
1715     {
1716       viewId = this.getSequenceSetId() + "." + this.hashCode() + "";
1717     }
1718     return viewId;
1719   }
1720
1721   public void alignmentChanged(AlignmentPanel ap)
1722   {
1723     if (padGaps)
1724     {
1725       alignment.padGaps();
1726     }
1727     if (hconsensus != null && autoCalculateConsensus)
1728     {
1729       updateConservation(ap);
1730     }
1731     if (autoCalculateConsensus)
1732     {
1733       updateConsensus(ap);
1734     }
1735
1736     // Reset endRes of groups if beyond alignment width
1737     int alWidth = alignment.getWidth();
1738     Vector groups = alignment.getGroups();
1739     if (groups != null)
1740     {
1741       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)
1742       {
1743         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);
1744         if (sg.getEndRes() > alWidth)
1745         {
1746           sg.setEndRes(alWidth - 1);
1747         }
1748       }
1749     }
1750
1751     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getEndRes() > alWidth)
1752     {
1753       selectionGroup.setEndRes(alWidth - 1);
1754     }
1755
1756     resetAllColourSchemes();
1757
1758     // alignment.adjustSequenceAnnotations();
1759   }
1760
1761   void resetAllColourSchemes()
1762   {
1763     ColourSchemeI cs = globalColourScheme;
1764     if (cs != null)
1765     {
1766       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)
1767       {
1768         ((ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(alignment.getSequences(),
1769                 alignment.getWidth());
1770       }
1771
1772       cs.setConsensus(hconsensus);
1773       if (cs.conservationApplied())
1774       {
1775         Alignment al = (Alignment) alignment;
1776         Conservation c = new Conservation("All",
1777                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,
1778                 al.getWidth() - 1);
1779         c.calculate();
1780         c.verdict(false, ConsPercGaps);
1781
1782         cs.setConservation(c);
1783       }
1784     }
1785
1786     int s, sSize = alignment.getGroups().size();
1787     for (s = 0; s < sSize; s++)
1788     {
1789       SequenceGroup sg = (SequenceGroup) alignment.getGroups().elementAt(s);
1790       if (sg.cs != null && sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)
1791       {
1792         ((ClustalxColourScheme) sg.cs).resetClustalX(
1793                 sg.getSequences(hiddenRepSequences), sg.getWidth());
1794       }
1795       sg.recalcConservation();
1796     }
1797   }
1798
1799   public Color getSequenceColour(SequenceI seq)
1800   {
1801     if (sequenceColours == null || !sequenceColours.containsKey(seq))
1802     {
1803       return Color.white;
1804     }
1805     else
1806     {
1807       return (Color) sequenceColours.get(seq);
1808     }
1809   }
1810
1811   public void setSequenceColour(SequenceI seq, Color col)
1812   {
1813     if (sequenceColours == null)
1814     {
1815       sequenceColours = new Hashtable();
1816     }
1817
1818     if (col == null)
1819     {
1820       sequenceColours.remove(seq);
1821     }
1822     else
1823     {
1824       sequenceColours.put(seq, col);
1825     }
1826   }
1827
1828   /**
1829    * returns the visible column regions of the alignment
1830    *
1831    * @param selectedRegionOnly
1832    *          true to just return the contigs intersecting with the selected
1833    *          area
1834    * @return
1835    */
1836   public int[] getViewAsVisibleContigs(boolean selectedRegionOnly)
1837   {
1838     int[] viscontigs = null;
1839     int start = 0, end = 0;
1840     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
1841     {
1842       start = selectionGroup.getStartRes();
1843       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
1844     }
1845     else
1846     {
1847       end = alignment.getWidth();
1848     }
1849     viscontigs = colSel.getVisibleContigs(start, end);
1850     return viscontigs;
1851   }
1852
1853   /**
1854    * get hash of undo and redo list for the alignment
1855    *
1856    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
1857    */
1858   public long[] getUndoRedoHash()
1859   {
1860     if (historyList == null || redoList == null)
1861       return new long[]
1862       { -1, -1 };
1863     return new long[]
1864     { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
1865   }
1866
1867   /**
1868    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
1869    * the undo and redo list.
1870    *
1871    * @param undoredo
1872    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
1873    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
1874    *         the stored hashcode array differs in size
1875    */
1876   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
1877   {
1878     if (undoredo == null)
1879     {
1880       return true;
1881     }
1882     long[] cstate = getUndoRedoHash();
1883     if (cstate.length != undoredo.length)
1884     {
1885       return true;
1886     }
1887
1888     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
1889     {
1890       if (cstate[i] != undoredo[i])
1891       {
1892         return true;
1893       }
1894     }
1895     return false;
1896   }
1897
1898   public boolean getCentreColumnLabels()
1899   {
1900     return centreColumnLabels;
1901   }
1902
1903   public void setCentreColumnLabels(boolean centrecolumnlabels)
1904   {
1905     centreColumnLabels = centrecolumnlabels;
1906   }
1907
1908   public void updateSequenceIdColours()
1909   {
1910     Vector groups = alignment.getGroups();
1911     if (sequenceColours == null)
1912     {
1913       sequenceColours = new Hashtable();
1914     }
1915     for (int ig = 0, igSize = groups.size(); ig < igSize; ig++)
1916     {
1917       SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(ig);
1918       if (sg.idColour != null)
1919       {
1920         Vector sqs = sg.getSequences(hiddenRepSequences);
1921         for (int s = 0, sSize = sqs.size(); s < sSize; s++)
1922         {
1923           sequenceColours.put(sqs.elementAt(s), sg.idColour);
1924         }
1925       }
1926     }
1927   }
1928
1929   /**
1930    * enable or disable the display of Database Cross References in the sequence
1931    * ID tooltip
1932    */
1933   public void setShowDbRefs(boolean show)
1934   {
1935     showdbrefs = show;
1936   }
1937
1938   /**
1939    *
1940    * @return true if Database References are to be displayed on tooltips.
