src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults;
  29 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  30 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;
  33 import jalview.math.AlignmentDimension;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.util.Platform;
  38
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Container;
  42 import java.awt.Dimension;
  43 import java.awt.Font;
  44 import java.awt.FontMetrics;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.Insets;
  47 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  48 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  49 import java.awt.print.PageFormat;
  50 import java.awt.print.Printable;
  51 import java.awt.print.PrinterException;
  52 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  53 import java.beans.PropertyChangeListener;
  54 import java.io.File;
  55 import java.io.FileWriter;
  56 import java.io.PrintWriter;
  57 import java.util.List;
  58
  59 import javax.swing.SwingUtilities;
  60
  61 /**
  62  * DOCUMENT ME!
  63  *
  64  * @author $author$
  65  * @version $Revision: 1.161 $
  66  */
  67 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements
  68         AdjustmentListener, Printable, AlignmentViewPanel
  69 {
  70   public AlignViewport av;
  71
  72   OverviewPanel overviewPanel;
  73
  74   private SeqPanel seqPanel;
  75
  76   private IdPanel idPanel;
  77
  78   private boolean headless;
  79
  80   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  81
  82   /** DOCUMENT ME!! */
  83   public AlignFrame alignFrame;
  84
  85   private ScalePanel scalePanel;
  86
  87   private AnnotationPanel annotationPanel;
  88
  89   private AnnotationLabels alabels;
  90
  91   // this value is set false when selection area being dragged
  92   boolean fastPaint = true;
  93
  94   int hextent = 0;
  95
  96   int vextent = 0;
  97
  98   /*
  99    * Flag set while scrolling to follow complementary cDNA/protein scroll. When
 100    * true, suppresses invoking the same method recursively.
 101    */
 102   private boolean dontScrollComplement;
 103
 104   /**
 105    * Creates a new AlignmentPanel object.
 106    *
 107    * @param af
 108    * @param av
 109    */
 110   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
 111   {
 112     alignFrame = af;
 113     this.av = av;
 114     setSeqPanel(new SeqPanel(av, this));
 115     setIdPanel(new IdPanel(av, this));
 116
 117     setScalePanel(new ScalePanel(av, this));
 118
 119     idPanelHolder.add(getIdPanel(), BorderLayout.CENTER);
 120     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
 121     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
 122
 123     setAnnotationPanel(new AnnotationPanel(this));
 124     setAlabels(new AnnotationLabels(this));
 125
 126     annotationScroller.setViewportView(getAnnotationPanel());
 127     annotationSpaceFillerHolder.add(getAlabels(), BorderLayout.CENTER);
 128
 129     scalePanelHolder.add(getScalePanel(), BorderLayout.CENTER);
 130     seqPanelHolder.add(getSeqPanel(), BorderLayout.CENTER);
 131
 132     setScrollValues(0, 0);
 133
 134     hscroll.addAdjustmentListener(this);
 135     vscroll.addAdjustmentListener(this);
 136
 137     final AlignmentPanel ap = this;
 138     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()
 139     {
 140       @Override
 141       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 142       {
 143         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 144         {
 145           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 146           alignmentChanged();
 147         }
 148       }
 149     });
 150     fontChanged();
 151     adjustAnnotationHeight();
 152     updateLayout();
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public AlignViewportI getAlignViewport()
 157   {
 158     return av;
 159   }
 160
 161   public void alignmentChanged()
 162   {
 163     av.alignmentChanged(this);
 164
 165     alignFrame.updateEditMenuBar();
 166
 167     paintAlignment(true);
 168
 169   }
 170
 171   /**
 172    * DOCUMENT ME!
 173    */
 174   public void fontChanged()
 175   {
 176     // set idCanvas bufferedImage to null
 177     // to prevent drawing old image
 178     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 179
 180     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, av.getCharHeight()
 181             + fm.getDescent()));
 182     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, av
 183             .getCharHeight() + fm.getDescent()));
 184
 185     getIdPanel().getIdCanvas().gg = null;
 186     getSeqPanel().seqCanvas.img = null;
 187     getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 188
 189     Dimension d = calculateIdWidth();
 190
 191     d.setSize(d.width + 4, d.height);
 192     getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(d);
 193     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);
 194
 195     if (overviewPanel != null)
 196     {
 197       overviewPanel.setBoxPosition();
 198     }
 199     if (this.alignFrame.getSplitViewContainer() != null)
 200     {
 201       ((SplitFrame) this.alignFrame.getSplitViewContainer()).adjustLayout();
 202     }
 203
 204     repaint();
 205   }
 206
 207   /**
 208    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 209    * and any bounds on label width set in preferences.
 210    *
 211    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 212    *         that should be used.
 213    */
 214   public Dimension calculateIdWidth()
 215   {
 216     // calculate sensible default width when no preference is available
 217     Dimension r = null;
 218     if (av.getIdWidth() < 0)
 219     {
 220       int afwidth = (alignFrame != null ? alignFrame.getWidth() : 300);
 221       int maxwidth = Math.max(20, Math.min(afwidth - 200, 2 * afwidth / 3));
 222       r = calculateIdWidth(maxwidth);
 223       av.setIdWidth(r.width);
 224     }
 225     else
 226     {
 227       r = new Dimension();
 228       r.width = av.getIdWidth();
 229       r.height = 0;
 230     }
 231     return r;
 232   }
 233
 234   /**
 235    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 236    * and any bounds on label width set in preferences.
 237    *
 238    * @param maxwidth
 239    *          -1 or maximum width allowed for IdWidth
 240    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 241    *         that should be used.
