src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.api.SequenceRenderer;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  32 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  33 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  36 import jalview.io.HTMLOutput;
  37 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;
  38 import jalview.math.AlignmentDimension;
  39 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.util.Comparison;
  42 import jalview.util.ImageMaker;
  43 import jalview.util.MessageManager;
  44 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  45 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  46
  47 import java.awt.BorderLayout;
  48 import java.awt.Color;
  49 import java.awt.Container;
  50 import java.awt.Dimension;
  51 import java.awt.Font;
  52 import java.awt.FontMetrics;
  53 import java.awt.Graphics;
  54 import java.awt.Graphics2D;
  55 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  56 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  57 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  58 import java.awt.event.ComponentEvent;
  59 import java.awt.image.BufferedImage;
  60 import java.awt.print.PageFormat;
  61 import java.awt.print.Printable;
  62 import java.awt.print.PrinterException;
  63 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  64 import java.beans.PropertyChangeListener;
  65 import java.io.File;
  66 import java.io.FileWriter;
  67 import java.io.PrintWriter;
  68 import java.util.List;
  69
  70 import javax.swing.SwingUtilities;
  71
  72 /**
  73  * The main panel of an AlignFrame, containing holders for the IdPanel,
  74  * SeqPanel, AnnotationLabels (a JPanel), and AnnotationPanel.
  75  *
  76  * Additional holders contain an IdPanelWidthAdjuster space above the idPanel,
  77  * AnnotationScroller (JScrollPane for AnnotationPanel), and vertical and
  78  * horizontal scrollbars.
  79  *
  80  *
  81  *
  82  * @author $author$
  83  * @version $Revision: 1.161 $
  84  */
  85 @SuppressWarnings("serial")
  86 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements
  87         AdjustmentListener, Printable, AlignmentViewPanel, ViewportListenerI
  88 {
  89   public AlignViewport av;
  90
  91   OverviewPanel overviewPanel;
  92
  93   private SeqPanel seqPanel;
  94
  95   private IdPanel idPanel;
  96
  97   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  98
  99   public AlignFrame alignFrame;
 100
 101   private ScalePanel scalePanel;
 102
 103   private AnnotationPanel annotationPanel;
 104
 105   private AnnotationLabels alabels;
 106
 107   private int hextent = 0;
 108
 109   private int vextent = 0;
 110
 111   /*
 112    * Flag set while scrolling to follow complementary cDNA/protein scroll. When
 113    * false, suppresses invoking the same method recursively.
 114    */
 115   private boolean scrollComplementaryPanel = true;
 116
 117   private PropertyChangeListener propertyChangeListener;
 118
 119   private CalculationChooser calculationDialog;
 120
 121   /**
 122    * Creates a new AlignmentPanel object.
 123    *
 124    * @param af
 125    * @param av
 126    */
 127   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
 128   {
 129     setBackground(Color.white); // BH 2019
 130     setOpaque(true);
 131     alignFrame = af;
 132     this.av = av;
 133     setSeqPanel(new SeqPanel(av, this));
 134     setIdPanel(new IdPanel(av, this));
 135
 136     setScalePanel(new ScalePanel(av, this));
 137
 138     idPanelHolder.add(getIdPanel(), BorderLayout.CENTER);
 139     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
 140     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
 141
 142     setAnnotationPanel(new AnnotationPanel(this));
 143     setAlabels(new AnnotationLabels(this));
 144
 145     annotationScroller.setViewportView(getAnnotationPanel());
 146     annotationSpaceFillerHolder.add(getAlabels(), BorderLayout.CENTER);
 147     if (!av.isShowAnnotation())
 148     {
 149       annotationScroller.setVisible(false);
 150       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 151     }
 152     scalePanelHolder.add(getScalePanel(), BorderLayout.CENTER);
 153     seqPanelHolder.add(getSeqPanel(), BorderLayout.CENTER);
 154
 155     setScrollValues(0, 0);
 156
 157     hscroll.addAdjustmentListener(this);
 158     vscroll.addAdjustmentListener(this);
 159
 160     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 161     {
 162       @Override
 163       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 164       {
 165         // reset the viewport ranges when the alignment panel is resized
 166         // in particular, this initialises the end residue value when Jalview
 167         // is initialised
 168         ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 169         if (av.getWrapAlignment())
 170         {
 171           int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(
 172                   getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 173           ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 174         }
 175         else
 176         {
 177           int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth()
 178                   / av.getCharWidth();
 179           int heightInSeq = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight()
 180                   / av.getCharHeight();
 181
 182           ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 183           ranges.setViewportHeight(heightInSeq);
 184         }
 185       }
 186
 187     });
 188
 189     final AlignmentPanel ap = this;
 190     propertyChangeListener = new PropertyChangeListener()
 191     {
 192       @Override
 193       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 194       {
 195         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 196         {
 197           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 198           alignmentChanged();
 199         }
 200       }
 201     };
 202     av.addPropertyChangeListener(propertyChangeListener);
 203
 204     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 205     fontChanged();
 206     adjustAnnotationHeight();
 207     updateLayout();
 208   }
 209
 210   @Override
 211   public AlignViewportI getAlignViewport()
 212   {
 213     return av;
 214   }
 215
 216   public void alignmentChanged()
 217   {
 218     av.alignmentChanged(this);
 219
 220     if (getCalculationDialog() != null)
 221     {
 222       getCalculationDialog().validateCalcTypes();
 223     }
 224
 225     alignFrame.updateEditMenuBar();
 226
 227     // no idea if we need to update structure
 228     paintAlignment(true, true);
 229
 230   }
 231
 232   /**
 233    * DOCUMENT ME!
 234    */
 235   public void fontChanged()
 236   {
 237     // set idCanvas bufferedImage to null
 238     // to prevent drawing old image
 239     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 240
 241     scalePanelHolder.setPreferredSize(
 242             new Dimension(10, av.getCharHeight() + fm.getDescent()));
 243     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(
 244             new Dimension(10, av.getCharHeight() + fm.getDescent()));
 245     idwidthAdjuster.invalidate();
 246     scalePanelHolder.invalidate();
 247     // BH 2018 getIdPanel().getIdCanvas().gg = null;
 248     getSeqPanel().seqCanvas.img = null;
 249     getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 250
 251     Dimension d = calculateIdWidth();
 252
 253     d.setSize(d.width + 4, d.height);
 254     getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(d);
 255     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);
 256
 257     repaint();
 258   }
 259
 260   /**
 261    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 262    * and any bounds on label width set in preferences.
 263    *
 264    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 265    *         that should be used.
