src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showFullId = false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24   boolean showSequenceFeatures = false;\r
  25   boolean showAnnotation = true;\r
  26 \r
  27   boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  28   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  29   boolean conservationColourSelected = false;\r
  30   boolean abovePIDThreshold = false;\r
  31 \r
  32   SequenceGroup selectionGroup = new SequenceGroup();\r
  33 \r
  34   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  35 \r
  36   int             charHeight;\r
  37   int             charWidth;\r
  38   int             chunkWidth;\r
  39   int             chunkHeight;\r
  40 \r
  41   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  42   AlignmentI      alignment;\r
  43 \r
  44   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  45 \r
  46   int threshold;\r
  47   int increment;\r
  48 \r
  49   NJTree currentTree = null;\r
  50 \r
  51   boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  52   boolean scaleLeftWrapped  = true;\r
  53   boolean scaleRightWrapped = true;\r
  54 \r
  55 \r
  56   public AlignViewport(AlignmentI al,\r
  57                        boolean showText,\r
  58                        boolean showBoxes,\r
  59                        boolean wrapAlignment) {\r
  60 \r
  61     this.startRes = 0;\r
  62     this.endRes = al.getWidth()-1;\r
  63     this.startSeq = 0;\r
  64     this.endSeq = al.getHeight()-1;\r
  65     this.showText = showText;\r
  66     this.showBoxes = showBoxes;\r
  67     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  68 \r
  69     setAlignment(al);\r
  70     setFont( font );\r
  71  }\r
  72 \r
  73  public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
  74  {\r
  75    showSequenceFeatures = b;\r
  76  }\r
  77 \r
  78   AlignmentAnnotation consensus;\r
  79   AlignmentAnnotation conservation;\r
  80   AlignmentAnnotation quality;\r
  81 \r
  82   public void updateConservation()\r
  83   {\r
  84     int percGaps = 100; // JBPNote : This should be a scalable property!\r
  85     Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
  86         jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 1,\r
  87         alignment.getSequences(), 0,\r
  88         alignment.getWidth());\r
  89     cons.calculate();\r
  90     cons.verdict(false, percGaps);\r
  91     cons.findQuality();\r
  92     int alWidth = alignment.getWidth();\r
  93     Annotation [] annotations = new Annotation[alWidth];\r
  94     Annotation [] qannotations = new Annotation[alWidth];\r
  95     String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
  96     float minR,minG,minB, maxR,maxG,maxB;\r
  97     minR = 0.3f;\r
  98     minG = 0.0f;\r
  99     minB = 0f;\r
 100     maxR = 1.0f-minR; maxG=0.9f-minG; maxB=0f-minB; // scalable range for colouring both Conservation and Quality\r
 101     float min = 0f;\r
 102     float max = 11f;\r
 103     float qmin = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
 104     float qmax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 105 \r
 106     for (int i = 0; i < alWidth; i++)\r
 107     {\r
 108       float value = 0;\r
 109       try\r
 110         {\r
 111           value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 112         }\r
 113       catch (Exception ex)\r
 114         {\r
 115           if (sequence.charAt(i) == '*') value = 11;\r
 116           if (sequence.charAt(i) == '+') value = 10;\r
 117         }\r
 118       float vprop = value-min;\r
 119       vprop/=max;\r
 120       annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 121                                       "Conservation graph", ' ', value, new Color(minR+maxR*vprop, minG+maxG*vprop, minB+maxB*vprop));\r
 122       // Quality calc\r
 123       value = ((Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 124       vprop = value - qmin;\r
 125       vprop/=qmax;\r
 126       qannotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 127                                       new String().valueOf(value), ' ', value, new Color(minR+maxR*vprop, minG+maxG*vprop, minB+maxB*vprop));\r
 128     }\r
 129 \r
 130     if(conservation==null)\r
 131     {\r
 132       conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 133                                              "Conservation of total alignment less than "+percGaps+"% gaps",\r
 134                                              annotations,\r
 135                                              0f, // cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 136                                              11f, // cons.qualityRange[1].floatValue()\r
 137                                              1);\r
 138       alignment.addAnnotation(conservation);\r
 139       quality = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 140                                         "Alignment Quality based on Blosum62 scores",\r
 141                                         qannotations,\r
