src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.api.FeatureColourI;
  28 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  29 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  30 import jalview.api.ViewStyleI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.commands.CommandI;
  33 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  37 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  38 import jalview.datamodel.SearchResults;
  39 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  40 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  41 import jalview.datamodel.SequenceI;
  42 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  43 import jalview.renderer.ResidueShader;
  44 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  45 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  46 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  47 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  48 import jalview.structure.SelectionSource;
  49 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  50 import jalview.structure.VamsasSource;
  51 import jalview.util.ColorUtils;
  52 import jalview.util.MessageManager;
  53 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  54 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  55
  56 import java.awt.Container;
  57 import java.awt.Dimension;
  58 import java.awt.Font;
  59 import java.awt.FontMetrics;
  60 import java.awt.Rectangle;
  61 import java.util.ArrayList;
  62 import java.util.Hashtable;
  63 import java.util.Iterator;
  64 import java.util.List;
  65
  66 import javax.swing.JInternalFrame;
  67
  68 /**
  69  * DOCUMENT ME!
  70  *
  71  * @author $author$
  72  * @version $Revision: 1.141 $
  73  */
  74 public class AlignViewport extends AlignmentViewport
  75         implements SelectionSource
  76 {
  77   Font font;
  78
  79   boolean cursorMode = false;
  80
  81   boolean antiAlias = false;
  82
  83   private Rectangle explodedGeometry = null;
  84
  85   private String viewName = null;
  86
  87   /*
  88    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
  89    * sequence set id when a project is reloaded. Set false on all views when
  90    * they are 'exploded' into separate windows. Set true on the current view
  91    * when 'Gather' is performed, and also on the first tab when the first new
  92    * view is created.
  93    */
  94   private boolean gatherViewsHere = false;
  95
  96   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  97
  98   /**
  99    * Creates a new AlignViewport object.
 100    *
 101    * @param al
 102    *          alignment to view
 103    */
 104   public AlignViewport(AlignmentI al)
 105   {
 106     super(al);
 107     init();
 108   }
 109
 110   /**
 111    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 112    *
 113    * @param al
 114    * @param seqsetid
 115    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 116    */
 117   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 118   {
 119     this(al, seqsetid, null);
 120   }
 121
 122   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 123   {
 124     super(al);
 125     sequenceSetID = seqsetid;
 126     viewId = viewid;
 127     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 128     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 129     {
 130       Cache.log.debug(
 131               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 132     }
 133     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 134     {
 135       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 136     }
 137     init();
 138
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 143    *
 144    * @param al
 145    *          AlignmentI
 146    * @param hiddenColumns
 147    *          ColumnSelection
 148    */
 149   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns)
 150   {
 151     super(al);
 152     if (hiddenColumns != null)
 153     {
 154       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 155     }
 156     init();
 157   }
 158
 159   /**
 160    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 161    *
 162    * @param al
 163    * @param hiddenColumns
 164    * @param seqsetid
 165    *          (may be null)
 166    */
 167   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 168           String seqsetid)
 169   {
 170     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 171   }
 172
 173   /**
 174    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 175    *
 176    * @param al
 177    * @param hiddenColumns
 178    * @param seqsetid
 179    *          (may be null)
 180    * @param viewid
 181    *          (may be null)
 182    */
 183   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 184           String seqsetid, String viewid)
 185   {
 186     super(al);
 187     sequenceSetID = seqsetid;
 188     viewId = viewid;
 189     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 190     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 191     {
 192       Cache.log.debug(
 193               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 194     }
 195     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 196     {
 197       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 198     }
 199
 200     if (hiddenColumns != null)
 201     {
 202       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 203     }
 204     init();
 205   }
 206
 207   /**
 208    * Apply any settings saved in user preferences
 209    */
 210   private void applyViewProperties()
 211   {
 212     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", true);
 213
 214     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 215     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 216
