src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1  /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.bin.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class AlignViewport\r
  41 {\r
  42     int startRes;\r
  43     int endRes;\r
  44     int startSeq;\r
  45     int endSeq;\r
  46     boolean showDBPrefix = true;\r
  47     boolean showJVSuffix = true;\r
  48     boolean showText = true;\r
  49     boolean showColourText = false;\r
  50     boolean showBoxes = true;\r
  51     boolean wrapAlignment = false;\r
  52     boolean renderGaps = true;\r
  53     boolean showSequenceFeatures = false;\r
  54     boolean showAnnotation = true;\r
  55     boolean showConservation = true;\r
  56     boolean showQuality = true;\r
  57     boolean showIdentity = true;\r
  58     boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  59     ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  60     boolean conservationColourSelected = false;\r
  61     boolean abovePIDThreshold = false;\r
  62     SequenceGroup selectionGroup;\r
  63     int charHeight;\r
  64     int charWidth;\r
  65     int wrappedWidth;\r
  66     Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);\r
  67     AlignmentI alignment;\r
  68     ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  69     int threshold;\r
  70     int increment;\r
  71     NJTree currentTree = null;\r
  72     boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  73     boolean scaleLeftWrapped = true;\r
  74     boolean scaleRightWrapped = true;\r
  75 \r
  76     /** DOCUMENT ME!! */\r
  77     public Vector vconsensus;\r
  78     AlignmentAnnotation consensus;\r
  79     AlignmentAnnotation conservation;\r
  80     AlignmentAnnotation quality;\r
  81 \r
  82     /** DOCUMENT ME!! */\r
  83     public int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!\r
  84 \r
  85     // JBPNote Prolly only need this in the applet version.\r
  86     private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(this);\r
  87 \r
  88     boolean ignoreGapsInConsensusCalculation = false;\r
  89 \r
  90     boolean showTranslation = false;\r
  91 \r
  92     boolean isDataset = false;\r
  93 \r
  94 \r
  95     public AlignViewport(AlignmentI al, boolean dataset)\r
  96     {\r
  97       isDataset = dataset;\r
  98       setAlignment(al);\r
  99       init();\r
 100     }\r
 101     /**\r
 102      * Creates a new AlignViewport object.\r
 103      *\r
 104      * @param al DOCUMENT ME!\r
 105      */\r
 106     public AlignViewport(AlignmentI al)\r
 107     {\r
 108         setAlignment(al);\r
 109         init();\r
 110     }\r
 111 \r
 112     void init()\r
 113     {\r
 114         this.startRes = 0;\r
 115         this.endRes = alignment.getWidth() - 1;\r
 116         this.startSeq = 0;\r
 117         this.endSeq = alignment.getHeight() - 1;\r
 118 \r
 119       showDBPrefix = Cache.getDefault("SHOW_DBPREFIX", true);\r
 120       showJVSuffix = Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true);\r
 121       showAnnotation = Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true);\r
 122       showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);\r
 123 \r
 124       showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);\r
 125       showIdentity = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);\r
 126 \r
 127        String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");\r
 128        String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "") ;\r
 129        String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");\r
 130 \r
 131        int style = 0;\r
 132 \r
 133        if (fontStyle.equals("bold"))\r
 134        {\r
 135          style = 1;\r
 136        }\r
 137        else if (fontStyle.equals("italic"))\r
 138        {\r
 139          style = 2;\r
 140        }\r
 141 \r
 142        setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)));\r
 143 \r
 144 \r
 145        alignment.setGapCharacter( Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0) );\r
 146 \r
 147 \r
 148         // We must set conservation and consensus before setting colour,\r
 149         // as Blosum and Clustal require this to be done\r
 150         if(vconsensus==null && !isDataset)\r
 151         {\r
 152           updateConservation();\r
 153           updateConsensus();\r
 154         }\r
 155 \r
 156         if (jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR") != null)\r
