src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.api.FeatureColourI;
  28 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  29 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  30 import jalview.api.ViewStyleI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.commands.CommandI;
  33 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  37 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  38 import jalview.datamodel.SearchResults;
  39 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  40 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  41 import jalview.datamodel.SequenceI;
  42 import jalview.renderer.ResidueShader;
  43 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  44 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  45 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  46 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  47 import jalview.structure.SelectionSource;
  48 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  49 import jalview.structure.VamsasSource;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  52 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  53
  54 import java.awt.Container;
  55 import java.awt.Dimension;
  56 import java.awt.Font;
  57 import java.awt.FontMetrics;
  58 import java.awt.Rectangle;
  59 import java.util.Hashtable;
  60 import java.util.Iterator;
  61 import java.util.List;
  62
  63 import javax.swing.JInternalFrame;
  64
  65 /**
  66  * DOCUMENT ME!
  67  *
  68  * @author $author$
  69  * @version $Revision: 1.141 $
  70  */
  71 public class AlignViewport extends AlignmentViewport
  72         implements SelectionSource
  73 {
  74   Font font;
  75
  76   boolean cursorMode = false;
  77
  78   boolean antiAlias = false;
  79
  80   private Rectangle explodedGeometry;
  81
  82   String viewName;
  83
  84   /*
  85    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
  86    * sequence set id when a project is reloaded. Set false on all views when
  87    * they are 'exploded' into separate windows. Set true on the current view
  88    * when 'Gather' is performed, and also on the first tab when the first new
  89    * view is created.
  90    */
  91   private boolean gatherViewsHere = false;
  92
  93   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  94
  95   /**
  96    * Creates a new AlignViewport object.
  97    *
  98    * @param al
  99    *          alignment to view
 100    */
 101   public AlignViewport(AlignmentI al)
 102   {
 103     super(al);
 104     init();
 105   }
 106
 107   /**
 108    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 109    *
 110    * @param al
 111    * @param seqsetid
 112    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 113    */
 114   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 115   {
 116     this(al, seqsetid, null);
 117   }
 118
 119   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 120   {
 121     super(al);
 122     sequenceSetID = seqsetid;
 123     viewId = viewid;
 124     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 125     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 126     {
 127       Cache.log.debug(
 128               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 129     }
 130     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 131     {
 132       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 133     }
 134     init();
 135
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 140    *
 141    * @param al
 142    *          AlignmentI
 143    * @param hiddenColumns
 144    *          ColumnSelection
 145    */
 146   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns)
 147   {
 148     super(al);
 149     if (hiddenColumns != null)
 150     {
 151       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 152     }
 153     init();
 154   }
 155
 156   /**
 157    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 158    *
 159    * @param al
 160    * @param hiddenColumns
 161    * @param seqsetid
 162    *          (may be null)
 163    */
 164   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 165           String seqsetid)
 166   {
 167     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 168   }
 169
 170   /**
 171    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 172    *
 173    * @param al
 174    * @param hiddenColumns
 175    * @param seqsetid
 176    *          (may be null)
 177    * @param viewid
 178    *          (may be null)
 179    */
 180   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 181           String seqsetid, String viewid)
 182   {
 183     super(al);
 184     sequenceSetID = seqsetid;
 185     viewId = viewid;
 186     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 187     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 188     {
 189       Cache.log.debug(
 190               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 191     }
 192     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 193     {
 194       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 195     }
 196
 197     if (hiddenColumns != null)
 198     {
 199       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 200     }
 201     init();
 202   }
 203
 204   /**
 205    * Apply any settings saved in user preferences
 206    */
 207   private void applyViewProperties()
 208   {
 209     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);
 210
 211     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 212     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 213
 214     setRightAlignIds(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 215     setCentreColumnLabels(Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false));
 216     autoCalculateConsensus = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 217
 218     setPadGaps(Cache.getDefault("PAD_GAPS", true));
 219     setShowNPFeats(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 220     setShowDBRefs(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 221     viewStyle.setSeqNameItalics(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 222     viewStyle.setWrapAlignment(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 223     viewStyle.setShowUnconserved(