 217     setRightAlignIds(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 218     setCentreColumnLabels(Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false));
 219     autoCalculateConsensus = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 220
 221     setPadGaps(Cache.getDefault("PAD_GAPS", true));
 222     setShowNPFeats(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 223     setShowDBRefs(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 224     viewStyle.setSeqNameItalics(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 225     viewStyle.setWrapAlignment(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 226     viewStyle.setShowUnconserved(
 227             Cache.getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 228     sortByTree = Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 229     followSelection = Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS", true);
 230     sortAnnotationsBy = SequenceAnnotationOrder
 231             .valueOf(Cache.getDefault(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
 232                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 233     showAutocalculatedAbove = Cache
 234             .getDefault(Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, false);
 235     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(
 236             Cache.getDefault(Preferences.SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, true));
 237   }
 238
 239   void init()
 240   {
 241     applyViewProperties();
 242
 243     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 244     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 245     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 246
 247     int style = 0;
 248
 249     if (fontStyle.equals("bold"))
 250     {
 251       style = 1;
 252     }
 253     else if (fontStyle.equals("italic"))
 254     {
 255       style = 2;
 256     }
 257
 258     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 259
 260                 alignment.setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 261
 262     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 263     // as Blosum and Clustal require this to be done
 264                 if (hconsensus == null && !isDataset)
 265     {
 266                         if (!alignment.isNucleotide())
 267       {
 268         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 269         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
 270         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 271                 false);
 272       }
 273       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 274               true);
 275       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 276       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
 277               false);
 278       // for now, use consensus options for Information till it gets its own
 279       setShowHMMSequenceLogo(showSequenceLogo);
 280       setNormaliseHMMSequenceLogo(normaliseSequenceLogo);
 281       setShowInformationHistogram(showConsensusHistogram);
 282       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 283       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 284
 285       showOccupancy = Cache.getDefault(Preferences.SHOW_OCCUPANCY, true);
 286     }
 287     initAutoAnnotation();
 288     // initInformation();
 289
 290                 String colourProperty = alignment.isNucleotide()
 291             ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
 292             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
 293     String schemeName = Cache.getProperty(colourProperty);
 294     if (schemeName == null)
 295     {
 296       // only DEFAULT_COLOUR available in Jalview before 2.9
 297       schemeName = Cache.getDefault(Preferences.DEFAULT_COLOUR,
 298               ResidueColourScheme.NONE);
 299     }
 300     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemeProperty
 301             .getColourScheme(this, alignment, schemeName);
 302     residueShading = new ResidueShader(colourScheme);
 303
 304     if (colourScheme instanceof UserColourScheme)
 305     {
 306       residueShading = new ResidueShader(
 307               UserDefinedColours.loadDefaultColours());
 308       residueShading.setThreshold(0, isIgnoreGapsConsensus());
 309     }
 310
 311     if (residueShading != null)
 312     {
 313                         residueShading.setConsensus(hconsensus);
 314     }
 315     setColourAppliesToAllGroups(true);
 316   }
 317
 318   boolean validCharWidth;
 319
 320   /**
 321    * {@inheritDoc}
 322    */
 323   @Override
 324   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 325   {
 326     font = f;
 327
 328     Container c = new Container();
 329
 330     if (setGrid)
 331     {
 332       FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 333       int ww = fm.charWidth('M');
 334       setCharHeight(fm.getHeight());
 335       setCharWidth(ww);
 336     }
 337     viewStyle.setFontName(font.getName());
 338     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
 339     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
 340
 341     validCharWidth = true;
 342   }
 343
 344   @Override
 345   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
 346   {
 347     super.setViewStyle(settingsForView);
 348     setFont(new Font(viewStyle.getFontName(), viewStyle.getFontStyle(),
 349             viewStyle.getFontSize()), false);
 350   }
 351
 352   /**
 353    * DOCUMENT ME!
 354    *
 355    * @return DOCUMENT ME!
 356    */
 357   public Font getFont()
 358   {
 359     return font;
 360   }
 361
 362   /**
 363    * DOCUMENT ME!
 364    *
 365    * @param align
 366    *          DOCUMENT ME!