 266    */
 267   public Dimension calculateIdWidth()
 268   {
 269     // calculate sensible default width when no preference is available
 270     Dimension r = null;
 271     if (av.getIdWidth() < 0)
 272     {
 273       int afwidth = (alignFrame != null ? alignFrame.getWidth() : 300);
 274       int maxwidth = Math.max(20, Math.min(afwidth - 200, 2 * afwidth / 3));
 275       r = calculateIdWidth(maxwidth);
 276       av.setIdWidth(r.width);
 277     }
 278     else
 279     {
 280       r = new Dimension();
 281       r.width = av.getIdWidth();
 282       r.height = 0;
 283     }
 284     return r;
 285   }
 286
 287   /**
 288    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 289    * and any bounds on label width set in preferences.
 290    *
 291    * @param maxwidth
 292    *          -1 or maximum width allowed for IdWidth
 293    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 294    *         that should be used.
 295    */
 296   public Dimension calculateIdWidth(int maxwidth)
 297   {
 298     Container c = new Container();
 299
 300     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(
 301             new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));
 302
 303     AlignmentI al = av.getAlignment();
 304     int i = 0;
 305     int idWidth = 0;
 306     String id;
 307
 308     while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))
 309     {
 310       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 311
 312       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 313
 314       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)
 315       {
 316         idWidth = fm.stringWidth(id);
 317       }
 318
 319       i++;
 320     }
 321
 322     // Also check annotation label widths
 323     i = 0;
 324
 325     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 326     {
 327       fm = c.getFontMetrics(getAlabels().getFont());
 328
 329       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 330       {
 331         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 332
 333         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)
 334         {
 335           idWidth = fm.stringWidth(label);
 336         }
 337
 338         i++;
 339       }
 340     }
 341
 342     return new Dimension(
 343             maxwidth < 0 ? idWidth : Math.min(maxwidth, idWidth), 12);
 344   }
 345
 346   /**
 347    * Highlight the given results on the alignment
 348    *
 349    */
 350   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 351   {
 352     boolean scrolled = scrollToPosition(results, 0, false);
 353
 354     boolean fastPaint = !(scrolled && av.getWrapAlignment());
 355
 356     getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(results, fastPaint);
 357   }
 358
 359   /**
 360    * Scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 361    * (if any)
 362    *
 363    * @param searchResults
 364    * @return
 365    */
 366   public boolean scrollToPosition(SearchResultsI searchResults)
 367   {
 368     return scrollToPosition(searchResults, 0, false);
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Scrolls the view (if necessary) to show the position of the first
 373    * highlighted region in results (if any). Answers true if the view was
 374    * scrolled, or false if no matched region was found, or it is already
 375    * visible.
 376    *
 377    * @param results
 378    * @param verticalOffset
 379    *          if greater than zero, allows scrolling to a position below the
 380    *          first displayed sequence
 381    * @param centre
 382    *          if true, try to centre the search results horizontally in the view
 383    * @return
 384    */
 385   protected boolean scrollToPosition(SearchResultsI results,
 386           int verticalOffset, boolean centre)
 387   {
 388     int startv, endv, starts, ends;
 389     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 390
 391     if (results == null || results.isEmpty() || av == null
 392             || av.getAlignment() == null)
 393     {
 394       return false;
 395     }
 396     int seqIndex = av.getAlignment().findIndex(results);
 397     if (seqIndex == -1)
 398     {
 399       return false;
 400     }
 401     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);
 402
 403     int[] r = results.getResults(seq, 0, av.getAlignment().getWidth());
 404     if (r == null)
 405     {
 406       return false;
 407     }
 408     int start = r[0];
 409     int end = r[1];
 410
 411     /*
 412      * To centre results, scroll to positions half the visible width
 413      * left/right of the start/end positions
 414      */
 415     if (centre)
 416     {
 417       int offset = (ranges.getEndRes() - ranges.getStartRes() + 1) / 2 - 1;
 418       start = Math.max(start - offset, 0);
 419       end = end + offset - 1;
 420     }
 421     if (start < 0)
 422     {
 423       return false;
 424     }
 425     if (end == seq.getEnd())
 426     {
 427       return false;
 428     }
 429
 430     if (av.hasHiddenColumns())
 431     {
 432       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 433       start = hidden.absoluteToVisibleColumn(start);
 434       end = hidden.absoluteToVisibleColumn(end);
 435       if (start == end)
 436       {
 437         if (!hidden.isVisible(r[0]))
 438         {
 439           // don't scroll - position isn't visible
 440           return false;
 441         }
 442       }
 443     }
 444
 445     /*
 446      * allow for offset of target sequence (actually scroll to one above it)
 447      */
 448     seqIndex = Math.max(0, seqIndex - verticalOffset);
 449     boolean scrollNeeded = true;
 450
 451     if (!av.getWrapAlignment())
 452     {
 453       if ((startv = ranges.getStartRes()) >= start)
 454       {
 455         /*
 456          * Scroll left to make start of search results visible
 457          */
 458         setScrollValues(start, seqIndex);
 459       }
 460       else if ((endv = ranges.getEndRes()) <= end)
 461       {
 462         /*
 463          * Scroll right to make end of search results visible
 464          */
 465         setScrollValues(startv + end - endv, seqIndex);
 466       }
 467       else if ((starts = ranges.getStartSeq()) > seqIndex)
 468       {
 469         /*
 470          * Scroll up to make start of search results visible
 471          */
 472         setScrollValues(ranges.getStartRes(), seqIndex);
 473       }
 474       else if ((ends = ranges.getEndSeq()) <= seqIndex)
 475       {
 476         /*
 477          * Scroll down to make end of search results visible
 478          */
 479         setScrollValues(ranges.getStartRes(), starts + seqIndex - ends
 480                 + 1);
 481       }
 482       /*
 483        * Else results are already visible - no need to scroll
 484        */
 485       scrollNeeded = false;
 486     }
 487     else
 488     {
 489       scrollNeeded = ranges.scrollToWrappedVisible(start);
 490     }
 491
 492     paintAlignment(false, false);
 493
 494     return scrollNeeded;
 495   }
 496
 497   /**
 498    * DOCUMENT ME!
 499    *
 500    * @return DOCUMENT ME!
 501    */
 502   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 503   {
 504     return overviewPanel;
 505   }
 506
 507   /**
 508    * DOCUMENT ME!
 509    *
 510    * @param op
 511    *          DOCUMENT ME!
 512    */
 513   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 514   {
 515     overviewPanel = op;
 516   }
 517
 518   /**
 519    *
 520    * @param b
 521    *          Hide or show annotation panel
 522    *
 523    */
 524   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 525   {
 526     if (!av.getWrapAlignment())
 527     {
 528       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 529       annotationScroller.setVisible(b);
 530     }
 531     repaint();
 532   }
 533
 534   /**
 535    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
 536    * ensuring the alignment is still visible.