 224             Cache.getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 225     sortByTree = Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 226     followSelection = Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS", true);
 227     sortAnnotationsBy = SequenceAnnotationOrder
 228             .valueOf(Cache.getDefault(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
 229                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 230     showAutocalculatedAbove = Cache
 231             .getDefault(Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, false);
 232     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(
 233             Cache.getDefault(Preferences.SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, true));
 234   }
 235
 236   void init()
 237   {
 238     applyViewProperties();
 239
 240     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 241     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 242     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 243
 244     int style = 0;
 245
 246     if (fontStyle.equals("bold"))
 247     {
 248       style = 1;
 249     }
 250     else if (fontStyle.equals("italic"))
 251     {
 252       style = 2;
 253     }
 254
 255     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 256
 257     alignment
 258             .setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 259
 260     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 261     // as Blosum and Clustal require this to be done
 262     if (hconsensus == null && !isDataset)
 263     {
 264       if (!alignment.isNucleotide())
 265       {
 266         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 267         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
 268         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 269                 false);
 270       }
 271       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 272               true);
 273       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 274       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
 275               false);
 276       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 277       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 278
 279       showOccupancy = Cache.getDefault(Preferences.SHOW_OCCUPANCY, true);
 280     }
 281     initAutoAnnotation();
 282     String colourProperty = alignment.isNucleotide()
 283             ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
 284             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
 285     String schemeName = Cache.getProperty(colourProperty);
 286     if (schemeName == null)
 287     {
 288       // only DEFAULT_COLOUR available in Jalview before 2.9
 289       schemeName = Cache.getDefault(Preferences.DEFAULT_COLOUR,
 290               ResidueColourScheme.NONE);
 291     }
 292     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemeProperty
 293             .getColourScheme(alignment, schemeName);
 294     residueShading = new ResidueShader(colourScheme);
 295
 296     if (colourScheme instanceof UserColourScheme)
 297     {
 298       residueShading = new ResidueShader(
 299               UserDefinedColours.loadDefaultColours());
 300       residueShading.setThreshold(0, isIgnoreGapsConsensus());
 301     }
 302
 303     if (residueShading != null)
 304     {
 305       residueShading.setConsensus(hconsensus);
 306     }
 307   }
 308
 309   boolean validCharWidth;
 310
 311   /**
 312    * {@inheritDoc}
 313    */
 314   @Override
 315   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 316   {
 317     font = f;
 318
 319     Container c = new Container();
 320
 321     if (setGrid)
 322     {
 323       FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 324       int ww = fm.charWidth('M');
 325       setCharHeight(fm.getHeight());
 326       setCharWidth(ww);
 327     }
 328     viewStyle.setFontName(font.getName());
 329     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
 330     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
 331
 332     validCharWidth = true;
 333   }
 334
 335   @Override
 336   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
 337   {
 338     super.setViewStyle(settingsForView);
 339     setFont(new Font(viewStyle.getFontName(), viewStyle.getFontStyle(),
 340             viewStyle.getFontSize()), false);
 341   }
 342
 343   /**
 344    * DOCUMENT ME!
 345    *
 346    * @return DOCUMENT ME!
 347    */
 348   public Font getFont()
 349   {
 350     return font;
 351   }
 352
 353   /**
 354    * DOCUMENT ME!
 355    *
 356    * @param align
 357    *          DOCUMENT ME!
 358    */
 359   @Override
 360   public void setAlignment(AlignmentI align)
 361   {
 362     replaceMappings(align);
 363     super.setAlignment(align);
 364   }
 365
 366   /**
 367    * Replace any codon mappings for this viewport with those for the given
 368    * viewport
 369    *
 370    * @param align
 371    */
 372   public void replaceMappings(AlignmentI align)
 373   {
 374
 375     /*
 376      * Deregister current mappings (if any)
 377      */
 378     deregisterMappings();
 379
 380     /*
 381      * Register new mappings (if any)
 382      */
 383     if (align != null)
 384     {
 385       StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 386               .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 387       ssm.registerMappings(align.getCodonFrames());
 388     }
 389
 390     /*
 391      * replace mappings on our alignment
 392      */
 393     if (alignment != null && align != null)
 394     {
 395       alignment.setCodonFrames(align.getCodonFrames());
 396     }
 397   }
 398
 399   protected void deregisterMappings()
 400   {
 401     AlignmentI al = getAlignment();
 402     if (al != null)
 403     {
 404       List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrames();
 405       if (mappings != null)
 406       {
 407         StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 408                 .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 409         for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 410         {
 411           if (noReferencesTo(acf))
 412           {
 413             ssm.deregisterMapping(acf);
 414           }
 415         }
 416       }
 417     }
 418   }
 419
 420   /**
 421    * DOCUMENT ME!