 157         {\r
 158           globalColourScheme = ColourSchemeProperty.getColour(alignment,\r
 159               jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR"));\r
 160 \r
 161             if (globalColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 162             {\r
 163                 globalColourScheme = UserDefinedColours.loadDefaultColours();\r
 164                 ((UserColourScheme)globalColourScheme).setThreshold(0, getIgnoreGapsConsensus());\r
 165             }\r
 166 \r
 167             if (globalColourScheme != null)\r
 168             {\r
 169                 globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 170             }\r
 171         }\r
 172     }\r
 173 \r
 174 \r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * DOCUMENT ME!\r
 178      *\r
 179      * @param b DOCUMENT ME!\r
 180      */\r
 181     public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
 182     {\r
 183         showSequenceFeatures = b;\r
 184     }\r
 185 \r
 186     /**\r
 187      * DOCUMENT ME!\r
 188      */\r
 189     public void updateConservation()\r
 190     {\r
 191       if(alignment.isNucleotide())\r
 192           return;\r
 193 \r
 194       try{\r
 195         Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
 196             jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
 197             alignment.getSequences(), 0, alignment.getWidth() - 1);\r
 198         cons.calculate();\r
 199         cons.verdict(false, ConsPercGaps);\r
 200         cons.findQuality();\r
 201 \r
 202         int alWidth = alignment.getWidth();\r
 203         Annotation[] annotations = new Annotation[alWidth];\r
 204         Annotation[] qannotations = new Annotation[alWidth];\r
 205         String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
 206         float minR;\r
 207         float minG;\r
 208         float minB;\r
 209         float maxR;\r
 210         float maxG;\r
 211         float maxB;\r
 212         minR = 0.3f;\r
 213         minG = 0.0f;\r
 214         minB = 0f;\r
 215         maxR = 1.0f - minR;\r
 216         maxG = 0.9f - minG;\r
 217         maxB = 0f - minB; // scalable range for colouring both Conservation and Quality\r
 218 \r
 219         float min = 0f;\r
 220         float max = 11f;\r
 221         float qmin = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
 222         float qmax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 223 \r
 224         for (int i = 0; i < alWidth; i++)\r
 225         {\r
 226           float value = 0;\r
 227 \r
 228           try\r
 229           {\r
 230             value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 231           }\r
 232           catch (Exception ex)\r
 233           {\r
 234             if (sequence.charAt(i) == '*')\r
 235             {\r
 236               value = 11;\r
 237             }\r
 238 \r
 239             if (sequence.charAt(i) == '+')\r
 240             {\r
 241               value = 10;\r
 242             }\r
 243           }\r
 244 \r
 245           float vprop = value - min;\r
 246           vprop /= max;\r
 247           annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 248                                           String.valueOf(value), ' ', value,\r
 249                                           new Color(minR + (maxR * vprop),\r
 250               minG + (maxG * vprop),\r
 251               minB + (maxB * vprop)));\r
 252 \r
 253           // Quality calc\r
 254           value = ( (Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 255           vprop = value - qmin;\r
 256           vprop /= qmax;\r
 257           qannotations[i] = new Annotation(" ", String.valueOf(value), ' ',\r
 258                                            value,\r
 259                                            new Color(minR + (maxR * vprop),\r
 260               minG + (maxG * vprop),\r
 261               minB + (maxB * vprop)));\r
 262         }\r
 263 \r
 264         if (conservation == null)\r
 265         {\r
 266           conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 267                                                  "Conservation of total alignment less than " +\r
 268                                                  ConsPercGaps + "% gaps",\r
 269                                                  annotations, 0f, // cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 270                                                  11f, // cons.qualityRange[1].floatValue()\r
