src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 import java.io.*;\r
  31 import javax.swing.*;\r
  32 import java.beans.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  85     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  86 \r
  87     fontChanged();\r
  88 \r
  89     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  90    seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91 \r
  92     setScrollValues(0, 0);\r
  93 \r
  94     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  95 \r
  96     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  97     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  98 \r
  99     final AlignmentPanel ap = this;\r
 100     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
 101     {\r
 102       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 103       {\r
 104         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 105         {\r
 106           PaintRefresher.Refresh(ap,\r
 107                                  av.getSequenceSetId(),\r
 108                                  true,\r
 109                                  true);\r
 110           alignmentChanged();\r
 111         }\r
 112       }\r
 113       });\r
 114 \r
 115     adjustAnnotationHeight();\r
 116 \r
 117   }\r
 118 \r
 119   public void alignmentChanged()\r
 120   {\r
 121     av.alignmentChanged(this);\r
 122 \r
 123     if (overviewPanel != null)\r
 124       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 125 \r
 126     alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 127 \r
 128     repaint();\r
 129   }\r
 130 \r
 131 \r
 132 \r
 133   /**\r
 134    * DOCUMENT ME!\r
 135    */\r
 136   public void fontChanged()\r
 137   {\r
 138     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 139     // to prevent drawing old image\r
 140     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 141 \r
 142     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 143         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 144     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 145         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 146 \r
 147     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 148     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 149     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 150 \r
 151     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 152     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 153     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 154     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 155 \r
 156     if (overviewPanel != null)\r
 157       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 158 \r
 159     repaint();\r
 160   }\r
 161 \r
 162   /**\r
 163    * DOCUMENT ME!\r
 164    *\r
 165    * @return DOCUMENT ME!\r
 166    */\r
 167   public Dimension calculateIdWidth()\r
 168   {\r
 169     Container c = new Container();\r
 170 \r
 171     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(\r
 172       new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));\r
 173 \r
 174     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 175 \r
 176     int i = 0;\r
 177     int idWidth = 0;\r
 178     String id;\r
 179 \r
 180     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 181     {\r
 182       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 183 \r
 184       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 185 \r
 186       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 187       {\r
 188         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 189       }\r
 190 \r
 191       i++;\r
 192     }\r
 193 \r
 194     // Also check annotation label widths\r
 195     i = 0;\r
 196 \r
 197     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 198     {\r
 199       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 200 \r
 201       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 202       {\r
 203         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 204 \r
 205         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 206         {\r
 207           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 208         }\r
 209 \r
 210         i++;\r
 211       }\r
 212     }\r
 213 \r
 214     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 215   }\r
 216 \r
 217   /**\r
 218    * DOCUMENT ME!\r
 219    *\r
 220    * @param results DOCUMENT ME!\r
 221    */\r
 222   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 223   {\r
 224     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 225 \r
 226     // do we need to scroll the panel?\r
 227     if (results != null)\r
 228     {\r
 229       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 230       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 231       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 232       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 233 \r
 234       if(!av.wrapAlignment)\r
 235       {\r
 236         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 237            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 238         {\r
 239           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 240         }\r
 241       }\r
 242       else\r
 243       {\r
 244         scrollToWrappedVisible(start);\r
 245       }\r
 246     }\r
 247   }\r
 248 \r
 249   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 250   {\r
 251     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 252     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 253     {\r
 254       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 255       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 256     }\r
 257   }\r
 258 \r
 259   /**\r
 260    * DOCUMENT ME!\r
 261    *\r
 262    * @return DOCUMENT ME!\r
 263    */\r
 264   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 265   {\r
 266     return overviewPanel;\r
 267   }\r
 268 \r
 269   /**\r
 270    * DOCUMENT ME!\r
 271    *\r
 272    * @param op DOCUMENT ME!\r
 273    */\r
 274   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 275   {\r
 276     overviewPanel = op;\r
 277   }\r
