src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS;
  24 import static jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG;
  25 import static jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG;
  26
  27 import jalview.analysis.AnnotationSorter;
  28 import jalview.api.AlignViewportI;
  29 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  33 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.HTMLOutput;
  38 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;
  39 import jalview.math.AlignmentDimension;
  40 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  41 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  42 import jalview.util.Comparison;
  43 import jalview.util.ImageMaker;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  46 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  47
  48 import java.awt.BorderLayout;
  49 import java.awt.Color;
  50 import java.awt.Container;
  51 import java.awt.Dimension;
  52 import java.awt.Font;
  53 import java.awt.FontMetrics;
  54 import java.awt.Graphics;
  55 import java.awt.Graphics2D;
  56 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  57 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  58 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  59 import java.awt.event.ComponentEvent;
  60 import java.awt.print.PageFormat;
  61 import java.awt.print.Printable;
  62 import java.awt.print.PrinterException;
  63 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  64 import java.beans.PropertyChangeListener;
  65 import java.io.File;
  66 import java.io.FileWriter;
  67 import java.io.PrintWriter;
  68 import java.util.List;
  69
  70 import javax.swing.SwingUtilities;
  71
  72 /**
  73  * DOCUMENT ME!
  74  *
  75  * @author $author$
  76  * @version $Revision: 1.161 $
  77  */
  78 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements
  79         AdjustmentListener, Printable, AlignmentViewPanel, ViewportListenerI
  80 {
  81   public AlignViewport av;
  82
  83   OverviewPanel overviewPanel;
  84
  85   private SeqPanel seqPanel;
  86
  87   private IdPanel idPanel;
  88
  89   private boolean headless;
  90
  91   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  92
  93   /** DOCUMENT ME!! */
  94   public AlignFrame alignFrame;
  95
  96   private ScalePanel scalePanel;
  97
  98   private AnnotationPanel annotationPanel;
  99
 100   private AnnotationLabels alabels;
 101
 102   private int hextent = 0;
 103
 104   private int vextent = 0;
 105
 106   /*
 107    * Flag set while scrolling to follow complementary cDNA/protein scroll. When
 108    * false, suppresses invoking the same method recursively.
 109    */
 110   private boolean scrollComplementaryPanel = true;
 111
 112   private PropertyChangeListener propertyChangeListener;
 113
 114   private CalculationChooser calculationDialog;
 115
 116   /**
 117    * Creates a new AlignmentPanel object.
 118    *
 119    * @param af
 120    * @param av
 121    */
 122   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
 123   {
 124     alignFrame = af;
 125     this.av = av;
 126     setSeqPanel(new SeqPanel(av, this));
 127     setIdPanel(new IdPanel(av, this));
 128
 129     setScalePanel(new ScalePanel(av, this));
 130
 131     idPanelHolder.add(getIdPanel(), BorderLayout.CENTER);
 132     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
 133     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
 134
 135     setAnnotationPanel(new AnnotationPanel(this));
 136     setAlabels(new AnnotationLabels(this));
 137
 138     annotationScroller.setViewportView(getAnnotationPanel());
 139     annotationSpaceFillerHolder.add(getAlabels(), BorderLayout.CENTER);
 140
 141     scalePanelHolder.add(getScalePanel(), BorderLayout.CENTER);
 142     seqPanelHolder.add(getSeqPanel(), BorderLayout.CENTER);
 143
 144     setScrollValues(0, 0);
 145
 146     hscroll.addAdjustmentListener(this);
 147     vscroll.addAdjustmentListener(this);
 148
 149     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 150     {
 151       @Override
 152       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 153       {
 154         // reset the viewport ranges when the alignment panel is resized
 155         // in particular, this initialises the end residue value when Jalview
 156         // is initialised
 157         ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 158         if (av.getWrapAlignment())
 159         {
 160           int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(
 161                   getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 162           ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 163         }
 164         else
 165         {
 166           int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth()
 167                   / av.getCharWidth();
 168           int heightInSeq = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight()
 169                   / av.getCharHeight();
 170
 171           ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 172           ranges.setViewportHeight(heightInSeq);
 173         }
 174       }
 175
 176     });
 177
 178     final AlignmentPanel ap = this;
 179     propertyChangeListener = new PropertyChangeListener()
 180     {
 181       @Override
 182       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 183       {
 184         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 185         {
 186           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 187           alignmentChanged();
 188         }
 189       }
 190     };
 191     av.addPropertyChangeListener(propertyChangeListener);
 192
 193     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 194     fontChanged();
 195     adjustAnnotationHeight();
 196     updateLayout();
 197   }
 198
 199   @Override
 200   public AlignViewportI getAlignViewport()
 201   {
 202     return av;
 203   }
 204
 205   public void alignmentChanged()
 206   {
 207     av.alignmentChanged(this);
 208
 209     if (getCalculationDialog() != null)
 210     {
 211       getCalculationDialog().validateCalcTypes();
 212     }
 213
 214     alignFrame.updateEditMenuBar();
 215
 216     // no idea if we need to update structure
 217     paintAlignment(true, true);
 218
 219   }
 220
 221   /**
 222    * DOCUMENT ME!
 223    */
 224   public void fontChanged()
 225   {
 226     // set idCanvas bufferedImage to null
 227     // to prevent drawing old image
 228     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 229
 230     scalePanelHolder.setPreferredSize(
 231             new Dimension(10, av.getCharHeight() + fm.getDescent()));
 232     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(
 233             new Dimension(10, av.getCharHeight() + fm.getDescent()));
 234     idwidthAdjuster.invalidate();
 235     scalePanelHolder.invalidate();
 236     getIdPanel().getIdCanvas().gg = null;
 237     getSeqPanel().seqCanvas.img = null;
 238     getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 239
 240     Dimension d = calculateIdWidth();
 241
 242     d.setSize(d.width + 4, d.height);
 243     getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(d);
 244     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);
 245
 246     repaint();
 247   }
 248
 249   /**
 250    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 251    * and any bounds on label width set in preferences.
 252    *
 253    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 254    *         that should be used.
 255    */
 256   public Dimension calculateIdWidth()
 257   {
 258     // calculate sensible default width when no preference is available
 259     Dimension r = null;
 260     if (av.getIdWidth() < 0)
 261     {
 262       int afwidth = (alignFrame != null ? alignFrame.getWidth() : 300);
 263       int maxwidth = Math.max(20, Math.min(afwidth - 200, 2 * afwidth / 3));
 264       r = calculateIdWidth(maxwidth);
 265       av.setIdWidth(r.width);
 266     }
 267     else
 268     {
 269       r = new Dimension();
 270       r.width = av.getIdWidth();
 271       r.height = 0;
 272     }
 273     return r;
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 278    * and any bounds on label width set in preferences.