 537    */
 538   @Override
 539   public void adjustAnnotationHeight()
 540   {
 541     // TODO: display vertical annotation scrollbar if necessary
 542     // this is called after loading new annotation onto alignment
 543     if (alignFrame.getHeight() == 0)
 544     {
 545       System.out.println("NEEDS FIXING");
 546     }
 547     validateAnnotationDimensions(true);
 548     addNotify();
 549     // TODO: many places call this method and also paintAlignment with various
 550     // different settings. this means multiple redraws are triggered...
 551     paintAlignment(true, av.needToUpdateStructureViews());
 552   }
 553
 554   /**
 555    * calculate the annotation dimensions and refresh slider values accordingly.
 556    * need to do repaints/notifys afterwards.
 557    */
 558   protected void validateAnnotationDimensions(boolean adjustPanelHeight)
 559   {
 560     // BH 2018.04.18 comment: addNotify() is not appropriate here. We
 561     // are not changing ancestors, and keyboard action listeners do
 562     // not need to be reset. addNotify() is a very expensive operation,
 563     // requiring a full re-layout of all parents and children.
 564     // Note in JComponent:
 565     // This method is called by the toolkit internally and should
 566     // not be called directly by programs.
 567     // I note that addNotify() is called in several areas of Jalview.
 568
 569     int annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 570     annotationHeight = getAnnotationPanel()
 571             .adjustForAlignFrame(adjustPanelHeight, annotationHeight);
 572
 573     hscroll.addNotify();
 574     annotationScroller.setPreferredSize(
 575             new Dimension(annotationScroller.getWidth(), annotationHeight));
 576
 577     Dimension e = idPanel.getSize();
 578     alabels.setSize(new Dimension(e.width, annotationHeight));
 579
 580
 581     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 582             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(), annotationHeight));
 583     annotationScroller.validate();
 584     annotationScroller.addNotify();
 585   }
 586
 587   /**
 588    * update alignment layout for viewport settings
 589    *
 590    * @param wrap
 591    *          DOCUMENT ME!
 592    */
 593   public void updateLayout()
 594   {
 595     fontChanged(); // fires repaint
 596     setAnnotationVisible(av.isShowAnnotation());
 597     boolean wrap = av.getWrapAlignment();
 598     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 599     ranges.setStartSeq(0);
 600     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 601     hscroll.setVisible(!wrap);
 602     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 603
 604     if (wrap)
 605     {
 606       annotationScroller.setVisible(false);
 607       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 608     }
 609     else if (av.isShowAnnotation())
 610     {
 611       annotationScroller.setVisible(true);
 612       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 613       validateAnnotationDimensions(false);
 614     }
 615
 616     int canvasWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
 617     if (canvasWidth > 0)
 618     { // may not yet be laid out
 619       if (wrap)
 620       {
 621         int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas
 622                 .getWrappedCanvasWidth(canvasWidth);
 623         ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 624       }
 625       else
 626       {
 627         int widthInRes = (canvasWidth / av.getCharWidth());
 628         int heightInSeq = (getSeqPanel().seqCanvas.getHeight()
 629                 / av.getCharHeight());
 630
 631         ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 632         ranges.setViewportHeight(heightInSeq);
 633       }
 634     }
 635
 636     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 637
 638     repaint();
 639   }
 640
 641   /**
 642    * Adjust row/column scrollers to show a visible position in the alignment.
 643    *
 644    * @param x
 645    *          visible column to scroll to
 646    * @param y
 647    *          visible row to scroll to
 648    *
 649    */
 650   public void setScrollValues(int xpos, int ypos)
 651   {
 652     int x = xpos;
 653     int y = ypos;
 654
 655     if (av == null || av.getAlignment() == null)
 656     {
 657       return;
 658     }
 659
 660     if (av.getWrapAlignment())
 661     {
 662       setScrollingForWrappedPanel(x);
 663     }
 664     else
 665     {
 666       int width = av.getAlignment().getVisibleWidth();
 667       int height = av.getAlignment().getHeight();
 668
 669       hextent = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 670       vextent = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 671
 672       if (hextent > width)
 673       {
 674         hextent = width;
 675       }
 676
 677       if (vextent > height)
 678       {
 679         vextent = height;
 680       }
 681
 682       if ((hextent + x) > width)
 683       {
 684         x = width - hextent;
 685       }
 686
 687       if ((vextent + y) > height)
 688       {
 689         y = height - vextent;
 690       }
 691
 692       if (y < 0)
 693       {
 694         y = 0;
 695       }
 696
 697       if (x < 0)
 698       {
 699         x = 0;
 700       }
 701
 702       // update the scroll values
 703       hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 704       vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 705     }
 706   }
 707
 708   /**
 709    * Respond to adjustment event when horizontal or vertical scrollbar is
 710    * changed
 711    *
 712    * @param evt
 713    *          adjustment event encoding whether hscroll or vscroll changed
 714    */
 715   @Override
 716   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 717   {
 718     if (av.getWrapAlignment())
 719     {
 720       adjustScrollingWrapped(evt);
 721       return;
 722     }
 723
 724     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 725
 726     if (evt.getSource() == hscroll)
 727     {
 728       int oldX = ranges.getStartRes();
 729       int oldwidth = ranges.getViewportWidth();
 730       int x = hscroll.getValue();
 731       int width = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 732
 733       // if we're scrolling to the position we're already at, stop
 734       // this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 735       // ranges values are the same
 736       if ((x == oldX) && (width == oldwidth))
 737       {
 738         return;
 739       }
 740       ranges.setViewportStartAndWidth(x, width);
 741     }
 742     else if (evt.getSource() == vscroll)
 743     {
 744       int oldY = ranges.getStartSeq();
 745       int oldheight = ranges.getViewportHeight();
 746       int y = vscroll.getValue();
 747       int height = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 748
 749       // if we're scrolling to the position we're already at, stop
 750       // this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 751       // ranges values are the same
 752       if ((y == oldY) && (height == oldheight))
 753       {
 754         return;
 755       }
 756       ranges.setViewportStartAndHeight(y, height);
 757     }
 758     repaint();
 759   }
 760
 761   /**
 762    * Responds to a scroll change by setting the start position of the viewport.