 422    *
 423    * @return DOCUMENT ME!
 424    */
 425   @Override
 426   public char getGapCharacter()
 427   {
 428     return getAlignment().getGapCharacter();
 429   }
 430
 431   /**
 432    * DOCUMENT ME!
 433    *
 434    * @param gap
 435    *          DOCUMENT ME!
 436    */
 437   public void setGapCharacter(char gap)
 438   {
 439     if (getAlignment() != null)
 440     {
 441       getAlignment().setGapCharacter(gap);
 442     }
 443   }
 444
 445   /**
 446    * returns the visible column regions of the alignment
 447    *
 448    * @param selectedRegionOnly
 449    *          true to just return the contigs intersecting with the selected
 450    *          area
 451    * @return
 452    */
 453   public Iterator<int[]> getViewAsVisibleContigs(boolean selectedRegionOnly)
 454   {
 455     int start = 0;
 456     int end = 0;
 457     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
 458     {
 459       start = selectionGroup.getStartRes();
 460       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
 461     }
 462     else
 463     {
 464       end = alignment.getWidth();
 465     }
 466     return (alignment.getHiddenColumns().getVisContigsIterator(start, end));
 467   }
 468
 469   /**
 470    * get hash of undo and redo list for the alignment
 471    *
 472    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
 473    */
 474   public long[] getUndoRedoHash()
 475   {
 476     // TODO: JAL-1126
 477     if (historyList == null || redoList == null)
 478     {
 479       return new long[] { -1, -1 };
 480     }
 481     return new long[] { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
 482   }
 483
 484   /**
 485    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
 486    * the undo and redo list.
 487    *
 488    * @param undoredo
 489    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
 490    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
 491    *         the stored hashcode array differs in size
 492    */
 493   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
 494   {
 495     if (undoredo == null)
 496     {
 497       return true;
 498     }
 499     long[] cstate = getUndoRedoHash();
 500     if (cstate.length != undoredo.length)
 501     {
 502       return true;
 503     }
 504
 505     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
 506     {
 507       if (cstate[i] != undoredo[i])
 508       {
 509         return true;
 510       }
 511     }
 512     return false;
 513   }
 514
 515   public boolean followSelection = true;
 516
 517   /**
 518    * @return true if view selection should always follow the selections
 519    *         broadcast by other selection sources
 520    */
 521   public boolean getFollowSelection()
 522   {
 523     return followSelection;
 524   }
 525
 526   /**
 527    * Send the current selection to be broadcast to any selection listeners.
 528    */
 529   @Override
 530   public void sendSelection()
 531   {
 532     jalview.structure.StructureSelectionManager
 533             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 534             .sendSelection(new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 535                     new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 536                     new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()),
 537                     this);
 538   }
 539
 540   /**
 541    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
 542    * components currently handling the given viewport.
 543    *
 544    * @param av
 545    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
 546    *         reference
 547    */
 548   public AlignmentPanel getAlignPanel()
 549   {
 550     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 551             .getAssociatedPanels(this.getSequenceSetId());
 552     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
 553     {
 554       if (aps[p].av == this)
 555       {
 556         return aps[p];
 557       }
 558     }
 559     return null;
 560   }
 561
 562   public boolean getSortByTree()
 563   {
 564     return sortByTree;
 565   }
 566
 567   public void setSortByTree(boolean sort)
 568   {
 569     sortByTree = sort;
 570   }
 571
 572   /**
 573    * Returns the (Desktop) instance of the StructureSelectionManager
 574    */
 575   @Override
 576   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 577   {
 578     return StructureSelectionManager
 579             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 580   }
 581
 582   @Override
 583   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 584   {
 585     return normaliseSequenceLogo;
 586   }
 587
 588   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 589   {
 590     normaliseSequenceLogo = state;
 591   }
 592
 593   /**
 594    *
 595    * @return true if alignment characters should be displayed
 596    */
 597   @Override
 598   public boolean isValidCharWidth()
 599   {
 600     return validCharWidth;
 601   }
 602
 603   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<>();
 604
 605   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
 606   {
 607     return calcIdParams.get(calcId);
 608   }
 609
 610   public void setCalcIdSettingsFor(String calcId, AutoCalcSetting settings,
 611           boolean needsUpdate)
 612   {
 613     calcIdParams.put(calcId, settings);
 614     // TODO: create a restart list to trigger any calculations that need to be
 615     // restarted after load
 616     // calculator.getRegisteredWorkersOfClass(settings.getWorkerClass())
 617     if (needsUpdate)
 618     {
 619       Cache.log.debug("trigger update for " + calcId);
 620     }
 621   }
 622
 623   /**
 624    * Method called when another alignment's edit (or possibly other) command is
 625    * broadcast to here.