 242    */
 243   public Dimension calculateIdWidth(int maxwidth)
 244   {
 245     Container c = new Container();
 246
 247     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(new Font(av.font.getName(),
 248             Font.ITALIC, av.font.getSize()));
 249
 250     AlignmentI al = av.getAlignment();
 251     int i = 0;
 252     int idWidth = 0;
 253     String id;
 254
 255     while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))
 256     {
 257       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 258
 259       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 260
 261       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)
 262       {
 263         idWidth = fm.stringWidth(id);
 264       }
 265
 266       i++;
 267     }
 268
 269     // Also check annotation label widths
 270     i = 0;
 271
 272     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 273     {
 274       fm = c.getFontMetrics(getAlabels().getFont());
 275
 276       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 277       {
 278         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 279
 280         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)
 281         {
 282           idWidth = fm.stringWidth(label);
 283         }
 284
 285         i++;
 286       }
 287     }
 288
 289     return new Dimension(maxwidth < 0 ? idWidth : Math.min(maxwidth,
 290             idWidth), 12);
 291   }
 292
 293   /**
 294    * Highlight the given results on the alignment.
 295    *
 296    */
 297   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 298   {
 299     scrollToPosition(results);
 300     getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 301   }
 302
 303   /**
 304    * Scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 305    * (if any) and redraw the overview
 306    *
 307    * @param results
 308    */
 309   public boolean scrollToPosition(SearchResults results)
 310   {
 311     return scrollToPosition(results, 0, true, false);
 312   }
 313
 314   /**
 315    * Scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 316    * (if any)
 317    *
 318    * @param searchResults
 319    * @param redrawOverview
 320    * @return
 321    */
 322   public boolean scrollToPosition(SearchResults searchResults,
 323           boolean redrawOverview)
 324   {
 325     return scrollToPosition(searchResults, 0, redrawOverview, false);
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 330    * (if any)
 331    *
 332    * @param results
 333    * @param verticalOffset
 334    *          if greater than zero, allows scrolling to a position below the
 335    *          first displayed sequence
 336    * @param redrawOverview
 337    *          - when set, the overview will be recalculated (takes longer)
 338    * @param centre
 339    *          if true, try to centre the search results horizontally in the view
 340    * @return false if results were not found
 341    */
 342   public boolean scrollToPosition(SearchResults results,
 343           int verticalOffset, boolean redrawOverview, boolean centre)
 344   {
 345     int startv, endv, starts, ends;
 346     // TODO: properly locate search results in view when large numbers of hidden
 347     // columns exist before highlighted region
 348     // do we need to scroll the panel?
 349     // TODO: tons of nullpointerexceptions raised here.
 350     if (results != null && results.getSize() > 0 && av != null
 351             && av.getAlignment() != null)
 352     {
 353       int seqIndex = av.getAlignment().findIndex(results);
 354       if (seqIndex == -1)
 355       {
 356         return false;
 357       }
 358       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);
 359
 360       int[] r = results.getResults(seq, 0, av.getAlignment().getWidth());
 361       if (r == null)
 362       {
 363         return false;
 364       }
 365       int start = r[0];
 366       int end = r[1];
 367       // DEBUG
 368       // System.err.println(this.av.viewName + " Seq : " + seqIndex
 369       // + " Scroll to " + start + "," + end);
 370
 371       /*
 372        * To centre results, scroll to positions half the visible width
 373        * left/right of the start/end positions
 374        */
 375       if (centre)
 376       {
 377         int offset = (av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) / 2 - 1;
 378         start = Math.max(start - offset, 0);
 379         end = end + offset - 1;
 380       }
 381       if (start < 0)
 382       {
 383         return false;
 384       }
 385       if (end == seq.getEnd())
 386       {
 387         return false;
 388       }
 389       if (av.hasHiddenColumns())
 390       {
 391         start = av.getColumnSelection().findColumnPosition(start);
 392         end = av.getColumnSelection().findColumnPosition(end);
 393         if (start == end)
 394         {
 395           if (!av.getColumnSelection().isVisible(r[0]))
 396           {
 397             // don't scroll - position isn't visible
 398             return false;
 399           }
 400         }
 401       }
 402
 403       /*
 404        * allow for offset of target sequence (actually scroll to one above it)
 405        */
 406       seqIndex = Math.max(0, seqIndex - verticalOffset);
 407
 408       // System.out.println("start=" + start + ", end=" + end + ", startv="
 409       // + av.getStartRes() + ", endv=" + av.getEndRes() + ", starts="
 410       // + av.getStartSeq() + ", ends=" + av.getEndSeq());
 411       if (!av.getWrapAlignment())
 412       {
 413         if ((startv = av.getStartRes()) >= start)
 414         {
 415           /*
 416            * Scroll left to make start of search results visible
 417            */
 418           // setScrollValues(start - 1, seqIndex); // plus one residue
 419           setScrollValues(start, seqIndex);
 420         }
 421         else if ((endv = av.getEndRes()) <= end)
 422         {
 423           /*
 424            * Scroll right to make end of search results visible
 425            */
 426           // setScrollValues(startv + 1 + end - endv, seqIndex); // plus one
 427           setScrollValues(startv + end - endv, seqIndex);
 428         }
 429         else if ((starts = av.getStartSeq()) > seqIndex)
 430         {
 431           /*
 432            * Scroll up to make start of search results visible
 433            */
 434           setScrollValues(av.getStartRes(), seqIndex);
 435         }
 436         else if ((ends = av.getEndSeq()) <= seqIndex)
 437         {
 438           /*
 439            * Scroll down to make end of search results visible
 440            */
 441           setScrollValues(av.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1);
 442         }
 443         /*
 444          * Else results are already visible - no need to scroll
 445          */
 446       }
 447       else
 448       {
 449         scrollToWrappedVisible(start);
 450       }
 451     }
 452     if (redrawOverview && overviewPanel != null)
 453     {
 454       overviewPanel.setBoxPosition();
 455     }
 456     paintAlignment(redrawOverview);
 457     return true;
 458   }
 459
 460   void scrollToWrappedVisible(int res)
 461   {
 462     int cwidth = getSeqPanel().seqCanvas
 463             .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 464     if (res < av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))
 465     {
 466       vscroll.setValue((res / cwidth));
 467       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;
 468     }
 469
 470   }
 471
 472   /**
 473    * DOCUMENT ME!
