src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.image.*;\r
  32 import java.awt.print.*;\r
  33 \r
  34 import java.io.*;\r
  35 \r
  36 import javax.imageio.*;\r
  37 \r
  38 import javax.swing.*;\r
  39 \r
  40 \r
  41 /**\r
  42  * DOCUMENT ME!\r
  43  *\r
  44  * @author $author$\r
  45  * @version $Revision$\r
  46  */\r
  47 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  48     implements AdjustmentListener, Printable\r
  49 {\r
  50     public AlignViewport av;\r
  51     OverviewPanel overviewPanel;\r
  52     SeqPanel seqPanel;\r
  53     IdPanel idPanel;\r
  54     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  55 \r
  56     /** DOCUMENT ME!! */\r
  57     public AlignFrame alignFrame;\r
  58     ScalePanel scalePanel;\r
  59     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  60     AnnotationLabels alabels;\r
  61 \r
  62     // this value is set false when selection area being dragged\r
  63     boolean fastPaint = true;\r
  64     int hextent = 0;\r
  65     int vextent = 0;\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  69      *\r
  70      * @param af DOCUMENT ME!\r
  71      * @param av DOCUMENT ME!\r
  72      */\r
  73     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  74     {\r
  75         alignFrame = af;\r
  76         this.av = av;\r
  77         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  78         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  79 \r
  80         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  81 \r
  82         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  83         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  84         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  85 \r
  86         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  87         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  88 \r
  89         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  90         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  91         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  92         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  93 \r
  94         fontChanged();\r
  95 \r
  96         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  97         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99         setScrollValues(0, 0);\r
 100 \r
 101         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 102         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103 \r
 104         setFocusable(true);\r
 105         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106             {\r
 107                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108                 {\r
 109                     switch (evt.getKeyCode())\r
 110                     {\r
 111                     case 27: // escape key\r
 112                         av.setSelectionGroup(null);\r
 113                         repaint();\r
 114 \r
 115                         break;\r
 116 \r
 117                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 118                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 119 \r
 120                         break;\r
 121 \r
 122                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 123                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 124 \r
 125                         break;\r
 126 \r
 127                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 128                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 129                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 130                       break;\r
 131 \r
 132                     case KeyEvent.VK_P:\r
 133                       seqPanel.seqCanvas.increaseAARatio();\r
 134                       break;\r
 135                     case KeyEvent.VK_L:\r
 136                       seqPanel.seqCanvas.decreaseAARation();\r
 137                       break;\r
 138                     }\r
 139 \r
 140                 }\r
 141             });\r
 142     }\r
 143 \r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * DOCUMENT ME!\r
 147      */\r
 148     public void fontChanged()\r
 149     {\r
 150         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 151         // to prevent drawing old image\r
 152         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 153 \r
 154         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 155                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 156         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 157                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 158 \r
 159         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 160         seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 161         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 162 \r
 163         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 164         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 165         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 166         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 167 \r
 168         if (av.getWrapAlignment())\r
 169         {\r
 170           int max = av.alignment.getWidth() /\r
 171               seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 172           vscroll.setMaximum(max);\r
 173           vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 174           vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 175         }\r
 176         else\r
 177         {\r
 178           setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 179         }\r
 180 \r
 181         if(overviewPanel!=null)\r
 182           overviewPanel.setBoxPosition();\r
 183 \r
 184         repaint();\r
 185     }\r
 186 \r
 187     /**\r
 188      * DOCUMENT ME!\r
 189      *\r
 190      * @return DOCUMENT ME!\r
 191      */\r
 192     public Dimension calculateIdWidth()\r
 193     {\r
 194       Container c = new Container();\r
 195 \r
 196         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 197         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 198 \r
 199         int i = 0;\r
 200         int idWidth = 0;\r
 201         String id;\r
 202 \r
 203         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 204         {\r
 205             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 206 \r
 207             if (av.getShowFullId())\r
 208             {\r
 209                 id = s.getDisplayId();\r
 210             }\r
 211             else\r
 212             {\r
 213                 id = s.getName();\r
 214             }\r
 215 \r
 216             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 217             {\r