 279    *
 280    * @param maxwidth
 281    *          -1 or maximum width allowed for IdWidth
 282    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 283    *         that should be used.
 284    */
 285   public Dimension calculateIdWidth(int maxwidth)
 286   {
 287     Container c = new Container();
 288
 289     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(
 290             new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));
 291
 292     AlignmentI al = av.getAlignment();
 293     int i = 0;
 294     int idWidth = 0;
 295     String id;
 296
 297     while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))
 298     {
 299       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 300
 301       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 302
 303       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)
 304       {
 305         idWidth = fm.stringWidth(id);
 306       }
 307
 308       i++;
 309     }
 310
 311     // Also check annotation label widths
 312     i = 0;
 313
 314     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 315     {
 316       fm = c.getFontMetrics(getAlabels().getFont());
 317
 318       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 319       {
 320         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 321
 322         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)
 323         {
 324           idWidth = fm.stringWidth(label);
 325         }
 326
 327         i++;
 328       }
 329     }
 330
 331     return new Dimension(
 332             maxwidth < 0 ? idWidth : Math.min(maxwidth, idWidth), 12);
 333   }
 334
 335   /**
 336    * Highlight the given results on the alignment
 337    *
 338    */
 339   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 340   {
 341     boolean scrolled = scrollToPosition(results, 0, false);
 342
 343     boolean noFastPaint = scrolled && av.getWrapAlignment();
 344
 345     getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(results, noFastPaint);
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 350    * (if any)
 351    *
 352    * @param searchResults
 353    * @return
 354    */
 355   public boolean scrollToPosition(SearchResultsI searchResults)
 356   {
 357     return scrollToPosition(searchResults, 0, false);
 358   }
 359
 360   /**
 361    * Scrolls the view (if necessary) to show the position of the first
 362    * highlighted region in results (if any). Answers true if the view was
 363    * scrolled, or false if no matched region was found, or it is already
 364    * visible.
 365    *
 366    * @param results
 367    * @param verticalOffset
 368    *          if greater than zero, allows scrolling to a position below the
 369    *          first displayed sequence
 370    * @param centre
 371    *          if true, try to centre the search results horizontally in the view
 372    * @return
 373    */
 374   protected boolean scrollToPosition(SearchResultsI results,
 375           int verticalOffset, boolean centre)
 376   {
 377     int startv, endv, starts, ends;
 378     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 379
 380     if (results == null || results.isEmpty() || av == null
 381             || av.getAlignment() == null)
 382     {
 383       return false;
 384     }
 385     int seqIndex = av.getAlignment().findIndex(results);
 386     if (seqIndex == -1)
 387     {
 388       return false;
 389     }
 390     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);
 391
 392     int[] r = results.getResults(seq, 0, av.getAlignment().getWidth());
 393     if (r == null)
 394     {
 395       return false;
 396     }
 397     int start = r[0];
 398     int end = r[1];
 399
 400     /*
 401      * To centre results, scroll to positions half the visible width
 402      * left/right of the start/end positions
 403      */
 404     if (centre)
 405     {
 406       int offset = (ranges.getEndRes() - ranges.getStartRes() + 1) / 2 - 1;
 407       start = Math.max(start - offset, 0);
 408       end = end + offset - 1;
 409     }
 410     if (start < 0)
 411     {
 412       return false;
 413     }
 414     if (end == seq.getEnd())
 415     {
 416       return false;
 417     }
 418
 419     if (av.hasHiddenColumns())
 420     {
 421       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 422       start = hidden.absoluteToVisibleColumn(start);
 423       end = hidden.absoluteToVisibleColumn(end);
 424       if (start == end)
 425       {
 426         if (!hidden.isVisible(r[0]))
 427         {
 428           // don't scroll - position isn't visible
 429           return false;
 430         }
 431       }
 432     }
 433
 434     /*
 435      * allow for offset of target sequence (actually scroll to one above it)
 436      */
 437     seqIndex = Math.max(0, seqIndex - verticalOffset);
 438     boolean scrollNeeded = true;
 439
 440     if (!av.getWrapAlignment())
 441     {
 442       if ((startv = ranges.getStartRes()) >= start)
 443       {
 444         /*
 445          * Scroll left to make start of search results visible
 446          */
 447         setScrollValues(start, seqIndex);
 448       }
 449       else if ((endv = ranges.getEndRes()) <= end)
 450       {
 451         /*
 452          * Scroll right to make end of search results visible
 453          */
 454         setScrollValues(startv + end - endv, seqIndex);
 455       }
 456       else if ((starts = ranges.getStartSeq()) > seqIndex)
 457       {
 458         /*
 459          * Scroll up to make start of search results visible
 460          */
 461         setScrollValues(ranges.getStartRes(), seqIndex);
 462       }
 463       else if ((ends = ranges.getEndSeq()) <= seqIndex)
 464       {
 465         /*
 466          * Scroll down to make end of search results visible
 467          */
 468         setScrollValues(ranges.getStartRes(), starts + seqIndex - ends
 469                 + 1);
 470       }
 471       /*
 472        * Else results are already visible - no need to scroll
 473        */
 474       scrollNeeded = false;
 475     }
 476     else
 477     {
 478       scrollNeeded = ranges.scrollToWrappedVisible(start);
 479     }
 480
 481     paintAlignment(false, false);
 482
 483     return scrollNeeded;
 484   }
 485
 486   /**
 487    * DOCUMENT ME!
 488    *
 489    * @return DOCUMENT ME!
 490    */
 491   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 492   {
 493     return overviewPanel;
 494   }
 495
 496   /**
 497    * DOCUMENT ME!
 498    *
 499    * @param op
 500    *          DOCUMENT ME!
 501    */
 502   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 503   {
 504     overviewPanel = op;
 505   }
 506
 507   /**
 508    *
 509    * @param b
 510    *          Hide or show annotation panel
 511    *
 512    */
 513   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 514   {
 515     if (!av.getWrapAlignment())
 516     {
 517       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 518       annotationScroller.setVisible(b);
 519     }
 520     repaint();
 521   }
 522
 523   /**
 524    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
 525    * ensuring the alignment is still visible.
 526    */
 527   @Override
 528   public void adjustAnnotationHeight()
 529   {
 530     // TODO: display vertical annotation scrollbar if necessary
 531     // this is called after loading new annotation onto alignment
 532     if (alignFrame.getHeight() == 0)
 533     {
 534       System.out.println("NEEDS FIXING");
 535     }
 536     validateAnnotationDimensions(true);
 537     addNotify();
 538     // TODO: many places call this method and also paintAlignment with various
 539     // different settings. this means multiple redraws are triggered...