 271                                                  1);\r
 272 \r
 273           if (showConservation)\r
 274           {\r
 275             alignment.addAnnotation(conservation);\r
 276           }\r
 277 \r
 278           quality = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 279                                             "Alignment Quality based on Blosum62 scores",\r
 280                                             qannotations,\r
 281                                             cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 282                                             cons.qualityRange[1].floatValue(),\r
 283                                             1);\r
 284 \r
 285           if (showQuality)\r
 286           {\r
 287             alignment.addAnnotation(quality);\r
 288           }\r
 289         }\r
 290         else\r
 291         {\r
 292           conservation.annotations = annotations;\r
 293           quality.annotations = qannotations;\r
 294           quality.graphMax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 295         }\r
 296       }\r
 297       catch (OutOfMemoryError error)\r
 298       {\r
 299         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 300             "Out of memory calculating conservation!!"\r
 301             +\r
 302             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 303             , "Out of memory",\r
 304             javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 305         System.out.println("Conservation calculation: " + error);\r
 306         System.gc();\r
 307 \r
 308       }\r
 309     }\r
 310 \r
 311     /**\r
 312      * DOCUMENT ME!\r
 313      */\r
 314     public void updateConsensus()\r
 315     {\r
 316       try{\r
 317         Annotation[] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 318 \r
 319         // this routine prevents vconsensus becoming a new object each time\r
 320         // consenus is calculated. Important for speed of Blosum62\r
 321         // and PID colouring of alignment\r
 322         if (vconsensus == null)\r
 323         {\r
 324           vconsensus = alignment.getAAFrequency();\r
 325         }\r
 326         else\r
 327         {\r
 328           Vector temp = alignment.getAAFrequency();\r
 329           vconsensus.clear();\r
 330 \r
 331           Enumeration e = temp.elements();\r
 332 \r
 333           while (e.hasMoreElements())\r
 334           {\r
 335             vconsensus.add(e.nextElement());\r
 336           }\r
 337         }\r
 338 \r
 339         Hashtable hash = null;\r
 340 \r
 341         for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 342         {\r
 343           hash = (Hashtable) vconsensus.elementAt(i);\r
 344 \r
 345           float value = 0;\r
 346           if (ignoreGapsInConsensusCalculation)\r
 347             value = ( (Float) hash.get("pid_nogaps")).floatValue();\r
 348           else\r
 349             value = ( (Float) hash.get("pid_gaps")).floatValue();\r
 350 \r
 351           String maxRes = hash.get("maxResidue").toString();\r
 352           String mouseOver = hash.get("maxResidue") + " ";\r
 353 \r
 354           if (maxRes.length() > 1)\r
 355           {\r
 356             mouseOver = "[" + maxRes + "] ";\r
 357             maxRes = "+";\r
 358           }\r
 359 \r
 360           mouseOver += ( (int) value + "%");\r
 361           annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 362         }\r
 363 \r
 364         if (consensus == null)\r
 365         {\r
 366           consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus", "PID",\r
 367                                               annotations, 0f, 100f, 1);\r
 368 \r
 369           if (showIdentity)\r
 370           {\r
 371             alignment.addAnnotation(consensus);\r
 372           }\r
 373         }\r
 374         else\r
 375         {\r
 376           consensus.annotations = annotations;\r
 377         }\r
 378 \r
 379         if (globalColourScheme != null)\r
 380           globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 381 \r
 382       }catch(OutOfMemoryError error)\r
 383       {\r
 384         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 385             "Out of memory calculating consensus!!"\r
 386             +\r