 218                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 219             }\r
 220 \r
 221             i++;\r
 222         }\r
 223 \r
 224         // Also check annotation label widths\r
 225         i = 0;\r
 226 \r
 227         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 228         {\r
 229             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 230 \r
 231             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 232             {\r
 233                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 234 \r
 235                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 236                 {\r
 237                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 238                 }\r
 239 \r
 240                 i++;\r
 241             }\r
 242         }\r
 243 \r
 244         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 245     }\r
 246 \r
 247     /**\r
 248      * DOCUMENT ME!\r
 249      *\r
 250      * @param results DOCUMENT ME!\r
 251      */\r
 252     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 253     {\r
 254         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 255 \r
 256         // do we need to scroll the panel?\r
 257         if (results != null)\r
 258         {\r
 259             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 260             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 261             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 262 \r
 263             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 264                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 265                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 266             {\r
 267                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 268             }\r
 269         }\r
 270     }\r
 271 \r
 272     /**\r
 273      * DOCUMENT ME!\r
 274      *\r
 275      * @return DOCUMENT ME!\r
 276      */\r
 277     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 278     {\r
 279         return overviewPanel;\r
 280     }\r
 281 \r
 282     /**\r
 283      * DOCUMENT ME!\r
 284      *\r
 285      * @param op DOCUMENT ME!\r
 286      */\r
 287     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 288     {\r
 289         overviewPanel = op;\r
 290     }\r
 291 \r
 292     /**\r
 293      * DOCUMENT ME!\r
 294      *\r
 295      * @param b DOCUMENT ME!\r
 296      */\r
 297     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 298     {\r
 299       if (!av.wrapAlignment)\r
 300       {\r
 301         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 302         annotationScroller.setVisible(b);\r
 303       }\r
 304       repaint();\r
 305     }\r
 306 \r
 307     /**\r
 308      * DOCUMENT ME!\r
 309      *\r
 310      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 311      */\r
 312     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 313     {\r
 314         av.startSeq = 0;\r
 315         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 316         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 317         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 318 \r
 319        if(wrap)\r
 320        {\r
 321          annotationScroller.setVisible(false);\r
 322          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 323        }\r
 324        else if(av.showAnnotation)\r
 325        {\r
 326          annotationScroller.setVisible(true);\r
 327          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 328        }\r
 329 \r
 330        idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 331 \r
 332         repaint();\r
 333     }\r
 334 \r
 335 \r
 336     // return value is true if the scroll is valid\r
 337     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 338     {\r
 339         if (up)\r
 340         {\r
 341             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 342             {\r
 343                 return false;\r
 344             }\r
 345 \r
 346             fastPaint = false;\r
 347             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 348         }\r
 349         else\r
 350         {\r
 351             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 352             {\r
 353                 return false;\r
 354             }\r
 355 \r
 356             fastPaint = false;\r
 357             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 358         }\r
 359 \r
 360         fastPaint = true;\r
 361 \r
 362         return true;\r
 363     }\r
 364 \r
 365     /**\r
 366      * DOCUMENT ME!\r
 367      *\r
 368      * @param right DOCUMENT ME!\r
 369      *\r
 370      * @return DOCUMENT ME!\r
 371      */\r
 372     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 373     {\r
 374         if (right)\r
 375         {\r
 376             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 377             {\r
 378                 return false;\r
 379             }\r
 380 \r
 381             fastPaint = false;\r
 382             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 383         }\r
 384         else\r
 385         {\r
 386             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 387             {\r
 388                 return false;\r
 389             }\r
 390 \r
 391             fastPaint = false;\r
 392             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 393         }\r
 394 \r
 395         fastPaint = true;\r
 396 \r
 397         return true;\r
 398     }\r
 399 \r
 400     /**\r
 401      * DOCUMENT ME!\r
 402      *\r
 403      * @param x DOCUMENT ME!\r
 404      * @param y DOCUMENT ME!\r
 405      */\r
 406     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 407     {\r
 408         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 409             1);\r
 410 \r
 411         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 412         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 413 \r
 414         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 415         {\r
 416             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 417         }\r
 418 \r
 419         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 420         {\r
 421             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 422         }\r
 423 \r
 424         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 425         {\r
 426             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 427         }\r
 428 \r
 429         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 430         {\r
 431             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 432         }\r
 433 \r
 434         if (y < 0)\r
 435         {\r
 436             y = 0;\r
 437         }\r
 438 \r