 763    * Does
 764    *
 765    * @param evt
 766    */
 767   protected void adjustScrollingWrapped(AdjustmentEvent evt)
 768   {
 769     if (evt.getSource() == hscroll)
 770     {
 771       return; // no horizontal scroll when wrapped
 772     }
 773     final ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 774
 775     if (evt.getSource() == vscroll)
 776     {
 777       int newY = vscroll.getValue();
 778
 779       /*
 780        * if we're scrolling to the position we're already at, stop
 781        * this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 782        * ranges values are the same
 783        */
 784       int oldX = ranges.getStartRes();
 785       int oldY = ranges.getWrappedScrollPosition(oldX);
 786       if (oldY == newY)
 787       {
 788         return;
 789       }
 790       if (newY > -1)
 791       {
 792         /*
 793          * limit page up/down to one width's worth of positions
 794          */
 795         int rowSize = ranges.getViewportWidth();
 796         int newX = newY > oldY ? oldX + rowSize : oldX - rowSize;
 797         ranges.setViewportStartAndWidth(Math.max(0, newX), rowSize);
 798       }
 799     }
 800     else
 801     {
 802       // This is only called if file loaded is a jar file that
 803       // was wrapped when saved and user has wrap alignment true
 804       // as preference setting
 805       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 806       {
 807         @Override
 808         public void run()
 809         {
 810           // When updating scrolling to use ViewportChange events, this code
 811           // could not be validated and it is not clear if it is now being
 812           // called. Log warning here in case it is called and unforeseen
 813           // problems occur
 814           Cache.log.warn(
 815                   "Unexpected path through code: Wrapped jar file opened with wrap alignment set in preferences");
 816
 817           // scroll to start of panel
 818           ranges.setStartRes(0);
 819           ranges.setStartSeq(0);
 820         }
 821       });
 822     }
 823     repaint();
 824   }
 825
 826   /* (non-Javadoc)
 827    * @see jalview.api.AlignmentViewPanel#paintAlignment(boolean)
 828    */
 829   @Override
 830   public void paintAlignment(boolean updateOverview,
 831           boolean updateStructures)
 832   {
 833     final AnnotationSorter sorter = new AnnotationSorter(getAlignment(),
 834             av.isShowAutocalculatedAbove());
 835     sorter.sort(getAlignment().getAlignmentAnnotation(),
 836             av.getSortAnnotationsBy());
 837     repaint();
 838
 839     if (updateStructures)
 840     {
 841       av.getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(this);
 842     }
 843     if (updateOverview)
 844     {
 845       if (overviewPanel != null)
 846       {
 847         overviewPanel.updateOverviewImage();
 848       }
 849     }
 850   }
 851
 852   /**
 853    * DOCUMENT ME!
 854    *
 855    * @param g
 856    *          DOCUMENT ME!
 857    */
 858   @Override
 859   public void paintComponent(Graphics g)
 860   {
 861
 862     invalidate(); // needed so that the id width adjuster works correctly
 863
 864     Dimension d = getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 865     idPanelHolder.setPreferredSize(d);
 866     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));
 867
 868     validate(); // needed so that the id width adjuster works correctly
 869
 870     /*
 871      * set scroll bar positions - tried to remove but necessary for split panel to resize correctly
 872      * though I still think this call should be elsewhere.
 873      */
 874     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 875     setScrollValues(ranges.getStartRes(), ranges.getStartSeq());
 876     super.paintComponent(g);
 877   }
 878
 879   /**
 880    * Set vertical scroll bar position, and number of increments, for wrapped
 881    * panel
 882    *
 883    * @param topLeftColumn
 884    *          the column position at top left (0..)
 885    */
 886   private void setScrollingForWrappedPanel(int topLeftColumn)
 887   {
 888     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 889     int scrollPosition = ranges.getWrappedScrollPosition(topLeftColumn);
 890     int maxScroll = ranges.getWrappedMaxScroll(topLeftColumn);
 891
 892     /*
 893      * a scrollbar's value can be set to at most (maximum-extent)
 894      * so we add extent (1) to the maxScroll value
 895      */
 896     vscroll.setUnitIncrement(1);
 897     vscroll.setValues(scrollPosition, 1, 0, maxScroll + 1);
 898   }
 899
 900   /**
 901    * DOCUMENT ME!
 902    *
 903    * @param pg
 904    *          DOCUMENT ME!
 905    * @param pf
 906    *          DOCUMENT ME!
 907    * @param pi
 908    *          DOCUMENT ME!
 909    *
 910    * @return DOCUMENT ME!
 911    *
 912    * @throws PrinterException
 913    *           DOCUMENT ME!
 914    */
 915   @Override
 916   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 917           throws PrinterException
 918   {
 919     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 920
 921     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 922     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 923
 924     if (av.getWrapAlignment())
 925     {
 926       return printWrappedAlignment(pwidth, pheight, pi, pg);
 927     }
 928     else
 929     {
 930       return printUnwrapped(pwidth, pheight, pi, pg, pg);
 931     }
 932   }
 933
 934   /**
 935    * Draws the alignment image, including sequence ids, sequences, and
 936    * annotation labels and annotations if shown, on either one or two Graphics
 937    * contexts.
 938    *
 939    * @param pageWidth
 940    *          in pixels
 941    * @param pageHeight
 942    *          in pixels
 943    * @param pageIndex
 944    *          (0, 1, ...)
 945    * @param idGraphics
 946    *          the graphics context for sequence ids and annotation labels
 947    * @param alignmentGraphics
 948    *          the graphics context for sequences and annotations (may or may not
 949    *          be the same context as idGraphics)
 950    * @return
 951    * @throws PrinterException
 952    */
 953   public int printUnwrapped(int pageWidth, int pageHeight, int pageIndex,
 954           Graphics idGraphics, Graphics alignmentGraphics)
 955           throws PrinterException
 956   {
 957     final int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
 958
 959     /*
 960      * Get the horizontal offset to where we draw the sequences.
 961      * This is idWidth if using a single Graphics context, else zero.
 962      */
 963     final int alignmentGraphicsOffset = idGraphics != alignmentGraphics ? 0
 964             : idWidth;
 965
 966     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 967     final int charHeight = av.getCharHeight();
 968     final int scaleHeight = charHeight + fm.getDescent();
 969
 970     idGraphics.setColor(Color.white);
 971     idGraphics.fillRect(0, 0, pageWidth, pageHeight);
 972     idGraphics.setFont(av.getFont());
 973
 974     /*
 975      * How many sequences and residues can we fit on a printable page?