 626    *
 627    * To allow for sequence mappings (e.g. protein to cDNA), we have to first
 628    * 'unwind' the command on the source sequences (in simulation, not in fact),
 629    * and then for each edit in turn:
 630    * <ul>
 631    * <li>compute the equivalent edit on the mapped sequences</li>
 632    * <li>apply the mapped edit</li>
 633    * <li>'apply' the source edit to the working copy of the source
 634    * sequences</li>
 635    * </ul>
 636    *
 637    * @param command
 638    * @param undo
 639    * @param ssm
 640    */
 641   @Override
 642   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 643           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 644   {
 645     /*
 646      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 647      * with direct calls not via SSM.
 648      */
 649     if (source instanceof AlignViewportI
 650             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 651     {
 652       // ok to continue;
 653     }
 654     else
 655     {
 656       return;
 657     }
 658
 659     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 660             getGapCharacter());
 661     if (mappedCommand != null)
 662     {
 663       AlignmentI[] views = getAlignPanel().alignFrame.getViewAlignments();
 664       mappedCommand.doCommand(views);
 665       getAlignPanel().alignmentChanged();
 666     }
 667   }
 668
 669   /**
 670    * Add the sequences from the given alignment to this viewport. Optionally,
 671    * may give the user the option to open a new frame, or split panel, with cDNA
 672    * and protein linked.
 673    *
 674    * @param toAdd
 675    * @param title
 676    */
 677   public void addAlignment(AlignmentI toAdd, String title)
 678   {
 679     // TODO: promote to AlignViewportI? applet CutAndPasteTransfer is different
 680
 681     // JBPComment: title is a largely redundant parameter at the moment
 682     // JBPComment: this really should be an 'insert/pre/append' controller
 683     // JBPComment: but the DNA/Protein check makes it a bit more complex
 684
 685     // refactored from FileLoader / CutAndPasteTransfer / SequenceFetcher with
 686     // this comment:
 687     // TODO: create undo object for this JAL-1101
 688
 689     /*
 690      * Ensure datasets are created for the new alignment as
 691      * mappings operate on dataset sequences
 692      */
 693     toAdd.setDataset(null);
 694
 695     /*
 696      * Check if any added sequence could be the object of a mapping or
 697      * cross-reference; if so, make the mapping explicit
 698      */
 699     getAlignment().realiseMappings(toAdd.getSequences());
 700
 701     /*
 702      * If any cDNA/protein mappings exist or can be made between the alignments,
 703      * offer to open a split frame with linked alignments
 704      */
 705     if (Cache.getDefault(Preferences.ENABLE_SPLIT_FRAME, true))
 706     {
 707       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
 708       {
 709         if (openLinkedAlignment(toAdd, title))
 710         {
 711           return;
 712         }
 713       }
 714     }
 715
 716     /*
 717      * No mappings, or offer declined - add sequences to this alignment
 718      */
 719     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
 720     // provenance) should share the same dataset sequence
 721
 722     AlignmentI al = getAlignment();
 723     String gap = String.valueOf(al.getGapCharacter());
 724     for (int i = 0; i < toAdd.getHeight(); i++)
 725     {
 726       SequenceI seq = toAdd.getSequenceAt(i);
 727       /*
 728        * experimental!