 439         if (x < 0)\r
 440         {\r
 441             x = 0;\r
 442         }\r
 443 \r
 444         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 445         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 446     }\r
 447 \r
 448 \r
 449     /**\r
 450      * DOCUMENT ME!\r
 451      *\r
 452      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 453      */\r
 454     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 455     {\r
 456 \r
 457         int oldX = av.getStartRes();\r
 458         int oldY = av.getStartSeq();\r
 459 \r
 460         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 461         {\r
 462             int x = hscroll.getValue();\r
 463             av.setStartRes(x);\r
 464             av.setEndRes((x +\r
 465                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 466         }\r
 467 \r
 468         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 469         {\r
 470             int offy = vscroll.getValue();\r
 471 \r
 472             if (av.getWrapAlignment())\r
 473             {\r
 474                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 475                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 476                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 477             }\r
 478             else\r
 479             {\r
 480                 av.setStartSeq(offy);\r
 481                 av.setEndSeq(offy +\r
 482                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 483             }\r
 484         }\r
 485 \r
 486         if (overviewPanel != null)\r
 487         {\r
 488             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 489         }\r
 490 \r
 491         int xShift = av.getStartRes() - oldX;\r
 492         int yShift = av.getStartSeq() - oldY;\r
 493 \r
 494         if ( (xShift != 0 && yShift != 0) ||\r
 495             (Math.abs(xShift) > av.getEndRes() - av.getStartRes()\r
 496              || Math.abs(yShift) > av.getEndSeq() - av.getStartSeq())\r
 497              || av.getWrapAlignment()\r
 498              || !fastPaint)\r
 499         {\r
 500           // Either no shift at all, or shift greater than visible amount\r
 501           repaint();\r
 502         }\r
 503         else\r
 504         {\r
 505             idPanel.idCanvas.fastPaint(yShift);\r
 506             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(xShift, yShift);\r
 507 \r
 508             scalePanel.repaint();\r
 509 \r
 510             if (av.getShowAnnotation())\r
 511             {\r
 512                 annotationPanel.fastPaint(xShift);\r
 513             }\r
 514         }\r
 515     }\r
 516 \r
 517     /**\r
 518      * DOCUMENT ME!\r
 519      *\r
 520      * @param g DOCUMENT ME!\r
 521      */\r
 522     public void paintComponent(Graphics g)\r
 523     {\r
 524         invalidate();\r
 525 \r
 526         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 527         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 528         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 529         validate();\r
 530 \r
 531         if (av.getWrapAlignment())\r
 532         {\r
 533             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 534             vscroll.setMaximum(max);\r
 535             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 536             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 537         }\r
 538         else\r
 539         {\r
 540             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 541         }\r
 542     }\r
 543 \r
 544     /**\r
 545      * DOCUMENT ME!\r
 546      *\r
 547      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 548      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 549      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 550      *\r
 551      * @return DOCUMENT ME!\r
 552      *\r
 553      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 554      */\r
 555     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 556         throws PrinterException\r
 557     {\r
 558         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 559 \r
 560         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 561         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 562 \r
 563         if (av.getWrapAlignment())\r
 564         {\r
 565             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 566         }\r
 567         else\r
 568         {\r
 569             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 570         }\r
 571     }\r
 572 \r
 573     /**\r
 574      * DOCUMENT ME!\r
 575      *\r
 576      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 577      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 578      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 579      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 580      *\r
 581      * @return DOCUMENT ME!\r
 582      *\r
 583      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 584      */\r
 585     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 586         throws PrinterException\r
 587     {\r
 588         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 589         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 590         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 591 \r
 592         pg.setColor(Color.white);\r
 593         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 594         pg.setFont(av.getFont());\r
 595 \r
 596         ////////////////////////////////////\r
 597         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 598         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 599 \r
 600         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 601             1;\r
 602 \r
 603         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 604 \r
 605         /////////////////////////////\r
 606         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 607         int startRes;\r
 608 \r
 609         /////////////////////////////\r
 610         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 611         int endRes;\r
 612 \r
 613         /////////////////////////////\r
 614         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 615         int startSeq;\r
 616 \r
 617         /////////////////////////////\r
 618         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 619         int endSeq;\r
 620         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 621         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 622 \r
 623         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 624         {\r
 625             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 626         }\r
 627 \r