 474    *
 475    * @return DOCUMENT ME!
 476    */
 477   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 478   {
 479     return overviewPanel;
 480   }
 481
 482   /**
 483    * DOCUMENT ME!
 484    *
 485    * @param op
 486    *          DOCUMENT ME!
 487    */
 488   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 489   {
 490     overviewPanel = op;
 491   }
 492
 493   /**
 494    *
 495    * @param b
 496    *          Hide or show annotation panel
 497    *
 498    */
 499   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 500   {
 501     if (!av.getWrapAlignment())
 502     {
 503       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 504       annotationScroller.setVisible(b);
 505     }
 506     repaint();
 507   }
 508
 509   /**
 510    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
 511    * ensuring the alignment is still visible.
 512    */
 513   @Override
 514   public void adjustAnnotationHeight()
 515   {
 516     // TODO: display vertical annotation scrollbar if necessary
 517     // this is called after loading new annotation onto alignment
 518     if (alignFrame.getHeight() == 0)
 519     {
 520       System.out.println("NEEDS FIXING");
 521     }
 522     validateAnnotationDimensions(true);
 523     addNotify();
 524     paintAlignment(true);
 525   }
 526
 527   /**
 528    * calculate the annotation dimensions and refresh slider values accordingly.
 529    * need to do repaints/notifys afterwards.
 530    */
 531   protected void validateAnnotationDimensions(boolean adjustPanelHeight)
 532   {
 533     int annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 534
 535     if (adjustPanelHeight)
 536     {
 537       int rowHeight = av.getCharHeight();
 538       int alignmentHeight = rowHeight * av.getAlignment().getHeight();
 539
 540       /*
 541        * Estimate available height in the AlignFrame for alignment +
 542        * annotations. Deduct an estimate for title bar, menu bar, scale panel,
 543        * hscroll, status bar (as these are not laid out we can't inspect their
 544        * actual heights). Insets gives frame borders.
 545        */
 546       int stuff = Platform.isAMac() ? 80 : 100;
 547       Insets insets = alignFrame.getInsets();
 548       int availableHeight = alignFrame.getHeight() - stuff - insets.top
 549               - insets.bottom;
 550
 551       /*
 552        * If not enough vertical space, maximize annotation height while keeping
 553        * at least two rows of alignment visible
 554        */
 555       if (annotationHeight + alignmentHeight > availableHeight)
 556       {
 557         annotationHeight = Math.min(annotationHeight, availableHeight - 2
 558                 * rowHeight);
 559       }
 560     }
 561     else
 562     {
 563       // maintain same window layout whilst updating sliders
 564       annotationHeight = annotationScroller.getSize().height;
 565     }
 566     hscroll.addNotify();
 567
 568     annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(annotationScroller
 569             .getWidth(), annotationHeight));
 570
 571     Dimension e = idPanel.getSize();
 572     alabels.setSize(new Dimension(e.width, annotationHeight));
 573
 574     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 575             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(), annotationHeight));
 576     annotationScroller.validate();
 577     annotationScroller.addNotify();
 578   }
 579
 580   /**
 581    * update alignment layout for viewport settings
 582    *
 583    * @param wrap
 584    *          DOCUMENT ME!
 585    */
 586   public void updateLayout()
 587   {
 588     fontChanged();
 589     setAnnotationVisible(av.isShowAnnotation());
 590     boolean wrap = av.getWrapAlignment();
 591     av.startSeq = 0;
 592     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 593     hscroll.setVisible(!wrap);
 594     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 595
 596     if (wrap)
 597     {
 598       annotationScroller.setVisible(false);
 599       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 600     }
 601     else if (av.isShowAnnotation())
 602     {
 603       annotationScroller.setVisible(true);
 604       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 605     }
 606
 607     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 608
 609     repaint();
 610   }
 611
 612   // return value is true if the scroll is valid
 613   public boolean scrollUp(boolean up)
 614   {
 615     if (up)
 616     {
 617       if (vscroll.getValue() < 1)
 618       {
 619         return false;
 620       }
 621
 622       fastPaint = false;
 623       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);
 624     }
 625     else
 626     {
 627       if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())
 628       {
 629         return false;
 630       }
 631
 632       fastPaint = false;
 633       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);
 634     }
 635
 636     fastPaint = true;
 637
 638     return true;
 639   }
 640
 641   /**
 642    * DOCUMENT ME!
 643    *
 644    * @param right
 645    *          DOCUMENT ME!
 646    *
 647    * @return DOCUMENT ME!
 648    */
 649   public boolean scrollRight(boolean right)
 650   {
 651     if (!right)
 652     {
 653       if (hscroll.getValue() < 1)
 654       {
 655         return false;
 656       }
 657
 658       fastPaint = false;
 659       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);
 660     }
 661     else
 662     {
 663       if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())
 664       {
 665         return false;
 666       }
 667
 668       fastPaint = false;
 669       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);
 670     }
 671
 672     fastPaint = true;
 673
 674     return true;
 675   }
 676
 677   /**
 678    * Adjust row/column scrollers to show a visible position in the alignment.
 679    *
 680    * @param x
 681    *          visible column to scroll to
 682    * @param y
 683    *          visible row to scroll to
 684    *
 685    */
 686   public void setScrollValues(int x, int y)
 687   {
 688     // System.err.println("Scroll " + this.av.viewName + " to " + x + "," + y);
 689     if (av == null || av.getAlignment() == null)
 690     {
 691       return;
 692     }
 693     int width = av.getAlignment().getWidth();
 694     int height = av.getAlignment().getHeight();
 695
 696     if (av.hasHiddenColumns())
 697     {
 698       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);
 699     }
 700
 701     av.setEndRes((x + (getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av
 702             .getCharWidth())) - 1);
 703
 704     hextent = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 705     vextent = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 706
 707     if (hextent > width)
 708     {
 709       hextent = width;
 710     }
 711
 712     if (vextent > height)
 713     {
 714       vextent = height;
 715     }
 716
 717     if ((hextent + x) > width)
 718     {
 719       x = width - hextent;
 720     }
 721
 722     if ((vextent + y) > height)
 723     {
 724       y = height - vextent;
 725     }
 726
 727     if (y < 0)
 728     {
 729       y = 0;
 730     }
 731
 732     if (x < 0)
 733     {
 734       x = 0;
 735     }
 736
 737     /*
 738      * each scroll adjustment triggers adjustmentValueChanged, which resets the
 739      * 'do not scroll complement' flag; ensure it is the same for both
 740      * operations
 741      */
 742     boolean flag = isDontScrollComplement();
 743     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 744     setDontScrollComplement(flag);
 745     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 746   }
 747
 748   /**
 749    * DOCUMENT ME!