 729        * - 'align' any mapped sequences as per existing
 730        *    e.g. cdna to genome, domain hit to protein sequence
 731        * very experimental! (need a separate menu option for this)
 732        * - only add mapped sequences ('select targets from a dataset')
 733        */
 734       if (true /*AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, al, gap, true, true)*/)
 735       {
 736         al.addSequence(seq);
 737       }
 738     }
 739
 740     ranges.setEndSeq(getAlignment().getHeight());
 741     firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 742   }
 743
 744   /**
 745    * Show a dialog with the option to open and link (cDNA <-> protein) as a new
 746    * alignment, either as a standalone alignment or in a split frame. Returns
 747    * true if the new alignment was opened, false if not, because the user
 748    * declined the offer.
 749    *
 750    * @param al
 751    * @param title
 752    */
 753   protected boolean openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
 754   {
 755     String[] options = new String[] { MessageManager.getString("action.no"),
 756         MessageManager.getString("label.split_window"),
 757         MessageManager.getString("label.new_window"), };
 758     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 759             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
 760     int response = JvOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop, question,
 761             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
 762             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 763             options, options[0]);
 764
 765     if (response != 1 && response != 2)
 766     {
 767       return false;
 768     }
 769     final boolean openSplitPane = (response == 1);
 770     final boolean openInNewWindow = (response == 2);
 771
 772     /*
 773      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
 774      * in a new split pane.
 775      */
 776     AlignmentI thisAlignment = openSplitPane ? new Alignment(getAlignment())
 777             : getAlignment();
 778     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 779     final AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 780
 781     /*
 782      * Map sequences. At least one should get mapped as we have already passed
 783      * the test for 'mappability'. Any mappings made will be added to the
 784      * protein alignment. Note creating dataset sequences on the new alignment
 785      * is a pre-requisite for building mappings.
 786      */
 787     al.setDataset(null);
 788     AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna);
 789
 790     /*
 791      * Create the AlignFrame for the added alignment. If it is protein, mappings
 792      * are registered with StructureSelectionManager as a side-effect.
 793      */
 794     AlignFrame newAlignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 795             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 796     newAlignFrame.setTitle(title);
 797     newAlignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 798             .formatMessage("label.successfully_loaded_file", new Object[]
 799             { title }));
 800
 801     // TODO if we want this (e.g. to enable reload of the alignment from file),
 802     // we will need to add parameters to the stack.
 803     // if (!protocol.equals(DataSourceType.PASTE))
 804     // {
 805     // alignFrame.setFileName(file, format);
 806     // }
 807
 808     if (openInNewWindow)
 809     {
 810       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
 811               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 812     }
 813
 814     try
 815     {
 816       newAlignFrame.setMaximum(
 817               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 818     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 819     {
 820     }
 821
 822     if (openSplitPane)
 823     {
 824       al.alignAs(thisAlignment);
 825       protein = openSplitFrame(newAlignFrame, thisAlignment);
 826     }
 827
 828     return true;
 829   }
 830
 831   /**
 832    * Helper method to open a new SplitFrame holding linked dna and protein
 833    * alignments.
 834    *
 835    * @param newAlignFrame
 836    *          containing a new alignment to be shown
 837    * @param complement
 838    *          cdna/protein complement alignment to show in the other split half
 839    * @return the protein alignment in the split frame
 840    */
 841   protected AlignmentI openSplitFrame(AlignFrame newAlignFrame,
 842           AlignmentI complement)
 843   {
 844     /*
 845      * Make a new frame with a copy of the alignment we are adding to. If this
 846      * is protein, the mappings to cDNA will be registered with
 847      * StructureSelectionManager as a side-effect.
 848      */
 849     AlignFrame copyMe = new AlignFrame(complement, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 850             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 851     copyMe.setTitle(getAlignPanel().alignFrame.getTitle());
 852
 853     AlignmentI al = newAlignFrame.viewport.getAlignment();
 854     final AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyMe
 855             : newAlignFrame;
 856     final AlignFrame cdnaFrame = al.isNucleotide() ? newAlignFrame : copyMe;
 857     cdnaFrame.setVisible(true);
 858     proteinFrame.setVisible(true);
 859     String linkedTitle = MessageManager
 860             .getString("label.linked_view_title");
 861
 862     /*
 863      * Open in split pane. DNA sequence above, protein below.