 628         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 629         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 630 \r
 631         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 632         {\r
 633             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 634         }\r
 635 \r
 636         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 637 \r
 638         if (av.showAnnotation)\r
 639         {\r
 640             pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
 641         }\r
 642 \r
 643         pagesHigh /= pheight;\r
 644 \r
 645         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 646         {\r
 647             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 648         }\r
 649 \r
 650         //draw Scale\r
 651         pg.translate(idWidth, 0);\r
 652         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 653         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 654 \r
 655         ////////////////\r
 656         // Draw the ids\r
 657         Color currentColor = null;\r
 658         Color currentTextColor = null;\r
 659 \r
 660         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 661         {\r
 662             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 663                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 664                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 665             {\r
 666                 currentColor = Color.gray;\r
 667                 currentTextColor = Color.black;\r
 668             }\r
 669             else\r
 670             {\r
 671                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 672                 currentTextColor = Color.black;\r
 673             }\r
 674 \r
 675             pg.setColor(currentColor);\r
 676             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 677                 av.getCharHeight());\r
 678 \r
 679             pg.setColor(currentTextColor);\r
 680 \r
 681             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 682 \r
 683             if (av.getShowFullId())\r
 684             {\r
 685                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 686             }\r
 687 \r
 688             pg.drawString(string, 0,\r
 689                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 690                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 691         }\r
 692 \r
 693         // draw main sequence panel\r
 694         pg.translate(idWidth, 0);\r
 695         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 696             startRes, startSeq, 0);\r
 697 \r
 698         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 699         {\r
 700             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight +3);\r
 701             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg, idWidth);\r
 702             pg.translate(idWidth, 0);\r
 703             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 704                 1);\r
 705         }\r
 706 \r
 707         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 708     }\r
 709 \r
 710     /**\r
 711      * DOCUMENT ME!\r
 712      *\r
 713      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 714      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 715      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 716      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 717      *\r
 718      * @return DOCUMENT ME!\r
 719      *\r
 720      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 721      */\r
 722     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 723         int pi) throws PrinterException\r
 724     {\r
 725 \r
 726       int annotationHeight = 0;\r
 727       AnnotationLabels labels = null;\r
 728       if (av.showAnnotation)\r
 729       {\r
 730         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 731         labels = new AnnotationLabels(av);\r
 732       }\r
 733 \r
 734       int hgap = av.charHeight;\r
 735       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 736         hgap += av.charHeight;\r
 737 \r
 738       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 739           + hgap\r
 740           + annotationHeight;\r
 741 \r
 742 \r
 743       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 744 \r
 745         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 746                 idWidth);\r
 747 \r
 748         int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth +1);\r
 749 \r
 750         pg.setColor(Color.white);\r
 751         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 752         pg.setFont(av.getFont());\r
 753 \r
 754 \r
 755         ////////////////\r
 756         // Draw the ids\r
 757         pg.setColor(Color.black);\r
 758 \r
 759         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 760 \r
 761         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 762 \r
 763         int ypos = hgap;\r
 764         Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 765                              av.getFont().getSize());\r
 766         pg.setFont(italic);\r
 767 \r
 768 \r
 769         do\r
 770         {\r
 771           for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 772           {\r
 773             SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 774             String string = s.getName();\r
 775 \r
 776             if (av.getShowFullId())\r
 777             {\r
 778               string = s.getDisplayId();\r
 779             }\r
 780 \r
 781             pg.drawString(string, 0,\r
 782                           ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 783                           (av.charHeight / 5));\r
 784           }\r
 785             if (labels != null)\r
 786             {\r
 787               pg.translate(0,\r
 788                            ypos +\r
 789                            (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 790 \r
 791               pg.setFont(av.getFont());\r
 792               labels.drawComponent( pg, idWidth );\r
 793               pg.setFont(italic);\r
 794               pg.translate(0,\r
 795                            -ypos -\r
 796                            (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 797             }\r
 798 \r
 799             ypos += cHeight;\r
 800         }\r
 801         while (ypos < totalHeight);\r
 802 \r
 803         pg.translate(idWidth, 0);\r
 804 \r
 805         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 806 \r
 807         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 808         {\r
 809             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 810 \r
 811         }\r
 812      else\r
 813         {\r