 750    *
 751    * @param evt
 752    *          DOCUMENT ME!
 753    */
 754   @Override
 755   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 756   {
 757     int oldX = av.getStartRes();
 758     int oldY = av.getStartSeq();
 759
 760     if (evt.getSource() == hscroll)
 761     {
 762       int x = hscroll.getValue();
 763       av.setStartRes(x);
 764       av.setEndRes((x + (getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av
 765               .getCharWidth())) - 1);
 766     }
 767
 768     if (evt.getSource() == vscroll)
 769     {
 770       int offy = vscroll.getValue();
 771
 772       if (av.getWrapAlignment())
 773       {
 774         if (offy > -1)
 775         {
 776           int rowSize = getSeqPanel().seqCanvas
 777                   .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 778           av.setStartRes(offy * rowSize);
 779           av.setEndRes((offy + 1) * rowSize);
 780         }
 781         else
 782         {
 783           // This is only called if file loaded is a jar file that
 784           // was wrapped when saved and user has wrap alignment true
 785           // as preference setting
 786           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 787           {
 788             @Override
 789             public void run()
 790             {
 791               setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 792             }
 793           });
 794         }
 795       }
 796       else
 797       {
 798         av.setStartSeq(offy);
 799         av.setEndSeq(offy
 800                 + (getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));
 801       }
 802     }
 803
 804     if (overviewPanel != null)
 805     {
 806       overviewPanel.setBoxPosition();
 807     }
 808
 809     int scrollX = av.startRes - oldX;
 810     int scrollY = av.startSeq - oldY;
 811
 812     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)
 813     {
 814       repaint();
 815     }
 816     else
 817     {
 818       // Make sure we're not trying to draw a panel
 819       // larger than the visible window
 820       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)
 821       {
 822         scrollX = av.endRes - av.startRes;
 823       }
 824       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)
 825       {
 826         scrollX = av.startRes - av.endRes;
 827       }
 828
 829       if (scrollX != 0 || scrollY != 0)
 830       {
 831         getIdPanel().getIdCanvas().fastPaint(scrollY);
 832         getSeqPanel().seqCanvas.fastPaint(scrollX, scrollY);
 833         getScalePanel().repaint();
 834
 835         if (av.isShowAnnotation() && scrollX != 0)
 836         {
 837           getAnnotationPanel().fastPaint(scrollX);
 838         }
 839       }
 840     }
 841     /*
 842      * If there is one, scroll the (Protein/cDNA) complementary alignment to
 843      * match, unless we are ourselves doing that.
 844      */
 845     if (isDontScrollComplement())
 846     {
 847       setDontScrollComplement(false);
 848     }
 849     else
 850     {
 851       av.scrollComplementaryAlignment();
 852     }
 853   }
 854
 855   /**
 856    * Repaint the alignment including the annotations and overview panels (if
 857    * shown).
 858    */
 859   @Override
 860   public void paintAlignment(boolean updateOverview)
 861   {
 862     final AnnotationSorter sorter = new AnnotationSorter(getAlignment(),
 863             av.isShowAutocalculatedAbove());
 864     sorter.sort(getAlignment().getAlignmentAnnotation(),
 865             av.getSortAnnotationsBy());
 866     repaint();
 867
 868     if (updateOverview)
 869     {
 870       // TODO: determine if this paintAlignment changed structure colours
 871       av.getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(this);
 872
 873       if (overviewPanel != null)
 874       {
 875         overviewPanel.updateOverviewImage();
 876       }
 877     }
 878   }
 879
 880   /**
 881    * DOCUMENT ME!
 882    *
 883    * @param g
 884    *          DOCUMENT ME!
 885    */
 886   @Override
 887   public void paintComponent(Graphics g)
 888   {
 889     invalidate();
 890
 891     Dimension d = getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 892     idPanelHolder.setPreferredSize(d);
 893     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));
 894     validate();
 895
 896     /*
 897      * set scroll bar positions; first suppress this being 'followed' in any
 898      * complementary split pane
 899      */
 900     setDontScrollComplement(true);
 901
 902     if (av.getWrapAlignment())
 903     {
 904       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 905
 906       if (av.hasHiddenColumns())
 907       {
 908         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 909       }
 910
 911       int canvasWidth = getSeqPanel().seqCanvas
 912               .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 913       if (canvasWidth > 0)
 914       {
 915         int max = maxwidth
 916                 / getSeqPanel().seqCanvas
 917                         .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas
 918                                 .getWidth()) + 1;
 919         vscroll.setMaximum(max);
 920         vscroll.setUnitIncrement(1);
 921         vscroll.setVisibleAmount(1);
 922       }
 923     }
 924     else
 925     {
 926       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 927     }
 928   }
 929
 930   /**
 931    * DOCUMENT ME!
 932    *
 933    * @param pg
 934    *          DOCUMENT ME!
 935    * @param pf
 936    *          DOCUMENT ME!
 937    * @param pi
 938    *          DOCUMENT ME!
 939    *
 940    * @return DOCUMENT ME!
 941    *
 942    * @throws PrinterException
 943    *           DOCUMENT ME!