 367    */
 368   @Override
 369   public void setAlignment(AlignmentI align)
 370   {
 371     replaceMappings(align);
 372     super.setAlignment(align);
 373   }
 374
 375   /**
 376    * Replace any codon mappings for this viewport with those for the given
 377    * viewport
 378    *
 379    * @param align
 380    */
 381   public void replaceMappings(AlignmentI align)
 382   {
 383
 384     /*
 385      * Deregister current mappings (if any)
 386      */
 387     deregisterMappings();
 388
 389     /*
 390      * Register new mappings (if any)
 391      */
 392     if (align != null)
 393     {
 394       StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 395               .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 396       ssm.registerMappings(align.getCodonFrames());
 397     }
 398
 399     /*
 400      * replace mappings on our alignment
 401      */
 402                 if (alignment != null && align != null)
 403     {
 404       alignment.setCodonFrames(align.getCodonFrames());
 405     }
 406   }
 407
 408   protected void deregisterMappings()
 409   {
 410     AlignmentI al = getAlignment();
 411     if (al != null)
 412     {
 413       List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrames();
 414       if (mappings != null)
 415       {
 416         StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 417                 .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 418         for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 419         {
 420           if (noReferencesTo(acf))
 421           {
 422             ssm.deregisterMapping(acf);
 423           }
 424         }
 425       }
 426     }
 427   }
 428
 429   /**
 430    * DOCUMENT ME!
 431    *
 432    * @return DOCUMENT ME!
 433    */
 434   @Override
 435   public char getGapCharacter()
 436   {
 437     return getAlignment().getGapCharacter();
 438   }
 439
 440   /**
 441    * DOCUMENT ME!
 442    *
 443    * @param gap
 444    *          DOCUMENT ME!
 445    */
 446   public void setGapCharacter(char gap)
 447   {
 448     if (getAlignment() != null)
 449     {
 450       getAlignment().setGapCharacter(gap);
 451     }
 452   }
 453
 454   /**
 455    * Returns an iterator over the visible column regions of the alignment
 456    *
 457    * @param selectedRegionOnly
 458    *          true to just return the contigs intersecting with the selected
 459    *          area
 460    * @return
 461    */
 462   public Iterator<int[]> getViewAsVisibleContigs(boolean selectedRegionOnly)
 463   {
 464     int start = 0;
 465     int end = 0;
 466     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
 467     {
 468       start = selectionGroup.getStartRes();
 469       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
 470     }
 471     else
 472     {
 473       end = alignment.getWidth();
 474     }
 475
 476     return (alignment.getHiddenColumns().getVisContigsIterator(start,
 477             end, false));
 478   }
 479
 480   /**
 481    * get hash of undo and redo list for the alignment
 482    *
 483    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
 484    */
 485   public long[] getUndoRedoHash()
 486   {
 487     // TODO: JAL-1126
 488     if (historyList == null || redoList == null)
 489     {
 490       return new long[] { -1, -1 };
 491     }
 492     return new long[] { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
 493   }
 494
 495   /**
 496    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
 497    * the undo and redo list.
 498    *
 499    * @param undoredo
 500    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
 501    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
 502    *         the stored hashcode array differs in size
 503    */
 504   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
 505   {
 506     if (undoredo == null)
 507     {
 508       return true;
 509     }
 510     long[] cstate = getUndoRedoHash();
 511     if (cstate.length != undoredo.length)
 512     {
 513       return true;
 514     }
 515
 516     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
 517     {
 518       if (cstate[i] != undoredo[i])
 519       {
 520         return true;
 521       }
 522     }
 523     return false;
 524   }
 525
 526   public boolean followSelection = true;
 527
 528   /**
 529    * @return true if view selection should always follow the selections
 530    *         broadcast by other selection sources
 531    */
 532   public boolean getFollowSelection()
 533   {
 534     return followSelection;
 535   }
 536
 537   /**
 538    * Send the current selection to be broadcast to any selection listeners.
 539    */
 540   @Override
 541   public void sendSelection()
 542   {
 543     jalview.structure.StructureSelectionManager
 544             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 545             .sendSelection(new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 546                     new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 547                     new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()),
 548                     this);
 549   }
 550
 551   /**
 552    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
 553    * components currently handling the given viewport.