 814             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 815         }\r
 816     }\r
 817 \r
 818     /**\r
 819      * DOCUMENT ME!\r
 820      */\r
 821     public void makeEPS(File epsFile)\r
 822     {\r
 823       boolean accurateText = true;\r
 824 \r
 825       String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",\r
 826           "Prompt each time");\r
 827 \r
 828       // If we need to prompt, and if the GUI is visible then\r
 829       // Prompt for EPS rendering style\r
 830       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")\r
 831           && !\r
 832           (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 833            && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))\r
 834       {\r
 835         EPSOptions eps = new EPSOptions();\r
 836         renderStyle = eps.getValue();\r
 837 \r
 838         if(eps.cancelled || renderStyle==null)\r
 839           return;\r
 840 \r
 841         renderStyle = eps.getValue();\r
 842       }\r
 843 \r
 844       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))\r
 845       {\r
 846         accurateText = false;\r
 847       }\r
 848 \r
 849 \r
 850         if(epsFile == null)\r
 851         {\r
 852           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 853               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 854                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 855                                  {"eps"},\r
 856                                  new String[]\r
 857                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 858                                  "Encapsulated Postscript");\r
 859           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 860           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 861           chooser.setToolTipText("Save");\r
 862 \r
 863           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 864 \r
 865           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 866           {\r
 867             return;\r
 868           }\r
 869 \r
 870           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 871 \r
 872           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 873                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 874         }\r
 875 \r
 876 \r
 877         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 878         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 879 \r
 880 \r
 881         if (av.getWrapAlignment())\r
 882         {\r
 883           height = getWrappedHeight();\r
 884           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 885         }\r
 886         else if (av.getShowAnnotation())\r
 887         {\r
 888           height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
 889         }\r
 890 \r
 891 \r
 892         try\r
 893          {\r
 894            FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 895            EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 896                                                 height);\r
 897 \r
 898            pg.setAccurateTextMode(accurateText);\r
 899 \r
 900            if (av.getWrapAlignment())\r
 901            {\r
 902                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 903             }\r
 904             else\r
 905             {\r
 906                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 907             }\r
 908 \r
 909             pg.flush();\r
 910             pg.close();\r
 911           }\r
 912           catch (OutOfMemoryError err)\r
 913           {\r
 914             System.out.println("########################\n"\r
 915                                + "OUT OF MEMORY " + epsFile + "\n"\r
 916                                + "########################");\r
 917 \r
 918             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 919                                                   "Out of memory creating EPS file!!"\r
 920                                                   +\r
 921                                                   "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 922                                                   , "Out of memory",\r
 923                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 924             System.out.println("Create EPS: " + err);\r
 925             System.gc();\r
 926           }\r
 927         catch (Exception ex)\r
 928         {\r
 929             ex.printStackTrace();\r
 930         }\r
 931     }\r
 932 \r
 933 \r
 934     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 935     {\r
 936       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 937       //////////////////////////////////////////////\r
 938       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 939       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 940       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 941 \r
 942         // Gen image map\r
 943          //////////////////////////////////\r
 944          if(imgMapFile!=null)\r
 945          {\r
 946            try\r
 947            {\r
 948              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 949              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 950              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 951                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 952                        +"<map name=\"Map\">");\r
 953 \r
 954              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 955              {\r
 956                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 957                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 958                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 959                {\r
 960                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 961                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 962                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 963                  {\r
 964                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 965                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 966                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 967                    if (obj == null)\r
 968                      continue;\r
 969 \r
 970                    String triplet = obj.toString();\r
 971 \r
 972                    out.println(\r
 973                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 974                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 975                        + sy + ","\r