 540     paintAlignment(true, av.needToUpdateStructureViews());
 541   }
 542
 543   /**
 544    * calculate the annotation dimensions and refresh slider values accordingly.
 545    * need to do repaints/notifys afterwards.
 546    */
 547   protected void validateAnnotationDimensions(boolean adjustPanelHeight)
 548   {
 549     int annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 550     annotationHeight = getAnnotationPanel()
 551             .adjustForAlignFrame(adjustPanelHeight, annotationHeight);
 552
 553     hscroll.addNotify();
 554     annotationScroller.setPreferredSize(
 555             new Dimension(annotationScroller.getWidth(), annotationHeight));
 556
 557     Dimension e = idPanel.getSize();
 558     alabels.setSize(new Dimension(e.width, annotationHeight));
 559
 560     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 561             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(), annotationHeight));
 562     annotationScroller.validate();
 563     annotationScroller.addNotify();
 564   }
 565
 566   /**
 567    * update alignment layout for viewport settings
 568    *
 569    * @param wrap
 570    *          DOCUMENT ME!
 571    */
 572   public void updateLayout()
 573   {
 574     fontChanged();
 575     setAnnotationVisible(av.isShowAnnotation());
 576     boolean wrap = av.getWrapAlignment();
 577     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 578     ranges.setStartSeq(0);
 579     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 580     hscroll.setVisible(!wrap);
 581     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 582
 583     if (wrap)
 584     {
 585       annotationScroller.setVisible(false);
 586       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 587     }
 588     else if (av.isShowAnnotation())
 589     {
 590       annotationScroller.setVisible(true);
 591       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 592       validateAnnotationDimensions(false);
 593     }
 594
 595     int canvasWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
 596     if (canvasWidth > 0)
 597     { // may not yet be laid out
 598       if (wrap)
 599       {
 600         int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas
 601                 .getWrappedCanvasWidth(canvasWidth);
 602         ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 603       }
 604       else
 605       {
 606         int widthInRes = (canvasWidth / av.getCharWidth());
 607         int heightInSeq = (getSeqPanel().seqCanvas.getHeight()
 608                 / av.getCharHeight());
 609
 610         ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 611         ranges.setViewportHeight(heightInSeq);
 612       }
 613     }
 614
 615     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 616
 617     repaint();
 618   }
 619
 620   /**
 621    * Adjust row/column scrollers to show a visible position in the alignment.
 622    *
 623    * @param x
 624    *          visible column to scroll to
 625    * @param y
 626    *          visible row to scroll to
 627    *
 628    */
 629   public void setScrollValues(int xpos, int ypos)
 630   {
 631     int x = xpos;
 632     int y = ypos;
 633
 634     if (av == null || av.getAlignment() == null)
 635     {
 636       return;
 637     }
 638
 639     if (av.getWrapAlignment())
 640     {
 641       setScrollingForWrappedPanel(x);
 642     }
 643     else
 644     {
 645       int width = av.getAlignment().getVisibleWidth();
 646       int height = av.getAlignment().getHeight();
 647
 648       hextent = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 649       vextent = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 650
 651       if (hextent > width)
 652       {
 653         hextent = width;
 654       }
 655
 656       if (vextent > height)
 657       {
 658         vextent = height;
 659       }
 660
 661       if ((hextent + x) > width)
 662       {
 663         x = width - hextent;
 664       }
 665
 666       if ((vextent + y) > height)
 667       {
 668         y = height - vextent;
 669       }
 670
 671       if (y < 0)
 672       {
 673         y = 0;
 674       }
 675
 676       if (x < 0)
 677       {
 678         x = 0;
 679       }
 680
 681       // update the scroll values
 682       hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 683       vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 684     }
 685   }
 686
 687   /**
 688    * Respond to adjustment event when horizontal or vertical scrollbar is
 689    * changed
 690    *
 691    * @param evt
 692    *          adjustment event encoding whether hscroll or vscroll changed
 693    */
 694   @Override
 695   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 696   {
 697     if (av.getWrapAlignment())
 698     {
 699       adjustScrollingWrapped(evt);
 700       return;
 701     }
 702
 703     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 704
 705     if (evt.getSource() == hscroll)
 706     {
 707       int oldX = ranges.getStartRes();
 708       int oldwidth = ranges.getViewportWidth();
 709       int x = hscroll.getValue();
 710       int width = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 711
 712       // if we're scrolling to the position we're already at, stop
 713       // this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 714       // ranges values are the same
 715       if ((x == oldX) && (width == oldwidth))
 716       {
 717         return;
 718       }
 719       ranges.setViewportStartAndWidth(x, width);
 720     }
 721     else if (evt.getSource() == vscroll)
 722     {
 723       int oldY = ranges.getStartSeq();
 724       int oldheight = ranges.getViewportHeight();
 725       int y = vscroll.getValue();
 726       int height = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 727
 728       // if we're scrolling to the position we're already at, stop
 729       // this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 730       // ranges values are the same
 731       if ((y == oldY) && (height == oldheight))
 732       {
 733         return;
 734       }
 735       ranges.setViewportStartAndHeight(y, height);
 736     }
 737     repaint();
 738   }
 739
 740   /**
 741    * Responds to a scroll change by setting the start position of the viewport.