 387             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 388             , "Out of memory",\r
 389             javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 390         System.out.println("Consensus calculation: " + error);\r
 391         System.gc();\r
 392       }\r
 393 \r
 394     }\r
 395 \r
 396     /**\r
 397      * DOCUMENT ME!\r
 398      *\r
 399      * @return DOCUMENT ME!\r
 400      */\r
 401     public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 402     {\r
 403         return selectionGroup;\r
 404     }\r
 405 \r
 406     /**\r
 407      * DOCUMENT ME!\r
 408      *\r
 409      * @param sg DOCUMENT ME!\r
 410      */\r
 411     public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 412     {\r
 413         selectionGroup = sg;\r
 414     }\r
 415 \r
 416     /**\r
 417      * DOCUMENT ME!\r
 418      *\r
 419      * @return DOCUMENT ME!\r
 420      */\r
 421     public boolean getConservationSelected()\r
 422     {\r
 423         return conservationColourSelected;\r
 424     }\r
 425 \r
 426     /**\r
 427      * DOCUMENT ME!\r
 428      *\r
 429      * @param b DOCUMENT ME!\r
 430      */\r
 431     public void setConservationSelected(boolean b)\r
 432     {\r
 433         conservationColourSelected = b;\r
 434     }\r
 435 \r
 436     /**\r
 437      * DOCUMENT ME!\r
 438      *\r
 439      * @return DOCUMENT ME!\r
 440      */\r
 441     public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 442     {\r
 443         return abovePIDThreshold;\r
 444     }\r
 445 \r
 446     /**\r
 447      * DOCUMENT ME!\r
 448      *\r
 449      * @param b DOCUMENT ME!\r
 450      */\r
 451     public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 452     {\r
 453         abovePIDThreshold = b;\r
 454     }\r
 455 \r
 456     /**\r
 457      * DOCUMENT ME!\r
 458      *\r
 459      * @return DOCUMENT ME!\r
 460      */\r
 461     public int getStartRes()\r
 462     {\r
 463         return startRes;\r
 464     }\r
 465 \r
 466     /**\r
 467      * DOCUMENT ME!\r
 468      *\r
 469      * @return DOCUMENT ME!\r
 470      */\r
 471     public int getEndRes()\r
 472     {\r
 473         return endRes;\r
 474     }\r
 475 \r
 476     /**\r
 477      * DOCUMENT ME!\r
 478      *\r
 479      * @return DOCUMENT ME!\r
 480      */\r
 481     public int getStartSeq()\r
 482     {\r
 483         return startSeq;\r
 484     }\r
 485 \r
 486     /**\r
 487      * DOCUMENT ME!\r
 488      *\r
 489      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 490      */\r
 491     public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 492     {\r
 493         globalColourScheme = cs;\r
 494     }\r
 495 \r
 496     /**\r
 497      * DOCUMENT ME!\r
 498      *\r
 499      * @return DOCUMENT ME!\r
 500      */\r
 501     public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 502     {\r
 503         return globalColourScheme;\r
 504     }\r
 505 \r
 506     /**\r
 507      * DOCUMENT ME!\r
 508      *\r
 509      * @param res DOCUMENT ME!\r
 510      */\r
 511     public void setStartRes(int res)\r
 512     {\r
 513         this.startRes = res;\r
 514     }\r
 515 \r
 516     /**\r
 517      * DOCUMENT ME!\r
 518      *\r
 519      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 520      */\r
 521     public void setStartSeq(int seq)\r
 522     {\r
 523         this.startSeq = seq;\r
 524     }\r
 525 \r
 526     /**\r
 527      * DOCUMENT ME!\r
 528      *\r
 529      * @param res DOCUMENT ME!\r
 530      */\r
 531     public void setEndRes(int res)\r
 532     {\r
 533         if (res > (alignment.getWidth() - 1))\r
 534         {\r
 535             // log.System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 536             res = alignment.getWidth() - 1;\r
 537         }\r
 538 \r
 539         if (res < 0)\r
 540         {\r
 541             res = 0;\r
 542         }\r
 543 \r
 544         this.endRes = res;\r
 545     }\r
 546 \r
 547     /**\r
 548      * DOCUMENT ME!\r
 549      *\r
 550      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 551      */\r
 552     public void setEndSeq(int seq)\r
 553     {\r
 554         if (seq > alignment.getHeight())\r
 555         {\r
 556             seq = alignment.getHeight();\r
 557         }\r
 558 \r
 559         if (seq < 0)\r
 560         {\r
 561             seq = 0;\r
 562         }\r
 563 \r
 564         this.endSeq = seq;\r
 565     }\r