1941    */
1942   public boolean isShowDbRefs()
1943   {
1944     return showdbrefs;
1945   }
1946
1947   /**
1948    *
1949    * @return true if Non-positional features are to be displayed on tooltips.
1950    */
1951   public boolean isShowNpFeats()
1952   {
1953     return shownpfeats;
1954   }
1955
1956   /**
1957    * enable or disable the display of Non-Positional sequence features in the
1958    * sequence ID tooltip
1959    *
1960    * @param show
1961    */
1962   public void setShowNpFeats(boolean show)
1963   {
1964     shownpfeats = show;
1965   }
1966
1967   /**
1968    *
1969    * @return true if view has hidden rows
1970    */
1971   public boolean hasHiddenRows()
1972   {
1973     return hasHiddenRows;
1974   }
1975
1976   /**
1977    *
1978    * @return true if view has hidden columns
1979    */
1980   public boolean hasHiddenColumns()
1981   {
1982     return hasHiddenColumns;
1983   }
1984
1985   /**
1986    * when set, view will scroll to show the highlighted position
1987    */
1988   public boolean followHighlight = true;
1989
1990   /**
1991    * @return true if view should scroll to show the highlighted region of a
1992    *         sequence
1993    * @return
1994    */
1995   public boolean getFollowHighlight()
1996   {
1997     return followHighlight;
1998   }
1999
2000   public boolean followSelection = true;
2001
2002   /**
2003    * @return true if view selection should always follow the selections
2004    *         broadcast by other selection sources
2005    */
2006   public boolean getFollowSelection()
2007   {
2008     return followSelection;
2009   }
2010
2011   private long sgrouphash = -1, colselhash = -1;
2012
2013   boolean showSeqFeaturesHeight;
2014
2015   /**
2016    * checks current SelectionGroup against record of last hash value, and
2017    * updates record.
2018    * @param b update the record of last hash value
2019    *
2020    * @return true if SelectionGroup changed since last call (when b is true)
2021    */
2022   boolean isSelectionGroupChanged(boolean b)
2023   {
2024     int hc = (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize()==0) ? -1 : selectionGroup.hashCode();
2025     if (hc!=-1 && hc != sgrouphash)
2026     {
2027       if (b) {sgrouphash = hc;}
2028       return true;
2029     }
2030     return false;
2031   }
2032
2033   /**
2034    * checks current colsel against record of last hash value, and optionally updates
2035    * record.
2036
2037    * @param b update the record of last hash value
2038    * @return true if colsel changed since last call (when b is true)
2039    */
2040   boolean isColSelChanged(boolean b)
2041   {
2042     int hc = (colSel == null || colSel.size()==0) ? -1 : colSel.hashCode();
2043     if (hc!=-1 && hc != colselhash)
2044     {
2045       if (b) {colselhash = hc;}
2046       return true;
2047     }
2048     return false;
2049   }
2050
2051   public void sendSelection()
2052   {
2053     jalview.structure.StructureSelectionManager
2054             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance).sendSelection(
2055                     new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
2056                     new ColumnSelection(getColumnSelection()), this);
2057   }
2058
2059   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
2060   {
2061     showSeqFeaturesHeight = selected;
2062   }
2063
2064   public boolean getShowSequenceFeaturesHeight()
2065   {
2066     return showSeqFeaturesHeight;
2067   }
2068
2069   boolean showUnconserved = false;
2070
2071   public boolean getShowUnconserved()
2072   {
2073     return showUnconserved;
2074   }
2075
2076   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
2077   {
2078     showUnconserved = showunconserved;
2079   }
2080
2081   /**
2082    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
2083    * components currently handling the given viewport.