 976      */
 977     final int totalRes = (pageWidth - idWidth) / av.getCharWidth();
 978
 979     final int totalSeq = (pageHeight - scaleHeight) / charHeight - 1;
 980
 981     final int alignmentWidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
 982     int pagesWide = (alignmentWidth / totalRes) + 1;
 983
 984     final int startRes = (pageIndex % pagesWide) * totalRes;
 985     final int endRes = Math.min(startRes + totalRes - 1,
 986             alignmentWidth - 1);
 987
 988     final int startSeq = (pageIndex / pagesWide) * totalSeq;
 989     final int alignmentHeight = av.getAlignment().getHeight();
 990     final int endSeq = Math.min(startSeq + totalSeq, alignmentHeight);
 991
 992     int pagesHigh = ((alignmentHeight / totalSeq) + 1) * pageHeight;
 993
 994     if (av.isShowAnnotation())
 995     {
 996       pagesHigh += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
 997     }
 998
 999     pagesHigh /= pageHeight;
1000
1001     if (pageIndex >= (pagesWide * pagesHigh))
1002     {
1003       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
1004     }
1005     final int alignmentDrawnHeight = (endSeq - startSeq) * charHeight + 3;
1006
1007     /*
1008      * draw the Scale at horizontal offset, then reset to top left (0, 0)
1009      */
1010     alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset, 0);
1011     getScalePanel().drawScale(alignmentGraphics, startRes, endRes,
1012             pageWidth - idWidth, scaleHeight);
1013     alignmentGraphics.translate(-alignmentGraphicsOffset, 0);
1014
1015     /*
1016      * Draw the sequence ids, offset for scale height,
1017      * then reset to top left (0, 0)
1018      */
1019     idGraphics.translate(0, scaleHeight);
1020     IdCanvas idCanvas = getIdPanel().getIdCanvas();
1021     List<SequenceI> selection = av.getSelectionGroup() == null ? null
1022             : av.getSelectionGroup().getSequences(null);
1023     idCanvas.drawIds((Graphics2D) idGraphics, av, startSeq, endSeq - 1,
1024             selection);
1025
1026     idGraphics.setFont(av.getFont());
1027     idGraphics.translate(0, -scaleHeight);
1028
1029     /*
1030      * draw the sequences, offset for scale height, and id width (if using a
1031      * single graphics context), then reset to (0, scale height)
1032      */
1033     alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset, scaleHeight);
1034     getSeqPanel().seqCanvas.drawPanelForPrinting(alignmentGraphics, startRes,
1035             endRes, startSeq, endSeq - 1);
1036     alignmentGraphics.translate(-alignmentGraphicsOffset, 0);
1037
1038     if (av.isShowAnnotation() && (endSeq == alignmentHeight))
1039     {
1040       /*
1041        * draw annotation labels; drawComponent() translates by
1042        * getScrollOffset(), so compensate for that first;
1043        * then reset to (0, scale height)
1044        */
1045       int offset = getAlabels().getScrollOffset();
1046       idGraphics.translate(0, -offset);
1047       idGraphics.translate(0, alignmentDrawnHeight);
1048       getAlabels().drawComponent(idGraphics, idWidth);
1049       idGraphics.translate(0, -alignmentDrawnHeight);
1050
1051       /*
1052        * draw the annotations starting at
1053        * (idOffset, alignmentHeight) from (0, scaleHeight)
1054        */
1055       alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset,
1056               alignmentDrawnHeight);
1057       getAnnotationPanel().renderer.drawComponent(getAnnotationPanel(), av,
1058               alignmentGraphics, -1, startRes, endRes + 1);
1059     }
1060
1061     return Printable.PAGE_EXISTS;
1062   }
1063
1064   /**
1065    * Prints one page of an alignment in wrapped mode. Returns
1066    * Printable.PAGE_EXISTS (0) if a page was drawn, or Printable.NO_SUCH_PAGE if
1067    * no page could be drawn (page number out of range).
1068    *
1069    * @param pageWidth
1070    * @param pageHeight
1071    * @param pageNumber
1072    *          (0, 1, ...)
1073    * @param g
1074    *
1075    * @return
1076    *
1077    * @throws PrinterException
1078    */
1079   public int printWrappedAlignment(int pageWidth, int pageHeight, int pageNumber,
1080           Graphics g) throws PrinterException
1081   {
1082     int annotationHeight = 0;
1083     if (av.isShowAnnotation())
1084     {
1085       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1086     }
1087
1088     int hgap = av.getCharHeight();
1089     if (av.getScaleAboveWrapped())
1090     {
1091       hgap += av.getCharHeight();
1092     }
1093
1094     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1095             + annotationHeight;
1096
1097     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1098
1099     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
1100
1101     int resWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1102             .getWrappedCanvasWidth(pageWidth - idWidth);
1103
1104     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);
1105
1106     g.setColor(Color.white);
1107     g.fillRect(0, 0, pageWidth, pageHeight);
1108     g.setFont(av.getFont());
1109     g.setColor(Color.black);
1110
1111     /*
1112      * method: print the whole wrapped alignment, but with a clip region that
1113      * is restricted to the requested page; this supports selective print of
1114      * single  pages or ranges, (at the cost of some repeated processing in
1115      * the 'normal' case, when all pages are printed)
1116      */
1117     g.translate(0, -pageNumber * pageHeight);
1118
1119     g.setClip(0, pageNumber * pageHeight, pageWidth, pageHeight);
1120
1121     /*
1122      * draw sequence ids and annotation labels (if shown)
1123      */
1124     IdCanvas idCanvas = getIdPanel().getIdCanvas();
1125     idCanvas.drawIdsWrapped((Graphics2D) g, av, 0, totalHeight);
1126
1127     g.translate(idWidth, 0);
1128
1129     getSeqPanel().seqCanvas.drawWrappedPanelForPrinting(g, pageWidth - idWidth,
1130             totalHeight, 0);
1131
1132     if ((pageNumber * pageHeight) < totalHeight)
1133     {
1134       return Printable.PAGE_EXISTS;
1135     }
1136     else
1137     {
1138       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
1139     }
1140   }
1141
1142   /**
1143    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1144    * displayed using default settings
1145    *
1146    * @return
1147    */
1148   public int getVisibleIdWidth()
1149   {
1150     return getVisibleIdWidth(true);
1151   }
1152
1153   /**
1154    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1155    * displayed using default settings
1156    *
1157    * @param onscreen
1158    *          indicate if the Id width for onscreen or offscreen display should
1159    *          be returned
1160    * @return
1161    */
1162   public int getVisibleIdWidth(boolean onscreen)
1163   {
1164     // see if rendering offscreen - check preferences and calc width accordingly
1165     if (!onscreen && Cache.getDefault(Preferences.FIGURE_AUTOIDWIDTH, false))
1166     {
1167       return calculateIdWidth(-1).width + 4;
1168     }
1169     Integer idwidth = null;
1170     if (onscreen || (idwidth = Cache
1171             .getIntegerProperty(Preferences.FIGURE_FIXEDIDWIDTH)) == null)
1172     {
1173       int w = getIdPanel().getWidth();
1174       return (w > 0 ? w : calculateIdWidth().width + 4);
1175     }
1176     return idwidth.intValue() + 4;
1177   }
1178
1179   /**
1180    * Builds an image of the alignment of the specified type (EPS/PNG/SVG) and
1181    * writes it to the specified file
1182    *
1183    * @param type
1184    * @param file
1185    */
1186   void makeAlignmentImage(ImageMaker.TYPE type, File file)
1187   {
1188     final int borderBottomOffset = 5;
1189
1190     AlignmentDimension aDimension = getAlignmentDimension();
1191     // todo use a lambda function in place of callback here?