 944    */
 945   @Override
 946   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 947           throws PrinterException
 948   {
 949     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 950
 951     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 952     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 953
 954     if (av.getWrapAlignment())
 955     {
 956       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);
 957     }
 958     else
 959     {
 960       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);
 961     }
 962   }
 963
 964   /**
 965    * DOCUMENT ME!
 966    *
 967    * @param pg
 968    *          DOCUMENT ME!
 969    * @param pwidth
 970    *          DOCUMENT ME!
 971    * @param pheight
 972    *          DOCUMENT ME!
 973    * @param pi
 974    *          DOCUMENT ME!
 975    *
 976    * @return DOCUMENT ME!
 977    *
 978    * @throws PrinterException
 979    *           DOCUMENT ME!
 980    */
 981   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)
 982           throws PrinterException
 983   {
 984     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
 985     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 986     int scaleHeight = av.getCharHeight() + fm.getDescent();
 987
 988     pg.setColor(Color.white);
 989     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);
 990     pg.setFont(av.getFont());
 991
 992     // //////////////////////////////////
 993     // / How many sequences and residues can we fit on a printable page?
 994     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();
 995
 996     int totalSeq = (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight() - 1;
 997
 998     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;
 999
1000     // ///////////////////////////
1001     // / Only print these sequences and residues on this page
1002     int startRes;
1003
1004     // ///////////////////////////
1005     // / Only print these sequences and residues on this page
1006     int endRes;
1007
1008     // ///////////////////////////
1009     // / Only print these sequences and residues on this page
1010     int startSeq;
1011
1012     // ///////////////////////////
1013     // / Only print these sequences and residues on this page
1014     int endSeq;
1015     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;
1016     endRes = (startRes + totalRes) - 1;
1017
1018     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))
1019     {
1020       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1021     }
1022
1023     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;
1024     endSeq = startSeq + totalSeq;
1025
1026     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())
1027     {
1028       endSeq = av.getAlignment().getHeight();
1029     }
1030
1031     int pagesHigh = ((av.getAlignment().getHeight() / totalSeq) + 1)
1032             * pheight;
1033
1034     if (av.isShowAnnotation())
1035     {
1036       pagesHigh += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
1037     }
1038
1039     pagesHigh /= pheight;
1040
1041     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))
1042     {
1043       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
1044     }
1045
1046     // draw Scale
1047     pg.translate(idWidth, 0);
1048     getScalePanel().drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth,
1049             scaleHeight);
1050     pg.translate(-idWidth, scaleHeight);
1051
1052     // //////////////
1053     // Draw the ids
1054     Color currentColor = null;
1055     Color currentTextColor = null;
1056
1057     pg.setFont(getIdPanel().getIdCanvas().getIdfont());
1058
1059     SequenceI seq;
1060     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
1061     {
1062       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
1063       if ((av.getSelectionGroup() != null)
1064               && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
1065       {
1066         currentColor = Color.gray;
1067         currentTextColor = Color.black;
1068       }
1069       else
1070       {
1071         currentColor = av.getSequenceColour(seq);
1072         currentTextColor = Color.black;
1073       }
1074
1075       pg.setColor(currentColor);
1076       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.getCharHeight(), idWidth,
1077               av.getCharHeight());
1078
1079       pg.setColor(currentTextColor);
1080
1081       int xPos = 0;
1082       if (av.isRightAlignIds())
1083       {
1084         fm = pg.getFontMetrics();
1085         xPos = idWidth
1086                 - fm.stringWidth(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()))
1087                 - 4;
1088       }
1089
1090       pg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), xPos,
1091               (((i - startSeq) * av.getCharHeight()) + av.getCharHeight())
1092                       - (av.getCharHeight() / 5));
1093     }
1094
1095     pg.setFont(av.getFont());
1096
1097     // draw main sequence panel
1098     pg.translate(idWidth, 0);
1099     getSeqPanel().seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq,
1100             endSeq, 0);
1101
1102     if (av.isShowAnnotation() && (endSeq == av.getAlignment().getHeight()))
1103     {
1104       // draw annotation - need to offset for current scroll position
1105       int offset = -getAlabels().getScrollOffset();
1106       pg.translate(0, offset);
1107       pg.translate(-idWidth - 3, (endSeq - startSeq) * av.getCharHeight()
1108               + 3);
1109       getAlabels().drawComponent(pg, idWidth);
1110       pg.translate(idWidth + 3, 0);
1111       getAnnotationPanel().renderer.drawComponent(getAnnotationPanel(), av,
1112               pg, -1, startRes, endRes + 1);
1113       pg.translate(0, -offset);
1114     }
1115
1116     return Printable.PAGE_EXISTS;
1117   }
1118
1119   /**
1120    * DOCUMENT ME!
1121    *
1122    * @param pg
1123    *          DOCUMENT ME!
1124    * @param pwidth
1125    *          DOCUMENT ME!
1126    * @param pheight
1127    *          DOCUMENT ME!
1128    * @param pi
1129    *          DOCUMENT ME!
1130    *
1131    * @return DOCUMENT ME!
1132    *
1133    * @throws PrinterException
1134    *           DOCUMENT ME!