 278 \r
 279   /**\r
 280    * DOCUMENT ME!\r
 281    *\r
 282    * @param b DOCUMENT ME!\r
 283    */\r
 284   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 285   {\r
 286     if (!av.wrapAlignment)\r
 287     {\r
 288       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 289       annotationScroller.setVisible(b);\r
 290     }\r
 291     repaint();\r
 292   }\r
 293 \r
 294   public void adjustAnnotationHeight()\r
 295   {\r
 296     if (alignFrame.getHeight() == 0)\r
 297     {\r
 298       System.out.println("NEEDS FIXING");\r
 299     }\r
 300 \r
 301     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 302 \r
 303     if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 304     {\r
 305       height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 306     }\r
 307 \r
 308     annotationScroller.setPreferredSize(\r
 309         new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 310                       height));\r
 311 \r
 312     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 313         annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 314         height));\r
 315 \r
 316     repaint();\r
 317   }\r
 318 \r
 319   /**\r
 320    * DOCUMENT ME!\r
 321    *\r
 322    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 323    */\r
 324   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 325   {\r
 326     av.startSeq = 0;\r
 327     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 328     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 329     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 330 \r
 331     if (wrap)\r
 332     {\r
 333       annotationScroller.setVisible(false);\r
 334       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 335     }\r
 336     else if (av.showAnnotation)\r
 337     {\r
 338       annotationScroller.setVisible(true);\r
 339       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 340     }\r
 341 \r
 342     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 343 \r
 344     repaint();\r
 345   }\r
 346 \r
 347   // return value is true if the scroll is valid\r
 348   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 349   {\r
 350     if (up)\r
 351     {\r
 352       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 353       {\r
 354         return false;\r
 355       }\r
 356 \r
 357       fastPaint = false;\r
 358       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 359     }\r
 360     else\r
 361     {\r
 362       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 363       {\r
 364         return false;\r
 365       }\r
 366 \r
 367       fastPaint = false;\r
 368       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 369     }\r
 370 \r
 371     fastPaint = true;\r
 372 \r
 373     return true;\r
 374   }\r
 375 \r
 376   /**\r
 377    * DOCUMENT ME!\r
 378    *\r
 379    * @param right DOCUMENT ME!\r
 380    *\r
 381    * @return DOCUMENT ME!\r
 382    */\r
 383   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 384   {\r
 385     if (!right)\r
 386     {\r
 387       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 388       {\r
 389         return false;\r
 390       }\r
 391 \r
 392       fastPaint = false;\r
 393       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 394     }\r
 395     else\r
 396     {\r
 397       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 398       {\r
 399         return false;\r
 400       }\r
 401 \r
 402       fastPaint = false;\r
 403       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 404     }\r
 405 \r
 406     fastPaint = true;\r
 407 \r
 408     return true;\r
 409   }\r
 410 \r
 411   /**\r
 412    * DOCUMENT ME!\r
 413    *\r
 414    * @param x DOCUMENT ME!\r
 415    * @param y DOCUMENT ME!\r
 416    */\r
 417   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 418   {\r
 419 \r
 420     int width = av.alignment.getWidth();\r
 421     int height = av.alignment.getHeight();\r
 422 \r
 423     if(av.hasHiddenColumns)\r
 424      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 425 \r
 426     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
 427 \r
 428     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 429     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 430 \r
 431     if (hextent > width)\r
 432     {\r
 433       hextent = width;\r
 434     }\r
 435 \r
 436     if (vextent > height)\r
 437     {\r
 438       vextent = height;\r
 439     }\r
 440 \r
 441     if ( (hextent + x) > width)\r
 442     {\r
 443       x = width - hextent;\r
 444     }\r
 445 \r
 446     if ( (vextent + y) > height)\r
 447     {\r
 448       y = height - vextent;\r
 449     }\r
 450 \r
 451     if (y < 0)\r
 452     {\r
 453       y = 0;\r
 454     }\r
 455 \r
 456     if (x < 0)\r
 457     {\r
 458       x = 0;\r
 459     }\r
 460 \r
 461     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 462     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 463   }\r
 464 \r
 465   /**\r
 466    * DOCUMENT ME!\r
 467    *\r
 468    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 469    */\r
 470   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 471   {\r
 472 \r
 473     int oldX = av.getStartRes();\r
 474     int oldY = av.getStartSeq();\r
 475 \r
 476     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 477     {\r
 478       int x = hscroll.getValue();\r
 479       av.setStartRes(x);\r
 480       av.setEndRes( (x +\r
 481                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 482     }\r
 483 \r
 484     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 485     {\r
 486       int offy = vscroll.getValue();\r
 487 \r
 488       if (av.getWrapAlignment())\r
 489       {\r
 490         if(offy>-1)\r
 491         {\r
 492           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 493               seqCanvas.getWidth());\r
 494           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 495           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 496         }\r
 497         else\r
 498         {\r
 499           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 500           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 501           //as preference setting\r