1192     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
1193     {
1194       @Override
1195       public void exportImage(Graphics graphics) throws Exception
1196       {
1197         if (av.getWrapAlignment())
1198         {
1199           printWrappedAlignment(aDimension.getWidth(),
1200                   aDimension.getHeight() + borderBottomOffset, 0, graphics);
1201         }
1202         else
1203         {
1204           printUnwrapped(aDimension.getWidth(), aDimension.getHeight(), 0,
1205                   graphics, graphics);
1206         }
1207       }
1208     };
1209
1210     String fileTitle = alignFrame.getTitle();
1211     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, alignFrame, type,
1212             fileTitle);
1213     int imageWidth = aDimension.getWidth();
1214     int imageHeight = aDimension.getHeight() + borderBottomOffset;
1215     String of = MessageManager.getString("label.alignment");
1216     exporter.doExport(file, this, imageWidth, imageHeight, of);
1217   }
1218
1219   /**
1220    * Calculates and returns a suitable width and height (in pixels) for an
1221    * exported image
1222    *
1223    * @return
1224    */
1225   public AlignmentDimension getAlignmentDimension()
1226   {
1227     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
1228
1229     int height = ((av.getAlignment().getHeight() + 1) * av.getCharHeight())
1230             + getScalePanel().getHeight();
1231     int width = getVisibleIdWidth(false) + (maxwidth * av.getCharWidth());
1232
1233     if (av.getWrapAlignment())
1234     {
1235       height = getWrappedHeight();
1236       if (Jalview.isHeadlessMode())
1237       {
1238         // need to obtain default alignment width and then add in any
1239         // additional allowance for id margin
1240         // this duplicates the calculation in getWrappedHeight but adjusts for
1241         // offscreen idWith
1242         width = alignFrame.getWidth() - vscroll.getPreferredSize().width
1243                 - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right
1244                 - getVisibleIdWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1245       }
1246       else
1247       {
1248         width = getSeqPanel().getWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1249       }
1250
1251     }
1252     else if (av.isShowAnnotation())
1253     {
1254       height += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
1255     }
1256     return new AlignmentDimension(width, height);
1257
1258   }
1259
1260   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)
1261   {
1262     // /////ONLY WORKS WITH NON WRAPPED ALIGNMENTS
1263     // ////////////////////////////////////////////
1264     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1265     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1266     int scaleHeight = av.getCharHeight() + fm.getDescent();
1267
1268     // Gen image map
1269     // ////////////////////////////////
1270     if (imgMapFile != null)
1271     {
1272       try
1273       {
1274         int sSize = av.getAlignment().getHeight();
1275         int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
1276         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));
1277         out.println(HTMLOutput.getImageMapHTML());
1278         out.println("<img src=\"" + imageName
1279                 + "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"
1280                 + "<map name=\"Map\">");
1281
1282         for (int s = 0; s < sSize; s++)
1283         {
1284           int sy = s * av.getCharHeight() + scaleHeight;
1285
1286           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(s);
1287           SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
1288           for (int column = 0; column < alwidth; column++)
1289           {
1290             StringBuilder text = new StringBuilder(512);
1291             String triplet = null;
1292             if (av.getAlignment().isNucleotide())
1293             {
1294               triplet = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq
1295                       .getCharAt(column) + "");
1296             }
1297             else
1298             {
1299               triplet = ResidueProperties.aa2Triplet.get(seq.getCharAt(column)
1300                       + "");
1301             }
1302
1303             if (triplet == null)
1304             {
1305               continue;
1306             }
1307
1308             int seqPos = seq.findPosition(column);
1309             int gSize = groups.length;
1310             for (int g = 0; g < gSize; g++)
1311             {
1312               if (text.length() < 1)
1313               {
1314                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\"")
1315                         .append((idWidth + column * av.getCharWidth()))
1316                         .append(",").append(sy).append(",")
1317                         .append((idWidth + (column + 1) * av.getCharWidth()))
1318                         .append(",").append((av.getCharHeight() + sy))
1319                         .append("\"").append(" onMouseOver=\"toolTip('")
1320                         .append(seqPos).append(" ").append(triplet);
1321               }
1322
1323               if (groups[g].getStartRes() < column
1324                       && groups[g].getEndRes() > column)
1325               {
1326                 text.append("<br><em>").append(groups[g].getName())
1327                         .append("</em>");
1328               }
1329             }
1330
1331             if (text.length() < 1)
1332             {
1333               text.append("<area shape=\"rect\" coords=\"")
1334                       .append((idWidth + column * av.getCharWidth()))
1335                       .append(",").append(sy).append(",")
1336                       .append((idWidth + (column + 1) * av.getCharWidth()))
1337                       .append(",").append((av.getCharHeight() + sy))
1338                       .append("\"").append(" onMouseOver=\"toolTip('")
1339                       .append(seqPos).append(" ").append(triplet);
1340             }
1341             if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(column)))
1342             {
1343               List<SequenceFeature> features = seq.findFeatures(column, column);
1344               for (SequenceFeature sf : features)
1345               {
1346                 if (sf.isContactFeature())
1347                 {
1348                   text.append("<br>").append(sf.getType()).append(" ")
1349                           .append(sf.getBegin()).append(":")
1350                           .append(sf.getEnd());
1351                 }
1352                 else
1353                 {
1354                   text.append("<br>");
1355                   text.append(sf.getType());
1356                   String description = sf.getDescription();
1357                   if (description != null
1358                           && !sf.getType().equals(description))
1359                   {
1360                     description = description.replace("\"", "&quot;");
1361                     text.append(" ").append(description);
1362                   }
1363                 }
1364                 String status = sf.getStatus();
1365                 if (status != null && !"".equals(status))
1366                 {
1367                   text.append(" (").append(status).append(")");
1368                 }
1369               }
1370               if (text.length() > 1)
1371               {
1372                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");
1373                 out.println(text.toString());
1374               }
1375             }
1376           }
1377         }
1378         out.println("</map></body></html>");
1379         out.close();
1380
1381       } catch (Exception ex)
1382       {
1383         ex.printStackTrace();
1384       }
1385     } // /////////END OF IMAGE MAP
1386
1387   }
1388
1389   int getWrappedHeight()
1390   {
1391     int seqPanelWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
1392
1393     if (Jalview.isHeadlessMode())
1394     {
1395       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth()
1396               - vscroll.getPreferredSize().width
1397               - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right;
1398     }
1399
1400     int chunkWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1401             .getWrappedCanvasWidth(seqPanelWidth);
1402
1403     int hgap = av.getCharHeight();
1404     if (av.getScaleAboveWrapped())
1405     {
1406       hgap += av.getCharHeight();
1407     }
1408
1409     int annotationHeight = 0;
1410     if (av.isShowAnnotation())
1411     {
1412       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1413     }
1414
1415     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1416             + annotationHeight;
1417
1418     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1419     if (av.hasHiddenColumns())
1420     {
1421       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1422               .absoluteToVisibleColumn(maxwidth) - 1;
1423     }
1424
1425     int height = ((maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;
1426
1427     return height;
1428   }
1429
1430   /**
1431    * close the panel - deregisters all listeners and nulls any references to
1432    * alignment data.