 976                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 977                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 978                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 979                        + alIndex + " " + triplet +\r
 980                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 981                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 982                        + " href=\"#\">");\r
 983                  }\r
 984                }\r
 985              }\r
 986 \r
 987              out.println("</map></body></html>");\r
 988              out.close();\r
 989 \r
 990            }\r
 991            catch (Exception ex)\r
 992            {\r
 993              ex.printStackTrace();\r
 994            }\r
 995          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 996 \r
 997     }\r
 998 \r
 999     int getWrappedHeight()\r
1000     {\r
1001 \r
1002       int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1003         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
1004 \r
1005       int hgap = av.charHeight;\r
1006       if (av.scaleAboveWrapped)\r
1007         hgap += av.charHeight;\r
1008 \r
1009       int annotationHeight = 0;\r
1010       if (av.showAnnotation)\r
1011       {\r
1012         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1013       }\r
1014 \r
1015       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1016           + hgap\r
1017           + annotationHeight;\r
1018 \r
1019 \r
1020       int height =  ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1021 \r
1022       return height;\r
1023     }\r
1024 \r
1025     /**\r
1026      * DOCUMENT ME!\r
1027      */\r
1028     public void makePNG(File pngFile)\r
1029     {\r
1030       if(pngFile==null)\r
1031       {\r
1032         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
1033             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
1034                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
1035                                {"png"},\r
1036                                new String[]\r
1037                                {"Portable network graphics"},\r
1038                                "Portable network graphics");\r
1039         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
1040         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
1041         chooser.setToolTipText("Save");\r
1042 \r
1043         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
1044 \r
1045         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
1046         {\r
1047           return;\r
1048         }\r
1049 \r
1050         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
1051 \r
1052         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
1053                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
1054       }\r
1055 \r
1056 \r
1057 \r
1058       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1059       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
1060 \r
1061       if (av.getWrapAlignment())\r
1062       {\r
1063         height = getWrappedHeight();\r
1064         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1065       }\r
1066       else if (av.getShowAnnotation())\r
1067         {\r
1068             height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
1069         }\r
1070 \r
1071         try\r
1072         {\r
1073 \r
1074             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
1075 \r
1076             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
1077                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
1078             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
1079 \r
1080             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
1081                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
1082 \r
1083             if (av.getWrapAlignment())\r
1084             {\r
1085                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
1086             }\r
1087             else\r
1088             {\r
1089                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
1090             }\r
1091 \r
1092             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
1093             out.close();\r
1094         }\r
1095         catch (OutOfMemoryError err)\r
1096         {\r
1097           System.out.println("########################\n"\r
1098                              + "OUT OF MEMORY " + pngFile + "\n"\r
1099                              + "########################");\r
1100 \r
1101           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1102                                                 "Out of memory creating PNG!!"\r
1103                                                 +\r
1104                                                 "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1105                                                 , "Out of memory",\r
1106                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1107           System.out.println("Create PNG: " + err);\r
1108           System.gc();\r
1109 \r
1110         }\r
1111         catch (Exception ex)\r
1112         {\r
1113             ex.printStackTrace();\r
1114         }\r
1115     }\r
1116 }\r
1117 \r
1118 \r
1119 /**\r
1120  * DOCUMENT ME!\r
1121  *\r
1122  * @author $author$\r
1123  * @version $Revision$\r
1124  */\r
1125 class Preview extends JFrame\r
1126 {\r
1127     /**\r
1128      * Creates a new Preview object.\r
1129      *\r
1130      * @param image DOCUMENT ME!\r
1131      */\r
1132     public Preview(Image image)\r
1133     {\r
1134         setResizable(true);\r
1135         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1136         setVisible(true);\r
1137         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1138         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1139         validate();\r
1140         repaint();\r
1141     }\r
1142 }\r
1143 \r
1144 \r
1145 /**\r
1146  * DOCUMENT ME!\r
1147  *\r
1148  * @author $author$\r
1149  * @version $Revision$\r
1150  */\r
1151 class PreviewPanel extends JPanel\r
1152 {\r
1153     Image image;\r
1154 \r
1155     /**\r
1156      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1157      *\r
1158      * @param image DOCUMENT ME!\r
1159      */\r
1160     public PreviewPanel(Image image)\r
1161     {\r
1162         this.image = image;\r
1163     }\r
1164 \r
1165     /**\r
1166      * DOCUMENT ME!\r
1167      *\r
1168      * @param g DOCUMENT ME!\r
1169      */\r
1170     public void paintComponent(Graphics g)\r
1171     {\r
1172         if (image != null)\r
1173         {\r
1174             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1175         }\r
1176         else\r
1177         {\r
1178             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1179         }\r
1180     }\r
1181 }\r