 502           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 503               {\r
 504                 public void run()\r
 505                 {\r
 506                   setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 507                 }\r
 508               });\r
 509         }\r
 510       }\r
 511       else\r
 512       {\r
 513         av.setStartSeq(offy);\r
 514         av.setEndSeq(offy +\r
 515                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 516       }\r
 517     }\r
 518 \r
 519     if (overviewPanel != null)\r
 520     {\r
 521       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 522     }\r
 523 \r
 524     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 525     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 526 \r
 527     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 528     {\r
 529       repaint();\r
 530     }\r
 531     else\r
 532     {\r
 533       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 534       // larger than the visible window\r
 535       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 536         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 537       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 538         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 539 \r
 540       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 541       {\r
 542         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 543         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 544                                      scrollY);\r
 545         scalePanel.repaint();\r
 546 \r
 547         if (av.getShowAnnotation())\r
 548         {\r
 549           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 550         }\r
 551       }\r
 552     }\r
 553   }\r
 554 \r
 555   /**\r
 556    * DOCUMENT ME!\r
 557    *\r
 558    * @param g DOCUMENT ME!\r
 559    */\r
 560   public void paintComponent(Graphics g)\r
 561   {\r
 562     invalidate();\r
 563 \r
 564     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 565     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 566     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 567     validate();\r
 568 \r
 569     if (av.getWrapAlignment())\r
 570     {\r
 571       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 572 \r
 573       if (av.hasHiddenColumns)\r
 574         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 575 \r
 576       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 577             if(canvasWidth>0)\r
 578       {\r
 579         int max = maxwidth /\r
 580             seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 581             getWidth()) +\r
 582             1;\r
 583         vscroll.setMaximum(max);\r
 584         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 585         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 586       }\r
 587     }\r
 588     else\r
 589     {\r
 590       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 591     }\r
 592 \r
 593     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 594         && overviewPanel != null)\r
 595         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 596   }\r
 597 \r
 598   /**\r
 599    * DOCUMENT ME!\r
 600    *\r
 601    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 602    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 603    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 604    *\r
 605    * @return DOCUMENT ME!\r
 606    *\r
 607    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 608    */\r
 609   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 610       throws PrinterException\r
 611   {\r
 612     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 613 \r
 614     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 615     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 616 \r
 617     if (av.getWrapAlignment())\r
 618     {\r
 619       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 620     }\r
 621     else\r
 622     {\r
 623       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 624     }\r
 625   }\r
 626 \r
 627   /**\r
 628    * DOCUMENT ME!\r
 629    *\r
 630    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 631    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 632    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 633    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 634    *\r
 635    * @return DOCUMENT ME!\r
 636    *\r
 637    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 638    */\r
 639   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 640       throws PrinterException\r
 641   {\r
 642     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 643     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 644     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 645 \r
 646     pg.setColor(Color.white);\r
 647     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 648     pg.setFont(av.getFont());\r
 649 \r
 650     ////////////////////////////////////\r
 651     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 652     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 653 \r
 654     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 655         1;\r
 656 \r
 657     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 658 \r
 659     /////////////////////////////\r
 660     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 661     int startRes;\r
 662 \r
 663     /////////////////////////////\r
 664     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 665     int endRes;\r
 666 \r
 667     /////////////////////////////\r
 668     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 669     int startSeq;\r
 670 \r
 671     /////////////////////////////\r
 672     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 673     int endSeq;\r
 674     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 675     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 676 \r
 677     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 678     {\r