1433    */
1434   public void closePanel()
1435   {
1436     PaintRefresher.RemoveComponent(getSeqPanel().seqCanvas);
1437     PaintRefresher.RemoveComponent(getIdPanel().getIdCanvas());
1438     PaintRefresher.RemoveComponent(this);
1439
1440     closeChildFrames();
1441
1442     /*
1443      * try to ensure references are nulled
1444      */
1445     if (annotationPanel != null)
1446     {
1447       annotationPanel.dispose();
1448       annotationPanel = null;
1449     }
1450
1451     if (av != null)
1452     {
1453       av.removePropertyChangeListener(propertyChangeListener);
1454       propertyChangeListener = null;
1455       StructureSelectionManager ssm = av.getStructureSelectionManager();
1456       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1457       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1458       ssm.removeCommandListener(av);
1459       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1460       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1461       av.dispose();
1462       av = null;
1463     }
1464     else
1465     {
1466       if (Cache.log.isDebugEnabled())
1467       {
1468         Cache.log.warn("Closing alignment panel which is already closed.");
1469       }
1470     }
1471   }
1472
1473   /**
1474    * Close any open dialogs that would be orphaned when this one is closed
1475    */
1476   protected void closeChildFrames()
1477   {
1478     if (overviewPanel != null)
1479     {
1480       overviewPanel.dispose();
1481       overviewPanel = null;
1482     }
1483     if (calculationDialog != null)
1484     {
1485       calculationDialog.closeFrame();
1486       calculationDialog = null;
1487     }
1488   }
1489
1490   /**
1491    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and av state flags
1492    */
1493   public void updateAnnotation()
1494   {
1495     updateAnnotation(false, false);
1496   }
1497
1498   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings)
1499   {
1500     updateAnnotation(applyGlobalSettings, false);
1501   }
1502
1503   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings,
1504           boolean preserveNewGroupSettings)
1505   {
1506     av.updateGroupAnnotationSettings(applyGlobalSettings,
1507             preserveNewGroupSettings);
1508     adjustAnnotationHeight();
1509   }
1510
1511   @Override
1512   public AlignmentI getAlignment()
1513   {
1514     return av == null ? null : av.getAlignment();
1515   }
1516
1517   @Override
1518   public String getViewName()
1519   {
1520     return av.getViewName();
1521   }
1522
1523   /**
1524    * Make/Unmake this alignment panel the current input focus
1525    *
1526    * @param b
1527    */
1528   public void setSelected(boolean b)
1529   {
1530     try
1531     {
1532       if (alignFrame.getSplitViewContainer() != null)
1533       {
1534         /*
1535          * bring enclosing SplitFrame to front first if there is one
1536          */
1537         ((SplitFrame) alignFrame.getSplitViewContainer()).setSelected(b);
1538       }
1539       alignFrame.setSelected(b);
1540     } catch (Exception ex)
1541     {
1542     }
1543
1544     if (b)
1545     {
1546       alignFrame.setDisplayedView(this);
1547     }
1548   }
1549
1550   @Override
1551   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
1552   {
1553     return av.getStructureSelectionManager();
1554   }
1555
1556   @Override
1557   public void raiseOOMWarning(String string, OutOfMemoryError error)
1558   {
1559     new OOMWarning(string, error, this);
1560   }
1561
1562   @Override
1563   public jalview.api.FeatureRenderer cloneFeatureRenderer()
1564   {
1565
1566     return new FeatureRenderer(this);
1567   }
1568
1569   @Override
1570   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
1571   {
1572     return seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();
1573   }
1574
1575   public void updateFeatureRenderer(
1576           jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr)
1577   {
1578     fr.transferSettings(getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
1579   }
1580
1581   public void updateFeatureRendererFrom(jalview.api.FeatureRenderer fr)
1582   {
1583     if (getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer() != null)
1584     {
1585       getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().transferSettings(fr);
1586     }
1587   }
1588
1589   public ScalePanel getScalePanel()
1590   {
1591     return scalePanel;
1592   }
1593
1594   public void setScalePanel(ScalePanel scalePanel)
1595   {
1596     this.scalePanel = scalePanel;
1597   }
1598
1599   public SeqPanel getSeqPanel()
1600   {
1601     return seqPanel;
1602   }
1603
1604   public void setSeqPanel(SeqPanel seqPanel)
1605   {
1606     this.seqPanel = seqPanel;
1607   }
1608
1609   public AnnotationPanel getAnnotationPanel()
1610   {
1611     return annotationPanel;
1612   }
1613
1614   public void setAnnotationPanel(AnnotationPanel annotationPanel)
1615   {
1616     this.annotationPanel = annotationPanel;
1617   }
1618
1619   public AnnotationLabels getAlabels()
1620   {
1621     return alabels;
1622   }
1623
1624   public void setAlabels(AnnotationLabels alabels)
1625   {
1626     this.alabels = alabels;
1627   }
1628
1629   public IdPanel getIdPanel()
1630   {
1631     return idPanel;
1632   }
1633
1634   public void setIdPanel(IdPanel idPanel)
1635   {
1636     this.idPanel = idPanel;
1637   }
1638
1639   /**
1640    * Follow a scrolling change in the (cDNA/Protein) complementary alignment.
1641    * The aim is to keep the two alignments 'lined up' on their centre columns.
1642    *
1643    * @param sr
1644    *          holds mapped region(s) of this alignment that we are scrolling
1645    *          'to'; may be modified for sequence offset by this method
1646    * @param verticalOffset
1647    *          the number of visible sequences to show above the mapped region
1648    */
1649   protected void scrollToCentre(SearchResultsI sr, int verticalOffset)
1650   {
1651     scrollToPosition(sr, verticalOffset, true);
1652   }
1653
1654   /**
1655    * Set a flag to say do not scroll any (cDNA/protein) complement.