1135    */
1136   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,
1137           int pi) throws PrinterException
1138   {
1139     int annotationHeight = 0;
1140     AnnotationLabels labels = null;
1141     if (av.isShowAnnotation())
1142     {
1143       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1144       labels = new AnnotationLabels(av);
1145     }
1146
1147     int hgap = av.getCharHeight();
1148     if (av.getScaleAboveWrapped())
1149     {
1150       hgap += av.getCharHeight();
1151     }
1152
1153     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1154             + annotationHeight;
1155
1156     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1157
1158     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1159     if (av.hasHiddenColumns())
1160     {
1161       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
1162     }
1163
1164     int resWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth
1165             - idWidth);
1166
1167     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);
1168
1169     pg.setColor(Color.white);
1170     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);
1171     pg.setFont(av.getFont());
1172
1173     // //////////////
1174     // Draw the ids
1175     pg.setColor(Color.black);
1176
1177     pg.translate(0, -pi * pheight);
1178
1179     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);
1180
1181     int ypos = hgap;
1182
1183     do
1184     {
1185       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
1186       {
1187         pg.setFont(getIdPanel().getIdCanvas().getIdfont());
1188         SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
1189         String string = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
1190         int xPos = 0;
1191         if (av.isRightAlignIds())
1192         {
1193           FontMetrics fm = pg.getFontMetrics();
1194           xPos = idWidth - fm.stringWidth(string) - 4;
1195         }
1196         pg.drawString(string, xPos,
1197                 ((i * av.getCharHeight()) + ypos + av.getCharHeight())
1198                         - (av.getCharHeight() / 5));
1199       }
1200       if (labels != null)
1201       {
1202         pg.translate(-3,
1203                 ypos + (av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()));
1204
1205         pg.setFont(av.getFont());
1206         labels.drawComponent(pg, idWidth);
1207         pg.translate(
1208                 +3,
1209                 -ypos
1210                         - (av.getAlignment().getHeight() * av
1211                                 .getCharHeight()));
1212       }
1213
1214       ypos += cHeight;
1215     } while (ypos < totalHeight);
1216
1217     pg.translate(idWidth, 0);
1218
1219     getSeqPanel().seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth,
1220             totalHeight, 0);
1221
1222     if ((pi * pheight) < totalHeight)
1223     {
1224       return Printable.PAGE_EXISTS;
1225
1226     }
1227     else
1228     {
1229       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
1230     }
1231   }
1232
1233   /**
1234    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1235    * displayed using default settings
1236    *
1237    * @return
1238    */
1239   public int getVisibleIdWidth()
1240   {
1241     return getVisibleIdWidth(true);
1242   }
1243
1244   /**
1245    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1246    * displayed using default settings
1247    *
1248    * @param onscreen
1249    *          indicate if the Id width for onscreen or offscreen display should
1250    *          be returned
1251    * @return
1252    */
1253   public int getVisibleIdWidth(boolean onscreen)
1254   {
1255     // see if rendering offscreen - check preferences and calc width accordingly
1256     if (!onscreen && Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false))
1257     {
1258       return calculateIdWidth(-1).width + 4;
1259     }
1260     Integer idwidth = null;
1261     if (onscreen
1262             || (idwidth = Cache.getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH")) == null)
1263     {
1264       return (getIdPanel().getWidth() > 0 ? getIdPanel().getWidth()
1265               : calculateIdWidth().width + 4);
1266     }
1267     return idwidth.intValue() + 4;
1268   }
1269
1270   void makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type, File file)
1271   {
1272     int boarderBottomOffset = 5;
1273     long pSessionId = System.currentTimeMillis();
1274     headless = (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
1275             .getProperty("java.awt.headless").equals("true"));
1276     if (alignFrame != null && !headless)
1277     {
1278       if (file != null)
1279       {
1280         alignFrame.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1281               "status.saving_file", new Object[] { type.getLabel() }),
1282                 pSessionId);
1283       }
1284     }
1285     try
1286     {
1287       AlignmentDimension aDimension = getAlignmentDimension();
1288       try
1289       {
1290         jalview.util.ImageMaker im;
1291         final String imageAction, imageTitle;
1292         if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
1293         {
1294           imageAction = "Create PNG image from alignment";
1295           imageTitle = null;
1296         }
1297         else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
1298         {
1299           imageAction = "Create EPS file from alignment";
1300           imageTitle = alignFrame.getTitle();
1301         }
1302         else
1303         {
1304           imageAction = "Create SVG file from alignment";
1305           imageTitle = alignFrame.getTitle();
1306         }
1307
1308         im = new jalview.util.ImageMaker(this, type, imageAction,
1309                 aDimension.getWidth(), aDimension.getHeight()
1310                         + boarderBottomOffset, file,
1311                 imageTitle, alignFrame, pSessionId, headless);
1312         if (av.getWrapAlignment())
1313         {
1314           if (im.getGraphics() != null)
1315           {
1316             printWrappedAlignment(im.getGraphics(), aDimension.getWidth(),
1317                     aDimension.getHeight() + boarderBottomOffset, 0);
1318             im.writeImage();
1319           }
1320         }
1321         else
1322         {
1323           if (im.getGraphics() != null)
1324           {
1325             printUnwrapped(im.getGraphics(), aDimension.getWidth(),
1326                     aDimension.getHeight(), 0);
1327             im.writeImage();
1328           }
1329         }
1330
1331       } catch (OutOfMemoryError err)
1332       {
1333         // Be noisy here.
1334         System.out.println("########################\n" + "OUT OF MEMORY "
1335                 + file + "\n" + "########################");
1336         new OOMWarning("Creating Image for " + file, err);
1337         // System.out.println("Create IMAGE: " + err);
1338       } catch (Exception ex)
1339       {
1340         ex.printStackTrace();
1341       }
1342     } finally
1343     {
1344
1345     }
1346   }
1347
1348   public AlignmentDimension getAlignmentDimension()
1349   {
1350     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1351     if (av.hasHiddenColumns())
1352     {
1353       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);
1354     }
1355
1356     int height = ((av.getAlignment().getHeight() + 1) * av.getCharHeight())
1357             + getScalePanel().getHeight();
1358     int width = getVisibleIdWidth(false) + (maxwidth * av.getCharWidth());
1359
1360     if (av.getWrapAlignment())
1361     {
1362       height = getWrappedHeight();
1363       if (headless)
1364       {
1365         // need to obtain default alignment width and then add in any
1366         // additional allowance for id margin
1367         // this duplicates the calculation in getWrappedHeight but adjusts for
1368         // offscreen idWith
1369         width = alignFrame.getWidth() - vscroll.getPreferredSize().width
1370                 - alignFrame.getInsets().left
1371                 - alignFrame.getInsets().right - getVisibleIdWidth()
1372                 + getVisibleIdWidth(false);
1373       }
1374       else
1375       {
1376         width = getSeqPanel().getWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1377       }
1378
1379     }
1380     else if (av.isShowAnnotation())
1381     {
1382       height += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
1383     }
1384     return new AlignmentDimension(width, height);
1385
1386   }
1387
1388   /**
1389    * DOCUMENT ME!