 554    *
 555    * @param av
 556    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
 557    *         reference
 558    */
 559   public AlignmentPanel getAlignPanel()
 560   {
 561     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 562             .getAssociatedPanels(this.getSequenceSetId());
 563     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
 564     {
 565       if (aps[p].av == this)
 566       {
 567         return aps[p];
 568       }
 569     }
 570     return null;
 571   }
 572
 573   public boolean getSortByTree()
 574   {
 575     return sortByTree;
 576   }
 577
 578   public void setSortByTree(boolean sort)
 579   {
 580     sortByTree = sort;
 581   }
 582
 583   /**
 584    * Returns the (Desktop) instance of the StructureSelectionManager
 585    */
 586   @Override
 587   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 588   {
 589     return StructureSelectionManager
 590             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 591   }
 592
 593   @Override
 594   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 595   {
 596     return normaliseSequenceLogo;
 597   }
 598
 599   @Override
 600 public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 601   {
 602     normaliseSequenceLogo = state;
 603   }
 604
 605
 606   /**
 607    *
 608    * @return true if alignment characters should be displayed
 609    */
 610   @Override
 611   public boolean isValidCharWidth()
 612   {
 613     return validCharWidth;
 614   }
 615
 616   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<>();
 617
 618   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
 619   {
 620     return calcIdParams.get(calcId);
 621   }
 622
 623   public void setCalcIdSettingsFor(String calcId, AutoCalcSetting settings,
 624           boolean needsUpdate)
 625   {
 626     calcIdParams.put(calcId, settings);
 627     // TODO: create a restart list to trigger any calculations that need to be
 628     // restarted after load
 629     // calculator.getRegisteredWorkersOfClass(settings.getWorkerClass())
 630     if (needsUpdate)
 631     {
 632       Cache.log.debug("trigger update for " + calcId);
 633     }
 634   }
 635
 636   /**
 637    * Method called when another alignment's edit (or possibly other) command is
 638    * broadcast to here.
 639    *
 640    * To allow for sequence mappings (e.g. protein to cDNA), we have to first
 641    * 'unwind' the command on the source sequences (in simulation, not in fact),
 642    * and then for each edit in turn:
 643    * <ul>
 644    * <li>compute the equivalent edit on the mapped sequences</li>
 645    * <li>apply the mapped edit</li>
 646    * <li>'apply' the source edit to the working copy of the source
 647    * sequences</li>
 648    * </ul>
 649    *
 650    * @param command
 651    * @param undo
 652    * @param ssm
 653    */
 654   @Override
 655   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 656           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 657   {
 658     /*
 659      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 660      * with direct calls not via SSM.
 661      */
 662     if (source instanceof AlignViewportI
 663             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 664     {
 665       // ok to continue;
 666     }
 667     else
 668     {
 669       return;
 670     }
 671
 672     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 673             getGapCharacter());
 674     if (mappedCommand != null)
 675     {
 676       AlignmentI[] views = getAlignPanel().alignFrame.getViewAlignments();
 677       mappedCommand.doCommand(views);
 678       getAlignPanel().alignmentChanged();
 679     }
 680   }
 681
 682   /**
 683    * Add the sequences from the given alignment to this viewport. Optionally,
 684    * may give the user the option to open a new frame, or split panel, with cDNA
 685    * and protein linked.
 686    *
 687    * @param toAdd
 688    * @param title
 689    */
 690   public void addAlignment(AlignmentI toAdd, String title)
 691   {
 692     // TODO: promote to AlignViewportI? applet CutAndPasteTransfer is different
 693
 694     // JBPComment: title is a largely redundant parameter at the moment
 695     // JBPComment: this really should be an 'insert/pre/append' controller
 696     // JBPComment: but the DNA/Protein check makes it a bit more complex
 697
 698     // refactored from FileLoader / CutAndPasteTransfer / SequenceFetcher with
 699     // this comment:
 700     // TODO: create undo object for this JAL-1101
 701
 702     /*
 703      * Ensure datasets are created for the new alignment as
 704      * mappings operate on dataset sequences
 705      */
 706     toAdd.setDataset(null);
 707
 708     /*
 709      * Check if any added sequence could be the object of a mapping or
 710      * cross-reference; if so, make the mapping explicit
 711      */
 712     getAlignment().realiseMappings(toAdd.getSequences());
 713
 714     /*
 715      * If any cDNA/protein mappings exist or can be made between the alignments,
 716      * offer to open a split frame with linked alignments
 717      */
 718     if (Cache.getDefault(Preferences.ENABLE_SPLIT_FRAME, true))
 719     {
 720       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
 721       {
 722         if (openLinkedAlignment(toAdd, title))
 723         {
 724           return;
 725         }
 726       }
 727     }
 728
 729     /*
 730      * No mappings, or offer declined - add sequences to this alignment
 731      */
 732     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
 733     // provenance) should share the same dataset sequence
 734
 735     AlignmentI al = getAlignment();
 736     String gap = String.valueOf(al.getGapCharacter());
 737     for (int i = 0; i < toAdd.getHeight(); i++)
 738     {
 739       SequenceI seq = toAdd.getSequenceAt(i);
 740       /*
 741        * experimental!