 742    * Does
 743    *
 744    * @param evt
 745    */
 746   protected void adjustScrollingWrapped(AdjustmentEvent evt)
 747   {
 748     if (evt.getSource() == hscroll)
 749     {
 750       return; // no horizontal scroll when wrapped
 751     }
 752     final ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 753
 754     if (evt.getSource() == vscroll)
 755     {
 756       int newY = vscroll.getValue();
 757
 758       /*
 759        * if we're scrolling to the position we're already at, stop
 760        * this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 761        * ranges values are the same
 762        */
 763       int oldX = ranges.getStartRes();
 764       int oldY = ranges.getWrappedScrollPosition(oldX);
 765       if (oldY == newY)
 766       {
 767         return;
 768       }
 769       if (newY > -1)
 770       {
 771         /*
 772          * limit page up/down to one width's worth of positions
 773          */
 774         int rowSize = ranges.getViewportWidth();
 775         int newX = newY > oldY ? oldX + rowSize : oldX - rowSize;
 776         ranges.setViewportStartAndWidth(Math.max(0, newX), rowSize);
 777       }
 778     }
 779     else
 780     {
 781       // This is only called if file loaded is a jar file that
 782       // was wrapped when saved and user has wrap alignment true
 783       // as preference setting
 784       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 785       {
 786         @Override
 787         public void run()
 788         {
 789           // When updating scrolling to use ViewportChange events, this code
 790           // could not be validated and it is not clear if it is now being
 791           // called. Log warning here in case it is called and unforeseen
 792           // problems occur
 793           Cache.log.warn(
 794                   "Unexpected path through code: Wrapped jar file opened with wrap alignment set in preferences");
 795
 796           // scroll to start of panel
 797           ranges.setStartRes(0);
 798           ranges.setStartSeq(0);
 799         }
 800       });
 801     }
 802     repaint();
 803   }
 804
 805   /* (non-Javadoc)
 806    * @see jalview.api.AlignmentViewPanel#paintAlignment(boolean)
 807    */
 808   @Override
 809   public void paintAlignment(boolean updateOverview,
 810           boolean updateStructures)
 811   {
 812     final AnnotationSorter sorter = new AnnotationSorter(getAlignment(),
 813             av.isShowAutocalculatedAbove());
 814     sorter.sort(getAlignment().getAlignmentAnnotation(),
 815             av.getSortAnnotationsBy());
 816     repaint();
 817
 818     if (updateStructures)
 819     {
 820       av.getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(this);
 821     }
 822     if (updateOverview)
 823     {
 824
 825       if (overviewPanel != null)
 826       {
 827         overviewPanel.updateOverviewImage();
 828       }
 829     }
 830   }
 831
 832   /**
 833    * DOCUMENT ME!
 834    *
 835    * @param g
 836    *          DOCUMENT ME!
 837    */
 838   @Override
 839   public void paintComponent(Graphics g)
 840   {
 841     invalidate(); // needed so that the id width adjuster works correctly
 842
 843     Dimension d = getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 844     idPanelHolder.setPreferredSize(d);
 845     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));
 846
 847     validate(); // needed so that the id width adjuster works correctly
 848
 849     /*
 850      * set scroll bar positions - tried to remove but necessary for split panel to resize correctly
 851      * though I still think this call should be elsewhere.
 852      */
 853     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 854     setScrollValues(ranges.getStartRes(), ranges.getStartSeq());
 855   }
 856
 857   /**
 858    * Set vertical scroll bar position, and number of increments, for wrapped
 859    * panel
 860    *
 861    * @param topLeftColumn
 862    *          the column position at top left (0..)
 863    */
 864   private void setScrollingForWrappedPanel(int topLeftColumn)
 865   {
 866     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 867     int scrollPosition = ranges.getWrappedScrollPosition(topLeftColumn);
 868     int maxScroll = ranges.getWrappedMaxScroll(topLeftColumn);
 869
 870     /*
 871      * a scrollbar's value can be set to at most (maximum-extent)
 872      * so we add extent (1) to the maxScroll value
 873      */
 874     vscroll.setUnitIncrement(1);
 875     vscroll.setValues(scrollPosition, 1, 0, maxScroll + 1);
 876   }
 877
 878   /**
 879    * Provides the implementation of Printable.print
 880    *
 881    * @param pg
 882    *             DOCUMENT ME!
 883    * @param pf
 884    *             DOCUMENT ME!
 885    * @param pi
 886    *             DOCUMENT ME!
 887    *
 888    * @return DOCUMENT ME!
 889    *
 890    * @throws PrinterException
 891    */
 892   @Override
 893   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 894           throws PrinterException
 895   {
 896     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 897
 898     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 899     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 900
 901     if (av.getWrapAlignment())
 902     {
 903       return printWrappedAlignment(pwidth, pheight, pi, pg, true);
 904     }
 905     else
 906     {
 907       return printUnwrapped(pwidth, pheight, pi, pg, pg);
 908     }
 909   }
 910
 911   /**
 912    * Draws the alignment image, including sequence ids, sequences, and
 913    * annotation labels and annotations if shown, on either one or two Graphics
 914    * contexts.
 915    *
 916    * @param pageWidth
 917    *          in pixels
 918    * @param pageHeight
 919    *          in pixels
 920    * @param pageIndex
 921    *          (0, 1, ...)
 922    * @param idGraphics
 923    *          the graphics context for sequence ids and annotation labels
 924    * @param alignmentGraphics
 925    *          the graphics context for sequences and annotations (may or may not
 926    *          be the same context as idGraphics)
 927    * @return
 928    * @throws PrinterException
 929    */
 930   public int printUnwrapped(int pageWidth, int pageHeight, int pageIndex,
 931           Graphics idGraphics, Graphics alignmentGraphics)
 932           throws PrinterException
 933   {
 934     final int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
 935
 936     /*
 937      * Get the horizontal offset to where we draw the sequences.
 938      * This is idWidth if using a single Graphics context, else zero.
 939      */
 940     final int alignmentGraphicsOffset = idGraphics != alignmentGraphics ? 0
 941             : idWidth;
 942
 943     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 944     final int charHeight = av.getCharHeight();
 945     final int scaleHeight = charHeight + fm.getDescent();
 946
 947     idGraphics.setColor(Color.white);
 948     idGraphics.fillRect(0, 0, pageWidth, pageHeight);
 949     idGraphics.setFont(av.getFont());
 950
 951     /*
 952      * How many sequences and residues can we fit on a printable page?