1390    */
1391   public void makeEPS(File epsFile)
1392   {
1393     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, epsFile);
1394   }
1395
1396   /**
1397    * DOCUMENT ME!
1398    */
1399   public void makePNG(File pngFile)
1400   {
1401     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, pngFile);
1402   }
1403
1404   public void makeSVG(File svgFile)
1405   {
1406     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, svgFile);
1407   }
1408
1409   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)
1410   {
1411     // /////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS
1412     // ////////////////////////////////////////////
1413     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1414     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1415     int scaleHeight = av.getCharHeight() + fm.getDescent();
1416
1417     // Gen image map
1418     // ////////////////////////////////
1419     if (imgMapFile != null)
1420     {
1421       try
1422       {
1423         int s, sSize = av.getAlignment().getHeight(), res, alwidth = av
1424                 .getAlignment().getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;
1425         StringBuffer text = new StringBuffer();
1426         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));
1427         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());
1428         out.println("<img src=\"" + imageName
1429                 + "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"
1430                 + "<map name=\"Map\">");
1431
1432         for (s = 0; s < sSize; s++)
1433         {
1434           sy = s * av.getCharHeight() + scaleHeight;
1435
1436           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(s);
1437           SequenceFeature[] features = seq.getSequenceFeatures();
1438           SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
1439           for (res = 0; res < alwidth; res++)
1440           {
1441             text = new StringBuffer();
1442             String triplet = null;
1443             if (av.getAlignment().isNucleotide())
1444             {
1445               triplet = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq
1446                       .getCharAt(res) + "");
1447             }
1448             else
1449             {
1450               triplet = ResidueProperties.aa2Triplet.get(seq.getCharAt(res)
1451                       + "");
1452             }
1453
1454             if (triplet == null)
1455             {
1456               continue;
1457             }
1458
1459             int alIndex = seq.findPosition(res);
1460             gSize = groups.length;
1461             for (g = 0; g < gSize; g++)
1462             {
1463               if (text.length() < 1)
1464               {
1465                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""
1466                         + (idWidth + res * av.getCharWidth()) + "," + sy
1467                         + "," + (idWidth + (res + 1) * av.getCharWidth())
1468                         + "," + (av.getCharHeight() + sy) + "\""
1469                         + " onMouseOver=\"toolTip('" + alIndex + " "
1470                         + triplet);
1471               }
1472
1473               if (groups[g].getStartRes() < res
1474                       && groups[g].getEndRes() > res)
1475               {
1476                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");
1477               }
1478             }
1479
1480             if (features != null)
1481             {
1482               if (text.length() < 1)
1483               {
1484                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""
1485                         + (idWidth + res * av.getCharWidth()) + "," + sy
1486                         + "," + (idWidth + (res + 1) * av.getCharWidth())
1487                         + "," + (av.getCharHeight() + sy) + "\""
1488                         + " onMouseOver=\"toolTip('" + alIndex + " "
1489                         + triplet);
1490               }
1491               fSize = features.length;
1492               for (f = 0; f < fSize; f++)
1493               {
1494
1495                 if ((features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res))
1496                         && (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))
1497                 {
1498                   if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))
1499                   {
1500                     if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)
1501                             || features[f].getEnd() == seq
1502                                     .findPosition(res))
1503                     {
1504                       text.append("<br>disulfide bond "
1505                               + features[f].getBegin() + ":"
1506                               + features[f].getEnd());
1507                     }
1508                   }
1509                   else
1510                   {
1511                     text.append("<br>");
1512                     text.append(features[f].getType());
1513                     if (features[f].getDescription() != null
1514                             && !features[f].getType().equals(
1515                                     features[f].getDescription()))
1516                     {
1517                       text.append(" " + features[f].getDescription());
1518                     }
1519
1520                     if (features[f].getValue("status") != null)
1521                     {
1522                       text.append(" (" + features[f].getValue("status")
1523                               + ")");
1524                     }
1525                   }
1526                 }
1527
1528               }
1529             }
1530             if (text.length() > 1)
1531             {
1532               text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");
1533               out.println(text.toString());
1534             }
1535           }
1536         }
1537         out.println("</map></body></html>");
1538         out.close();
1539
1540       } catch (Exception ex)
1541       {
1542         ex.printStackTrace();
1543       }
1544     } // /////////END OF IMAGE MAP
1545
1546   }
1547
1548   int getWrappedHeight()
1549   {
1550     int seqPanelWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
1551
1552     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
1553             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
1554     {
1555       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth()
1556               - vscroll.getPreferredSize().width
1557               - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right;
1558     }
1559
1560     int chunkWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1561             .getWrappedCanvasWidth(seqPanelWidth);
1562
1563     int hgap = av.getCharHeight();
1564     if (av.getScaleAboveWrapped())
1565     {
1566       hgap += av.getCharHeight();
1567     }
1568
1569     int annotationHeight = 0;
1570     if (av.isShowAnnotation())
1571     {
1572       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1573     }
1574
1575     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1576             + annotationHeight;
1577
1578     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1579     if (av.hasHiddenColumns())
1580     {
1581       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
1582     }
1583
1584     int height = ((maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;
1585
1586     return height;
1587   }
1588
1589   /**
1590    * close the panel - deregisters all listeners and nulls any references to
1591    * alignment data.