 679       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 680     }\r
 681 \r
 682     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 683     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 684 \r
 685     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 686     {\r
 687       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 688     }\r
 689 \r
 690     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 691 \r
 692     if (av.showAnnotation)\r
 693     {\r
 694       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 695     }\r
 696 \r
 697     pagesHigh /= pheight;\r
 698 \r
 699     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 700     {\r
 701       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 702     }\r
 703 \r
 704     //draw Scale\r
 705     pg.translate(idWidth, 0);\r
 706     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 707     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 708 \r
 709     ////////////////\r
 710     // Draw the ids\r
 711     Color currentColor = null;\r
 712     Color currentTextColor = null;\r
 713 \r
 714     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 715                         Font.ITALIC,\r
 716                         av.getFont().getSize()));\r
 717     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 718     {\r
 719       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 720           av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 721               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 722       {\r
 723         currentColor = Color.gray;\r
 724         currentTextColor = Color.black;\r
 725       }\r
 726       else\r
 727       {\r
 728         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 729         currentTextColor = Color.black;\r
 730       }\r
 731 \r
 732       pg.setColor(currentColor);\r
 733       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 734                   av.getCharHeight());\r
 735 \r
 736       pg.setColor(currentTextColor);\r
 737 \r
 738       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 739           ( av.getShowJVSuffix());\r
 740 \r
 741       pg.drawString(string, 0,\r
 742                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 743                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 744     }\r
 745 \r
 746     pg.setFont(av.getFont());\r
 747 \r
 748     // draw main sequence panel\r
 749     pg.translate(idWidth, 0);\r
 750     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 751 \r
 752     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 753     {\r
 754       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 755       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 756       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 757       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 758                                     1);\r
 759     }\r
 760 \r
 761     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 762   }\r
 763 \r
 764   /**\r
 765    * DOCUMENT ME!\r
 766    *\r
 767    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 768    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 769    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 770    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 771    *\r
 772    * @return DOCUMENT ME!\r
 773    *\r
 774    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 775    */\r
 776   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 777                                    int pi)\r
 778       throws PrinterException\r
 779   {\r
 780 \r
 781     int annotationHeight = 0;\r
 782     AnnotationLabels labels = null;\r
 783     if (av.showAnnotation)\r
 784     {\r
 785       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 786       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 787     }\r
 788 \r
 789     int hgap = av.charHeight;\r
 790     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 791       hgap += av.charHeight;\r
 792 \r
 793     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 794         + hgap\r
 795         + annotationHeight;\r
 796 \r
 797     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 798 \r
 799     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 800     if (av.hasHiddenColumns)\r
 801       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 802 \r
 803 \r
 804     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 805         idWidth);\r
 806 \r
 807     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 808 \r
 809     pg.setColor(Color.white);\r
 810     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 811     pg.setFont(av.getFont());\r
 812 \r
 813     ////////////////\r
 814     // Draw the ids\r
 815     pg.setColor(Color.black);\r
 816 \r
 817     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 818 \r
 819     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 820 \r
 821     int ypos = hgap;\r
 822     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 823                            av.getFont().getSize());\r
 824     pg.setFont(italic);\r
 825 \r
 826     do\r
 827     {\r
 828       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 829       {\r
 830         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 831         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 832 \r
 833         pg.drawString(string, 0,\r
 834                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 835                       (av.charHeight / 5));\r
 836       }\r
 837       if (labels != null)\r
 838       {\r
 839         pg.translate(-3,\r
 840                      ypos +\r
 841                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 842 \r
 843         pg.setFont(av.getFont());\r
 844         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 845         pg.setFont(italic);\r
 846         pg.translate(+3,\r
 847                      -ypos -\r
 848                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 849       }\r
 850 \r
 851       ypos += cHeight;\r
 852     }\r
 853     while (ypos < totalHeight);\r
 854 \r
 855     pg.translate(idWidth, 0);\r
 856 \r