 953      */
 954     final int totalRes = (pageWidth - idWidth) / av.getCharWidth();
 955
 956     final int totalSeq = (pageHeight - scaleHeight) / charHeight - 1;
 957
 958     final int alignmentWidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
 959     int pagesWide = (alignmentWidth / totalRes) + 1;
 960
 961     final int startRes = (pageIndex % pagesWide) * totalRes;
 962     final int endRes = Math.min(startRes + totalRes - 1,
 963             alignmentWidth - 1);
 964
 965     final int startSeq = (pageIndex / pagesWide) * totalSeq;
 966     final int alignmentHeight = av.getAlignment().getHeight();
 967     final int endSeq = Math.min(startSeq + totalSeq, alignmentHeight);
 968
 969     int pagesHigh = ((alignmentHeight / totalSeq) + 1) * pageHeight;
 970
 971     if (av.isShowAnnotation())
 972     {
 973       pagesHigh += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
 974     }
 975
 976     pagesHigh /= pageHeight;
 977
 978     if (pageIndex >= (pagesWide * pagesHigh))
 979     {
 980       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 981     }
 982     final int alignmentDrawnHeight = (endSeq - startSeq) * charHeight + 3;
 983
 984     /*
 985      * draw the Scale at horizontal offset, then reset to top left (0, 0)
 986      */
 987     alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset, 0);
 988     getScalePanel().drawScale(alignmentGraphics, startRes, endRes,
 989             pageWidth - idWidth, scaleHeight);
 990     alignmentGraphics.translate(-alignmentGraphicsOffset, 0);
 991
 992     /*
 993      * Draw the sequence ids, offset for scale height,
 994      * then reset to top left (0, 0)
 995      */
 996     idGraphics.translate(0, scaleHeight);
 997     IdCanvas idCanvas = getIdPanel().getIdCanvas();
 998     List<SequenceI> selection = av.getSelectionGroup() == null ? null
 999             : av.getSelectionGroup().getSequences(null);
1000     idCanvas.drawIds((Graphics2D) idGraphics, av, startSeq, endSeq - 1,
1001             selection);
1002
1003     idGraphics.setFont(av.getFont());
1004     idGraphics.translate(0, -scaleHeight);
1005
1006     /*
1007      * draw the sequences, offset for scale height, and id width (if using a
1008      * single graphics context), then reset to (0, scale height)
1009      */
1010     alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset, scaleHeight);
1011     getSeqPanel().seqCanvas.drawPanelForPrinting(alignmentGraphics, startRes,
1012             endRes, startSeq, endSeq - 1);
1013     alignmentGraphics.translate(-alignmentGraphicsOffset, 0);
1014
1015     if (av.isShowAnnotation() && (endSeq == alignmentHeight))
1016     {
1017       /*
1018        * draw annotation labels; drawComponent() translates by
1019        * getScrollOffset(), so compensate for that first;
1020        * then reset to (0, scale height)
1021        */
1022       int offset = getAlabels().getScrollOffset();
1023       idGraphics.translate(0, -offset);
1024       idGraphics.translate(0, alignmentDrawnHeight);
1025       getAlabels().drawComponent(idGraphics, idWidth);
1026       idGraphics.translate(0, -alignmentDrawnHeight);
1027
1028       /*
1029        * draw the annotations starting at
1030        * (idOffset, alignmentHeight) from (0, scaleHeight)
1031        */
1032       alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset,
1033               alignmentDrawnHeight);
1034       getAnnotationPanel().renderer.drawComponent(getAnnotationPanel(), av,
1035               alignmentGraphics, -1, startRes, endRes + 1);
1036
1037       /*
1038        * reset to left margin
1039        */
1040       alignmentGraphics.translate(-alignmentGraphicsOffset, 0);
1041     }
1042
1043     return Printable.PAGE_EXISTS;
1044   }
1045
1046   /**
1047    * Prints one page of an alignment in wrapped mode. Returns
1048    * Printable.PAGE_EXISTS (0) if a page was drawn, or Printable.NO_SUCH_PAGE if
1049    * no page could be drawn (page number out of range).
1050    * <p>
1051    * The method is to write the whole alignment, but set a clip region such that
1052    * only the specified page is written. This allows specified page(s) to be
1053    * printed from the print dialog. The whole image may be written simply by
1054    * making the page size match the image size. In this case, parameter
1055    * {@code clipToPage} should be set to {@code false}, so that more output (for
1056    * example the second panel of a split frame) can be written if wanted.
1057    *
1058    * @param pageWidth
1059    * @param pageHeight
1060    * @param pageNumber
1061    *                     (0, 1, ...)
1062    * @param g
1063    * @param clipToPage
1064    *
1065    * @return
1066    */
1067   public int printWrappedAlignment(int pageWidth, int pageHeight, int pageNumber,
1068           Graphics g, boolean clipToPage)
1069   {
1070     int annotationHeight = 0;
1071     if (av.isShowAnnotation())
1072     {
1073       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1074     }
1075
1076     int hgap = av.getCharHeight();
1077     if (av.getScaleAboveWrapped())
1078     {
1079       hgap += av.getCharHeight();
1080     }
1081
1082     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1083             + annotationHeight;
1084
1085     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1086
1087     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
1088
1089     int resWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1090             .getWrappedCanvasWidth(pageWidth - idWidth);
1091
1092     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);
1093
1094     g.setColor(Color.white);
1095     g.fillRect(0, 0, pageWidth, pageHeight);
1096     g.setFont(av.getFont());
1097     g.setColor(Color.black);
1098
1099     /*
1100      * method: print the whole wrapped alignment, but with a clip region that
1101      * is restricted to the requested page; this supports selective print of
1102      * single  pages or ranges, (at the cost of some repeated processing in
1103      * the 'normal' case, when all pages are printed)
1104      */
1105     g.translate(0, -pageNumber * pageHeight);
1106
1107     if (clipToPage)
1108     {
1109       g.setClip(0, pageNumber * pageHeight, pageWidth, pageHeight);
1110     }
1111
1112     /*
1113      * draw sequence ids and annotation labels (if shown)
1114      */
1115     IdCanvas idCanvas = getIdPanel().getIdCanvas();
1116     idCanvas.drawIdsWrapped((Graphics2D) g, av, 0, totalHeight);
1117
1118     g.translate(idWidth, 0);
1119     getSeqPanel().seqCanvas.drawWrappedPanelForPrinting(g, pageWidth - idWidth,
1120             totalHeight, 0);
1121     g.translate(-idWidth, 0);
1122
1123     if ((pageNumber * pageHeight) < totalHeight)
1124     {
1125       return Printable.PAGE_EXISTS;
1126     }
1127     else
1128     {
1129       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
1130     }
1131   }
1132
1133   /**
1134    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1135    * displayed using default settings
1136    *
1137    * @return
1138    */
1139   public int getVisibleIdWidth()
1140   {
1141     return getVisibleIdWidth(true);
1142   }
1143
1144   /**
1145    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1146    * displayed using default settings
1147    *
1148    * @param onscreen
1149    *          indicate if the Id width for onscreen or offscreen display should
1150    *          be returned
1151    * @return
1152    */
1153   public int getVisibleIdWidth(boolean onscreen)
1154   {
1155     // see if rendering offscreen - check preferences and calc width accordingly
1156     if (!onscreen && Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false))
1157     {
1158       return calculateIdWidth(-1).width + 4;
1159     }
1160     Integer idwidth = null;
1161     if (onscreen || (idwidth = Cache
1162             .getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH")) == null)
1163     {
1164       int w = getIdPanel().getWidth();
1165       return (w > 0 ? w : calculateIdWidth().width + 4);
1166     }
1167     return idwidth.intValue() + 4;
1168   }
1169
1170   /**
1171    * Generates an image of the alignment panel of the specified type. If
1172    * {@code type} is not null, the image is written to the file, otherwise the
1173    * user is prompted to specify the output file before writing to it.