 566 \r
 567     /**\r
 568      * DOCUMENT ME!\r
 569      *\r
 570      * @return DOCUMENT ME!\r
 571      */\r
 572     public int getEndSeq()\r
 573     {\r
 574         return endSeq;\r
 575     }\r
 576 \r
 577     /**\r
 578      * DOCUMENT ME!\r
 579      *\r
 580      * @param f DOCUMENT ME!\r
 581      */\r
 582     public void setFont(Font f)\r
 583     {\r
 584         font = f;\r
 585 \r
 586         Container c = new Container();\r
 587 \r
 588         java.awt.FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);\r
 589         setCharHeight(fm.getHeight());\r
 590         setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 591     }\r
 592 \r
 593     /**\r
 594      * DOCUMENT ME!\r
 595      *\r
 596      * @return DOCUMENT ME!\r
 597      */\r
 598     public Font getFont()\r
 599     {\r
 600         return font;\r
 601     }\r
 602 \r
 603     /**\r
 604      * DOCUMENT ME!\r
 605      *\r
 606      * @param w DOCUMENT ME!\r
 607      */\r
 608     public void setCharWidth(int w)\r
 609     {\r
 610         this.charWidth = w;\r
 611     }\r
 612 \r
 613     /**\r
 614      * DOCUMENT ME!\r
 615      *\r
 616      * @return DOCUMENT ME!\r
 617      */\r
 618     public int getCharWidth()\r
 619     {\r
 620         return charWidth;\r
 621     }\r
 622 \r
 623     /**\r
 624      * DOCUMENT ME!\r
 625      *\r
 626      * @param h DOCUMENT ME!\r
 627      */\r
 628     public void setCharHeight(int h)\r
 629     {\r
 630         this.charHeight = h;\r
 631     }\r
 632 \r
 633     /**\r
 634      * DOCUMENT ME!\r
 635      *\r
 636      * @return DOCUMENT ME!\r
 637      */\r
 638     public int getCharHeight()\r
 639     {\r
 640         return charHeight;\r
 641     }\r
 642 \r
 643     /**\r
 644      * DOCUMENT ME!\r
 645      *\r
 646      * @param w DOCUMENT ME!\r
 647      */\r
 648     public void setWrappedWidth(int w)\r
 649     {\r
 650         this.wrappedWidth = w;\r
 651     }\r
 652 \r
 653     /**\r
 654      * DOCUMENT ME!\r
 655      *\r
 656      * @return DOCUMENT ME!\r
 657      */\r
 658     public int getWrappedWidth()\r
 659     {\r
 660         return wrappedWidth;\r
 661     }\r
 662 \r
 663 \r
 664     /**\r
 665      * DOCUMENT ME!\r
 666      *\r
 667      * @return DOCUMENT ME!\r
 668      */\r
 669     public AlignmentI getAlignment()\r
 670     {\r
 671         return alignment;\r
 672     }\r
 673 \r
 674     /**\r
 675      * DOCUMENT ME!\r
 676      *\r
 677      * @param align DOCUMENT ME!\r
 678      */\r
 679     public void setAlignment(AlignmentI align)\r
 680     {\r
 681         this.alignment = align;\r
 682     }\r
 683 \r
 684     /**\r
 685      * DOCUMENT ME!\r
 686      *\r
 687      * @param state DOCUMENT ME!\r
 688      */\r
 689     public void setWrapAlignment(boolean state)\r
 690     {\r
 691         wrapAlignment = state;\r
 692     }\r
 693 \r
 694     /**\r
 695      * DOCUMENT ME!\r
 696      *\r
 697      * @param state DOCUMENT ME!\r
 698      */\r
 699     public void setShowText(boolean state)\r
 700     {\r
 701         showText = state;\r
 702     }\r
 703 \r
 704     /**\r
 705      * DOCUMENT ME!\r
 706      *\r
 707      * @param state DOCUMENT ME!\r
 708      */\r
 709     public void setRenderGaps(boolean state)\r
 710     {\r
 711         renderGaps = state;\r
 712     }\r
 713 \r
 714     /**\r
 715      * DOCUMENT ME!\r
 716      *\r
 717      * @return DOCUMENT ME!\r
 718      */\r
 719     public boolean getColourText()\r
 720     {\r
 721         return showColourText;\r
 722     }\r
 723 \r
 724     /**\r
 725      * DOCUMENT ME!\r
 726      *\r
 727      * @param state DOCUMENT ME!\r
 728      */\r
 729     public void setColourText(boolean state)\r
 730     {\r
 731         showColourText = state;\r
 732     }\r
 733 \r
 734     /**\r
 735      * DOCUMENT ME!\r
 736      *\r
 737      * @param state DOCUMENT ME!\r
 738      */\r
 739     public void setShowBoxes(boolean state)\r
 740     {\r
 741         showBoxes = state;\r
 742     }\r
 743 \r
 744     /**\r
 745      * DOCUMENT ME!\r
 746      *\r
 747      * @return DOCUMENT ME!\r
 748      */\r
 749     public boolean getWrapAlignment()\r
 750     {\r
 751         return wrapAlignment;\r
 752     }\r
 753 \r
 754     /**\r
 755      * DOCUMENT ME!\r
 756      *\r
 757      * @return DOCUMENT ME!\r
 758      */\r
 759     public boolean getShowText()\r
 760     {\r
 761         return showText;\r