2084    *
2085    * @param av
2086    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
2087    *         reference
2088    */
2089   public AlignmentPanel getAlignPanel()
2090   {
2091     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(this
2092             .getSequenceSetId());
2093     AlignmentPanel ap = null;
2094     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
2095     {
2096       if (aps[p].av == this)
2097       {
2098         return aps[p];
2099       }
2100     }
2101     return null;
2102   }
2103
2104   public boolean getSortByTree()
2105   {
2106     return sortByTree;
2107   }
2108
2109   public void setSortByTree(boolean sort)
2110   {
2111     sortByTree = sort;
2112   }
2113
2114   /**
2115    * should conservation rows be shown for groups
2116    */
2117   boolean showGroupConservation = false;
2118
2119   /**
2120    * should consensus rows be shown for groups
2121    */
2122   boolean showGroupConsensus = false;
2123
2124   /**
2125    * should consensus profile be rendered by default
2126    */
2127   public boolean showSequenceLogo = false;
2128
2129   /**
2130    * should consensus histograms be rendered by default
2131    */
2132   public boolean showConsensusHistogram = true;
2133
2134   /**
2135    * @return the showConsensusProfile
2136    */
2137   public boolean isShowSequenceLogo()
2138   {
2139     return showSequenceLogo;
2140   }
2141
2142   /**
2143    * @param showSequenceLogo
2144    *          the new value
2145    */
2146   public void setShowSequenceLogo(boolean showSequenceLogo)
2147   {
2148     if (showSequenceLogo != this.showSequenceLogo)
2149     {
2150       // TODO: decouple settings setting from calculation when refactoring
2151       // annotation update method from alignframe to viewport
2152       this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
2153       if (consensusThread != null)
2154       {
2155         consensusThread.updateAnnotation();
2156       }
2157     }
2158     this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
2159   }
2160
2161   /**
2162    * @param showConsensusHistogram
2163    *          the showConsensusHistogram to set
2164    */
2165   public void setShowConsensusHistogram(boolean showConsensusHistogram)
2166   {
2167     this.showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
2168   }
2169
2170   /**
2171    * @return the showGroupConservation
2172    */
2173   public boolean isShowGroupConservation()
2174   {
2175     return showGroupConservation;
2176   }
2177
2178   /**
2179    * @param showGroupConservation
2180    *          the showGroupConservation to set
2181    */
2182   public void setShowGroupConservation(boolean showGroupConservation)
2183   {
2184     this.showGroupConservation = showGroupConservation;
2185   }
2186
2187   /**
2188    * @return the showGroupConsensus
2189    */
2190   public boolean isShowGroupConsensus()
2191   {
2192     return showGroupConsensus;
2193   }
2194
2195   /**
2196    * @param showGroupConsensus
2197    *          the showGroupConsensus to set
2198    */
2199   public void setShowGroupConsensus(boolean showGroupConsensus)
2200   {
2201     this.showGroupConsensus = showGroupConsensus;
2202   }
2203
2204   /**
2205    *
2206    * @return flag to indicate if the consensus histogram should be rendered by
2207    *         default
2208    */
2209   public boolean isShowConsensusHistogram()
2210   {
2211     return this.showConsensusHistogram;
2212   }
2213
2214   /**
2215    * synthesize a column selection if none exists so it covers the given
2216    * selection group. if wholewidth is false, no column selection is made if the
2217    * selection group covers the whole alignment width.
2218    *
2219    * @param sg
2220    * @param wholewidth
2221    */
2222   public void expandColSelection(SequenceGroup sg, boolean wholewidth)
2223   {
2224     int sgs, sge;
2225     if (sg != null
2226             && (sgs = sg.getStartRes()) >= 0
2227             && sg.getStartRes() <= (sge = sg.getEndRes())
2228             && (colSel == null || colSel.getSelected() == null || colSel
2229                     .getSelected().size() == 0))
2230     {
2231       if (!wholewidth && alignment.getWidth() == (1 + sge - sgs))
2232       {
2233         // do nothing
2234         return;
2235       }
2236       if (colSel == null)
2237       {
2238         colSel = new ColumnSelection();
2239       }
2240       for (int cspos = sg.getStartRes(); cspos <= sg.getEndRes(); cspos++)
2241       {
2242         colSel.addElement(cspos);
2243       }
2244     }
2245   }
2246
2247   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
2248   {
2249     return StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
2250   }
2251
2252   /**
2253    *
2254    * @param pdbEntries
2255    * @return a series of SequenceI arrays, one for each PDBEntry, listing which sequence in the alignment holds a reference to it
2256    */
2257   public SequenceI[][] collateForPDB(PDBEntry[] pdbEntries)
2258   {
2259     ArrayList<SequenceI[]> seqvectors = new ArrayList<SequenceI[]>();
2260     for (PDBEntry pdb: pdbEntries) {
2261     ArrayList<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
2262     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
2263     {
2264       Vector pdbs = alignment.getSequenceAt(i)
2265               .getDatasetSequence().getPDBId();
2266       if (pdbs == null)
2267         continue;
2268       SequenceI sq;
2269       for (int p = 0; p < pdbs.size(); p++)
2270       {
2271         PDBEntry p1 = (PDBEntry) pdbs.elementAt(p);
2272         if (p1.getId().equals(pdb.getId()))
2273         {
2274           if (!seqs.contains(sq=alignment.getSequenceAt(i)))
2275             seqs.add(sq);
2276
2277           continue;
2278         }
2279       }
2280     }
2281     seqvectors.add(seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]));
2282     }
2283     return seqvectors.toArray(new SequenceI[seqvectors.size()][]);
2284   }
2285 }