1174    *
1175    * @param type
1176    * @param file
1177    * @param forSplitFrame
1178    */
1179   void makeAlignmentImage(ImageMaker.TYPE type, File file,
1180           boolean forSplitFrame)
1181   {
1182     int borderBottomOffset = 5;
1183     long pSessionId = System.currentTimeMillis();
1184     headless = (System.getProperty("java.awt.headless") != null
1185             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"));
1186     if (alignFrame != null && !headless)
1187     {
1188       if (file != null)
1189       {
1190         alignFrame.setProgressBar(MessageManager
1191                 .formatMessage("status.saving_file", new Object[]
1192                 { type.getLabel() }), pSessionId);
1193       }
1194     }
1195     try
1196     {
1197       /*
1198        * if exporting a split frame image, the graphics object has
1199        * width: maximum of the top and bottom image widths
1200        * height: sum of the top and bottom image heights
1201        */
1202       AlignmentPanel comp = null;
1203       AlignmentDimension dim1 = getAlignmentDimension();
1204       AlignmentDimension dim2 = new AlignmentDimension(0, 0);
1205       if (forSplitFrame)
1206       {
1207         comp = ((AlignViewport) av.getCodingComplement())
1208                 .getAlignPanel();
1209         dim2 = comp.getAlignmentDimension();
1210       }
1211       final int graphicsHeight = dim1.height + dim2.height
1212               + borderBottomOffset;
1213       final int graphicsWidth = Math.max(dim1.width, dim2.width);
1214
1215       final String dialogTitle = MessageManager
1216               .formatMessage("label.make_alignment_image", type.getName());
1217       String imageTitle = type == PNG ? null : alignFrame.getTitle();
1218
1219       ImageMaker im = new ImageMaker(this, type, dialogTitle,
1220               graphicsWidth, graphicsHeight, file,
1221               imageTitle, alignFrame, pSessionId, headless);
1222       Graphics graphics = im.getGraphics();
1223       if (graphics == null)
1224       {
1225         return;
1226       }
1227       graphics.setColor(Color.white);
1228       graphics.fillRect(0, 0, graphicsWidth, graphicsHeight);
1229       if (av.getWrapAlignment())
1230       {
1231         printWrappedAlignment(dim1.width, dim1.height + borderBottomOffset,
1232                 0, graphics, false);
1233       }
1234       else
1235       {
1236         printUnwrapped(dim1.width, dim1.height, 0, graphics, graphics);
1237       }
1238
1239       if (forSplitFrame)
1240       {
1241         /*
1242          * append coding complement image
1243          */
1244         boolean test = true;
1245         if (test)
1246         {
1247           /*
1248            * debug location of next write to Graphics
1249            */
1250           graphics.setColor(Color.red);
1251           graphics.drawString("Hello world", 0, 0);
1252           graphics.setColor(Color.black);
1253         }
1254         if (av.getCodingComplement().getWrapAlignment())
1255         {
1256           comp.printWrappedAlignment(dim2.width,
1257                   dim2.height + borderBottomOffset, 0, graphics, false);
1258         }
1259         else
1260         {
1261           comp.printUnwrapped(dim2.width, dim2.height, 0, graphics,
1262                   graphics);
1263         }
1264       }
1265
1266       im.writeImage();
1267     } catch (OutOfMemoryError err)
1268     {
1269       // Be noisy here.
1270       System.out.println("########################\n" + "OUT OF MEMORY "
1271               + file + "\n" + "########################");
1272       new OOMWarning("Creating Image for " + file, err);
1273       // System.out.println("Create IMAGE: " + err);
1274     } catch (Exception ex)
1275     {
1276       ex.printStackTrace();
1277     }
1278   }
1279
1280   /**
1281    * Computes and answers the width and height of the alignment in pixels,
1282    * including
1283    * <ul>
1284    * <li>sequence ids</li>
1285    * <li>scale above, left or right if shown</li>
1286    * <li>sequences</li>
1287    * <li>annotations, if shown</li>
1288    * </ul>
1289    * The alignment may be in wrapped or unwrapped mode.
1290    * <ul>
1291    *
1292    * @return
1293    */
1294   public AlignmentDimension getAlignmentDimension()
1295   {
1296     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
1297
1298     int height = ((av.getAlignment().getHeight() + 1) * av.getCharHeight())
1299             + getScalePanel().getHeight();
1300     int width = getVisibleIdWidth(false) + (maxwidth * av.getCharWidth());
1301
1302     if (av.getWrapAlignment())
1303     {
1304       height = getWrappedHeight();
1305       if (headless)
1306       {
1307         // need to obtain default alignment width and then add in any
1308         // additional allowance for id margin
1309         // this duplicates the calculation in getWrappedHeight but adjusts for
1310         // offscreen idWith
1311         width = alignFrame.getWidth() - vscroll.getPreferredSize().width
1312                 - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right
1313                 - getVisibleIdWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1314       }
1315       else
1316       {
1317         width = getSeqPanel().getWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1318       }
1319
1320     }
1321     else if (av.isShowAnnotation())
1322     {
1323       height += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
1324     }
1325
1326     return new AlignmentDimension(width, height);
1327   }
1328
1329   /**
1330    * Creates and writes an EPS image of the alignment, to the given file if
1331    * specified, else after prompting for the output file
1332    *
1333    * @param epsFile
1334    * @param forSplitFrame
1335    */
1336   public void makeEPS(File epsFile, boolean forSplitFrame)
1337   {
1338     makeAlignmentImage(EPS, epsFile, forSplitFrame);
1339   }
1340
1341   /**
1342    * Creates and writes a PNG image of the alignment, to the given file if
1343    * specified, else after prompting for the output file
1344    *
1345    * @param pngFile
1346    * @param forSplitFrame
1347    */
1348   public void makePNG(File pngFile, boolean forSplitFrame)
1349   {
1350     makeAlignmentImage(PNG, pngFile, forSplitFrame);
1351   }
1352
1353   /**
1354    * Creates and writes an SVG image of the alignment, to the given file if
1355    * specified, else after prompting for the output file
1356    *
1357    * @param svgFile
1358    * @param forSplitFrame
1359    */
1360   public void makeSVG(File svgFile, boolean forSplitFrame)
1361   {
1362     makeAlignmentImage(SVG, svgFile, forSplitFrame);
1363   }
1364
1365   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)
1366   {
1367     // /////ONLY WORKS WITH NON WRAPPED ALIGNMENTS
1368     // ////////////////////////////////////////////