 857     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 858 \r
 859     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 860     {\r
 861       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 862 \r
 863     }\r
 864     else\r
 865     {\r
 866       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 867     }\r
 868   }\r
 869 \r
 870   int getVisibleIdWidth()\r
 871   {\r
 872     return\r
 873         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
 874         calculateIdWidth().width + 4;\r
 875   }\r
 876 \r
 877   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 878   {\r
 879     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 880     if (av.hasHiddenColumns)\r
 881       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
 882 \r
 883     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 884     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
 885 \r
 886     if (av.getWrapAlignment())\r
 887     {\r
 888       height = getWrappedHeight();\r
 889       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 890           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 891       {\r
 892         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
 893       }\r
 894       else\r
 895         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
 896 \r
 897     }\r
 898     else if (av.getShowAnnotation())\r
 899     {\r
 900       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 901     }\r
 902 \r
 903     try\r
 904     {\r
 905 \r
 906     jalview.util.ImageMaker im;\r
 907     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 908       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 909                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 910                                         "Create PNG image from alignment",\r
 911                                         width, height, file, null);\r
 912     else\r
 913       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 914                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 915                                        "Create EPS file from alignment",\r
 916                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
 917 \r
 918       if (av.getWrapAlignment())\r
 919       {\r
 920         if(im.getGraphics()!=null)\r
 921         {\r
 922           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 923           im.writeImage();\r
 924         }\r
 925       }\r
 926       else\r
 927       {\r
 928         if(im.getGraphics()!=null)\r
 929         {\r
 930           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 931           im.writeImage();\r
 932         }\r
 933       }\r
 934     }\r
 935     catch (OutOfMemoryError err)\r
 936     {\r
 937       System.out.println("########################\n"\r
 938                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 939                          + "########################");\r
 940 \r
 941       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 942                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 943                                             +\r
 944                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 945                                             , "Out of memory",\r
 946                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 947       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 948       System.gc();\r
 949 \r
 950     }\r
 951     catch (Exception ex)\r
 952     {\r
 953       ex.printStackTrace();\r
 954     }\r
 955   }\r
 956   /**\r
 957    * DOCUMENT ME!\r
 958    */\r
 959   public void makeEPS(File epsFile)\r
 960   {\r
 961     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
 962   }\r
 963 \r
 964   /**\r
 965    * DOCUMENT ME!\r
 966    */\r
 967   public void makePNG(File pngFile)\r
 968   {\r
 969     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
 970   }\r
 971 \r
 972   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 973   {\r
 974     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 975     //////////////////////////////////////////////\r
 976     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 977     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 978     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 979 \r
 980     // Gen image map\r
 981     //////////////////////////////////\r
 982     if (imgMapFile != null)\r
 983     {\r
 984       try\r
 985       {\r
 986         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
 987             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
 988         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
 989         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 990         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 991         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 992                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 993                     + "<map name=\"Map\">");\r
 994 \r
 995         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 996         {\r
 997           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 998 \r
 999           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1000           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
1001           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1002           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
1003           {\r
1004             text = new StringBuffer();\r
1005             Object obj = null;\r
1006             if(av.alignment.isNucleotide())\r
1007               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
1008             else\r
1009               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1010                     seq.getCharAt(res) + "");\r
1011 \r
1012               if (obj == null)\r
1013                   continue;\r
1014 \r
1015             String triplet = obj.toString();\r
1016             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1017             gSize = groups.length;\r
1018             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1019             {\r