 742        * - 'align' any mapped sequences as per existing
 743        *    e.g. cdna to genome, domain hit to protein sequence
 744        * very experimental! (need a separate menu option for this)
 745        * - only add mapped sequences ('select targets from a dataset')
 746        */
 747       if (true /*AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, al, gap, true, true)*/)
 748       {
 749         al.addSequence(seq);
 750       }
 751     }
 752
 753     ranges.setEndSeq(getAlignment().getHeight());
 754     firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 755   }
 756
 757   /**
 758    * Show a dialog with the option to open and link (cDNA <-> protein) as a new
 759    * alignment, either as a standalone alignment or in a split frame. Returns
 760    * true if the new alignment was opened, false if not, because the user
 761    * declined the offer.
 762    *
 763    * @param al
 764    * @param title
 765    */
 766   protected boolean openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
 767   {
 768     String[] options = new String[] { MessageManager.getString("action.no"),
 769         MessageManager.getString("label.split_window"),
 770         MessageManager.getString("label.new_window"), };
 771     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 772             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
 773     int response = JvOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop, question,
 774             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
 775             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 776             options, options[0]);
 777
 778     if (response != 1 && response != 2)
 779     {
 780       return false;
 781     }
 782     final boolean openSplitPane = (response == 1);
 783     final boolean openInNewWindow = (response == 2);
 784
 785     /*
 786      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
 787      * in a new split pane.
 788      */
 789     AlignmentI thisAlignment = openSplitPane ? new Alignment(getAlignment())
 790             : getAlignment();
 791     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 792     final AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 793
 794     /*
 795      * Map sequences. At least one should get mapped as we have already passed
 796      * the test for 'mappability'. Any mappings made will be added to the
 797      * protein alignment. Note creating dataset sequences on the new alignment
 798      * is a pre-requisite for building mappings.
 799      */
 800     al.setDataset(null);
 801     AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna);
 802
 803     /*
 804      * Create the AlignFrame for the added alignment. If it is protein, mappings
 805      * are registered with StructureSelectionManager as a side-effect.
 806      */
 807     AlignFrame newAlignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 808             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 809     newAlignFrame.setTitle(title);
 810     newAlignFrame.setStatus(MessageManager
 811             .formatMessage("label.successfully_loaded_file", new Object[]
 812             { title }));
 813
 814     // TODO if we want this (e.g. to enable reload of the alignment from file),
 815     // we will need to add parameters to the stack.
 816     // if (!protocol.equals(DataSourceType.PASTE))
 817     // {
 818     // alignFrame.setFileName(file, format);
 819     // }
 820
 821     if (openInNewWindow)
 822     {
 823       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
 824               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 825     }
 826
 827     try
 828     {
 829       newAlignFrame.setMaximum(
 830               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 831     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 832     {
 833     }
 834
 835     if (openSplitPane)
 836     {
 837       al.alignAs(thisAlignment);
 838       protein = openSplitFrame(newAlignFrame, thisAlignment);
 839     }
 840
 841     return true;
 842   }
 843
 844   /**
 845    * Helper method to open a new SplitFrame holding linked dna and protein
 846    * alignments.