 142                                         cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 143                                         cons.qualityRange[1].floatValue(),\r
 144                                         1);\r
 145       alignment.addAnnotation(quality);\r
 146     }\r
 147     else {\r
 148       conservation.annotations = annotations;\r
 149       quality.annotations = qannotations;\r
 150     }\r
 151 \r
 152 \r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void updateConsensus()\r
 156   {\r
 157     Annotation [] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 158 \r
 159     Vector cons = alignment.getAAFrequency();\r
 160     Hashtable hash = null;\r
 161     for (int i = 0, alWidth=alignment.getWidth(); i<alWidth; i++)\r
 162     {\r
 163         hash = (Hashtable) cons.elementAt(i);\r
 164         float value = Float.parseFloat(hash.get("maxCount").toString());\r
 165         value /= Float.parseFloat(hash.get("size").toString());\r
 166 \r
 167         value *= 100;\r
 168         String maxRes = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 169         String mouseOver = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 170         if(maxRes.length()>2)\r
 171         {\r
 172           mouseOver = "["+maxRes+"] ";\r
 173           maxRes = "+ ";\r
 174         }\r
 175 \r
 176         mouseOver += (int)value+"%";\r
 177         annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 178 \r
 179     }\r
 180 \r
 181      if(consensus==null)\r
 182      {\r
 183        consensus = new AlignmentAnnotation("% Identity",\r
 184                                            "PID", annotations, 0f, 100f, 1);\r
 185        alignment.addAnnotation(consensus);\r
 186      }\r
 187      else\r
 188        consensus.annotations = annotations;\r
 189 \r
 190   }\r
 191 \r
 192   public String getVisibleConsensus()\r
 193   {\r
 194     return visibleConsensus;\r
 195   }\r
 196 \r
 197   String visibleConsensus;\r
 198   Vector consensusV = new Vector();\r
 199   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 200   {\r
 201     if(recalculate || consensusV.size()<1)\r
 202     {\r
 203       consensusV = alignment.getAAFrequency();\r
 204       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 205       Hashtable hash = null;\r
 206       for (int i = 0, sz=consensusV.size(); i < sz; i++)\r
 207       {\r
 208         hash = (Hashtable) consensusV.elementAt(i);\r
 209         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 210       }\r
 211       visibleConsensus = sb.toString();\r
 212     }\r
 213 \r
 214 \r
 215     return consensusV;\r
 216   }\r
 217 \r
 218 \r
 219   public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 220   {\r
 221     return selectionGroup;\r
 222   }\r
 223 \r
 224   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 225   {\r
 226     selectionGroup = sg;\r
 227   }\r
 228 \r
 229 \r
 230  public boolean getConservationSelected()\r
 231  {\r
 232    return conservationColourSelected;\r
 233  }\r
 234 \r
 235  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 236  {\r
 237    conservationColourSelected = b;\r
 238  }\r
 239 \r
 240  public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 241  {\r
 242    return abovePIDThreshold;\r
 243  }\r
 244 \r
 245  public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 246  {\r
 247    abovePIDThreshold = b;\r
 248  }\r
 249 \r
 250   public int getStartRes() {\r
 251     return startRes;\r
 252   }\r
 253 \r
 254   public int getEndRes() {\r
 255     return endRes;\r
 256   }\r
 257 \r
 258   public int getStartSeq() {\r
 259     return startSeq;\r
 260   }\r
 261 \r
 262   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 263   {\r
 264      globalColourScheme = cs;\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 268   {\r
 269     return globalColourScheme;\r
 270   }\r
 271 \r
 272 \r
 273   public void setStartRes(int res) {\r
 274     this.startRes = res;\r
 275   }\r
 276   public void setStartSeq(int seq) {\r
 277     this.startSeq = seq;\r
 278   }\r
 279   public void setEndRes(int res) {\r
 280     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 281       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 282        res = alignment.getWidth()-1;\r
 283     }\r
 284     if (res < 0) {\r
 285       res = 0;\r
 286     }\r
 287     this.endRes = res;\r
 288   }\r
 289   public void setEndSeq(int seq) {\r
 290     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 291       seq = alignment.getHeight();\r
 292     }\r
 293     if (seq < 0) {\r
 294       seq = 0;\r
 295     }\r
 296     this.endSeq = seq;\r
 297   }\r
 298   public int getEndSeq() {\r
 299     return endSeq;\r
 300   }\r
 301 \r
 302   public void setFont(Font f) {\r
 303     font = f;\r
 304     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 305     temp.addNotify();\r
 306     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 307     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 308     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 309   }\r
 310 \r
 311   public Font getFont() {\r
 312     return font;\r
 313   }\r