 762     }\r
 763 \r
 764     /**\r
 765      * DOCUMENT ME!\r
 766      *\r
 767      * @return DOCUMENT ME!\r
 768      */\r
 769     public boolean getShowBoxes()\r
 770     {\r
 771         return showBoxes;\r
 772     }\r
 773 \r
 774     /**\r
 775      * DOCUMENT ME!\r
 776      *\r
 777      * @return DOCUMENT ME!\r
 778      */\r
 779     public char getGapCharacter()\r
 780     {\r
 781         return getAlignment().getGapCharacter();\r
 782     }\r
 783 \r
 784     /**\r
 785      * DOCUMENT ME!\r
 786      *\r
 787      * @param gap DOCUMENT ME!\r
 788      */\r
 789     public void setGapCharacter(char gap)\r
 790     {\r
 791         if (getAlignment() != null)\r
 792         {\r
 793             getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 794         }\r
 795     }\r
 796 \r
 797     /**\r
 798      * DOCUMENT ME!\r
 799      *\r
 800      * @param thresh DOCUMENT ME!\r
 801      */\r
 802     public void setThreshold(int thresh)\r
 803     {\r
 804         threshold = thresh;\r
 805     }\r
 806 \r
 807     /**\r
 808      * DOCUMENT ME!\r
 809      *\r
 810      * @return DOCUMENT ME!\r
 811      */\r
 812     public int getThreshold()\r
 813     {\r
 814         return threshold;\r
 815     }\r
 816 \r
 817     /**\r
 818      * DOCUMENT ME!\r
 819      *\r
 820      * @param inc DOCUMENT ME!\r
 821      */\r
 822     public void setIncrement(int inc)\r
 823     {\r
 824         increment = inc;\r
 825     }\r
 826 \r
 827     /**\r
 828      * DOCUMENT ME!\r
 829      *\r
 830      * @return DOCUMENT ME!\r
 831      */\r
 832     public int getIncrement()\r
 833     {\r
 834         return increment;\r
 835     }\r
 836 \r
 837     /**\r
 838      * DOCUMENT ME!\r
 839      *\r
 840      * @param y DOCUMENT ME!\r
 841      *\r
 842      * @return DOCUMENT ME!\r
 843      */\r
 844     public int getIndex(int y)\r
 845     {\r
 846         int y1 = 0;\r
 847         int starty = getStartSeq();\r
 848         int endy = getEndSeq();\r
 849 \r
 850         for (int i = starty; i <= endy; i++)\r
 851         {\r
 852             if ((i < alignment.getHeight()) &&\r
 853                     (alignment.getSequenceAt(i) != null))\r
 854             {\r
 855                 int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 856 \r
 857                 if ((y >= y1) && (y <= y2))\r
 858                 {\r
 859                     return i;\r
 860                 }\r
 861 \r
 862                 y1 = y2;\r
 863             }\r
 864             else\r
 865             {\r
 866                 return -1;\r
 867             }\r
 868         }\r
 869 \r
 870         return -1;\r
 871     }\r
 872 \r
 873     /**\r
 874      * DOCUMENT ME!\r
 875      *\r
 876      * @return DOCUMENT ME!\r
 877      */\r
 878     public ColumnSelection getColumnSelection()\r
 879     {\r
 880         return colSel;\r
 881     }\r
 882 \r
 883 \r
 884     /**\r
 885      * DOCUMENT ME!\r
 886      *\r
 887      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 888      */\r
 889     public void setCurrentTree(NJTree tree)\r
 890     {\r
 891         currentTree = tree;\r
 892     }\r
 893 \r
 894     /**\r
 895      * DOCUMENT ME!\r
 896      *\r
 897      * @return DOCUMENT ME!\r
 898      */\r
 899     public NJTree getCurrentTree()\r
 900     {\r
 901         return currentTree;\r
 902     }\r
 903 \r
 904     /**\r
 905      * DOCUMENT ME!\r
 906      *\r
 907      * @param b DOCUMENT ME!\r
 908      */\r
 909     public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 910     {\r
 911         colourAppliesToAllGroups = b;\r
 912     }\r
 913 \r
 914     /**\r
 915      * DOCUMENT ME!\r
 916      *\r
 917      * @return DOCUMENT ME!\r
 918      */\r
 919     public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 920     {\r
 921         return colourAppliesToAllGroups;\r
 922     }\r
 923 \r
 924     /**\r
 925      * DOCUMENT ME!\r
 926      *\r
 927      * @return DOCUMENT ME!\r
 928      */\r
 929     public boolean getShowJVSuffix()\r
 930     {\r
 931         return showJVSuffix;\r
 932     }\r
 933 \r
 934     /**\r
 935      * DOCUMENT ME!\r
 936      *\r
 937      * @param b DOCUMENT ME!\r
 938      */\r
 939     public void setShowJVSuffix(boolean b)\r
 940     {\r
 941         showJVSuffix = b;\r
 942     }\r
 943 \r
 944     /**\r
 945      * DOCUMENT ME!\r
 946      *\r
 947      * @return DOCUMENT ME!\r