 847    *
 848    * @param newAlignFrame
 849    *          containing a new alignment to be shown
 850    * @param complement
 851    *          cdna/protein complement alignment to show in the other split half
 852    * @return the protein alignment in the split frame
 853    */
 854   protected AlignmentI openSplitFrame(AlignFrame newAlignFrame,
 855           AlignmentI complement)
 856   {
 857     /*
 858      * Make a new frame with a copy of the alignment we are adding to. If this
 859      * is protein, the mappings to cDNA will be registered with
 860      * StructureSelectionManager as a side-effect.
 861      */
 862     AlignFrame copyMe = new AlignFrame(complement, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 863             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 864     copyMe.setTitle(getAlignPanel().alignFrame.getTitle());
 865
 866     AlignmentI al = newAlignFrame.viewport.getAlignment();
 867     final AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyMe
 868             : newAlignFrame;
 869     final AlignFrame cdnaFrame = al.isNucleotide() ? newAlignFrame : copyMe;
 870     cdnaFrame.setVisible(true);
 871     proteinFrame.setVisible(true);
 872     String linkedTitle = MessageManager
 873             .getString("label.linked_view_title");
 874
 875     /*
 876      * Open in split pane. DNA sequence above, protein below.
 877      */
 878     JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(cdnaFrame, proteinFrame);
 879     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, linkedTitle, -1, -1);
 880
 881     return proteinFrame.viewport.getAlignment();
 882   }
 883
 884   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 885   {
 886     return annotationColumnSelectionState;
 887   }
 888
 889   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 890           AnnotationColumnChooser currentAnnotationColumnSelectionState)
 891   {
 892     this.annotationColumnSelectionState = currentAnnotationColumnSelectionState;
 893   }
 894
 895   @Override
 896   public void setIdWidth(int i)
 897   {
 898     super.setIdWidth(i);
 899     AlignmentPanel ap = getAlignPanel();
 900     if (ap != null)
 901     {
 902       // modify GUI elements to reflect geometry change
 903       Dimension idw = ap.getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 904       idw.width = i;
 905       ap.getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(idw);
 906     }
 907   }
 908
 909   public Rectangle getExplodedGeometry()
 910   {
 911     return explodedGeometry;
 912   }
 913
 914   public void setExplodedGeometry(Rectangle explodedPosition)
 915   {
 916     this.explodedGeometry = explodedPosition;
 917   }
 918
 919   public boolean isGatherViewsHere()
 920   {
 921     return gatherViewsHere;
 922   }
 923
 924   public void setGatherViewsHere(boolean gatherViewsHere)
 925   {
 926     this.gatherViewsHere = gatherViewsHere;
 927   }
 928
 929   /**
 930    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 931    * complementary alignment to match this one.
 932    */
 933   public void scrollComplementaryAlignment()
 934   {
 935     /*
 936      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 937      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 938      * is found, the result will be empty.
 939      */
 940     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 941     int verticalOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 942     if (!sr.isEmpty())
 943     {
 944       // TODO would like next line without cast but needs more refactoring...
 945       final AlignmentPanel complementPanel = ((AlignViewport) getCodingComplement())
 946               .getAlignPanel();
 947       complementPanel.setToScrollComplementPanel(false);
 948       complementPanel.scrollToCentre(sr, verticalOffset);
 949       complementPanel.setToScrollComplementPanel(true);
 950     }
 951   }
 952
 953   /**
 954    * Answers true if no alignment holds a reference to the given mapping
 955    *
 956    * @param acf
 957    * @return
 958    */
 959   protected boolean noReferencesTo(AlignedCodonFrame acf)
 960   {
 961     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
 962     if (frames == null)
 963     {
 964       return true;
 965     }
 966     for (AlignFrame af : frames)
 967     {
 968       if (!af.isClosed())
 969       {
 970         for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
 971         {
 972           AlignmentI al = ap.getAlignment();
 973           if (al != null && al.getCodonFrames().contains(acf))
 974           {
 975             return false;
 976           }
 977         }
 978       }
 979     }
 980     return true;
 981   }
 982
 983   /**
 984    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
 985    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
 986    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
 987    * way using the Feature Settings dialogue.