 314   public void setCharWidth(int w) {\r
 315     this.charWidth = w;\r
 316   }\r
 317   public int getCharWidth() {\r
 318     return charWidth;\r
 319   }\r
 320   public void setCharHeight(int h) {\r
 321     this.charHeight = h;\r
 322   }\r
 323   public int getCharHeight() {\r
 324     return charHeight;\r
 325   }\r
 326   public void setChunkWidth(int w) {\r
 327     this.chunkWidth = w;\r
 328   }\r
 329   public int getChunkWidth() {\r
 330     return chunkWidth;\r
 331   }\r
 332   public void setChunkHeight(int h) {\r
 333     this.chunkHeight = h;\r
 334   }\r
 335   public int getChunkHeight() {\r
 336     return chunkHeight;\r
 337   }\r
 338   public AlignmentI getAlignment() {\r
 339     return alignment;\r
 340   }\r
 341   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 342     this.alignment = align;\r
 343   }\r
 344 \r
 345   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 346     wrapAlignment = state;\r
 347   }\r
 348   public void setShowText(boolean state) {\r
 349     showText = state;\r
 350   }\r
 351 \r
 352   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 353     renderGaps = state;\r
 354     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 355     {\r
 356       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 357       sr.renderGaps(state);\r
 358     }\r
 359   }\r
 360 \r
 361 \r
 362   public boolean getColourText()\r
 363   {\r
 364     return showColourText;\r
 365   }\r
 366 \r
 367   public void setColourText(boolean state)\r
 368   {\r
 369     showColourText = state;\r
 370   }\r
 371 \r
 372   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 373     showBoxes = state;\r
 374   }\r
 375 \r
 376   public boolean getWrapAlignment() {\r
 377       return wrapAlignment;\r
 378   }\r
 379   public boolean getShowText() {\r
 380     return showText;\r
 381   }\r
 382   public boolean getShowBoxes() {\r
 383     return showBoxes;\r
 384   }\r
 385 \r
 386   public char getGapCharacter() {\r
 387     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 388   }\r
 389   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 390     if (getAlignment() != null) {\r
 391       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 392     }\r
 393   }\r
 394   public void setThreshold(int thresh) {\r
 395     threshold = thresh;\r
 396   }\r
 397   public int getThreshold() {\r
 398     return threshold;\r
 399   }\r
 400   public void setIncrement(int inc) {\r
 401     increment = inc;\r
 402   }\r
 403   public int getIncrement() {\r
 404     return increment;\r
 405   }\r
 406   public int getIndex(int y) {\r
 407     int y1     = 0;\r
 408     int starty = getStartSeq();\r
 409     int endy   = getEndSeq();\r
 410 \r
 411     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 412       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 413         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 414 \r
 415         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 416           return i;\r
 417         }\r
 418         y1  = y2;\r
 419       } else {\r
 420         return -1;\r
 421       }\r
 422     }\r
 423     return -1;\r
 424   }\r
 425 \r
 426   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 427     return colSel;\r
 428   }\r
 429 \r
 430   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 431     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 432   }\r
 433   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 434       currentTree = tree;\r
 435   }\r
 436   public NJTree getCurrentTree() {\r
 437     return currentTree;\r
 438   }\r
 439 \r
 440     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 441         this.renderer = rend;\r
 442     }\r
 443 \r
 444     public RendererI getRenderer() {\r
 445         return renderer;\r
 446     }\r
 447 \r
 448   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 449   {   colourAppliesToAllGroups = b; }\r
 450 \r
 451   public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 452   {return colourAppliesToAllGroups; }\r
 453 \r
 454   public boolean getShowFullId()\r
 455   {\r
 456     return showFullId;\r
 457   }\r
 458 \r
 459   public void setShowFullId(boolean b)\r
 460   {\r
 461     showFullId = b;\r
 462   }\r
 463 \r
 464   public boolean getShowAnnotation()\r
 465   {\r
 466     return showAnnotation;\r
 467   }\r
 468 \r
 469   public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 470   {\r
 471     showAnnotation = b;\r
 472   }\r
 473 \r
 474   public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 475   { return scaleAboveWrapped;}\r
 476 \r
 477   public boolean getScaleLeftWrapped()\r
 478   { return scaleLeftWrapped; }\r
 479 \r
 480   public boolean getScaleRightWrapped()\r
 481   { return scaleRightWrapped; }\r
 482 \r
 483   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
 484   { scaleAboveWrapped = b; }\r
 485 \r
 486   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
 487   { scaleLeftWrapped = b; }\r
 488 \r
 489   public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
 490   { scaleRightWrapped = b; }\r
 491 \r
 492 \r
 493 }\r