1020               if(text.length()<1)\r
1021               {\r
1022                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1023                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1024                   + sy + ","\r
1025                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1026                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1027                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1028                   + alIndex + " " + triplet );\r
1029               }\r
1030 \r
1031               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1032                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1033             }\r
1034 \r
1035             if (features != null)\r
1036             {\r
1037               if(text.length()<1)\r
1038               {\r
1039                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1040                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1041                   + sy + ","\r
1042                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1043                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1044                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1045                   + alIndex + " " + triplet );\r
1046               }\r
1047                 fSize = features.length;\r
1048                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1049                 {\r
1050 \r
1051                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1052                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1053                   {\r
1054                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1055                     {\r
1056                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1057                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1058                       {\r
1059                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1060                                        features[f].getEnd());\r
1061                       }\r
1062                     }\r
1063                     else\r
1064                     {\r
1065                       text.append("<br>");\r
1066                       text.append(features[f].getType());\r
1067                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1068                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1069 \r
1070                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1071                       {\r
1072                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1073                       }\r
1074                     }\r
1075                   }\r
1076 \r
1077                 }\r
1078               }\r
1079               if(text.length()>1)\r
1080               {\r
1081                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1082                 out.println(text.toString());\r
1083               }\r
1084             }\r
1085           }\r
1086         out.println("</map></body></html>");\r
1087         out.close();\r
1088 \r
1089       }\r
1090       catch (Exception ex)\r
1091       {\r
1092         ex.printStackTrace();\r
1093       }\r
1094     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1095 \r
1096   }\r
1097 \r
1098   int getWrappedHeight()\r
1099   {\r
1100     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1101 \r
1102     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1103     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1104               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1105     {\r
1106       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth();\r
1107     }\r
1108 \r
1109     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1110         seqPanelWidth\r
1111           );\r
1112 \r
1113     int hgap = av.charHeight;\r
1114     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1115       hgap += av.charHeight;\r
1116 \r
1117     int annotationHeight = 0;\r
1118     if (av.showAnnotation)\r
1119     {\r
1120       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1121     }\r
1122 \r
1123     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1124         + hgap\r
1125         + annotationHeight;\r
1126 \r
1127     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1128     if (av.hasHiddenColumns)\r
1129       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1130 \r
1131 \r
1132     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1133 \r
1134     return height;\r
1135   }\r
1136 \r
1137   /**\r
1138    * DOCUMENT ME!\r
1139    *\r
1140    * @author $author$\r
1141    * @version $Revision$\r
1142    */\r
1143   class Preview\r
1144       extends JFrame\r
1145   {\r
1146     /**\r
1147      * Creates a new Preview object.\r
1148      *\r
1149      * @param image DOCUMENT ME!\r
1150      */\r
1151     public Preview(Image image)\r
1152     {\r
1153       setResizable(true);\r
1154       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1155       setVisible(true);\r
1156       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1157       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1158       validate();\r
1159       repaint();\r
1160     }\r
1161   }\r
1162 \r
1163   /**\r
1164    * DOCUMENT ME!\r
1165    *\r
1166    * @author $author$\r
1167    * @version $Revision$\r
1168    */\r
1169   class PreviewPanel\r
1170       extends JPanel\r
1171   {\r
1172     Image image;\r
1173 \r
1174     /**\r
1175      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1176      *\r
1177      * @param image DOCUMENT ME!\r
1178      */\r
1179     public PreviewPanel(Image image)\r
1180     {\r
1181       this.image = image;\r
1182     }\r
1183 \r
1184     /**\r
1185      * DOCUMENT ME!\r
1186      *\r
1187      * @param g DOCUMENT ME!\r
1188      */\r
1189     public void paintComponent(Graphics g)\r
1190     {\r
1191       if (image != null)\r
1192       {\r
1193         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1194       }\r
1195       else\r
1196       {\r
1197         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1198       }\r
1199     }\r
1200   }\r
1201 }\r