 988    *
 989    * @param featureSettings
 990    */
 991   @Override
 992   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
 993   {
 994     transferFeaturesStyles(featureSettings, false);
 995   }
 996
 997   /**
 998    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known features.
 999    * This supports an 'initial configuration' of feature colouring based on a
1000    * preset or user favourite. This may then be modified in the usual way using
1001    * the Feature Settings dialogue.
1002    *
1003    * @param featureSettings
1004    */
1005   @Override
1006   public void mergeFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1007   {
1008     transferFeaturesStyles(featureSettings, true);
1009   }
1010
1011   /**
1012    * when mergeOnly is set, then group and feature visibility or feature colours
1013    * are not modified for features and groups already known to the feature
1014    * renderer. Feature ordering is always adjusted, and transparency is always set
1015    * regardless.
1016    *
1017    * @param featureSettings
1018    * @param mergeOnly
1019    */
1020   private void transferFeaturesStyles(FeatureSettingsModelI featureSettings,
1021           boolean mergeOnly)
1022   {
1023     if (featureSettings == null)
1024     {
1025       return;
1026     }
1027
1028     FeatureRenderer fr = getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas
1029             .getFeatureRenderer();
1030     List<String> origRenderOrder = new ArrayList(),
1031             origGroups = new ArrayList();
1032     // preserve original render order - allows differentiation between user configured colours and autogenerated ones
1033     origRenderOrder.addAll(fr.getRenderOrder());
1034     origGroups.addAll(fr.getFeatureGroups());
1035
1036     fr.findAllFeatures(true);
1037     List<String> renderOrder = fr.getRenderOrder();
1038     FeaturesDisplayedI displayed = fr.getFeaturesDisplayed();
1039     if (!mergeOnly)
1040     {
1041       // only clear displayed features if we are mergeing
1042       displayed.clear();
1043     }
1044     // TODO this clears displayed.featuresRegistered - do we care?
1045     //
1046     // JAL-3330 - JBP - yes we do - calling applyFeatureStyle to a view where
1047     // feature visibility has already been configured is not very friendly
1048     /*
1049      * set feature colour if specified by feature settings
1050      * set visibility of all features
1051      */
1052     for (String type : renderOrder)
1053     {
1054       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
1055               .getFeatureColour(type);
1056       FeatureMatcherSetI preferredFilters = featureSettings
1057               .getFeatureFilters(type);
1058
1059       FeatureColourI origColour = fr.getFeatureStyle(type);
1060       if (!mergeOnly || (!origRenderOrder.contains(type)
1061               || origColour == null
1062               || (!origColour.isGraduatedColour()
1063                       && origColour.getColour() != null
1064                       && origColour.getColour().equals(
1065                               ColorUtils.createColourFromName(type)))))
1066       {
1067         // if we are merging, only update if there wasn't already a colour defined for
1068         // this type
1069         if (preferredColour != null)
1070         {
1071           fr.setColour(type, preferredColour);
1072         }
1073         if (preferredFilters != null
1074                 && (!mergeOnly || fr.getFeatureFilter(type) != null))
1075         {
1076           fr.setFeatureFilter(type, preferredFilters);
1077         }
1078         if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
1079         {
1080           displayed.setVisible(type);
1081         }
1082       }
1083     }
1084
1085     /*
1086      * set visibility of feature groups
1087      */
1088     for (String group : fr.getFeatureGroups())
1089     {
1090       if (!mergeOnly || !origGroups.contains(group))
1091       {
1092         // when merging, display groups only if the aren't already marked as not visible
1093         fr.setGroupVisibility(group,
1094                 featureSettings.isGroupDisplayed(group));
1095       }
1096     }
1097
1098     /*
1099      * order the features
1100      */
1101     if (featureSettings.optimiseOrder())
1102     {
1103       // TODO not supported (yet?)
1104     }
1105     else
1106     {
1107       fr.orderFeatures(featureSettings);
1108     }
1109     fr.setTransparency(featureSettings.getTransparency());
1110   }
1111
1112   public String getViewName()
1113   {
1114     return viewName;
1115   }
1116
1117   public void setViewName(String viewName)
1118   {
1119     this.viewName = viewName;
1120   }
1121 }