1592    */
1593   public void closePanel()
1594   {
1595     PaintRefresher.RemoveComponent(getSeqPanel().seqCanvas);
1596     PaintRefresher.RemoveComponent(getIdPanel().getIdCanvas());
1597     PaintRefresher.RemoveComponent(this);
1598     if (av != null)
1599     {
1600       jalview.structure.StructureSelectionManager ssm = av
1601               .getStructureSelectionManager();
1602       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1603       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1604       ssm.removeCommandListener(av);
1605       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1606       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1607       av.setAlignment(null);
1608       av = null;
1609     }
1610     else
1611     {
1612       if (Cache.log.isDebugEnabled())
1613       {
1614         Cache.log.warn("Closing alignment panel which is already closed.");
1615       }
1616     }
1617   }
1618
1619   /**
1620    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and av state flags
1621    */
1622   public void updateAnnotation()
1623   {
1624     updateAnnotation(false, false);
1625   }
1626
1627   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings)
1628   {
1629     updateAnnotation(applyGlobalSettings, false);
1630   }
1631
1632   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings,
1633           boolean preserveNewGroupSettings)
1634   {
1635     av.updateGroupAnnotationSettings(applyGlobalSettings,
1636             preserveNewGroupSettings);
1637     adjustAnnotationHeight();
1638   }
1639
1640   @Override
1641   public AlignmentI getAlignment()
1642   {
1643     return av == null ? null : av.getAlignment();
1644   }
1645
1646   @Override
1647   public String getViewName()
1648   {
1649     return av.viewName;
1650   }
1651
1652   /**
1653    * Make/Unmake this alignment panel the current input focus
1654    *
1655    * @param b
1656    */
1657   public void setSelected(boolean b)
1658   {
1659     try
1660     {
1661       if (alignFrame.getSplitViewContainer() != null)
1662       {
1663         /*
1664          * bring enclosing SplitFrame to front first if there is one
1665          */
1666         ((SplitFrame) alignFrame.getSplitViewContainer()).setSelected(b);
1667       }
1668       alignFrame.setSelected(b);
1669     } catch (Exception ex)
1670     {
1671     }
1672
1673     if (b)
1674     {
1675       alignFrame.setDisplayedView(this);
1676     }
1677   }
1678
1679   @Override
1680   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
1681   {
1682     return av.getStructureSelectionManager();
1683   }
1684
1685   @Override
1686   public void raiseOOMWarning(String string, OutOfMemoryError error)
1687   {
1688     new OOMWarning(string, error, this);
1689   }
1690
1691   @Override
1692   public jalview.api.FeatureRenderer cloneFeatureRenderer()
1693   {
1694
1695     return new FeatureRenderer(this);
1696   }
1697
1698   @Override
1699   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
1700   {
1701     return seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();
1702   }
1703
1704   public void updateFeatureRenderer(
1705           jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr)
1706   {
1707     fr.transferSettings(getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
1708   }
1709
1710   public void updateFeatureRendererFrom(jalview.api.FeatureRenderer fr)
1711   {
1712     if (getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer() != null)
1713     {
1714       getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().transferSettings(fr);
1715     }
1716   }
1717
1718   public ScalePanel getScalePanel()
1719   {
1720     return scalePanel;
1721   }
1722
1723   public void setScalePanel(ScalePanel scalePanel)
1724   {
1725     this.scalePanel = scalePanel;
1726   }
1727
1728   public SeqPanel getSeqPanel()
1729   {
1730     return seqPanel;
1731   }
1732
1733   public void setSeqPanel(SeqPanel seqPanel)
1734   {
1735     this.seqPanel = seqPanel;
1736   }
1737
1738   public AnnotationPanel getAnnotationPanel()
1739   {
1740     return annotationPanel;
1741   }
1742
1743   public void setAnnotationPanel(AnnotationPanel annotationPanel)
1744   {
1745     this.annotationPanel = annotationPanel;
1746   }
1747
1748   public AnnotationLabels getAlabels()
1749   {
1750     return alabels;
1751   }
1752
1753   public void setAlabels(AnnotationLabels alabels)
1754   {
1755     this.alabels = alabels;
1756   }
1757
1758   public IdPanel getIdPanel()
1759   {
1760     return idPanel;
1761   }
1762
1763   public void setIdPanel(IdPanel idPanel)
1764   {
1765     this.idPanel = idPanel;
1766   }
1767
1768   /**
1769    * Follow a scrolling change in the (cDNA/Protein) complementary alignment.
1770    * The aim is to keep the two alignments 'lined up' on their centre columns.
1771    *
1772    * @param sr
1773    *          holds mapped region(s) of this alignment that we are scrolling
1774    *          'to'; may be modified for sequence offset by this method
1775    * @param verticalOffset
1776    *          the number of visible sequences to show above the mapped region
1777    */
1778   public void scrollToCentre(SearchResults sr, int verticalOffset)
1779   {
1780     /*
1781      * To avoid jumpy vertical scrolling (if some sequences are gapped or not
1782      * mapped), we can make the scroll-to location a sequence above the one
1783      * actually mapped.
1784      */
1785     SequenceI mappedTo = sr.getResultSequence(0);
1786     List<SequenceI> seqs = av.getAlignment().getSequences();
1787
1788     /*
1789      * This is like AlignmentI.findIndex(seq) but here we are matching the
1790      * dataset sequence not the aligned sequence
1791      */
1792     boolean matched = false;
1793     for (SequenceI seq : seqs)
1794     {
1795       if (mappedTo == seq.getDatasetSequence())
1796       {
1797         matched = true;
1798         break;
1799       }
1800     }
1801     if (!matched)
1802     {
1803       return; // failsafe, shouldn't happen
1804     }
1805
1806     /*
1807      * Scroll to position but centring the target residue.
1808      */
1809     scrollToPosition(sr, verticalOffset, true, true);
1810   }
1811
1812   /**
1813    * Set a flag to say do not scroll any (cDNA/protein) complement.
1814    *
1815    * @param b
1816    */
1817   protected void setDontScrollComplement(boolean b)
1818   {
1819     this.dontScrollComplement = b;
1820   }
1821
1822   protected boolean isDontScrollComplement()
1823   {
1824     return this.dontScrollComplement;
1825   }
1826 }