1369     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1370     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1371     int scaleHeight = av.getCharHeight() + fm.getDescent();
1372
1373     // Gen image map
1374     // ////////////////////////////////
1375     if (imgMapFile != null)
1376     {
1377       try
1378       {
1379         int sSize = av.getAlignment().getHeight();
1380         int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
1381         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));
1382         out.println(HTMLOutput.getImageMapHTML());
1383         out.println("<img src=\"" + imageName
1384                 + "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"
1385                 + "<map name=\"Map\">");
1386
1387         for (int s = 0; s < sSize; s++)
1388         {
1389           int sy = s * av.getCharHeight() + scaleHeight;
1390
1391           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(s);
1392           SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
1393           for (int column = 0; column < alwidth; column++)
1394           {
1395             StringBuilder text = new StringBuilder(512);
1396             String triplet = null;
1397             if (av.getAlignment().isNucleotide())
1398             {
1399               triplet = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq
1400                       .getCharAt(column) + "");
1401             }
1402             else
1403             {
1404               triplet = ResidueProperties.aa2Triplet.get(seq.getCharAt(column)
1405                       + "");
1406             }
1407
1408             if (triplet == null)
1409             {
1410               continue;
1411             }
1412
1413             int seqPos = seq.findPosition(column);
1414             int gSize = groups.length;
1415             for (int g = 0; g < gSize; g++)
1416             {
1417               if (text.length() < 1)
1418               {
1419                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\"")
1420                         .append((idWidth + column * av.getCharWidth()))
1421                         .append(",").append(sy).append(",")
1422                         .append((idWidth + (column + 1) * av.getCharWidth()))
1423                         .append(",").append((av.getCharHeight() + sy))
1424                         .append("\"").append(" onMouseOver=\"toolTip('")
1425                         .append(seqPos).append(" ").append(triplet);
1426               }
1427
1428               if (groups[g].getStartRes() < column
1429                       && groups[g].getEndRes() > column)
1430               {
1431                 text.append("<br><em>").append(groups[g].getName())
1432                         .append("</em>");
1433               }
1434             }
1435
1436             if (text.length() < 1)
1437             {
1438               text.append("<area shape=\"rect\" coords=\"")
1439                       .append((idWidth + column * av.getCharWidth()))
1440                       .append(",").append(sy).append(",")
1441                       .append((idWidth + (column + 1) * av.getCharWidth()))
1442                       .append(",").append((av.getCharHeight() + sy))
1443                       .append("\"").append(" onMouseOver=\"toolTip('")
1444                       .append(seqPos).append(" ").append(triplet);
1445             }
1446             if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(column)))
1447             {
1448               List<SequenceFeature> features = seq.findFeatures(column, column);
1449               for (SequenceFeature sf : features)
1450               {
1451                 if (sf.isContactFeature())
1452                 {
1453                   text.append("<br>").append(sf.getType()).append(" ")
1454                           .append(sf.getBegin()).append(":")
1455                           .append(sf.getEnd());
1456                 }
1457                 else
1458                 {
1459                   text.append("<br>");
1460                   text.append(sf.getType());
1461                   String description = sf.getDescription();
1462                   if (description != null
1463                           && !sf.getType().equals(description))
1464                   {
1465                     description = description.replace("\"", "&quot;");
1466                     text.append(" ").append(description);
1467                   }
1468                 }
1469                 String status = sf.getStatus();
1470                 if (status != null && !"".equals(status))
1471                 {
1472                   text.append(" (").append(status).append(")");
1473                 }
1474               }
1475               if (text.length() > 1)
1476               {
1477                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");
1478                 out.println(text.toString());
1479               }
1480             }
1481           }
1482         }
1483         out.println("</map></body></html>");
1484         out.close();
1485
1486       } catch (Exception ex)
1487       {
1488         ex.printStackTrace();
1489       }
1490     } // /////////END OF IMAGE MAP
1491
1492   }
1493
1494   /**
1495    * Answers the height of the entire alignment in pixels, assuming it is in
1496    * wrapped mode
1497    *
1498    * @return
1499    */
1500   int getWrappedHeight()
1501   {
1502     int seqPanelWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
1503
1504     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
1505             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
1506     {
1507       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth()
1508               - vscroll.getPreferredSize().width
1509               - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right;
1510     }
1511
1512     int chunkWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1513             .getWrappedCanvasWidth(seqPanelWidth);
1514
1515     int hgap = av.getCharHeight();
1516     if (av.getScaleAboveWrapped())
1517     {
1518       hgap += av.getCharHeight();
1519     }
1520
1521     int annotationHeight = 0;
1522     if (av.isShowAnnotation())
1523     {
1524       hgap += SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP;
1525       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1526     }
1527
1528     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1529             + annotationHeight;
1530
1531     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1532     if (av.hasHiddenColumns())
1533     {
1534       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1535               .absoluteToVisibleColumn(maxwidth) - 1;
1536     }
1537
1538     int height = ((maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;
1539
1540     return height;
1541   }
1542
1543   /**
1544    * close the panel - deregisters all listeners and nulls any references to
1545    * alignment data.