1656    *
1657    * @param b
1658    */
1659   protected void setToScrollComplementPanel(boolean b)
1660   {
1661     this.scrollComplementaryPanel = b;
1662   }
1663
1664   /**
1665    * Get whether to scroll complement panel
1666    *
1667    * @return true if cDNA/protein complement panels should be scrolled
1668    */
1669   protected boolean isSetToScrollComplementPanel()
1670   {
1671     return this.scrollComplementaryPanel;
1672   }
1673
1674   /**
1675    * Redraw sensibly.
1676    *
1677    * @adjustHeight if true, try to recalculate panel height for visible
1678    *               annotations
1679    */
1680   protected void refresh(boolean adjustHeight)
1681   {
1682     validateAnnotationDimensions(adjustHeight);
1683     addNotify();
1684     if (adjustHeight)
1685     {
1686       // sort, repaint, update overview
1687       paintAlignment(true, false);
1688     }
1689     else
1690     {
1691       // lightweight repaint
1692       repaint();
1693     }
1694   }
1695
1696   @Override
1697   /**
1698    * Property change event fired when a change is made to the viewport ranges
1699    * object associated with this alignment panel's viewport
1700    */
1701   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1702   {
1703     // update this panel's scroll values based on the new viewport ranges values
1704     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1705     int x = ranges.getStartRes();
1706     int y = ranges.getStartSeq();
1707     setScrollValues(x, y);
1708
1709     // now update any complementary alignment (its viewport ranges object
1710     // is different so does not get automatically updated)
1711     if (isSetToScrollComplementPanel())
1712     {
1713       setToScrollComplementPanel(false);
1714       av.scrollComplementaryAlignment();
1715       setToScrollComplementPanel(true);
1716     }
1717   }
1718
1719   /**
1720    * Set the reference to the PCA/Tree chooser dialog for this panel. This
1721    * reference should be nulled when the dialog is closed.
1722    *
1723    * @param calculationChooser
1724    */
1725   public void setCalculationDialog(CalculationChooser calculationChooser)
1726   {
1727     calculationDialog = calculationChooser;
1728   }
1729
1730   /**
1731    * Returns the reference to the PCA/Tree chooser dialog for this panel (null
1732    * if none is open)
1733    */
1734   public CalculationChooser getCalculationDialog()
1735   {
1736     return calculationDialog;
1737   }
1738
1739   @Override
1740   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
1741   {
1742     return seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer();
1743   }
1744
1745   public boolean scrollTo(int ostart, int end, int seqIndex,
1746           boolean scrollToNearest, boolean redrawOverview)
1747   {
1748     int startv, endv, starts, ends;// , width;
1749
1750     int start = -1;
1751     if (av.hasHiddenColumns())
1752     {
1753       AlignmentI al = av.getAlignment();
1754       start = al.getHiddenColumns().absoluteToVisibleColumn(ostart);
1755       end = al.getHiddenColumns().absoluteToVisibleColumn(end);
1756       if (start == end)
1757       {
1758         if (!scrollToNearest && !al.getHiddenColumns().isVisible(ostart))
1759         {
1760           // don't scroll - position isn't visible
1761           return false;
1762         }
1763       }
1764     }
1765     else
1766     {
1767       start = ostart;
1768     }
1769
1770     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1771     if (!av.getWrapAlignment())
1772     {
1773       /*
1774        * int spos=av.getStartRes(),sqpos=av.getStartSeq(); if ((startv =
1775        * av.getStartRes()) >= start) { spos=start-1; // seqIn //
1776        * setScrollValues(start - 1, seqIndex); } else if ((endv =
1777        * av.getEndRes()) <= end) { // setScrollValues(spos=startv + 1 + end -
1778        * endv, seqIndex); spos=startv + 1 + end - endv; } else if ((starts =
1779        * av.getStartSeq()) > seqIndex) { setScrollValues(av.getStartRes(),
1780        * seqIndex); } else if ((ends = av.getEndSeq()) <= seqIndex) {
1781        * setScrollValues(av.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1); }
1782        */
1783
1784       // below is scrolling logic up to Jalview 2.8.2
1785       // if ((av.getStartRes() > end)
1786       // || (av.getEndRes() < start)
1787       // || ((av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))
1788       // {
1789       // if (start > av.getAlignment().getWidth() - hextent)
1790       // {
1791       // start = av.getAlignment().getWidth() - hextent;
1792       // if (start < 0)
1793       // {
1794       // start = 0;
1795       // }
1796       //
1797       // }
1798       // if (seqIndex > av.getAlignment().getHeight() - vextent)
1799       // {
1800       // seqIndex = av.getAlignment().getHeight() - vextent;
1801       // if (seqIndex < 0)
1802       // {
1803       // seqIndex = 0;
1804       // }
1805       // }
1806       // setScrollValues(start, seqIndex);
1807       // }
1808       // logic copied from jalview.gui.AlignmentPanel:
1809       if ((startv = ranges.getStartRes()) >= start)
1810       {
1811         /*
1812          * Scroll left to make start of search results visible
1813          */
1814         setScrollValues(start - 1, seqIndex);
1815       }
1816       else if ((endv = ranges.getEndRes()) <= end)
1817       {
1818         /*
1819          * Scroll right to make end of search results visible
1820          */
1821         setScrollValues(startv + 1 + end - endv, seqIndex);
1822       }
1823       else if ((starts = ranges.getStartSeq()) > seqIndex)
1824       {
1825         /*
1826          * Scroll up to make start of search results visible
1827          */
1828         setScrollValues(ranges.getStartRes(), seqIndex);
1829       }
1830       else if ((ends = ranges.getEndSeq()) <= seqIndex)
1831       {
1832         /*
1833          * Scroll down to make end of search results visible
1834          */
1835         setScrollValues(ranges.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1);
1836       }
1837       /*
1838        * Else results are already visible - no need to scroll
1839        */
1840     }
1841     else
1842     {
1843       ranges.scrollToWrappedVisible(start);
1844     }
1845
1846     paintAlignment(redrawOverview, false);
1847     return true;
1848   }
1849
1850   @Override
1851   public void overviewDone(BufferedImage miniMe)
1852   {
1853     overviewPanel.canvas.finalizeDraw(miniMe);
1854   }
1855
1856
1857   private boolean holdRepaint = false;
1858
1859   public boolean getHoldRepaint()
1860   {
1861     return holdRepaint;
1862   }
1863
1864   public void setHoldRepaint(boolean b)
1865   {
1866     if (holdRepaint == b)
1867     {
1868       return;
1869     }
1870     holdRepaint = b;
1871     if (!b)
1872     {
1873       repaint();
1874     }
1875   }
1876
1877   @Override
1878   public void repaint()
1879   {
1880     if (holdRepaint)
1881     {
1882       // System.out.println("AP repaint holding");
1883       // Platform.stackTrace();
1884       return;
1885     }
1886     super.repaint();
1887   }
1888
1889 }