 864      */
 865     JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(cdnaFrame, proteinFrame);
 866     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, linkedTitle, -1, -1);
 867
 868     return proteinFrame.viewport.getAlignment();
 869   }
 870
 871   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 872   {
 873     return annotationColumnSelectionState;
 874   }
 875
 876   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 877           AnnotationColumnChooser currentAnnotationColumnSelectionState)
 878   {
 879     this.annotationColumnSelectionState = currentAnnotationColumnSelectionState;
 880   }
 881
 882   @Override
 883   public void setIdWidth(int i)
 884   {
 885     super.setIdWidth(i);
 886     AlignmentPanel ap = getAlignPanel();
 887     if (ap != null)
 888     {
 889       // modify GUI elements to reflect geometry change
 890       Dimension idw = getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas()
 891               .getPreferredSize();
 892       idw.width = i;
 893       getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(idw);
 894     }
 895   }
 896
 897   public Rectangle getExplodedGeometry()
 898   {
 899     return explodedGeometry;
 900   }
 901
 902   public void setExplodedGeometry(Rectangle explodedPosition)
 903   {
 904     this.explodedGeometry = explodedPosition;
 905   }
 906
 907   public boolean isGatherViewsHere()
 908   {
 909     return gatherViewsHere;
 910   }
 911
 912   public void setGatherViewsHere(boolean gatherViewsHere)
 913   {
 914     this.gatherViewsHere = gatherViewsHere;
 915   }
 916
 917   /**
 918    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 919    * complementary alignment to match this one.
 920    */
 921   public void scrollComplementaryAlignment()
 922   {
 923     /*
 924      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 925      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 926      * is found, the result will be empty.
 927      */
 928     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 929     int verticalOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 930     if (!sr.isEmpty())
 931     {
 932       // TODO would like next line without cast but needs more refactoring...
 933       final AlignmentPanel complementPanel = ((AlignViewport) getCodingComplement())
 934               .getAlignPanel();
 935       complementPanel.setToScrollComplementPanel(false);
 936       complementPanel.scrollToCentre(sr, verticalOffset);
 937       complementPanel.setToScrollComplementPanel(true);
 938     }
 939   }
 940
 941   /**
 942    * Answers true if no alignment holds a reference to the given mapping
 943    *
 944    * @param acf
 945    * @return
 946    */
 947   protected boolean noReferencesTo(AlignedCodonFrame acf)
 948   {
 949     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
 950     if (frames == null)
 951     {
 952       return true;
 953     }
 954     for (AlignFrame af : frames)
 955     {
 956       if (!af.isClosed())
 957       {
 958         for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
 959         {
 960           AlignmentI al = ap.getAlignment();
 961           if (al != null && al.getCodonFrames().contains(acf))
 962           {
 963             return false;
 964           }
 965         }
 966       }
 967     }
 968     return true;
 969   }
 970
 971   /**
 972    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
 973    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
 974    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
 975    * way using the Feature Settings dialogue.
 976    *
 977    * @param featureSettings
 978    */
 979   @Override
 980   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
 981   {
 982     if (featureSettings == null)
 983     {
 984       return;
 985     }
 986
 987     FeatureRenderer fr = getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas
 988             .getFeatureRenderer();
 989     fr.findAllFeatures(true);
 990     List<String> renderOrder = fr.getRenderOrder();
 991     FeaturesDisplayedI displayed = fr.getFeaturesDisplayed();
 992     displayed.clear();
 993     // TODO this clears displayed.featuresRegistered - do we care?
 994
 995     /*
 996      * set feature colour if specified by feature settings
 997      * set visibility of all features
 998      */
 999     for (String type : renderOrder)
1000     {
1001       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
1002               .getFeatureColour(type);
1003       if (preferredColour != null)
1004       {
1005         fr.setColour(type, preferredColour);
1006       }
1007       if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
1008       {
1009         displayed.setVisible(type);
1010       }
1011     }
1012
1013     /*
1014      * set visibility of feature groups
1015      */
1016     for (String group : fr.getFeatureGroups())
1017     {
1018       fr.setGroupVisibility(group, featureSettings.isGroupDisplayed(group));
1019     }
1020
1021     /*
1022      * order the features
1023      */
1024     if (featureSettings.optimiseOrder())
1025     {
1026       // TODO not supported (yet?)
1027     }
1028     else
1029     {
1030       fr.orderFeatures(featureSettings);
1031     }
1032     fr.setTransparency(featureSettings.getTransparency());
1033   }
1034 }