1546    */
1547   public void closePanel()
1548   {
1549     PaintRefresher.RemoveComponent(getSeqPanel().seqCanvas);
1550     PaintRefresher.RemoveComponent(getIdPanel().getIdCanvas());
1551     PaintRefresher.RemoveComponent(this);
1552
1553     closeChildFrames();
1554
1555     /*
1556      * try to ensure references are nulled
1557      */
1558     if (annotationPanel != null)
1559     {
1560       annotationPanel.dispose();
1561       annotationPanel = null;
1562     }
1563
1564     if (av != null)
1565     {
1566       av.removePropertyChangeListener(propertyChangeListener);
1567       propertyChangeListener = null;
1568       StructureSelectionManager ssm = av.getStructureSelectionManager();
1569       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1570       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1571       ssm.removeCommandListener(av);
1572       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1573       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1574       av.dispose();
1575       av = null;
1576     }
1577     else
1578     {
1579       if (Cache.log.isDebugEnabled())
1580       {
1581         Cache.log.warn("Closing alignment panel which is already closed.");
1582       }
1583     }
1584   }
1585
1586   /**
1587    * Close any open dialogs that would be orphaned when this one is closed
1588    */
1589   protected void closeChildFrames()
1590   {
1591     if (overviewPanel != null)
1592     {
1593       overviewPanel.dispose();
1594       overviewPanel = null;
1595     }
1596     if (calculationDialog != null)
1597     {
1598       calculationDialog.closeFrame();
1599       calculationDialog = null;
1600     }
1601   }
1602
1603   /**
1604    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and av state flags
1605    */
1606   public void updateAnnotation()
1607   {
1608     updateAnnotation(false, false);
1609   }
1610
1611   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings)
1612   {
1613     updateAnnotation(applyGlobalSettings, false);
1614   }
1615
1616   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings,
1617           boolean preserveNewGroupSettings)
1618   {
1619     av.updateGroupAnnotationSettings(applyGlobalSettings,
1620             preserveNewGroupSettings);
1621     adjustAnnotationHeight();
1622   }
1623
1624   @Override
1625   public AlignmentI getAlignment()
1626   {
1627     return av == null ? null : av.getAlignment();
1628   }
1629
1630   @Override
1631   public String getViewName()
1632   {
1633     return av.getViewName();
1634   }
1635
1636   /**
1637    * Make/Unmake this alignment panel the current input focus
1638    *
1639    * @param b
1640    */
1641   public void setSelected(boolean b)
1642   {
1643     try
1644     {
1645       if (alignFrame.getSplitViewContainer() != null)
1646       {
1647         /*
1648          * bring enclosing SplitFrame to front first if there is one
1649          */
1650         ((SplitFrame) alignFrame.getSplitViewContainer()).setSelected(b);
1651       }
1652       alignFrame.setSelected(b);
1653     } catch (Exception ex)
1654     {
1655     }
1656
1657     if (b)
1658     {
1659       alignFrame.setDisplayedView(this);
1660     }
1661   }
1662
1663   @Override
1664   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
1665   {
1666     return av.getStructureSelectionManager();
1667   }
1668
1669   @Override
1670   public void raiseOOMWarning(String string, OutOfMemoryError error)
1671   {
1672     new OOMWarning(string, error, this);
1673   }
1674
1675   @Override
1676   public jalview.api.FeatureRenderer cloneFeatureRenderer()
1677   {
1678
1679     return new FeatureRenderer(this);
1680   }
1681
1682   @Override
1683   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
1684   {
1685     return seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();
1686   }
1687
1688   public void updateFeatureRenderer(
1689           jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr)
1690   {
1691     fr.transferSettings(getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
1692   }
1693
1694   public void updateFeatureRendererFrom(jalview.api.FeatureRenderer fr)
1695   {
1696     if (getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer() != null)
1697     {
1698       getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().transferSettings(fr);
1699     }
1700   }
1701
1702   public ScalePanel getScalePanel()
1703   {
1704     return scalePanel;
1705   }
1706
1707   public void setScalePanel(ScalePanel scalePanel)
1708   {
1709     this.scalePanel = scalePanel;
1710   }
1711
1712   public SeqPanel getSeqPanel()
1713   {
1714     return seqPanel;
1715   }
1716
1717   public void setSeqPanel(SeqPanel seqPanel)
1718   {
1719     this.seqPanel = seqPanel;
1720   }
1721
1722   public AnnotationPanel getAnnotationPanel()
1723   {
1724     return annotationPanel;
1725   }
1726
1727   public void setAnnotationPanel(AnnotationPanel annotationPanel)
1728   {
1729     this.annotationPanel = annotationPanel;
1730   }
1731
1732   public AnnotationLabels getAlabels()
1733   {
1734     return alabels;
1735   }
1736
1737   public void setAlabels(AnnotationLabels alabels)
1738   {
1739     this.alabels = alabels;
1740   }
1741
1742   public IdPanel getIdPanel()
1743   {
1744     return idPanel;
1745   }
1746
1747   public void setIdPanel(IdPanel idPanel)
1748   {
1749     this.idPanel = idPanel;
1750   }
1751
1752   /**
1753    * Follow a scrolling change in the (cDNA/Protein) complementary alignment.
1754    * The aim is to keep the two alignments 'lined up' on their centre columns.
1755    *
1756    * @param sr
1757    *          holds mapped region(s) of this alignment that we are scrolling
1758    *          'to'; may be modified for sequence offset by this method
1759    * @param verticalOffset
1760    *          the number of visible sequences to show above the mapped region
1761    */
1762   protected void scrollToCentre(SearchResultsI sr, int verticalOffset)
1763   {
1764     scrollToPosition(sr, verticalOffset, true);
1765   }
1766
1767   /**
1768    * Set a flag to say do not scroll any (cDNA/protein) complement.
1769    *
1770    * @param b
1771    */
1772   protected void setToScrollComplementPanel(boolean b)
1773   {
1774     this.scrollComplementaryPanel = b;
1775   }
1776
1777   /**
1778    * Get whether to scroll complement panel
1779    *
1780    * @return true if cDNA/protein complement panels should be scrolled
1781    */
1782   protected boolean isSetToScrollComplementPanel()
1783   {
1784     return this.scrollComplementaryPanel;
1785   }
1786
1787   /**
1788    * Redraw sensibly.
1789    *
1790    * @adjustHeight if true, try to recalculate panel height for visible
1791    *               annotations
1792    */
1793   protected void refresh(boolean adjustHeight)
1794   {
1795     validateAnnotationDimensions(adjustHeight);
1796     addNotify();
1797     if (adjustHeight)
1798     {
1799       // sort, repaint, update overview
1800       paintAlignment(true, false);
1801     }
1802     else
1803     {
1804       // lightweight repaint
1805       repaint();
1806     }
1807   }
1808
1809   @Override
1810   /**
1811    * Property change event fired when a change is made to the viewport ranges
1812    * object associated with this alignment panel's viewport
1813    */
1814   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1815   {
1816     // update this panel's scroll values based on the new viewport ranges values
1817     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1818     int x = ranges.getStartRes();
1819     int y = ranges.getStartSeq();
1820     setScrollValues(x, y);
1821
1822     // now update any complementary alignment (its viewport ranges object
1823     // is different so does not get automatically updated)
1824     if (isSetToScrollComplementPanel())
1825     {
1826       setToScrollComplementPanel(false);
1827       av.scrollComplementaryAlignment();
1828       setToScrollComplementPanel(true);
1829     }
1830   }
1831
1832   /**
1833    * Set the reference to the PCA/Tree chooser dialog for this panel. This
1834    * reference should be nulled when the dialog is closed.
1835    *
1836    * @param calculationChooser
1837    */
1838   public void setCalculationDialog(CalculationChooser calculationChooser)
1839   {
1840     calculationDialog = calculationChooser;
1841   }
1842
1843   /**
1844    * Returns the reference to the PCA/Tree chooser dialog for this panel (null
1845    * if none is open)
1846    */
1847   public CalculationChooser getCalculationDialog()
1848   {
1849     return calculationDialog;
1850   }
1851 }