 948      */\r
 949     public boolean getShowDBPrefix()\r
 950     {\r
 951         return showDBPrefix;\r
 952     }\r
 953 \r
 954     /**\r
 955      * DOCUMENT ME!\r
 956      *\r
 957      * @param b DOCUMENT ME!\r
 958      */\r
 959     public void setShowDBPrefix(boolean b)\r
 960     {\r
 961         showDBPrefix = b;\r
 962     }\r
 963 \r
 964     /**\r
 965      * DOCUMENT ME!\r
 966      *\r
 967      * @return DOCUMENT ME!\r
 968      */\r
 969     public boolean getShowAnnotation()\r
 970     {\r
 971         return showAnnotation;\r
 972     }\r
 973 \r
 974     /**\r
 975      * DOCUMENT ME!\r
 976      *\r
 977      * @param b DOCUMENT ME!\r
 978      */\r
 979     public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 980     {\r
 981         showAnnotation = b;\r
 982     }\r
 983 \r
 984     /**\r
 985      * DOCUMENT ME!\r
 986      *\r
 987      * @return DOCUMENT ME!\r
 988      */\r
 989     public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 990     {\r
 991         return scaleAboveWrapped;\r
 992     }\r
 993 \r
 994     /**\r
 995      * DOCUMENT ME!\r
 996      *\r
 997      * @return DOCUMENT ME!\r
 998      */\r
 999     public boolean getScaleLeftWrapped()\r
1000     {\r
1001         return scaleLeftWrapped;\r
1002     }\r
1003 \r
1004     /**\r
1005      * DOCUMENT ME!\r
1006      *\r
1007      * @return DOCUMENT ME!\r
1008      */\r
1009     public boolean getScaleRightWrapped()\r
1010     {\r
1011         return scaleRightWrapped;\r
1012     }\r
1013 \r
1014     /**\r
1015      * DOCUMENT ME!\r
1016      *\r
1017      * @param b DOCUMENT ME!\r
1018      */\r
1019     public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
1020     {\r
1021         scaleAboveWrapped = b;\r
1022     }\r
1023 \r
1024     /**\r
1025      * DOCUMENT ME!\r
1026      *\r
1027      * @param b DOCUMENT ME!\r
1028      */\r
1029     public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
1030     {\r
1031         scaleLeftWrapped = b;\r
1032     }\r
1033 \r
1034     /**\r
1035      * DOCUMENT ME!\r
1036      *\r
1037      * @param b DOCUMENT ME!\r
1038      */\r
1039     public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
1040     {\r
1041         scaleRightWrapped = b;\r
1042     }\r
1043 \r
1044     /**\r
1045      * Property change listener for changes in alignment\r
1046      *\r
1047      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1048      */\r
1049     public void addPropertyChangeListener(\r
1050         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1051     {\r
1052         changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);\r
1053     }\r
1054 \r
1055     /**\r
1056      * DOCUMENT ME!\r
1057      *\r
1058      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1059      */\r
1060     public void removePropertyChangeListener(\r
1061         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1062     {\r
1063         changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);\r
1064     }\r
1065 \r
1066     /**\r
1067      * Property change listener for changes in alignment\r
1068      *\r
1069      * @param prop DOCUMENT ME!\r
1070      * @param oldvalue DOCUMENT ME!\r
1071      * @param newvalue DOCUMENT ME!\r
1072      */\r
1073     public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue, Object newvalue)\r
1074     {\r
1075         changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);\r
1076     }\r
1077 \r
1078     public void setIgnoreGapsConsensus(boolean b)\r
1079     {\r
1080       ignoreGapsInConsensusCalculation = b;\r
1081       updateConsensus();\r
1082       if(globalColourScheme!=null)\r
1083       {\r
1084         globalColourScheme.setThreshold(globalColourScheme.getThreshold(), ignoreGapsInConsensusCalculation);\r
1085       }\r
1086 \r
1087     }\r
1088 \r
1089     public boolean getIgnoreGapsConsensus()\r
1090     {\r
1091      return ignoreGapsInConsensusCalculation;\r
1092     }\r
1093 \r
1094     public void showTranslation(boolean b)\r
1095     {\r
1096       this.showTranslation = b;\r
1097     }\r
1098 \r
1099     public boolean getShowTranslation()\r
1100     {\r
1101       return showTranslation;\r
1102     }\r
1103 \r
1104     public void setDataset(boolean b)\r
1105     {\r
1106       isDataset = b;\r
1107     }\r
1108 \r
1109     public boolean isDataset()\r
1110     {\r
1111       return isDataset;\r
1112     }\r
1113 }\r